Od wewnątrz ścianę ciała wyściela orzęsiony nabłonek perytonealny.
Układ nerwowy i narządy zmysłów W układzie nerwowym szkarłupni nie występują ośrodki nadrzędne – zwoje. Układ ten składa się z trzech części, połączonych siecią komórek: ektoneuralnej – na stronie oralnej (gębowej), ma znaczenie czuciowe; hiponeuralnej – na stronie oralnej pod tkanką łączną, unerwia ścianę ciała, nóżki ambulakralne i układ krwionośny; nie występuje u strzykw; endoneuralnej – na stronie aboralnej w nabłonku perytonealnym, unerwia mięśnie, łączące elementy szkieletowe w promieniach ambulakralnych. Narządy zmysłów szkarłupni są słabo wykształcone. Jeżowce posiadają prymitywne oczka i statocysty; rozgwiazdy – tylko oczka; strzykwy – tylko statocysty.
Jama ciała Jama ciała szkarłupni składa się z trzech woreczków celomatycznych: procelu (aksocelu); mezocelu (hydrocelu); metacelu (somatocelu).
Rozmnażanie Rozgwiazdy i wężowidła rozmnażają się wegetatywnie lub płciowo. U liliowców, jeżowców, kołonic i strzykw występuje tylko rozmnażanie płciowe. Niektóre strzykwy i kołonice są żyworodne, reszta jest jajorodna.
Są zwierzętami rozdzielnopłciowymi, bez zaznaczonego dymorfizmu płciowego. Zapłodnienie jest zawsze zewnętrzne, a rozwój złożony.