Kościół miał uposażenie dziesięcinami z całej wsi Giebułtów i wszystkich folwarków w tej wsi.
Niektórzy pod uwagę biorą też fundację kościoła przez żonę Władysław Hermana, księżną Judytę Czeską, w podzięce za narodziny syna Bolesława. Hipoteza jest najprawdopodobniej błędna, ponieważ księżna zmarła 3 miesiące po porodzie. Historycy Uniwersytetu Jagiellońskiego popierają teorię, że za fundacją kościoła mogli stać wypełniający wolę księcia biskup krakowski Lambert III lub biskup Czesław.
Kontrowersje budzi miejsce, w którym kościół miał być ulokowany. Wedle tradycji tym miejscem jest Pole pod Krzyżem znajdujące się od strony wsi Pękowice, w odległości ok. 1 km od obecnego, na garbie fizjograficznym ograniczającym od zachodu dolinę PrądnikaJ. Łepkowski, Przegląd zabytków przeszłości z okolic Krakowa, Warszawa 1863, s. 53.. Najważniejszym argumentem za tą tezą jest znaleziony w tym miejscu cmentarz uważany za przykościelny. Przeciwko takiej argumentacji wystąpił architekt i historyk sztuki prof. Tomasz Węcławowicz. Latem 1990 razem z Januszem Firletem oraz Zbigniewem Pianowskim przeprowadzili badania archeologiczno-architektoniczne świątyni. We wschodniej apsydzie zauważyli ślady ciosów licowych muru i stwierdzili, że prawdopodobne jest, że były użyte wtórnie. Węcławowicz uważał je za relikt XI-wiecznej budowli romańskiejT.