Природоохоронні території в Естонії — це національні парки (), природні заповідники (looduskaitseala), ландшафтні заповідники (maastikukaitseala) й природні парки (looduspark) та інші охоронювані природні об'єкти.
Станом на 31 грудня 2016 року в Естонії існувало в цілому 3864 природоохоронні об'єкти, до яких належать: 5 національних парків; 158 природних заповідників; 152 ландшафтні заповідники та природні парки; 80 захищених територій, режим охорони яких регулюється ще радянськими законами і повинен бути оновлений; 534 парки і лісонасадження; 335 заказників; 1426 захищених місць постійного проживання (біотопів та оселищ) окремих видів флори та фауни; 20 природоохоронних об'єктів, діяльність яких регулюється на рівні органів місцевого самоврядування; 1153 окремі охоронювані природні об'єкти (пам'ятки природи).
У 2017 році (станом на 11 вересня) було внесено до реєстру навколишнього середовища Естонії ще 3 природні та 1 ландшафтний заповідники.
Національні парки Парк РозташуванняВеликі території можуть поширюватись на сусідні волості та повіти.ЗаснуванняПлоща,км²Координати / Посилання веде на сторінку об'єкту у Реєстрі навколишнього середовища Естонії . ВільсандіСааремаа,Сааремаа,Роотсікюла 19 жовтня 1937 238,8 Карула Вирумаа,Варсту,Вана-Рооза 23 вересня 1979 123,6 Лахемаа Ляене-Вірумаа,Вігула,Вайнупеа 31 травня 1971 747,8 Матсалу Ляенемаа,Ляенеранна,Келу 10 липня 1957 488,6 Соомаа Вільяндімаа,Пиг'я-Сакала,Метскюла 10 липня 1957 398,4
Природні заповідники НазваНазва (ест.)РозташуванняЗаснуванняПлоща (км²)КоординатиАбрукаСааремаа, Ляене-Сааре, Абрука1937-12-034.143АвастеПярнумаа, Галінґа, Геленурме1981-05-2452.5АгусалуІда-Вірумаа, Іллука, Каатерму1981-05-24110.6АйдуЙиґевамаа, Паюзі, Вяґарі 2002-11-183.1АкстеПилвамаа, Вастсе-Куусте, Кійдьярве1977-08-301.9Алам-ПедьяТартумаа, Тарту, Ілматсалу1994-02-16344АлемаГар'юмаа, Сауе, Маділа1981-12-280.6АллірахуСааремаа, Піхтла, Сууре-Роотсі2005-07-2019.7АлтнургаЙигевамаа, Пуурмані, Алтнурґа2015-04-170.984АніяГар'юмаа, Анія, Анія1990-04-230.7АннеТартумаа, Луунья, Логква1986-07-280.2польдер АудруПярнумаа, Аудру, Аудру2014-10-1010.014ВайстеПярнумаа, Варбла, Сааре2007-04-251.6ВарангуЛяене-Вірумаа, Вяйке-Маар'я, Пікевере1993-10-031ВардіРапламаа, Мяр'ямаа, Ваймийза1978-05-226.6ВаскйиеПярнумаа, Пайкузе, Сельяметса2007-03-292.9ВагенурмеПярнумаа, Галінґа, Вагенурме2006-03-092.2ВескіПилвамаа, Киллесте, Пранглі2001-11-260.6ВитіквереІда-Вірумаа, Авінурме, Улві2005-04-201.2ВійдумяеСааремаа, Ляене-Сааре, Варпе1957-07-1026.1ВієрістіСааремаа, Торґу, Лиупиллу1965-04-023.8ВялгіТартумаа, Пейпсіяере, Алайие2006-05-287.6ВяетсаЯрвамаа, Тюрі, Рєа2005-07-134.2ГаавассооСааремаа, Ляене-Сааре, Гірмусте2013-12-204ГютіГійумаа, Гійу, Гюті2013-11-100.3ЕндлаЙиґевамаа, Йиґева, Ендла1939-09-07101.6ІйдваЯрвамаа, Тюрі, Колу2006-07-268.1ІгамаруПилвамаа, Пилва, Аарна1981-09-292.5КабліПярнумаа, Гяедемеесте, Каблі1991-07-117.4КаланаГійумаа, Гійу, Калана2013-12-190.3КалітаПярнумаа, Саарде, Каліта2007-04-251.5КаріниммеПярнумаа, Коонґа, Тарва2006-12-203.9КаредаЯрвамаа, Ярва, Кагала2005-07-133.628КагвенаВільяндімаа, Пиг'я-Сакала, Серукюла2005-06-086.6Кеері-КаріярвеТартумаа, Елва, Гяр'янурме2006-02-2719.2КейсріпалуВалґамаа, Тирва, Мєлдре2013-10-090.3КергуПярнумаа, Вяндра, Метсакюла2007-04-254.4КескниммеСааремаа, Кіхельконна, Кехіла2005-08-103.4КипуГійумаа, Гійу, Гейстесоо1958-05-2730.8КирґессаареГійумаа, Гійу, Кирґессааре2009-04-080.7КівімурруЙиґевамаа, Торма, Витіквере2013-11-100.6КірікурабаЙиґевамаа, Пуурмані, Тирве2013-10-204.5острівці КігнуПярнумаа, Кігну, Лінакюла2014-03-0342КоймлаСааремаа, Ляене-Сааре, Коймла2013-11-110.318КолгаПярнумаа, Тистамаа, Раммука1991-07-112.8КонгутаТартумаа, Елва, Конґута2006-03-090.3КооруниммеСааремаа, Мустьяла, Мерісе1965-04-0212.7КооркюлаВалґамаа, Тирва, Єті1959-12-103.5КуйаруПярнумаа, Торі, Куйару2007-03-292.2КуріметсаВільяндімаа, Мулґі, Судісте1998-11-160.6КурісооЯрвамаа, Ярва, Агула2005-08-100.474КямблаГар'юмаа, Козе, Тухала1991-12-171.6КяревереТартумаа, Тарту, Марамаа2007-05-1718ЛайдевагеСааремаа, Піхтла, Матсіранна2002-11-0424.5острів ЛайдуСааремаа, Мустьяла, Вигма 1965-04-020.2 ЛайксаареПярнумаа, Саарде, Лайксааре 2006-07-124ЛауаруПярнумаа, Коонґа, Пійзу 2014-04-240.878ЛаукесооГар'юмаа, Козе, Вірла1981-05-2425.6ЛауластеПярнумаа, Гяедемеесте, Маяка2005-12-2110.7ЛейгріГійумаа, Гійу, Лейґрі1998-05-044.6ЛейдіссооЛяенемаа, Нива, Ниммемаа2002-11-0482.2ЛеппояВільяндімаа, Пиг'я-Сакала, Метскюла 2005-10-163.8ЛегтсаареВільяндімаа, Пиг'я-Сакала, Кар'ясоо1992-11-083.8Лійва-ПутлаСааремаа, Піхтла, Хаеска2007-05-071ЛіндіПярнумаа, Тистамаа, Кипу1958-09-1111ЛіннурабаРапламаа, Рапла, Коділа1959-03-0133.9ЛуузікаЛяене-Вірумаа, Вінні, Салутаґузе 1992-04-294.4ЛуйтемааПярнумаа, Сур'ю, Ілвезе1939-01-26113ЛягкмаПярнумаа, Сур'ю, Кікепера2007-04-251МадіссаареПярнумаа, Коонґа, Тарва2007-04-251МааластіВільяндімаа, Пиг'я-Сакала, Савіауґу2013-12-195.3МаапаюГар'юмаа, Анія, Піллапалу2005-06-054.5МагтраГар'юмаа, Козе, Габая1959-03-0176.1Магу-РаннаметсаІда-Вірумаа, Азері, Калві2006-02-274.1МаруоруПилвамаа, Канепі, Хіно2001-11-260.3МаріметсаЛяенемаа, Ляене-Ніґула, Яакна1981-05-2450.8МетсаяереПярнумаа, Сур'ю, Яамакюла2007-03-291.6МігкліПярнумаа, Коонґа, Мігклі 1957-07-100.9МурастеГар'юмаа, Гарку, Ілманду2005-08-171.4МуракаІда-Вірумаа, Ійзаку, Алліку1957-07-10140.6МусталлікаЙиґевамаа, Йиґева, Еллаквере1992-07-280.5МийсамитсаВирумаа, Варсту, Пягні2005-04-202.2Набала-ТугалаГар'юмаа, Козе, Тугала2014-11-1746.287НайссооПярнумаа, Коонґа, Найссоо 1964-02-041.2НегатуПярнумаа, Варбла, Мурісте1957-07-1010.2НедремаПярнумаа, Коонґа, Уріта1991-07-1124.4НійнсоніГар'юмаа, Анія, Піллапалу2000-11-131.1НігулаПярнумаа, Гяедемеесте, Непсте1957-07-1064.3Нятсі-ВиллаПярнумаа, Аудру, Еассалу1957-07-10108 Нимме, болотоЯрвамаа, Тюрі, Кяревере2006-01-224.4Орк'ярвеГар'юмаа, Сауе, Ауде2005-07-0611.5ОгепалуЛяене-Вірумаа, Кадріна, Арбавере1973-03-1959.3ПааденурмеЛяене-Вірумаа, Лаеквере, Каасіксааре1992-04-293.4ПаадремаПярнумаа, Варбла, Нимме2003-01-0613.4ПадакирвеТартумаа, Пейпсіяере, Кокора1964-09-0815.6ПаопеГійумаа, Гійу, Ізабелла2006-10-2522.3ПараспиллуГар'юмаа, Рае, Урвасте1999-12-144.8ПарікаВільяндімаа, Пиг'я-Сакала, Куг'явере1981-05-2421.9ПармуВирумаа, Міссо, Ківіора2006-07-0610.3Пігла-КайбалдіГійумаа, Пюхалепа, Пілпакюла1998-04-2837.8ПейпсівеереТартумаа, Кастре, Агунапалу2013-12-19346.1 Печери ПіузаПилвамаа, Орава, Піуза 1981-09-290.5ПрандіЯрвамаа, Ярва, Койґі1981-01-258.759ПугатуІда-Вірумаа, Іллука, Кунінгакюла1967-01-16123.9Пугту-ЛаелатуЛяенемаа, Ганіла, Ганіла1939-01-2627.7ПягніВирумаа, Варсту, Пягні2006-03-022.8прибережні луки ПярнуПярнумаа, Пярну1958-09-113.7ПюгаметсаСааремаа, Піхтла, Кильяла2007-05-160.6Пиг'я-КирвемааГар'юмаа, Куусалу, Пала1991-10-28131.6РахустеСааремаа, Сальме, Рахусте 1965-04-026.9РауднаВільяндімаа, Вільянді, Раудна1994-06-010.3РійдаяВалґамаа, Тирва, Рійдая2013-08-080.1Ропка-ІгастеТартумаа, Кастре, Аардлапалу2014-10-177.906РубінаВалґамаа, Тирва, Воорбагі2005-04-0721.1РумбіЯрвамаа, Тюрі, Лунґу2001-07-230.7РуйлаГар'юмаа, Сауе , Минусте2005-06-058.3СангаПярнумаа, Саарде, Лейпсте2005-09-271.5СелісооІда-Вірумаа, Мяетаґузе, Метскюла2015-10-0114.436СійракуПярнумаа, Сур'ю, Лягкма2007-04-026.9СіплазеСааремаа, Торґу, Ійде2007-05-072.1СілмсіЯрвамаа, Ярва, Сілмсі2005-07-061.464СіртсіЛяене-Вірумаа, Вінні, Кауквере1981-05-2445.8СілмаЛяенемаа, Ляене-Ніґула, Ведра1998-09-2448.2Соо-отсаПярнумаа, Сур'ю, Кікепера2007-03-297.4СоокунінгаПярнумаа, Саарде, Яер'я1964-02-0459СоонтагаТартумаа, Елва, Ребасте2006-07-2612.3СопіметсаЙиґевамаа, Паюзі, Сопіметса2013-07-030.035СорґуПярнумаа, Тистамаа, Манія2014-03-062.7Сууре-АруГар'юмаа, Сауе, Лайтсе2014-11-207.026СуурупіГар'юмаа, Гарку, Вяяна-Йиесуу2009-10-211.9СуйгуЛяене-Вірумаа, Вінні, Суйґу 1976-03-160.8СяерениммеСааремаа, Оріссааре, Лійґаласкма2005-12-113.9ТагкунаГійумаа, Пюхалепа, Таресте1958-05-2718.8ТаарікиннуРапламаа, Кехтна, Елламаа2001-05-2928.3ТеезуСааремаа, Кігелконна, Кегіла2007-04-251.5ТеллізеЙиґевамаа, Казепяе, Рая 2005-06-052.4ТіллнійдуРапламаа, Кехтна, Коогісте2001-07-230.4ТігуГійумаа, Кяйна, Мяннамаа1961-09-1914.1ТоолсеЛяене-Вірумаа, Кунда1978-12-104.7ТіммасеВирумаа, Виру, Юба2004-04-293.9ТолкузеПярнумаа, Сур'ю, Ілвезе2007-02-078.1ТудусооЛяене-Вірумаа, Вінні, Паласі1981-05-2447.5ТирасооРапламаа, Райккюла, Метскюла2005-06-1533.1ТюндреВалґамаа, Тирва, Голдре1999-12-2018.5УгтьюЛяене-Вірумаа, Віхула, Тоолсе1938-05-1024.4ЮлгазеГар'юмаа, Йиеляхтме, Ребала1960-06-230.5ЕнніксеПярнумаа, Варбла, Коері2007-03-075.4ЯрвекюлаВільяндімаа, Вільянді, Малтса1990-08-202.7ЯрвсельяТартумаа, Кастре, Аґалі1957-07-101.9ЯеруметсаПярнумаа, Варбла, Кілґі2007-02-153.3
Ландшафтні заповідники