Dette er en liste over øyer i Indonesia. I henhold til Det koordinerende ministeriet for maritime affærer består Indonesia av fem store øyer og 17 503 mindre øyer. Av disse er omkring 6 000 bebodde. 16 056 øyer har navn som var godkjent av FNs ekspertgruppe for geografiske navn per juli 2017.Dari 17.504 Pulau di Indonesia, 16.056 telah diverifikasi PBB - Eko Prasetya - Merdeka - 19. august 2017.
Øyene danner en kjede mellom Asia og Australia. Indonesia er det landet i verden med størst antall øyer, og denne listen inneholder derfor kun de største og viktigste av dem.
Hovedøyene De store Sundaøyer Java Borneo – delt mellom Indonesia (Kalimantan), Brunei, og Malaysia (Sabah og Sarawak) Sulawesi (tidligere Celebes) Sumatra Ny-Guinea – delt mellom Indonesia (Papua Barat og Papua) og den selvstendige nasjonen Papua Ny-Guinea
Øvrige øyer Øyer ved Java Provinsen Banten Deli Panaitan Sangiang Seribu-øyene Tinjil Tunda
DKI Jakarta (hovedstadsområdet) Kepulauan Seribu
Provinsen Jawa Barat Rakit eller Menjawak
Provinsen Jawa Tengah Karimunjawa-øyene Genting Karimunjawa Kemujan Nyamuk Parang
Provinsen Jawa Timur Bawean Genteng Iyang
Kangean-øyene Bankan Kangean Pagerungan-øyene Pagerungan Besar (Store Pagerungan) Pagerungan Kecil (Lille Pagerungan) Paliat Pindanah Sabunten (Sabunting) Saebus Sakala Sapankur Sapeken Saseel Saubi Saular Saur Sepanjang Seranangan Sidulang Besar (Store Sidulang) Sidulang Kecil (Lille Sidulang) Talenki
Madura
Masalembu-øyene Kambing (Masalembu) Karamian (Keramian) Masalembu Besar (Masalembu) Masalembu Kecil (Masakambing)
Nusa Barung Puteran Raja
Sapudi-øyene Bulumanuk Guwa Guwa (Goagoa, Gua-Gua) Kemudi (Kamudi) Pajangan Raas Sapudi Sarok Talango Aeng Talango Tengah Klosot (Talango Timur) Tonduk (Tundu)
Sempu
Øyer ved Sumatra Provinsen Aceh Banyak-øyene Bangkaru Lamun Orongan Palambak Simok Tuangku Ujungbatu
Babi Lasia Simeulue Batu Belahir Lekon Simeulucut Siumat Tapah Weh Breueh Keureuse Peunasu
Provinsen Jambi Tengah
Provinsen Kepulauan Riau (provinsen Riau-øyene) Assan Belat (Bela) Buru Buton Gin Kelong Lobam Lumba Mapur Mantang Numbing Pangkil Papan Parit Pemping
Riau-øyene Batam Bintan Bulan Citlim Combol Durian Besah Galang Kapalajernih Karimun Kundur Rempang Sugi Sugibawah
Telan
Tudjuh-arkipelet Anambasøyene Airabu Impul Jemaja Mangkai Matak Mubur Siantan eller Tarempa Telaga Badas-øyene Anakawur Batu Kangen Kepahiang Kuning Mengegah Pejamu Penau Pinangseratus Pinangseribu Segung Tanjaru Tebon Tokong Buton Natuna-øyene (også kalt Bunguran-øyene) Bodas- eller Duperre-øyene Laut Midai Natuna Besar eller Bunguran Panjang Salor Seluan Serasan Subi Tambelan-øyene Batong Bedua Benua Betunde Bungin Genteng Ibul Jela Kapala Tambelan Kera Leso Lintang Lipi Mengirang Besar (Mengiran) Mengirang Kecil Mundaga Nanka Nibung Panjang Pilang Besar Pilang Kecil Sedua Besar Sedua Kecil Selintang Sendulang Besar Sendulang Kecil Tamban Tambelan Besar Tembelan Tokong Mengirang Untuk Uwi
Provinsen Riau Alang Basu Bengkalis Beting Ketam Kijang Mendol Menggung Merbau Muda Padang Pisang Rupat Rangsang Rantau (Tebingtinggi) Serapung Topang
Provinsen Sumatera Barat Mentawaiøyene Karangmajat Masokut Pagai Utara Sanding Siberut Sibigau Siburu Sipora Siruamata Pagai Selatan Taitaitanopo
Cubadak
Provinsen Sumatera Utara Batu-øyene Batumakele Biang Bojo Masa Pini Pono Simuk Sipika Tanahbala Tanahmasa Telo
Hinako-øyene Asu Bawa Bugi Hamutala Heruanga Hinako Hutu Langu Imana
Wunga Musala Samosir i Tobasjøen Sembilan Nias
Lingga-øyene Bakung Buaya Cempah Kentar Lingga Mesanak Sepangka Singkep
Provinsen Bangka-Belitung Bangka Burung Gaspar Kelapan Lepar Liat Belitung Mendunau Lima-øyene Naduk Selui
Provinsen Bengkulu Enggano Mega
Provinsen Lampung Tabuan
Krakatau-øyene Sertung Rakata Rakata Kecil Anak Krakatau
Legundi Sebesi Seburu
Kalimantan (Borneo) Provinsen Kalimantan Barat Karimata-øyene Karimata Serutu
Bawal Gelam Kabung Lemukutan Temaju
Provinsen Kalimantan Selatan Laut Sebuku
Laut-Kecil-øyene eller Laurot-øyene Kadapongan Kalambau Matasiri
Miang
Provinsen Kalimantan Timur Balabalagan- eller Paternoster-øyene Bangkudulis Baru Ibus Kakaban Lalawan Mapat Maratua Mening Payau Pekin Tanjungbuayabuaya Tibi
Provinsen Kalimantan Utara Aus Bukat Bunyu eller Tanahmerah Nunukan Timur Mandul Sebatik — delt mellom Indonesia (Kalimantan) og Malaysia (Sabah) Tarakan
Øyer ved Sulawesi Provinsen Sulawesi Utara Karakaralong eller Kawio-øyene Miangas Nanusa eller Nenusa-øyene
Sangihe-øyene eller Sangir-øyene Sangihe Besar Toade-øyene Bukide Manipa Beng Darat Batuhnderang Nenung-øyene Kahakitang Kalama Para Biaro Gunatin Makalehi Pahepa Pasige Ruang Siau Tahulandang
Talisei Bangka Bentenan Bunaken Gangga Kumekee Lembah Manado Tua Manterawu Neneg-Ketjil Tamperong
Talaud-øyene Kaburuang Karakelong Salibabu
Provinsen Gorontalo Payunga Limba Puntu Daa
Provinsen Sulawesi Tengah Kabetan Maputi Simatang
Togianøyene Batudaka Bukabuka Kadidi Malenge Poat eller Puah Talatakoh Taoleh Togian Una Una Waleabahi Waleakodi
Banggai-øyene Banggai Bangkalan-øyene Bangkulu Bowokan- eller Bawoka-arkipelet Labobo eller Melilis Masoni Peleng Potil Timpaus Boleh Salue Besar Salue Kecil
Provinsen Sulawesi Selatan Bankobankoang Butongbutongan Doangdoangan Besar Doangdoangan Kecil Kalukalukuang Karang Marasende Macan-Arkipelet eller Takabonerate-øyene
Masalima-øyene Pamantawang Pamolikang Sabaru Saliriang (Masalima)
Marasende
Pabbiring eller Sangkarang-øyene Sabalana-øyene Balaloho (Balalohong) Balobaloang Besar Balobaloang Kecil Banawaya Gusung Bira Gusung Lilikang Jailamu (Djailamu) Laiya (Laija) Longko Makarangana (Makarangang) Manukang Matalaang (Matalang) Meong Lilikang Pamolikang Pattayangang Pelokang Sabalana Sabaru Sadulangang Sanana Besar Sanana Kecil Santigiang Sarege Sumanga Suruabu (Soroabu)
Salajar-øyene Bahuluang Batu Bimba Bonerate Buajangka Gusung Tallang Jampea (Jampeja) Kajuwadi Kalao Kalaotoa Kauna Lalao eller Lambego Pasi Tallu Pasi Tallu Laut Pasi Tallu Raja Salajar Tanamalala
Tanakeke
Tengah-øyene Kapoposangbali Sailus-øyene Satengar
Tobotobo
Provinsen Sulawesi Tenggara Bahubulu Binongko
Bangko Batuata Buton (Butung) Kabaena Kadatuang Labengke Manui Muna Padea
Salabangka-øyene Bapa Bungintende Jawijawi Kaleroang Karantu Lemo Padabale Padopado Paku
Sainoa-øyene Mitende Olohatu Tukoh Ambau Tukoh Bobagei Tukoh Co Tukoh Kallo Tukoh Keebuaya Tukoh Manyulodiana Tukoh Matingga Tukoh Mbosembah Tukoh Palupasang Tukoh Parindang Tukoh Torohluko Tadinang Tukoh Belle Tukoh Bubulang Tukoh Mboanggo Tukoh Ngeang Tukoh Ngeatang Tukoh Pancoh Tukoh Piteang
Umbele-øyene Anak Rajagunung Buagala Buaya Kuso Pakuburan Pakuburan Panimbawang Panimbawang Rajagunung Saubane Tokoh Bonte Umbele Umbele Gunung Umbele Mandidi
Siumpu
Tiworo-øyene Balu Bangkomalampe Belanbelan Besar Belanbelan Kecil Bero Indo Katela Kayuangi Kayuangi Tengah Kayuangi Utara Latoa Lweame Besar Maloang Maloang Kecil Mandike Masalokaan Nangku Pasipi Ransaweta Sanggaleang Santigi Simuang Tasipi Tiga Masaringan (Masaringa, Wasaringan)
Tukang Besi- eller Wakatohi-øyene Kaledupa Kambode oder Kapota Lintea Tomea Wangiwangi
Wowoni
De små Sundaøyer Provinsen Bali Bali Nusa Ceningan Nusa Lembongan Nusa Penida
Provinsen Nusa Tenggara Barat Banta Belang Gede
Giliøyene Gili Air Gili Meno Gili Trawangan
Lawang Liang Lombok Medang Moyo Ngali Panjang Raki Saringi Sulat
Sumbawa Gili Banta Kelapa Matagateh Nisa Sihai Sangeang Sentodo
Provinsen Nusa Tenggara Timur Alor-arkipelet Alor Batang Buaya eller Kisu Kambing Kangge eller Marisa Kapas Kepa Kura Lapang Nuba Pantar Pura Rusa Sika eller Nuhabeng Tereweng Ternate Tikus
Flores og tilliggende øyer Babi Badjo Batu Tara Besar Boasalah Dambilah Ende Flores Gili Motang Gosong Boni Kalapa Kojadoi Konga Mangiatan Muang Nuha Beleng Nuha Kowa Nuha Witi Nusa Longos Nusa Mules Nusa Rohbong Nuso Kode Padar Padar-ketili Palu (også Paloe eller Palue) Pangabatang Papagaran-kefjil Parmahan Pasir Larajan Pemana Besar Pengah Besar Perumaan Pomana Ketjil Pungu Besar Rinca eller Rintja Sababi Sarai Sebolon-besar Seraja Besar Siaba Besar Sukun Tatawa Wolo Poan
Komodo og tilliggende øyer Gili Lawadarat Gili Lawalaut Kelor Komodo Langkoi Lengah Tala
Sawu-øyene Ndana eller Dana Raijua Sawu
Solor-arkipelet Adonara Lembata eller Lomblen Solor
Sumba og tilliggende øyer Halura Koatak Mangkudu Sumba
Timor-arkipelet Timor og tilliggende øyer Fatu Sinai Kera Tikus Timor — delt mellom det indonesiske Vest-Timor og den selvstendige nasjonen Øst-Timor
Roti og tilliggende øyer Batu Bibi Batuhun Boti Doo Helihana Huana Lai Landu Liu Manuk Ndao Ndoa Nusa Bibi Nusa Kodi Nusa Manupui Nusa Nak Nuse Pamana eller Dana Roti Usu Semau og tilliggende øyer Kambang Semau Tabui
Molukkene Provinsen Maluku Ambelau Ambon
Bandaøyene Ai Banda Api Banda Besar Banda Neira Hatta Run
Buru Gunungapi Haruku Kelang Manipa Nusa Laut Paran Saparua
Seram Boano Pua Besar
Seram Laut-gruppen, øst for Seram Geser Grogus Neding Nukus Seram Iri Seram Laut
Gorom-øyene Gorom Manawoka Panjang
Watubela-øyene Baam Ingar Kasiui Kurkap Teor Uran Watubela
Kei-øyene eller Kai-øyene Østlige gruppe Adranan Amut Ana Aran Kot Aran Laai Baeer Beor Daar Dranan Dufin Duroa eller Dullah Laut Er Fair Far Haeh Hoa Kalvik Karod Kei Besar Kei Dullah Kei Kecil Kran Krus Labulin Lea Liek Maas eller Ohoimas Manir Masular Moanumayanat Nai Nasu Lar Ngaf Ngodan Nota Nuhu Taa Nuhutuwak Nuhuyanan Nuhuyanko Nura Ohoiwa Rumadan eller Rumadan Warohoi Rumadan Laer eller Rumadan Warwahan Sua Tangwain Tanimbar Kei Taroa Ubur Ur Ut Utir Vatilmas Verkuku Waha Warbal Watlus Watlora Watokmas Wear Hu
Tayando-øyene Furalnur Heniar Nuniai Nusreen Nuwait Ree Reeyanat Tam Tayando Walir Wat
Vestlige gruppe Bui Fadol Kaimear Kur Mangur Tengah Wonin
Aruøyene Barakan Baun Enu Jedan-Inseln Koba Kobroor Kola Maikoor Mariri-øyene Penambulai Tanahbesar eller Wokam Trangan Ujir Wamar Wasir Workai
Tanimbar-øyene Adanar Anggarmasa Asutubun Batbual Fordate Keswu Laibobar Larat Lima-øyene Makasar Matkus Maru Mitah Molu Namoon Nitu Nustabun Nuswotar eller Wotar' Nuyanat Riama Selaru Selu Sera Tandula Watuwawan Wayangan Wuliaru Yamdena
Babar-øyene Babar Dai Daweloor Dawera Masela Wetan
Sermata-øyene Amortuan Kalapa Kepuri Lailawan Liakra Luang Matumara Meaterialam Meatij Miarang Metutun Sermata Tiara
Leti-øyene Lakor Leti Moa
Kisar Barat-Daya-øyene Djuha Kital Laut Limtutu Liran Maopora Mitan Njata Reong Romang Tellang Wetar
Damar-øyene Damar Nus Leur Terbang Selatan Terbang Utara Teun Kekeh-Besar Kekeh-Ketjil Nil Disperandum Nika Nila Serua
Lucipara-øyene Penyu-øyene
Provinsen Maluku Utara Bacan-øyene Bacan Kasiruta Mandioli Muari Obit Latalata
Damar Gebe Gei
Goraici-øyene Dorolamo Gafi Gunange Laigoma Lelei Siko
Halmahera Inggelang Kayoa Kokara Besar Kokara Kecil Kolorai Laluin Luwo Makian Maitara Mare Mayu Miti Moeilijk Morotai Moti
Nordlige Loloda-øyer (Kepulauan Loloda Utara) Dagasuli Deherete Doi Salangadeke Sedeng Tuakara eller Tua Kara