thumb|250px|Carte over Christiania Havn etter utbedring i 1736. I fjorden ligger HVØEN (Huøen). Skrivemåten bekrefter at Huøya var det lokale navnet på øya som i nyere tid blir uttalt etter dansk-norsk skriftspråk. Kartverket thumb|Ruinene av cistercienserklosteret på Hovedøya, Oslo
Hovedøya er ei øy i Oslofjorden. Arealet er 469 mål. Øya ble kjøpt av Oslo kommune i 1952 for 4 millioner kroner og forvaltes av Bymiljøetaten. Store deler av øya er fredet etter kulturminneloven. Øya er et populært utfartsted sommerstid og har en rik kulturhistorie. Det går båt fra Rådhusbrygge 4 til øya. Avstanden fra Vippetangen er i underkant av 500 m, så det er fullt mulig for en habil svømmer å komme seg ut til øya ved egen hjelp.
Navnet kommer av norrønt «hǫfuð», som betyr «hode», og sikter til den 47 meter høye Hovedøykollen på den østre tangen av Hovedøya, hvor det i middelalderen stod et militært vakttårn som voktet innseilingen til Oslo.Oluf Rygh: Norske Gaardnavne, Bind 2, s.121. Kristiania : Fabritius, 1898 Uttalen «hovedøya» skyldes påvirkning fra skriftspråket. På eldre kart er navnet skrevet «Huøen», og det bekrefter at den folkelige uttalen tidligere var «huøya», av dialektformen [hu:`ə] for hode.Gustav Indrebø: Stadnamn fraa Oslofjorden. Oslo 1929, s. 19-20. I dansk-norsk ble øyen kalt «Hovedøen» og det navnet var i vanlig bruk blant mange, særlig eldre og konservative, også etter 1950, blant annet i visen «Det hender så mangt på Hovedøen» gjort kjent av revyartisten Kari Diesen.
Natur og verneområder Hovedøya har en uvanlig rik geologi og flora, samt et svært variert kulturlandskap. Det er flere plantearter på Hovedøya enn på noe annet område av samme størrelse, og artsrikdommen er på nivå med øyene i Drøbaksundet. Et varmere klima enn i områdene rundt skaper de samme høytempererte vekstforholdene her som på Langøyene og Tofteholmene, som såvidt overgår Hovedøya i total artsrikdom. Det er mye rikt kalkberg fra ordovicium, med innslag av diabas-ganger av intrusive magmamasser som bryter gjennom ordovicium- og silurlagene som smale, brun-mørke bånd. Både kalksteinen og den hardere diabasen har vært brukt som bygningsstein i klosteret og senere i kanonstillingene på øya. Det er rikholdige fossiler fra ordovicium, og lagene er snudd slik at de yngre silurlagene ligger under de eldre fra ordovicium.
Kalkberget gir grunnlag for rike kalkenger, med plantearter som bakkekløver, bergmynte, knoppmjødurt og dragehode. Her vokser også den sjeldne oslosildre, oppstått som en krysning av to sildrearter i dette området etter siste istid. Forekomsten av viltvoksende bakkekløver er den eneste i Norge.<ref>[https://www.nhm.uio.no/utstillinger/botanisk-hage/avdelinger/osloryggen/planter/bakkeklover/ «Bakkekløver», nhm.uio.no]</ref> Det har vært foreslått at enkelte av artene ble innført av munkene på Hovedøya i middelalderen, men bare legevendelrot er en mulig slik innført nytteplante. Ved kommandantboligen i øst er det plantet ut syrin og andre delvis koloniserende arter. Arten russesvalerot er plantet, og denne tidligere rødlistede planten er nå så dominerende at den er satt på svarteliste og skal bekjempes på Hovedøya.
Under Napoleonskrigene var øya et viktig forsvarsverk, og tømmer ble hogd ned for å gi virke til festningsanlegg og marineskip. Utover 1800-tallet var øya snauhogd og bare bevokst med busker, men Henrik Wergeland tok initiativ til å plante popler, hvorav ett tre fortsatt står.
Størstedelen av Hovedøya er områdefredet, men inndelt i fire fredningssoner med forskjellig fredningsstatus. Hovedøya landskapsvernområde (385 dekar) ble fredet den 19. mai 2006 og omfatter historisk natur- og kulturlandskap og geologi. Hovedøya landskapsvernområde med plantelivsfredning (107 da) ble fredet den 19. mai 2006 og omfatter natur- og kulturlandskap med sjeldne plantearter. Østre Hovedøya naturreservat (158 da) ble fredet den 19. mai 2006 og omfatter artsrik vegetasjon på kalkrik berggrunn og geologi. Vestre Hovedøya naturreservat (56 da) ble fredet den 19. mai 2006 og omfatter artsrik vegetasjon på kalkrik berggrunn og geologi.
Hovedøya kloster mini|Modell av klosterbygningene.
På øya ligger også ruinene av et cistercienserkloster. Hovedøya kloster ble grunnlagt i 1147 av abbed Philippus fra Kirkstead i Lincolnshire, etter en anmodning fra oslobispen Viljam. Da Philippus og munkene kom til øya, var det allerede en kirke her, antakelig en kirke for engelske handelsmenn viet til Edmund martyren. Kirken skal ha vært toskipet, hvilket vi bare har ett annet eksempel på i Norge, nemlig Clemenskirken i Gamlebyen i Oslo. Det var utvilsomt benediktinere som først brukte kirken, trolig engelske. Den var handelskirke, og det ble lagret korn på loftet. Byggmesteren kan ha vært sørtysk, da stilen peker mot det store benediktinerklosteret Reichenau med omegn. Kanskje kom også noen prester derfra. Sigurd Jorsalfare som nok betalte bygget, brukte tysktalende prester.
Munkeordenen, som først besto av ca. 12 munker og andre lekbrødre, ble etter hvert svært velstående. De eide på det meste 443 eiendommer i Aker, blant andre storgårdene Bygdøy, Bogstad, Frogner og Ullern. Munkene drev aktiv utvikling og eksperimentering med jordbruksmetoder rundt på disse gårdene. Gamle historier skal ha det til at det finnes en undersjøisk, hemmelig tunnel fra Hovedøya og inn til ruinene i Gamlebyen, men denne er aldri funnet.
Man har funnet glassmalerifragmenter her som stammer fra 1200-1300-tallet. Blant annet en samling fragmenter av rosetter og stilisert bladverk med klare fellestrekk til glassmaleriene i Lincolnkatedralen. Etter reformasjonen ble klosterets gods og eiendommer underlagt kronen, og høvedsmann Mogens Gyldenstjerne tømte klosteret i januar 1532. Klosterets drift opphørte samme år, og bygningene ble etter brannen i april redusert til et steinbrudd for den videre utbygging av Akershus festning og senere Slottet.
Også berggrunnen andre steder på øya har gitt stein til Akershus festning. Det var tolv steinbrudd på øya, det eldste trolig fra 1200-tallet. Fabian Stang: «Hovedøya», geofunn.no</ref>
Abbed Hans Andersen ble satt fri etter Christian 2.s avreise i juli 1532, og de gjenværende munkene sluttet seg til ham etter han ble predikant i Hallvardskirken. Hovedøya ble lagt under slottets ladegård på Bygdøy ved reformasjonen, så munkene kan uavbrutt ha benyttet sin gamle avlsgård. Akershus overtok jo øya alt i 1532. Etter reformasjonen kan munkene ha flyktet. Ledet av Ulf skal noen ha slått seg ned på Skoklefaldstrand på Nesodden. De var kjent i området, for flere gårder hadde ligget under klosteret. På Oksval hadde de sommerbeite, og oksene ble slaktet der. «Val» kan bety «valplass».
Ladegårdsøen ble brukt som jaktrevir. I 1589 fikk kong Christian IV satt ut harer og arrangerte jaktkonkurranse på Hovedøya med Jacob VI av Skottland.Oslo byleksikon, «Hovedøya», s. 264
Militær betydning Kong Sverre skal ifølge sagaen ha vært til messe på Hovedøya før angrepet på baglerne i Oslo 24. juli 1197, og det sto et større slag i bukten mellom øya og byen.
Under det første norgesfelttoget under den store nordiske krig ga øya sammen med Bleikøya og Nakholmen dekning for artilleriet på Akershus festning, som hindret svenske styrker som forsøkte å rykke fram på isen over til Bygdøy.
Skipsverft I Båtforeningsbukten finner man rester etter skipsverft fra 1640-årene, anlagt av den skotske skipsbyggeren James Robbins som hadde vært i tjeneste hos Christian IV siden 1642, og siden arbeidet ved Bremerholm i København til sin død i 1680.M. Bellamy, Martin: Danish Naval Administration and Shipbuilding in the Reign of Christian IV, University of Glasgow 1997, s. 372-74 Flere av de største skipene i den daværende dansk-norske flåte ble bygget her. Ialt skal 12 store orlogsfartøyer ha blitt bygget her gjennom 1600-tallet.«Skipsverft» på hovedoya.no
Det første skipet som ble bygget på Hovedøya, var krigsskipet «Hannibal» i 1647, ustyrt med 60 kanoner. I 1651 ble «Sophia Amalia» sjøsatt, den gang verdens største orlogsfartøy.<ref>[https://www.seilskuteklubben.no/index.php?option=com_content&view=article&id=361:Skipsbygging Modeller av skipene «Hannibal» og «Sophia Amalia», seilskuteklubben.no]
Verftet lå på gressletta mellom høydedragene hvor det senere kom militærleir, og slippen lå i Båtforeningsbukten. I tillegg var det lagerbygninger, verksteder og boliger i tilknytning til verftet.
Befestninger fra 1808 miniatyr|Lavetthuset på Hovedøya thumb|right|Gamle forsvarsverker på Hovedøya, Oslo Øya har vært et viktig ledd i forsvaret av Christiania. Under Napoleonskrigene mellom 1807 og 1814 ble det anlagt et fremskutt forsvar med to kanonstillinger fra 1808 for å dekke innseilingen til byen. Videre er det fem krutthus på øya (fra 1826–27), den såkalte Kommandantboligen (fra 1850), opprinnelig et militært laboratorium, ombygget på slutten av 1800-tallet til bolig; og et stort lagerhus, Lavetthuset fra 1847, som er Norges største hus av utmurt bindingsverk. Her ble det blant annet lagret lavetter (understell til kanoner), men også annet militært utstyr som våpenvogner, telt etc. Krutthusene ble bygget avsides ytterst på øya fordi man ikke ønsket å lagre så mye krutt tett innpå byen, med den eksplosjons- og brannfaren dette ville innebære.
Hovedøya ble nedlagt som eget forsvarsanlegg omkring 1850, men fra 1914 og framover ble øya benyttet som treningsområde (6 ukers rekruttskole) for Hans Majestet Kongens Garde. Ingen av brakkene som da ble satt opp, er bevart. I 1939 skriver Hjalmar T. Larsen: «I lange tider har land-gang for ikke militære vært forbudt, men nu er det adgang for en avgift av 15 øre. I mange år har Oslo kommune forsøkt å komme til enighet om kjøp av øya til friluftsområde for byen, uten at det har ført til noe resultat.»
Kommandantboligen thumb|right|Kommandantboligen (2010)
Kommandantboligen er det nest største huset på Hovedøya. Boligen ble bygd i 1850-51 som et laboratorium for forsvaret, og det ble brukt til eksperimenter og utvikling av sprengstoff, krutt og patroner. Bygningen bærer preg av senklassisismen og er påvirket av sen-empirestilen, med rene former og lite utsmykning.
I 1895 ble huset omgjort til sommerbolig for felttøymesteren og oberst Ole Herman Krag (1837–1916) og hans familie. Til kommandantboligen hørte en egen brygge, og derfra en egen adkomst. Det ble anlagt en stor og vakker hage til boligen. Fortsatt står noen gamle frukttrær og syriner i området. Huset fikk tilbygg i Krag-familiens tid, utformet i tidsriktig sveitserstil på slutten av 1800-tallet.
Under andre verdenskrig ble kommandantboligen tatt i bruk av tyskerne. Boligmangelen i Oslo etter krigen gjorde at huset ble bygget om til en rekke leiligheter for familier som manglet bolig.
Frigruppen Arjuna dukketeater har holdt til i Kommandantboligen siden 1970-tallet. Der har dukketeateret spilt myter og eventyr for barn og voksne på frivillig basis frem til sommeren 2013.
Karantenestasjon I 1872 ble det anlagt en karantenestasjon for ankommende skip på øya. Smitte fra skip utgjorde en stor trussel mot hovedstaden, og siden Hovedøya var avstengt for allmenn ferdsel, ble det anlagt et karantenelasarett ved Sandtangen på den sørøstlige odden på øya, med navnet Hovedøen LazarethOslo byleksikon, «Lasarettet», s. 329 og sengeplass til 13 personer, fordelt på fire bygninger.
Karantenestasjonen ble nedlagt i 1931. og denne funksjonen flyttet til Ullevål sykehus. Stasjonen ble deretter brukt av Havnepolitiet i Oslo, før de flyttet til skur 30 på Akershuskaia. I dag står bare rester av grunnmurene på stedet.
Andre verdenskrig og 1950-tallet Tyske forlegninger