Komunikaty między użytkownikami mogą być przesyłane poprzez serwer, bądź też bezpośrednio. To pierwsze rozwiązanie jest przydatne, jeśli którykolwiek z użytkowników biorących udział w rozmowie znajduje się w sieci chronionej firewallem, przez co nie może przyjmować nadchodzących połączeń.
Inne podejście do kwestii serwerów prezentuje sieć Jabber. Nie ma w niej jednego centralnego serwera – każdy użytkownik może uruchomić swój własny serwer i pozwalać na rejestrację innych użytkowników, bądź też używać go tylko przez siebie.
Identyfikatory Użytkownicy w sieciach IM posiadają jednoznaczne identyfikatory, które pozwalają na precyzyjne określenie odbiorcy komunikatów. Część sieci (np. ICQ, Gadu-Gadu) przydziela swoim użytkownikom identyfikatory liczbowe, zazwyczaj metodą „pierwszy wolny”. Inne, np. Tlen, MSN czy Yahoo umożliwiają wybranie własnej nazwy. Szczególnym rozszerzeniem tego sposobu jest identyfikowanie użytkowników w sieci Jabber/XMPP. Jako że nie ma w nim centralnego serwera, niezbędne jest określenie w identyfikatorze nazwy serwera na którym zarejestrowany jest użytkownik – identyfikatory w Jabberze przypominają adresy poczty elektronicznej (np.