Od sierpnia 1944 jako żołnierz Armii Krajowej pod pseudonimem Szklarz walczył w powstaniu warszawskim w 2 plutonie 2 kompanii batalionu „Piorun” na terenie Śródmieścia. W grudniu 1944 opublikował w „Nowym Kurierze Warszawskim” reportaż Z dni grozy. Konająca stolica. Przez kilka miesięcy mieszkał w Krakowie, a od lutego 1945 aż do śmierci w Katowicach w kamienicy przy ul. Jordana.
Zapisał się do Polskiej Partii Robotniczej. W lipcu 1948 zgłosił się do prokuratury w związku ze śledztwem przeciw autorom prasy gadzinowej i został osadzony w areszcie. W 1949 został skazany na karę 8 lat więzienia za działalność na szkodę narodu i państwa polskiego poprzez udział w niemieckiej polityce eksterminacyjnej polegający na „osłabianiu (…) postawy moralnej i ducha oporu wobec okupanta”. W procesie przeciwko niemu zeznawali oficerowie Komendy Głównej AK płk Jan Rzepecki, płk Jan Mazurkiewicz i ppor. Stanisław Płoski, prof. Stanisław Lorentz oraz dziennikarze konspiracyjni Witold Giełżyński i Władysław Dunin-Wąsowicz. Zdementowali oni twierdzenie Szklarskiego, że zatrudnił się w „Nowym Kurierze Warszawskim” na polecenie podziemia. W 1951 jego utwory pisane pod pseudonimem Alfred Bronowski zostały wycofane z polskich bibliotek oraz objęte cenzurą. Jako więzień pracował umysłowo w dziale budownictwa warszawskiego Ośrodka Pracy.