Cupa UEFA 1998-1999 a fost câștigată de Parma în finala cu Marseille. A fost a doua Cupă UEFA câștigată de Parma după cea din sezonul 1994-1995.
A fost ultima ediție care a folosit acest format competițional. Cupa Cupelor UEFA a fost desființată, iar echipele care au câștigat cupeke în țările lor aveau să joace în Cupa UEFA, ceea ce a dus la adăugarea unei noi runde de calificări.
Prima rundă de calificare
A doua rundă de calificare
Prima runda
A doua runda
Optimi
Sferturi de finala
Semifinale
Finala
Categorie:Sezoanele Cupei UEFA Categorie:1998 în fotbal Categorie:1999 în fotbal