Losowanie par 1/16 finału odbyło się 17 grudnia 2018 roku. Zwycięzcy fazy grupowej Ligi Europy oraz 4 najlepsze z zespołów, które zajęły 3. miejsca w fazie grupowej Ligi Mistrzów zostali rozlosowani przeciwko zespołom, które zajęły 2. miejsca w fazie grupowej Ligi Europy oraz pozostałym drużynom, które zajęły 3. miejsca w fazie grupowej Ligi Mistrzów. Drużyny z tych samych federacji oraz grup nie mogły zostać zestawione w jednej parze (dotyczy jedynie 1/16 finału). Z powodu napiętej sytuacji politycznej pomiędzy Rosją i Ukrainą w jednej parze nie mogły zostać zestawione także drużyny z tych krajów.
Drużyny rozstawione
Drużyny nierozstawione
Drużyny, które awansowały z fazy grupowej Ligi Europy:
GrupaZwycięzcy grup2. drużyny grupA Bayer Leverkusen FC ZürichB Red Bull Salzburg CelticC Zenit Petersburg Slavia PragaD Dinamo Zagrzeb Fenerbahçe SKE Arsenal Sporting CPF Real Betis Olympiakos SFPG Villarreal CF Rapid WiedeńH Eintracht Frankfurt LazioI KRC Genk Malmö FFJ Sevilla FC FK KrasnodarK Dynamo Kijów Stade RennesL Chelsea BATE Borysów
Zespoły, które odpadły z fazy grupowej Ligi Mistrzów: GrupaDrużynaC Napoli623175+29H Valencia CF62226608B Inter Mediolan622267-18E SL Benfica6213611-57G Viktoria Pilzno6213716-97A Club Brugge613265+16F Szachtar Donieck6132816-86D Galatasaray SK611458-34