Mimo że po przeszukaniu domu nie znaleziono śladów walki pojawiły się oznaki pośpiesznego wyjazdu: na blacie zostawiono opakowanie surowych jaj, a obok kanapy stały dwie dziecięce miski z popcornem.
Podczas śledztwa policja dowiedziała się, że o godzinie 11 po południu 8 lutego samochód rodziny został odholowany z parkingu centrum handlowego w San Ysidro w San Diego, w pobliżu granicy z Meksykiem. Przypuszczano, że był tam zaparkowany między 5:30 a 7:00 wieczorem. Lokalizacja samochodu od 4 lutego do 8 lutego jest nieznana.
Odnalezienie szczątków 11 listopada 2013 motocyklista znalazł cztery ludzkie ciała pochowane w dwóch płytkich grobach na pustyni w pobliżu Victorville w Kalifornii. Patrick McStay, ojciec Josepha, został poinformowany o odkryciu i zatelefonował do adwokata z Jerrie Dean of Missing Persons of America, by powiedzieć jej, co wie. Jerrie Dean oświadczyła na swoim blogu, że właśnie skończyła produkować audycję radiową dla KNSJ, kiedy odebrała telefon i zapytała, czy może powiedzieć swoim uczniom, co jej powiedział. Dwa dni później dwa ciała zostały oficjalnie zidentyfikowane jako Joseph i Summer McStay.