Towarzysze broni ponownie okazali mu zaufanie, wybierając go jednym z konsyliarzy z lewego skrzydła do pomocy marszałkowi Związku Braterskiego Kazimierzowi Chwalibogowi Żeromskiemu (11 września 1661).
Prawdopodobnie pod koniec 1661 roku król nadał Piotrowi Rudominie urząd chorążego oszmiańskiego, aby pozyskać jego przychylność.
Rudomina był jednym z delegatów konfederacji wojska litewskiego, którzy 20 kwietnia 1662 w Końskowoli podpisali układ z konfederacją koronną (Związek Święcony) o wzajemnej współpracy.
W czerwcu 1662 wojsko wybrało Rudominę jednym z delegatów na komisję skarbowo-wojskową w Wilnie obradującą pod przewodnictwem hetmana Wincentego Gosiewskiego. Prawdopodobnie został przekupiony przez Gosiewskiego, ponieważ zamordowaniu hetmana przez konfederowanych żołnierzy uciekł z Wilna w obawie o swoje życie. Powrócił jednak, by przyłączyć się do spiskowców zamierzających pomścić zabitego hetmana i zlikwidować związek żołnierski. Wyróżnił się w akcji aresztowania radykalnych konfederatów. Wraz z Albrychtem Konstantym Ciechanowieckim został wybrany „starszym” i przyczynił się do rozwiązania związku (5 V 1663 w Szadowie). Po zakończeniu rokowań z komisarzem królewskim, biskupem wileńskim Jerzym Białłozorem podpisał manifest potępiający zabójstwo Gosiewskiego.