Bergens historie deles inn i den gamle og den nye historien. Den gamle historien går nesten så langt tilbake som de første bosetningene av mennesker i Norge, mens den nyere historien går fra tusentallet da grunnlaget for byen Bergen ble grunnlagt til i dag.
I siste istid I den siste istiden var Bergenshalvøyen dekket av is i 100 000 år. Før denne glasiale perioden hadde det i 10-15 000 år vært en mellomistid. Det var antatt at den siste istiden hadde fjernet alle avsetninger fra dette tidligere tidsrommet. Men på begynnelsen av 1970-årene ble det oppdaget et felt langs Straumevegen ved Langegården på Fjøsanger, 10 moh., der det var mulig å studere tidsalder etter tidsalder i et snitt gjennom løsmassene fra mellomistiden. Havoverflaten den gang var 56 meter høyere enn i dag; det var sjøforbindelse mellom Puddefjorden og Nordåsvannet. Pollenanalyser viser at tregrensen var 300 meter høyere enn i dag, og det var stor mengder av planter som var mer varmekjære enn de som vokser i vår tid. For 10 000 år siden var den siste istiden over. Bergenshalvøyen var isfri, unntatt noen mindre breer på Gullfjellet. På Vidden er det spor etter isens skuringer vest- og sørvestover. I Arnadalen går skuringsstripene i nordlig retning, fordi kalvingen fra Ulriken og Gullfjellet graviterte mot Arnavågen.
Første bosetning I Årstad bydel er fundamentet til en av Norges eldste kongsgårder funnet like ved siden av Statsarkivet i Bergen, ved foten av fjellet Ulriken. Nedenfor, ved Store Lungegårdsvann, ligger en gravhaug fra 400-tallet bevart midt i et borettslag. Byen Bergen ble imidlertid først grunnlagt i 1070 av kong Olav Kyrre.
Vikingtid og maktsenter Alrekstaðir
thumb|Minneplaten ved inngangen til Alrekstad skole. thumb|Nonneseter kapell ble reddet av Fortidsminneforeningen 1891. (Foto: Nina Aldin Thune)
Absalon Pedersson Beyer forteller i sin bok Om Norgis Rige (1567) at stedet ved Vågen hvor byen først vokste frem, het Fagervik eller Hasselvik. Han refererer et sagn fra 900-tallet: «Og den tid Håkon Adalsteinsfostre hadde sitt kongelige sete stundom på Alrekstad, det man nå kaller Aarestad, og feet gikk her nede i byen som nå gårder og kålhager står, da ble det sagt for kongen, at her hørtes i jorden lyd av mennesker, likevis som mange skulle snakke sammen. Da kongen det hørte, ble han underlig derved og mente at det skulle bety noe ondt. Da svarte en gammel mann, nådigste herre, frykt intet, for det betyr intet ondt, men bemerker at til sin tid skal det bygges en fin stad, i hvilken skal brukes stor handel og vandel, som enn skjer på denne dag. Men etter kong Adelstens død da var Bergen først bygd av kong Olav Kyrre, aar efter Christi byrd 1090.» Her tidfester Absalon Bergens grunnleggelse til 1090, mens vi i dag holder 1070 for mer sannsynlig.Gustav Brosing: Bergen – en by i vekst (s.13-14), utgitt av A/S Paal Kahrs, Garnæs trykkeri, Bergen 1964
I norrøn tid var Alrekstaðir navnet på området som nå heter Årstad. Alrekstad var en av de kongsgårdene langs den sørvestnorske kysten der Harald Hårfagre og hans etterfølgere tok opphold på 900-tallet, før det vokste frem byer i Norge. Etter slaget ved Fitjar på Stord omkring år 960 var kong Håkon den gode på vei til Alrekstad da han døde av banesår i Håkonshella.
Ifølge Snorre Sturlasons saga om Håkon den gode, etter slaget ved Fitjar:
Kong Håkon gikk ut på langskipet sitt og lot binde om det såret han hadde fått, men blodet rant slik av det at de ikke kunne få det stanset, og da det lei på dagen, ble kongen svakere; han sa da at han ville seie nordover til gården sin på Ålrekstad... Og etter litt døde kong Håkon der på hella, samme sted som han var født.
Som kongssete var Alrekstad et viktig utgangspunkt for byutviklingen i Bergen. Årstadgeilen som går fra studenthjemmet Alrek bratt ned til Store Lungegårdsvann, er Bergens eldste gateløp. Navnet på Store Lungegårdsvann kommer av Lungegården, eiendommen til Vincens Lunge. I middelalderen het vannet Alrekstadvågen, etter kongsgården Ålrekstad.
I 26 år styrte Olav Kyrre landet fra Alrekstad. Kongsgården var landets hovedstad. Olav Kyrre styrte med visdom og fredsvilje i en tid med fremgang for landet. En tur til området der den gamle kongsgården lå, viser raskt at stedet har en strategisk plassering. I øst reiser den majestetiske Alreken (Ulriken) seg, i forgrunnen ligger Alrekstadvågen (= Store Lungegårdsvann), i nord Alrekstadvannet(= drikkevannskilden Svartediket). Sentralt i landskapet ligger «Skinnhosen» (i dag Puddefjorden). Det var på Alrekstad Olav Kyrre bestemte seg for å grunnlegge byen Bjørgvin. Her satt han og skuet utover Vågen, til området på Holmen, og planla bygging av den store Kristkirken, domkirken for hele Vestlandet.
På en sentral kongsgård som Alrek må det ha stått en trekirke i den eldste kristne tiden her i landet, kanskje alt i Håkon den godes dager. Senere stod det en stenkirke her, Det Hellige Kors' kirke som først nevnes i 1395, men som kanskje ble oppført allerede på 1100-tallet. Den ble revet på 1600-tallet, og steinene ble brukt til å bygge små murer langs Årstadgeilen. I 1277 testamenterte Magnus Lagabøte Alrekstad kongsgård til Nonneseter kloster. Eiendommen ble holdt i hevd til reformasjonen, da Vincens Lunge lot både kloster og kongsgård forfalle. På 1800-tallet var Årstadvollen eksersérplass. I 1898 kjøpte Bergen kommune området.
Søndag 10. september 2000 ble en minneplate avduket ved inngangspartiet til Alrekstad skole, støttet av Årstad menighet og Årstad skole.
Grunnleggelse og middelalder Grunnleggelsen
thumb|Scholeusstikket fra 1580 er et av de eldste bildene fra Bergen
Bergen (Bjørgvin) fikk rettigheter som kjøpstad av Olav Kyrre i 1070. Gitte Hansen kom i sin dr.art.-avhandling (2004) til at byen trolig ble grunnlagt som handelssted i 1020 eller 1030 av Olav den Hellige eller av Knut den Mektige. Ifølge Hansen var byen i årene før 1070 ingen suksess fordi de lokale stormenn nølte med å ta i bruk de tildelte plassene. I kong Øysteins regjeringstid ble byen bygget tidlig på 1100-tallet og aktiviteten i byen økte. I 1135 omtales den i utlandet som by. Handel og varebytte med utlandet var bakgrunn og motiv for bydannelsen. Utvidelsen av handelen med utlandet og med Nord-Norge på 1100-tallet ga Bergen en særstilling i Norge. Da Håkon Håkonsson i tillegg gjorde byen til hovedstad i 1250 og førte vestorientert politikk (mot øyene i Atlanterhavet) var Bergen klart etablert som Norges ledende by. Bergens rolle i utenrikshandelen ble styrket da tyske kjøpmenn i 1294 fikk forbud mot å drive handel nord for Bergen og i 1310 ble forbudet utvidet til alle utlendinger.
Byen overtok etter Trondheim (Nidaros) som hovedstad for Norgesveldet frem til 1314, da denne funksjonen ble flyttet til Oslo. På 1100-tallet var Bergen den folkerikeste byen i Norden. År 1300 regner man med at det kan ha vært ca. 7 000 innbyggere i Bergen, ca. 3 000 i Nidaros, ca. 2 000 Oslo og ca. 1 500 i Tønsberg.Jon Vidar Sigurdsson: Det norrøne samfunnet (s. 219), forlaget Pax, Oslo 2008, ISBN 978-82-530-3147-7 Kåre Lunden oppgir folketallet i byen rett før svartedauden til 2500, da Oslo på samme tid hadde 1500 innbyggere og Tunsberg med Berget hadde 1500. Lunden mener at Bergens særstilling i folketall kom senere. På denne tiden hadde mellomstore byer i Europa 5 000 – 10 000 innbyggere, og Bergen var den eneste norske byen av slik størrelsesorden. London og Paris hadde omkring innbyggere i 1050. Palermo i emiratet Sicilia og Cordoba i al-Andalus var trolig de eneste europeiske byer med over innbyggere omkring år 1000-1100.De Long, J. B., & Shleifer, A. (1993). Princes and merchants: European city growth before the industrial revolution. The Journal of Law and Economics, 36(2), 671-7 Den danske kulturhistorikeren Troels-Lund anser at den fremdeles på 1600-tallet var «afgjort Nordens største By». Han anslår at den hadde ca. 15 000 innbyggere, fulgt av København med 13 000, mens Trondheim, Norges nest største by, hadde ca. 5 000 innbyggere.Gustav Brosing: Bergen – en by i vekst (s. 21-22) I 1814 var Bergen storbyen som sendte fire representanter til Eidsvoll, mens Christiania (Oslo), Trondheim og Kristiansand sendte to hver. Men to år senere passerte Christiania Bergen, både i folketall og innflytelse.Gustav Brosing: Bergen – en by i vekst (s.95)
Byvåpenet
left|80px|Bergens byvåpen i 1299right|80px|Bergens byvåpen i 1299 left|80px|Bergens byvåpen i 1531right|80px|Bergens byvåpen i dag
Bergens byvåpen er basert på byens gamle segl, regnet som Norges eldste og nevnt første gang i 1293. Byseglet hadde to sider, den ene med en borg stående på syv fjell, omkranset av innskriften «DANT BERGEIS DIGNUM MONS VRBS NAVIS MARE», og den andre med et vikingskip omkranset av innskriften «SIGILLVM COMMVNITATIS DE CIVITATE BERGENSI». Fra midten av 1300-tallet ble et segl som kun viste borgen på de syv fjellene tatt i bruk.
Det nåværende byvåpenet kombinerer de to sidene fra det eldste seglet, og er sirkelrundt med rød bunn og gullramme. I rammen står innskriften «SIGILLVM COMMVNITATIS DE CIVITATE BERGENSI» fra det gamle seglet, og inne i sirkelskiven er det en tretårnet borg i sølv som står på syv fjell i gull.
Bjørgvin bispedømme
thumb|Mariakirken i Bergen
Bjørgvin bispedømme er et av landets fem opprinnelige bispedømmer. Bispesetet ble opprettet på Selja på 1000-tallet og flyttet til Bergen i 1170. Bispedømmet omfatter i dag Vestland fylke. Sunnmøre ble en del av del nye Møre bispedømme i 1983.
Bergen domkirke er en langkirke fra 1150 som i dag fungerer som byens domkirke.
Kirken er en langkirke i stein med sideskip og skrudhus. Første gang en hører om den er i 1181, da den ble kalt Olavskirken i Vågsbunnen. Den var også viet til Olav den hellige.
Mariakirken (eller Tyskekirken) er en langkirke fra 1180, som regnes som Bergens eldste kirke. Kirken er den eldste bevarte bygningen i Bergen. Den ligger bak den nordligste delen av Bryggen som brant ned til grunnen i 1955. Kirken var i lange tider bedre kjent under navnet Tyskekirken. Kirken er hovedsakelig bygd av kleberstein. Det er identifisert 5 ulike typer kleberstein i Mariakirkens originale murverk. Klebersteinsbruddet Urda på Bømlo har levert to typer kleber. Lyse klebersteinsbrudd har levert mye stein og noe fra Hana i Vaksdal. Kirken har 310 sitteplasser. Basilika med to vesttårn, bygd 1140-80, romansk stil med gotisk kortilbygg
Kirken er antatt å være bygget en gang på 1100-tallet, sannsynligvis mellom 1130 og 1170. Den har brent ved bybrannene i 1198 og 1248. Etter 1248 ble koret forlenget. Det opprinnelige koret er den delen som ligger vest i koret. Den tilhører den bygningstradisjonen som var dominerende i Bergen på 1100-tallet hvilket var klassisk romansk. Denne typen ble utviklet i Nord-Italia på 1000-tallet og spredt nordover via Tyskland og Lund. Kortypen finnes bl.a. i Lund domkirke, som var Norges erkebiskopkirke (1104–1152) da Mariakirken ble bygget.
Slaget i Bergen 1181
Etter å ha kommet til Bergen i slutten av juni 1180, overvintret Sverre og birkebeinerne i byen. Befolkningen ble tiltagende fiendtlig, og birkebeinerne måtte holde seg innenfor byens grenser. De visste derfor ikke stort om hva som foregikk rundt om på Vestlandet.
Den 24. februar 1181, i den andre uken av langfasten etter den eldre kalender (etter vår kalender mars 1181), oppdaget Sverres vakter i nattemørket langskip på vei inn i Vågen. Alarmen gikk, og birkebeinerne trodde at det var Magnus Erlingsson som kom med en hær. De forvirrede birkebeinerne var spredt rundt i byen, slik at Sverre var tvunget til å drar opp til Alrekstad for å finne sine menn. Der fikk han vite at det ikke var hærmenn, men en bondehær som var kommet til Bergen.