мини|Aparat za izvođenje lančane reakcije polimeraze Sekvenciranje virusnih nukleinskih kiselina jedna je od dijagnostičkih metoda u medicinskoj virusologiji koja se obično vrši neposredno posle amplifikacije produkta lančane reakcije polimeraze.Nevena Arsenović-Ranin, Marina Milenković, Zorica Stojić-Vukanić, Namena u medicinskoj virusologiji Sekvenciranje virusnih nukleinskih kiselina koja se koristi u medicinskoj virusologiji ima namenu za:
Genotipizacije virusa — određivanja korelacije između genetskih tipova s jedne strane i fenotipova virusa s druge strane. To je od značaja za imunoprofilaksu, terapiju i prognozu virusnih oboljenja.
Utvrđivanja filogenetskih odnosa — između virusnih izolata radi epidemiološkog otkrivanja i praćenja izvora, rezervoara, puteva i načina širenja virusnih infekcija.Stankov S. Razvoj i značaj komparativne sekvencijske analize u medicinskoj virusologiji. Med Pregl 2006; LIX (3-4): 138-42.
Funkcionalne karakterizacije određenih virusnih sekvenci — što je od značaja u izučavanju patogeneze virusnih infekcija i sinteze antivirusnih lekova. Primena U dijagnostičkoj virusologiji glavna primena metode sekvenciranja virusnih nukleinskih kiselina je u ispitivanju rezistencije na antivirusne lekove koji se koriste u lečenju bolesnika sa HIV infekcijom.
Tehnika i testovi Detekcija mutacija koje su odgovorne za pojavu rezistencije vrši se direktno iz plazme pacijenta.
Do danas je razvijeno više metoda određivanja sekvenci DNK. Ranije je to bilo veliki i skup poduhvat, dok se modernim metodama sekvenciranje odvija skoro automatski. Dve najznačajnije metode DNK sekvenciranja su:
Frederik Sanger tehnika — koja elegantno koristi prirodni tok replikacije kao uzorak za sekvenciranje, i ona je još uvek dominantno prisutna.
Maksim-Gilbert tehnika — koja se u principu bazira na hemijskom razlaganju pojedinih baza, i u današnje vreme se ređe koristi.
U novije vreme se pojavila metoda pirosekvenciranja, koja nudi mogućnost ubrzanog sekvenciranja putem visokoparalelne aktivnosti.
Trenutno dostupni komercijalni testovi danas se koriste za detekciju mutacija odgovornih za rezistenciju na anti-virusne lekove za humani citomegalovirus (CMV), varičela zooster virus (VZV), herpes simpleks virusa (HSV), hepatitis C virus (HCV) i hepatitis B virus (HBV).Forman MS, Valsamakis A. Specimen Collection, Transport, and Processing: Virology. In : Murray PR, Baron E, Jorgensen JH, Pfaller MA, Yolken RH. Manual of Clinical Microbiology. 8th ed. ASM PRESS Washington D.C., 2003:1227-41.
Nedostatak Osnovni nedostatak genotipskih eseja je da se njima može detektovati samo rezistencija uzrokovana poznatim mutacijama.Winn W, Allen S, Janda W, Koneman E, Procop G, Schreckenberger P, Woods G. Koneman's Color Atlas and Textbook of Diagnostic Microbiology. 6th ed. Lippincott Williams & Wilkins, 2006. Reference
Literatura . Beograd: autor, drugo izdanje
Категорија:Медицинска вирусологија Категорија:Медицинске анализе