Петроглифы в пещерном комплексе Лаас-Гааль датируются периодом от IX−VIII до III тысячелетия до нашей эры.
Начиная с середины 3-го тысячелетия до н. э. к берегам северного Сомали (названным египтянами «страной Пунт») совершали плавания египтяне, вывозившие оттуда золото, благовонные смолы, древесину. Пытаясь установить здесь своё господство, правители Египта воспитывали при своём дворе детей местной знати.
В III веке до н. э. на севере Сомали основали свои фактории греки и египтяне, подданные Птолемеев. Они занимались, кроме прочего, отловом и отправкой в Египет слонов.
В то время основное население Сомали составляли кочевники-скотоводы, но на побережье Аденского залива уже существовали портовые посёлки. В I—II веках н. э. население побережья северного Сомали через порты Авалит, Малао, Опона вело торговлю с Римской империей, Южной Аравией, Индией. Из Сомали вывозились благовонные смолы, пряности, слоновая кость, панцири черепах, рабы, а ввозились ремесленные изделия и продовольственные товары.
В период расцвета Аксумского царства (древняя Эфиопия, IV—VI века н. э.) под его власть подпадает северная часть Сомали, возникает важный порт Зейла (восточнее нынешнего Джибути).
С упадком влияния Аксума на севере Сомали возникает раннегосударственное образование Бербера и союз племён Хавия. В них входили полуосёдлые земледельцы-скотоводы, а также кочевники.
Средние века
В XII—XIII вв. на территории Сомали распространяется ислам, хотя и не полностью вытеснивший местные культы.
В XII—XVI веках на территории современного Сомали периодически возникали султанаты, которые быстро распадались. На северном побережье Сомали возник султанат Адаль. На юг от него располагалась Аджурская империя. В период Аджурского султаната прибрежные города Могадишо, Марка, Барауэ вели активную морскую торговлю.
В XIV—XV веках шли постоянные войны мусульманских султанатов Сомали против христианской Эфиопской империи. Первое упоминание этнонима «сомали» появляется в амхарской песне начала XV-го века, в честь победы эфиопского императора Йисхака.
В 1499 году у берегов Сомали появились португальские корабли, под командованием Васко да Гамы. Португальцы захватили сомалийские города — Могадишо в 1499 году, Барауэ в 1506 году, Зейлу в 1517 году. В итоге португальцы подчинили себе всё побережье Сомали.
Однако против португальцев выступили египетские мамлюки и турки, использовавшие поддержку местных сомалийцев. На стороне Португалии в борьбу вступила Эфиопия. В 1530-59 годах на территории Сомали шла кровопролитная и опустошительная война — между сомалийцами, мамлюками и турками против эфиопов и португальцев. В итоге победила Эфиопия, а сомалийские племена распались на мелкие союзы, воевавшие между собой.
В результате междоусобных войн население сомалийских городов резко уменьшилось. Некоторые города были вообще покинуты. Зейла в XVII веке перешла под власть Турции.
С середины XVII века прибрежные города на востоке Сомали стал подчинять себе султанат Оман. После переноса резиденции оманских султанов на Занзибар и последующего разделения султаната на африканскую и азиатскую части — восточное побережье Сомали отошло к Занзибару, а северное — к Турции. При этом во внутренних частях Сомали образовалось множество местных султанатов (Раханвейн, Миджуртини, Геледи, Тунни и др.), которые держали под своим контролем внутренние торговые пути и плодородные земли нагорий и речных долин, не признавая власти Турции и Занзибара.
XIX век В XIX веке в Сомали участились междоусобные войны между султанатами и племенами, сопровождавшиеся переселением больших групп жителей, в основном в южные районы.
В начале XIX века в Сомали стали распространяться разные учения мусульманских течений и сект, периодически объявлявших «джихад» соседям.
В 1819 году одна из сект основала теократическое государство Бардера, которое стало воевать против султанатов Геледи, Тунни и Барауэ. В середине XIX века Бардера была разгромлена соседями, но очаги джихада сохранились.
В середине XIX века Занзибар пытался усилить свой контроль над городами Сомали (в 1843 — захватил Могадишо, в 1862 — Мерку), однако эти попытки не увенчались особым успехом.
С 1869 года порты Сомали стал захватывать Египет. Однако к 1885 египтяне ушли из Сомали, не выдержав сопротивления местных правителей.
В 1884-88 годах Великобритания, Италия и Франция разделили между собой все побережье Сомали.
Южная часть Сомали (султанаты Миджуртини и Хобьо) приняли протекторат Италии. Также на южные районы Сомали претендовали немцы, но англичане этого не допустили. Северное побережье перешло под власть Британии, Джибути — к Франции. Некоторые сомалийские племена во внутренних районах страны признали власть Эфиопии.
XX век, начало XXI века
С 1899 года мусульманский проповедник Саид Мохаммед Абдилле Хасан длительное время вёл борьбу с итальянцами и англичанами под лозунгами джихада, изгнания иноземцев и водворения истинно исламского государства, создав своё «государство дервишей». Во время Первой мировой войны Хасан рассчитывал на помощь Турции и Германии. Одолеть Хасана удалось только в 1920 году; в независимой Сомали он считался национальным героем, его именем даже была названа военная академия страны.
В 1920-х годах итальянские колонизаторы стали развивать в Сомали систему плантационно-фермерского хозяйства европейского типа. Фашистское правительство Муссолини выделяло на это существенные финансовые субсидии, а также организовало строительство в Сомали дорог и ирригационных сооружений. Фашистские власти Италии также поощряли переселение итальянских крестьян в Сомали.
В тот же период британские колонизаторы занимались в своей части Сомали в основном строительством дорог, усовершенствованием портов и экспортом шкур (в основном коз).
В период Второй мировой войны Сомали было объединено сперва под итальянским флагом, потом под британским. Дальнейшая судьба колонии вызвала большие споры на международном уровне, и в итоге было решено предоставить ей независимость после длительного переходного периода. В 1950 году на территории бывшей итальянской колонии была образована Подопечная территория Сомали, а в 1960 году она была объединена с государством Сомалиленд в единую Сомалийскую республику.
Период независимости
Сомалийская республика
В 1960 году Сомали получила независимость, именно тогда формально объединились две бывшие колонии — Итальянское Сомали и Британское Сомали (Сомалиленд). Первым президентом стал Аден Абдула Осман Даар. В сентябре 1960 года СССР установил дипломатические отношения с Сомали. Спустя шесть месяцев в Сомали отправилась официальная государственная делегация. В 1961 году Советский Союз посетил премьер-министр Сомали Абдирашид Али Шермарк в составе небольшой делегации. Во время визита было подписано соглашение об экономическом и техническом сотрудничестве. Договор предусматривал оказание Советским Союзом помощи в развитии сельского хозяйства и пищевой промышленности; строительстве водохранилища, морского порта; проведении геолого-поисковых работ на олово и свинец; бурении скважин на воду.
В декабре 1961 года на севере Сомали группа офицеров попыталась поднять восстание против центрального правительства и восстановить независимость государства Сомалиленд. Однако, данное восстание было подавлено в считанные часы.
С 1963 по 1967 год Сомали поддерживало повстанческое движение сомалийцев в Кении.
Сомалийская Демократическая Республика
В 1969 году в результате военного переворота к власти пришёл генерал Мохаммед Сиад Барре, объявивший курс на строительство социализма с исламской спецификой. В 1970-77 годах Сомали получила значительную советскую военную и экономическую помощь, советский флот получил в своё распоряжение базу в Бербере. Численность работавших в стране советских специалистов к середине 1970-х годов оценивалась в несколько тысяч, и во время голода, после жесточайшей засухи 1974 года, удалось избежать ещё больших жертв только благодаря действиям советских лётчиков, осуществлявших транспортировку части кочевого населения из пострадавших районов.
После обретения независимости Сомали предъявила территориальные претензии к соседним странам и территориям — Кении, Эфиопии и Джибути (тогда Территории Афаров и Исса), и поощряла ирредентистские устремления местных общин сомалийцев. Сиад Барре в 1977 году неожиданно напал на второго советского союзника в регионе Африканского Рога — Эфиопию, решив воспользоваться затруднениями соседа, проводя политику создания Великого Сомали и имея цель отторгнуть область Огаден, захваченную Эфиопией в начале XX века и населяемую сомалийскими племенами. Поскольку в обеих странах к тому времени водворились правительства просоветской ориентации, СССР вынужден был выбирать сторону конфликта, и эфиопское руководство показалось более надежным. В результате войны эфиопская армия, используя массированные поставки советского оружия и кубинских добровольцев, разгромила агрессора. В 1978 году в Сомали имела место попытка переворота силами про-советски настроенных армейских офицеров, в ней принимал участие и Абдуллахи Юсуф Ахмед, с 2004 до 2008 года формальный глава государства.
Период после Огаденской войны ознаменован общим кризисом в экономической и политической сферах. В 1980-е годы на севере страны началась повстанческая война, а в результате продолжающегося кризиса в 1991 году президент Мохаммед Сиад Барре был свергнут, и страна погрузилась в полный хаос. В один только Йемен бежало не менее 60 тыс. чел.
Период хаоса
Сомали как государство фактически прекратило своё существование, утратив все атрибуты единой государственности и распавшись на множество лоскутков, контролируемых враждующими между собой полевыми командирами. Северная часть страны провозгласила свою независимость как Республика Сомалиленд, и оставалась сравнительно стабильной. .
В 1991—1992 годах вследствие развала всех социальных структур в Сомали разразился сильнейший голод, унёсший жизни 300 тыс. человек. В декабре 1992 года в рамках операции «Возрождение надежды» в страну были введены миротворческие силы ООН, призванные защитить работников организаций, распределявших гуманитарную помощь, от действий местных полевых командиров. Операция была успешной, однако силы ООН позволили вовлечь себя во внутрисомалийский конфликт и начали подвергаться нападениям боевиков одного из претендентов на пост президента страны полевого командира Мохаммеда Айдида. После нескольких стычек между миротворцами и боевиками и в условиях эскалации конфликта 3 октября 1993 года в бою погибли погибли 18 американских солдат и были сбиты два вертолёта (См. Сражение в Могадишо). В США эти события были восприняты общественностью как признак втягивания Америки в сомалийскую гражданскую войну, из-за чего президенту Клинтону пришлось вывести американские войска из Сомали. В марте 1995 года страну покинули и подразделения ООН из других стран. После гибели Айдида в 1996 году роль лидера перешла к его сыну Хусейну Фараху Айдиду, однако его фракция уже никогда не играла большого значения в жизни страны.
Конфликт перешёл в латентную стадию, боевые столкновения случались только по экономическим причинам, таким как раздел доходов от рынка оружия или контроль за вывозом ресурсов. Сомали превратилось в базу пиратов Индийского океана. Захват судов и заложников стал частым явлением.
В 2000 году была предпринята попытка объединения страны, когда представители полевых командиров, собравшись в городе Арта в Джибути, избрали президентом выпускника советского вуза Абдул-Кассима Салат Хассана. Однако ему отказались подчиниться полевые командиры, пользующиеся поддержкой Эфиопии. В 2004 году Эфиопия пролоббировала создание альтернативного временного правительства, которое возглавил Абдуллахи Юсуф Ахмед.