Słabości Wycieki zapytań DNS Podobnie jak w przypadku wielu innych systemów do anonimowego surfowania po Internecie, część aplikacji nadal wykonuje bezpośrednie zapytania do serwerów domenowych (DNS), pomijając serwer pośredniczący Tor. Wykorzystanie Privoxy bądź polecenia „torify”, dystrybuowanego wraz z Torem, to jedne z możliwych rozwiązań tego problemu. Ponadto aplikacje używające protokołu SOCKS5, który obsługuje żądania proxy oparte na nazwach, mogą przesyłać przez Tora zapytania DNS, które zrealizuje węzeł wyjściowy, zapewniając w ten sposób anonimowość analogiczną jak dla innych danych przesyłanych przez sieć Tor.
Od wersji 0.2.0.1-alpha Tor ma wbudowany własny resolver DNS, który przekierowuje zapytania przez sieć Tor, co powinno rozwiązać problem wycieków DNS, jak też umożliwić aplikacjom nieposługującym się protokołem SOCKS korzystanie z ukrytych usług.
Analiza ruchu Jak wszystkie współczesne sieci anonimowe z niewielkimi opóźnieniami (ang. low latency), Tor jest podatny na analizę ruchu przez adwersarzy, którzy mogą obserwować oba końce połączenia użytkownika.