日本のキリスト教系包括団体の一覧を記述する。2016年時点で文部科学大臣所轄包括宗教法人として旧教で14、新教で50の団体が登録されている。宗教年鑑 平成 28 年版 （文化庁、p119-122）
旧教 (14) #名称 法人番号 代表役員(役職)1カトリック中央協議会2010605000193髙見三明(会長) 2カトリック仙台司教区8370005000414平賀徹夫(司教) 3(宗教法人)カトリックさいたま教区8030005000035岡田武夫4カトリック東京大司教区7010005000327岡田武夫(大司教) 5カトリック横浜司教区4020005000881梅村昌弘(司教) 6カトリック新潟教区2110005001022菊地功(司教) 7カトリック名古屋教区4180005001369松浦悟郎(司教) 8宗教法人カトリック京都司教区4130005001687大塚喜直(司教) 9カトリック大阪大司教区2120005002011前田万葉(大司教) 10カトリック広島司教区2240005000093白浜満(司教) 11カトリック高松司教区7470005000099諏訪榮治郎(司教) 12宗教法人カトリック福岡司教区2290005000097宮原良治(司教) 13カトリック大分司教区5320005000999濵口末男(司教) 14日本ハリストス正教会教団1010005000547主代郁夫(首座主教)
新教 (50)
#名称 法人番号 代表役員(役職)1日本聖公会5011105000730植松誠(首座主教)2日本基督教団2011105000725石橋秀雄(議長) 3日本福音ルーテル教会3011105000724立山忠浩(常議員会長) 4日本ルーテル教団9010005000548清水臣(議長) 5日本ルーテル同胞教団1370005000676高山典久(議長) 6日本キリスト改革派教会8011005000514吉田隆(大会議長) 7日本キリスト教会3030005008223冨永憲司(大会議長) 8日本聖契キリスト教団9013205000152勝俣慶信9在日大韓基督教会9011105000578金性済(総会長) 10カンバーランド長老キリスト教会日本中会2021005004833松本雅弘(議長) 11日本バプテスト連盟7030005000151田口昭典(理事長) 12日本バプテスト同盟1011105000726藤井勇次(理事長) 13日本バプテスト・バイブル・フェローシップ3100005003844渡部良次(理事長) 14日本バプテスト教会連合7011605000105米内宏明(理事長) 15日本アライアンス教団8240005000518田村忍(理事長) 16ゼ・エバンゼリカル・ アライアンス・ミッショ ン(日本同盟基督教団)4012405001675廣瀬薫(理事長) 17日本アッセンブリーズ・オブ・ゴッド教団2013305000190寺田文男(理事長) 18イエス之御霊教会教団8011305000271三戸富夫(監督) 19日本ナザレン教団8013205000153古川修二(理事長) 20日本ホーリネス教団2012705000412中西雅裕(委員長) 21日本自由メソヂスト教団7122005002770大井清美(議長) 22基督兄弟団6013305000146澤啓一(理事長) 23イムマヌエル綜合伝道団8010005000516藤本満24東洋宣教団9011105000702小原仁(主管者) 25日本福音教団7011805001308林道信(総会議長) 26美濃ミッション8190005009218石黒イサク27福音伝道教団2030005005469黒田明(運営委員長) 28日本イエス・キリスト教団5140005004102川原﨑晃(委員長) 29聖イエス会7130005001775松田泰治30基督心宗教団4010005000338川合秀雄(理事長) 31基督教カナン教団5120105000011登立誠一32イエス福音教団1012705000314穐近祈(監督) 33末日聖徒イエス・キリスト教会1010405001517和田貴志34セブンスデー・アドベンチスト教団9020005000992島田真澄(理事長) 35救世軍2010005000538ケネス・メイナー(日本司令官) 36基督聖協団9040005000537菅谷勝浩(理事長) 37キリスト友会日本年会2010405001284山本幸子38日本メノナイトブレザレン教団9120905003250船橋誠(議長) 39栄光の福音キリスト教団4330005004851早田滿起生40日本福音教会8140005016086我喜屋 明(理事長) 41保守バプテスト日本宣教団5012705001218テイラー・ケネス42日本メノナイト・キリスト教会会議7350005000854吉行孝彦(議長) 43萬国福音教団2100005006088桐原忠(主管) 44日本フリーメソジスト教団1120905003943本田右一(理事長) 45ウェスレアン・ホーリネス教団1010505001276川崎豊46日本フォースクエア福音教団5030005004113増井義明(総理) 47日本バプテスト宣教団7190005003403谷口峰夫48東京フリー・メソジスト教団1013405000934水口功49日本神の教会連盟4011605001849金本悟50日本オープンバイブル教団6140005021476菅原亘
出典
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