Wiele protokołów komunikacyjnych, których producenci nie ujawnili, zostało rozpracowanych za pomocą technik inżynierii odwrotnej – badając ruch sieciowy generowany przez oryginalne aplikacje klienckie. Odpowiedzią niektórych producentów są regulaminowe przepisy zobowiązujące użytkowników do używania tylko oryginalnych programów.
Multikomunikatory
Oprócz programów obsługujących tylko jedną sieć IM, powstały także multikomunikatory, które umożliwiają komunikację z użytkownikami różnych sieci poprzez zestaw wtyczek. Popularne programy tego typu to Tlen, Konnekt, Miranda IM, WTW, AQQ, Pidgin, Kopete, czy Trillian. W sieci Jabber komunikacja z innymi sieciami zapewniana jest przez serwer poprzez system transportów.
Serwery Różne sieci IM, a konkretniej różne protokoły, mają w różny sposób rozwiązane kwestie nawiązywania połączeń czy przekazywania informacji o stanie. Większość z nich ma jeden serwer centralny (czasem złożony fizycznie z kilku maszyn), z którym łączy się klient zaraz po połączeniu, przesyłając dane identyfikacyjne, a także informacje o statusie (patrz niżej). Informacja o stanie jest przekazywana do wszystkich zainteresowanych nią użytkowników danej sieci.