miniatyr|höger|400px|Uppsala domkyrka i oktober 2011. Religion har varit en viktig del av Uppsalas kultur och historia under lång tid. Redan under järnåldern byggdes Uppsala tempel vilket stod kvar till Sveriges kristnande under 1000-talet. Uppsala stift har varit ärkebiskopsstift sedan 1164. Sedan Livets Ord grundades 1983 har kyrkan haft sitt säte i Uppsala. Uppsala har idag också bland annat en katolsk kyrka, en moské, en rikets sal tillhörande Jehovas Vittnen och ett kapell tillhörande Jesu Kristi Kyrka av Sista Dagars Heliga.
Historia miniatyr|höger|300px|Målningen Midvinterblot som är konstnären Carl Larssons tolkning av Uppsala tempel. Se även Uppsalas historia och Uppsala tempel
Den första kända kyrkobyggnaden i Uppsala är Uppsala tempel. Tempelbyggnaden i Gamla Uppsala antas ha varit den svenska asatrons centralhelgedom. Templet tros ha bränts och rivits omkring år 1087 på order av kung Inge den äldre, som då dräpte sin svåger Blot-Sven och därigenom lyckades slå ner den sista offentliga kulten tillägnad asarna. Förutom att Uppsala tempel förstördes ska offerträdet ha huggits ned, samtidigt som en kyrka ska ha byggts på templets tidigare plats. Enligt osäkra kungalängder skall Inge den äldre ha varit den nionde kungen efter Olof Skötkonung, som var den förste svenske konung som blev kristnad.
I och med Sveriges kristnande blev den Romersk-katolska läran statsreligion i Sverige. År 1164 fick Sverige sin första ärkebiskop, med ärkebiskopssätet i Uppsala. Efter en brand i den tidigare domkyrkan (i Gamla Uppsala) gav påven tillstånd att flytta biskopssätet ifrån Gamla Uppsala till nuvarande Uppsala (Östra Aros). Man började planera för kyrkobygget redan 1258.Den grundläggande vetenskapliga analysen av domkyrkans historia tillkomst, nuvarande utseende, inventarier osv. är 6-bandsverket Uppsala domkyrka (band 227-232 i serien Sveriges kyrkor. Konsthistoriskt inventarium), Uppsala 2010: Band 1. Skriftliga källor. Arkivbildning. 554 sid. – Band 2 Domkyrkan i Gamla Uppsala. Nuvarande domkyrkans omgivningar, 618 sid. - Band 3. Byggnadsbeskrivning. Byggnadshistoria. Domkyrkans konsthistoriska ställning. 562 sid. - Band 4.Interiörens fasta utsmyckning. 423 sid. – Band 5. Inredning och inventarier.475 sid. – Band 6. Gravminnen. 541 sid. Kyrkan stod klar år 1435 och är än idag Skandinaviens största kyrkobyggnad. 1247 omnämns för första gången Uppsala franciskankonvent. Konventet kvarstår fram tills reformationen.
I och med reformationen lämnade Sverige den romersk-katolska kyrkan år 1527. 1571 års kyrkoordning hölls i Uppsala, och följdes år 1593 upp av Uppsala möte där det beslutades att samtliga svenska medborgare skulle vara en del av Svenska kyrkan. det beslutades också att den enda kyrkliga lära som skulle tillåtas var lutherdom, medan katolicism, kalvinism och zwinglism förbjöds.
Under 1700-, 1800- och 1900-talen infördes ökad religionsfrihet i Sverige. 1942 fick Uppsala sitt första katolska kapell på flera hundra år, och i dag finns Sankt Lars kyrka i Uppsala. År 1983 grundades även frikyrkan Livets Ord och år 1995 byggdes Uppsala moské.
Urval av religiösa organisationer miniatyr|höger|150px|Uppsala stift vapen. Svenska kyrkan Uppsala stift, även kallat Uppsala ärkestift, är ett stift inom Svenska kyrkan som omfattar hela Uppsala och Gävleborgs län samt delar av Stockholms län.Före 2007 ingick Heby kommun i Västmanlands län istället för i Uppsala län som i dag, varför Uppsala stift även omfattade en del av Västmanlands län. Stiftet omfattar från och med den 1 januari 2010 136 församlingar, 82 pastorat och 11 kontrakt.Indelningsändringar 2010 – färre församlingar och pastorat Svenska kyrkan - Uppsala stift
I Uppsala stift finns två biskopar: dels fungerar ärkebiskop Antje Jackelén som biskop över Uppsala, Sigtuna samt Enköpings kontrakt, dels sedan år 2000 är Ragnar Persenius övriga stiftets biskop.
Ungkyrkorörelsen Åren 1909–1911 genomfördes så kallade "studentkorståg" i många av Sveriges församlingar och Folkets Hus-lokaler. Bakom detta stod den inomkyrkliga ungkyrkorörelsen. Parollen "Sveriges folk - ett Guds folk" representerande folkkyrkotanken, det vill säga att kyrkan har en kallelse att förverkliga Kristi evangelium hos hela svenska folket. Rörelsen utgick från Uppsala och Uppsala Kristliga Studentförbund (grundat 1901) under medverkan av rörelsens förgrundsgestalter ärkebiskop Nathan Söderblom, biskop Einar Billing, biskop J.A. Eklund och uppsalastudenten Manfred Björkquist
Högkyrklighet Sedan 1949 har Sankt Ansgars stiftelse verkat i Uppsala. Personer som var delaktiga i bildandet av stiftelsen var bland andra, Bengt Stolt och Gustaf Adolf Danell. 1961 fick stiftelsen invigdes stiftelsens kyrka som ligger i kungsgärdet. I anslutning till kyrkan finns även stiftelsen studenthem, Ansgarsgården. Stiftelsen har sedan 1960 haft flera olika föreståndare, bland annat: Fredrik Brosché, Karl-Gunnar Ellversson och Bo Brander. Sedan 2018 är Daniel Gustafsson föreståndare för stiftelsen. Nuvarande ordförande för stiftelsen är Oloph Bexell. All verksamhet inom stiftelsen sköts ideellt.
Gammalkyrklighet Kyrkliga förbundet för evangelisk-luthersk tro är sedan 1990-talet aktiva i Uppsala. Denna avdelning av förbundet heter Paulusgemenskapen, dessa har ett eget kapell vid Dag Hammarskjölds väg. Gemenskapen själva beskriver sig som konservativ och mån om att inte låta sig anpassa sig för samtidens uttryck och idéer. Gemenskapen är sedan några år tillbaka under episkopal tillsyn från Missionsprovinsen.
Nyevangelism miniatyr|270px|Missionskyrkan. Uppsala utgör ett viktigt säte för grundandet av både Evangeliska Fosterlandsstiftelsen och Svenska Missionskyrkan. Det var nämligen här, år 1852, som tre studenter initierade möten för att diskutera hur man skulle nå ut med värdet i det kristna budskapet till fler medlemmar i Svenska kyrkan. Det var vid denna tid förbjudet att hålla möten utan prästens medverkan. Redan här föds alltså idén om lekmannaengagemang, vilket kommit att vara utmärkande för EFS. År 1856 bildas Uppsala Missionsförening. Denna förening slogs sedan ihop med en annan befintlig missionsförening, Uppsala stadsmission, och bildade år 1870 Uppsala stads missionsförening. Föreningen växte till den grad att den upprättade ett missionshus, som invigdes år 1875 och gick då under namnet Lutherska missionshuset. Men året därpå förrättades av P. P. Waldenström en skild nattvardsgång. Detta, i samband med andra olika oenigheter, ledde till att missionsföreningen splittrades - och år 1876 grundandet av Svenska missionsförbundet (sedermera Equmeniakyrkan) samt den lokala församlingen Uppsala Missionsförsamling.
Uppsala Missionsförsamling är idag en kyrka i centrala Uppsala med ca 450 medlemmar, tillhörande trossamfundet Equmeniakyrkan. Kyrkan lägger därmed stor vikt vid att vara en öppen kyrka, med låga trösklar för vem som får ta del av församlingen. Det är något som syns tydligt i församlingens verksamhet, som är starkt förknippad med Uppsala kulturliv. Med bland annat konsert- och replokaler, danslokaler, studiecentrum samt öppet hus-kafé. EFS-föreningen fortsatte i sin tur sin verksamhet för att till slut bli Lötenkyrkan, en samarbetskyrka mellan EFS och Gamla Uppsala församling i Uppsala stift. Kyrkan ligger vid Heidenstams torg i Uppsala och upprättades på initiativ av EFS, när EFS teologiska utbildning, Johannelunds teologiska högskola, flyttade till platsen. EFS missionsförening i Lötenkyrkan har knappt 400 medlemmar och ett omfattande barn- och ungdomsarbete.
Baptism miniatyr|270px|Korskyrkan. År 1861 grundades Uppsala Baptistförsamling och är därmed den äldsta frikyrkan i Uppsala. Den var ansluten till Svenska baptistsamfundet, vilken år 2011 gick in i Equmeniakyrkan. Samma år firade Uppsala Baptistförsamling sitt 150-årsjubileum med bland annat medverkan av missionsföreståndare Karin Wiborn. År 2012 har församlingen cirka 150 medlemmar. Pastor och församlingsföreståndare är Helena Facchini. Verksamheten består av gudstjänster, gemenskapsgrupper i hemmen, ungdomsgrupp, dagledigträffar, bistånds- och missionsarbete, själavårdsteam, Öppen citykyrka, kören Singna, med mera.
Den 11 december år 1934 grundades Baptistförsamlingen Korskyrkan, då under namnet Betaniaförsamlingen. Den anslöts till samfundet Örebromissionen, sedermera Evangeliska Frikyrkan Församlingen har idag drygt 300 medlemmar. Sedan år 2006 är församlingens lokaler belägen på Väktargatan 2 i Kvarngärdet, och kyrkan är utsmyckad av Stina Wollters konstverk, bland annat ett uppståndelsekors som blickfång.
Metodism miniatyr|270px|Uppsala-kåren. År 1872 grundades i Uppsala en metodistförsamling, varpå en kyrkobyggnad upprättades år 1874 enligt osignerade ritningar.Digitalt Museum om S:t Johannis kyrka Ett år därefter invigdes kyrkan av metodistbiskop Matthew Simpson. Kyrkan gick under namnet S:t Johannis kyrka. På 1930-talet var församlingen aktiv, med omkring 700-800 deltagande söndagsskolebarn.Dagen om S:t Johannis kyrka Men redan under 1920-tal märktes i metodistförsamlingar från flera håll i Sverige att medlemsantalet sjönk. Vilket anades bero på en rädsla för bristen på andlighet, där Uppsala pekades ut som skräckexempel. Detta i och med stadens växande så kallade nyteologi eller Uppsalateologi, vilken ansågs beröva kristenheten från andlighet, mirakler och ibland även erkännandet av Jesus som gudomlig. Det var även av denna anledning som dåvarande Metodistkyrkans teologiska skola flyttades från Uppsala till Överås år 1923. Men att medlemsantalet då sjönk från omkring 900 till 300, misstänks även istället bero på valet att flytta skolan."Uppsala stads historia 6:8, Kyrkor och samfund i Uppsala : utvecklingen från sent 1800-tal till omkring 1970" / Öyvind Sjöholm, Sven Lundkvist Därefter fortsatte medlemsantalet sjunka fram till år 2002, då det fanns kvar ca 45 medlemmar varav 15 var aktiva. Av denna anledning sålde församlingen sina kyrkolokaler det året.Sveriges Radio om försäljningen av S:t Johannis kyrka
Den 11 oktober 1883 marscherade en stor skara frälsningssoldater längs Kungsgatan i Uppsala. De hade kommit från Stockholm för att skapa anläggning i universitetsstaden och på så sätt sprida evangeliet. Kort efter detta grundas Uppsalas församling inom Frälsningsarmén, Uppsala-kåren, som räknar sin existens från och med den 11 december 1883 då armén drog in i Teatern. I början av februari 1884 blev den nya lokalen på Skolgatan 20 färdig att tas i bruk. Major Hanna Ouchterlony, betraktad som grundare av Frälsningsarmén i Sverige såväl som i Norge, ledde invigningsmötet den 12 februari och föreslog därmed att lokalen skulle kallas Arken. Sedan 1893 är kåren belägen på S:t Persgatan 20, i det tidigare Sankt Perskapellet vilket använts som gudstjänstlokal under domkyrkans restaurering. Armén döpte kapellet till Templet. Uppsala-kåren bestod snart av en stor trupp underofficerare, soldater och rekryter samt en mycket livaktig verksamheten bland barn och ungdomar. Det var genom Uppsala-kårens verksamhet som man också kunde bilda kårer i Vittinge, Alunda och Harbo.
Pentekostalism och neopentekostalism miniatyr|270px|Livets Ord.