W odpowiedzi na te nowe uwarunkowania wyznania protestanckie, które ucierpiały na skutek tego, że znalazły się pod rządami władców wyznających inną wiarę, stworzyły doktrynę teologiczną świeckiego państwa. Szczególną rolę odegrali baptyści. Kościół baptystów był prześladowany w Anglii, jego wyznawcy musieli przenieść się najpierw do Holandii a potem do USA. Baptyści uznawali, że chrześcijaństwo można przyjąć jedynie na skutek rozumnej decyzji podjętej w wieku dojrzałym i z tego względu doceniali wartość wolności religijnej. W USA w okolicy dzisiejszej Rhode Island baptyści próbowali stworzyć kolonie, w której panowałaby całkowita wolność religijna dla wyznawców wszystkich religii. Założyciel kolonii, duchowny Roger Williams opublikował w 1644 roku traktat, w którym dowodził, że chrześcijaństwo wymaga, by państwo nie narzucało żadnej religii.
Oświecenie Idee Rogera Williamsa wywarły wpływ na Johna Locke'a, który w dziełach Of the Difference Between Civil and Ecclesiastical Power i A Letter Concerning Toleration przedstawił filozoficzne uzasadnienie doktryny, w myśl której państwo nie powinno ingerować w życie religijne i powinno gwarantować wolność religijną.