Przyczyny Efekt Flynna daje się wytłumaczyć w coraz to mniejszym stopniu przez inteligencję płynną, czyli ten komponent inteligencji, który uważa się za wrodzony. Oznacza to, że nie tylko zwiększa się ogólny poziom inteligencji ludzi, ale także że pewne zdolności specyficzne rosną szybciej niż inne oraz że zmiany te są różnie nasilone u różnych ludzi.
Ponieważ standardy mierzenia IQ zmieniają się z czasem, nie jest pewne, że efekt Flynna wyznacza ogólny trend wzrostu inteligencji. Jednak z całą pewnością oznacza on, że w ciągu XX wieku umysły ludzi się zmieniły.
Większość naukowców jest zgodna, że za efekt Flynna odpowiada rozwój technologiczny i rewolucja przemysłowa oraz w dużym stopniu zmiany w systemie edukacji, zwłaszcza jej rozpowszechnienie.
Badania Jonathana Wai i Marthy Putallaz opierające się na analizie wyników 1,7 mln testów przeprowadzonych w ciągu dwudziestu lat pośród jedenasto-, dwunasto- i trzynastolatków pokazały, że efekt Flynna widoczny jest także w grupie 5% najbardziej utalentowanych uczniów, dlatego nie można go usprawiedliwiać samą poprawą jakości edukacji. Badacze ci wyrazili przypuszczenie, jakoby rozpowszechnienie niektórych gier komputerowych miało duży wpływ na poprawę zdolności rozwiązywania pewnych problemów.