Clustal () — одна из самых широко используемых компьютерных программ для множественного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностейFrédéric Dardel, François Képès. Bioinformatics: Genomics and Post-Genomics. Wiley. 2006. p.54.
Clustal использует метод попарного прогрессивного выравнивания.
Программа представлена в трех версиях: ClustalW — с интерфейсом командной строки. ClustalX — с графическим интерфейсом. Clustal Omega — более современная версия программы, позволяющая выравнивать сотни последовательностей в течение нескольких часов и являющаяся одной из наиболее эффективных программ для множественного выравнивания по данным тестов производительности. В этой разновидности используется только интерфейс командной строки. Несмотря на то что ClustalW и ClustalX не были первыми инструментами для множественного выравнивания, они получили широкое распространение благодаря своей широкой доступности для персональных компьютеров и интуитивно понятному пользовательскому интерфейсу.
Clustal Omega Все современные версии Clustal базируются на Clustal Omega (ClustalΩ). Clustal Omega предоставила новую систему оценки нуклеотидных последовательностей: сначала программа выравнивает наиболее схожие последовательности, постепенно переходя к наименее схожим, тем самым создавая глобальное выравнивание. Для проведения глобального выравнивания в этой программе необходимо иметь минимум три последовательности, для парного выравнивания можно использовать или LALIGN.
Алгоритм Сначала ClustalΩ рассчитывает приблизительную матрицу расстояний одним из двух методов:
быстрый метод, который считает совпадение пар аминокислотных остатков или коротких нуклеотидных фрагментов (2-4 основания); классический алгоритм попарного выравнивания последовательностей с аффинными штрафами за пропуски.
Затем методом присоединения соседей строится направляющее дерево, на котором и будет построена глобальная сеть выравниваний. Дерево укореняется методом средней точки (mid-point).
Хотя другие программы для множественного выравнивания, основанные на методе согласованности (Probcons, T-Coffee, Probalign и MAFFT), превосходят по точности Clustal Omega, они используют больше оперативной памяти и медленнее чем Clustal.
Clustal 2 (ClustalW/ ClustalX) ClustalX — это версия ClustalW с графическим интерфейсом. В данном обновлении не было новых функций, однако были обновлены и улучшены старые версии, описанные выше.
ClustalX используется для следующих функций:
выполнить множественное выравнивание последовательностей; посмотреть на результаты выравнивания; внести правки, если это необходимо.
ClustalX, как и ClustalW, скомпилирована для загрузки на всех операционных системах: Linux, Mac OS X, Windows (как XP, так и Vista). Предыдущие версии по-прежнему доступны для загрузки на сайте.
Примечания
Ссылки Clustal Homepage (free Unix/Linux, Mac, and Windows download) Clustal Omega mirror at the EBI (free Unix/Linux, Mac, and Windows download)
Категория:Биоинформатика