日本の獣肉食の歴史（にほんのじゅうにくしょくのれきし）では、日本（大和民族）における獣肉食の歴史について述べる。
日本では古来、食用の家畜を育てる習慣が少なく、主に狩猟で得たシカやイノシシの肉を食していた。仏教伝来以降は、獣肉全般が敬遠されるようになっていったが、日本人の間で全く食べられなくなったという時期は見られない。獣肉食に関する嫌悪感も時代とともに変わっていったが、おおむね、狩猟で得た獣肉は良いが家畜を殺した獣肉は禁忌、そして足が多いほど禁忌（哺乳類＞鳥＞魚）と考えられることが多かった（タコ・イカは毛が生えていない小型海産動物の魚介類とみなし例外）。江戸時代以降、魚肉より獣肉消費量が上回るのは第二次世界大戦後の高度成長期以後のことである。
狩猟時代 サムネイル|鯨の骨で作られたとされる縄文時代の鍬（北海道室蘭市絵鞆半島出土、東京国立博物館蔵） サムネイル|鹿の骨の装身具（東名遺跡出土） 旧石器時代の花泉遺跡からハナイズミモリウシ、オーロックス、ヤベオオツノジカ、ヘラジカ、ナツメジカ、ナウマンゾウ、ノウサギなどの化石が大量にまとまって発見され、これらの骨には解体痕があり、また骨角器と、敲石と思われる使用痕のある石器も発見された。これらから花泉遺跡は狩猟による動物を解体し食肉を得た解体場と考えられている。また長野県の野尻湖立ヶ鼻遺跡も、ナウマンゾウとヤベオオツノジカを主とした解体場と考えられている。東京都の野川遺跡などからは礫群や配石（置石）が発見されている。礫群は焼けたこぶし大の石が数十から百個ほど1か所にまとまったもので、動物質の有機物が付着したものも発見されている。礫群は食肉を焼くのに用いたと考えられている。当時は更新世の氷期で、日本列島の大部分は亜寒帯性の針葉樹林が広がっていた。植物性の食品は乏しく漁撈は未発達なため、大型哺乳類の狩猟を主とした食肉に依存する生活と考えられている石毛直道『日本の食文化史』岩波書店 佐々木高明『日本の歴史1 日本史誕生』集英社 西本豊弘編『人と動物の日本史1 動物の考古学』吉川弘文館 竹岡俊樹『旧石器時代人の歴史 アフリカから日本列島へ』講談社 。
採集時代 縄文時代の貝塚や遺跡からは動物の骨も数多く発掘されている。その9割は鹿（ニホンジカ）、猪（ニホンイノシシ）で、その他にクマ、キツネ、サル、ウサギ、タヌキ、ムササビ、カモシカ、クジラなど60種以上の哺乳動物の骨が含まれており、食べられていたものと見られる。その調理法は焼く、あぶる、煮るなどであり、焼けた動物の骨も見つかっている。また、動物の臓器を食べることで有機酸塩やミネラル、ビタミンなどを摂取していた。
里浜貝塚、大木囲貝塚の糞石から、シカ、イノシシ、オットセイ、アザラシなどが食されたことが分かっている「日本人と食肉」、平成11年3月、日本食肉消費総合センター。なお、伊豆大島からは飼育された可能性のあるイノシシ化石が出土している下高洞遺跡 伊豆大島ジオパーク。
農耕時代 続く弥生時代にも、狩猟による猪、鹿が多く食べられ、その他ウサギ、サル、クマなども食べられている。農耕時代になると、動物の臓器が食べられることは少なくなり、塩分は海水から取られるようになった。縄文時代の遺跡では狩猟獣であるシカ・イノシシがほぼ一対一の比率で出土するのに対し、弥生時代の遺跡では「イノシシ」が増加する。これは西本豊弘により形質的特徴から大陸から導入された家畜としてのブタが混入していたことが指摘され、「弥生ブタ」と称されている。弥生時代の社会は家畜の利用を欠いた「欠畜農耕」と考えられていたが、1980年代終盤から「ブタ」や「ニワトリ」の出土事例が相次いでおり、家畜の利用が行われていたと考えられている（「弥生豚」、共同通信WEB版2002/11/03付け報道、新美倫子「弥生文化の家畜管理」『弥生時代の考古学5 食糧の獲得と生産』同成社、2009年など）。
文献資料では『魏志倭人伝』（3世紀）には、日本には牛馬がいなかったことが明記されている中山太郎「歴史と民族、生活と民族、信仰と民族」、平成11年(初出は1941年から1943年)、パルトス社。ただし「近親者の死後10日ほどは肉を食べない」ともかかれており、肉食は行われていた。中国語では動物全般を「禽獣魚虫」で表すが（「禽」は「鳥」の意味）、日本の古語では鴨などの禽肉を単に「トリ」、獣肉を「シシ」、魚肉を「ウヲ」誤解が多いが、「ウヲ」は音読みではなく訓読みであり、古語由来の純粋な日本語である。後述するように、タンパクの摂食が獣肉から魚肉に代わり、酒宴で饗されることが多くなって「サカナ（酒菜、肴）」は魚肉のことと一般化され、やがて生体も「サカナ」と呼ぶ慣習が生まれた。と呼び、「猪（イ）」の肉を「イノシシ」、「鹿（カ）」の肉を「カノシシ」、また肉だけでなく生体も同じくそのまま呼んだ（このため「禽獣」を「トリシシ」とも読む）。「ししおどし」の「しし」は肉ではなく獣のことである。後に漢語の呉音由来の「ニク」に代わり、「肉」の異体字の「宍」で宍肉（ししにく）、人名での「シシ」などに語が残っている。なお「獅子」はここでの「シシ」とは訓みが偶然一致しているだけで関係はない。獣肉は一度に大量に確保できるが、生肉の保存技術が無く、生贄はその場で屠殺して食べられた。肉は一般には加熱（直火、煮炊き）して食べられたが、神事では火を使うことは不浄とされ、基本は生肉、あるいは塩、酢などを使った膾（鱠）、干物で食した。『日本書紀』の雄略2年10月 (旧暦)の条には「置宍人部 降問群臣 群臣黙然 理且難対 今貢未晩 我為初 膳臣長野 能作宍膾日本書紀（朝日新聞社本）巻14」と宍人部（食肉に携わる職の家系）の起源伝承が述べられており、生肉を宍膾（ししなます）にして食べられた旨が書かれている。
貴族の時代 thumb|250px|狩猟をたびたび禁じた天武天皇 古墳時代には薬猟の名で、鹿や猪の狩が年に数回行われ、その肉が滋養の薬として食べられていた。また、古墳時代には大陸から牛と馬が渡来する。馬は主に乗馬として用いられたが、牛馬は肉や内臓が食用あるいは薬用にも使われた。猪豚は飼育も行われており、『日本書紀』安寧天皇11年（西暦不明）の条には猪使連という専門職が登場する。欽明天皇16年（555年）7月 (旧暦)には「使于吉備五郡 置白猪屯倉日本書紀（朝日新聞社本）巻19」と吉備に白猪屯倉を置くよう命じられており、569年には功あった白猪田部に白猪史の姓が贈られている。
飛鳥時代には典籍や仏教が入り、誰もが食して旨いと知っているもののたとえから、誰もが知っていることを人口に「膾炙」する（膾炙の原義は「なます」と「焙った肉」）という言葉もあるほどだったが、仏教では動物の殺生が禁じられていることから、この影響で肉食もたびたび禁じられるようになった。奈良時代になると、貴族食と庶民食が分離するようになった。
『日本書紀』によると675年、天武天皇は仏教の立場から檻阱（落とし穴）や機槍（飛び出す槍）を使った狩猟を禁じた。また、農耕期間でもある4月から9月の間、牛、馬、犬、サル、鶏を食することが禁止された（ただし、この「期間を限定」する記述は「漁業設備（ヒミサキリ等）の設置を禁じる」ことで文が完結して、次の文で肉食禁止について書かれていることから、「この肉食禁止は期間を限定した禁令ではない」とする捉え方もある中澤克昭「肉食の社会史」（山川出版社）。）。しかし、以前より一般的な習慣として食べられていた鹿と猪は獣肉であっても禁じられなかった日本書紀卷第廿九 天武天皇四年四月庚寅（675年5月16日）。詔諸國曰。自今以後。制諸漁獵者。莫造檻穽及施機槍等之類。亦四月朔以後。九月卅日以前。莫置比滿沙伎理梁。且莫食牛馬犬猿鶏之宍。以外不在禁例。若有犯者罪之。。引き続き猪豚の飼育も行われており、穂積親王が708年に詠んだ歌には「降る雪はあはにな降りそ吉隠の猪養の岡の寒からまくに」とある（猪養は地名でもある）。また、718年（養老2年）に亡くなった道首名は筑後守時代に国人に鶏や豚の飼育を奨励しており、『続日本紀』には「下及鶏肫。皆有章程。曲盡事宜」（〈道首名の規則は〉鶏や豚の飼育にも及んでおり、ことごとく詳細で適切であった）と記されている。『続日本紀』732年（天平4年）7月6日には聖武天皇が「和買畿内百姓私畜猪四十頭。放於山野令遂性命（畿内の百姓から家畜の猪40頭を買って山に逃がした）」との記載もある。だが、罠や狩猟方法に関して禁令がたびたび出され、正月の宮中行事である御薬を供ずる儀でも、獣肉の代わりに鶏肉が供されるようになった。さらにこの頃から貴族の間で牛乳や乳製品の摂取が盛んになり、動物性タンパクが補われるようになった。奈良時代の肉食禁止令には、家畜を主に食していた渡来系の官吏や貴族を牽制するためとする説もあり、家畜はだめだが狩猟した肉はよいとする考えもこれに基づくものである可能性もある。奈良時代には前時代から食されていた動物に加えてムササビも食されたが、臭気が強いためにこの他の時代ではあまり例がない。また、酢を使って鹿の内臓を膾にすることも始められた。一方で、庶民には仏教がまだまだ浸透せず、禁令の意味も理解されずに肉食は続けられた。
平安時代にも貴族の間での食肉の禁忌は続いた。10世紀前半成立の『延喜式』では3巻の「臨時祭」の中で、「穢悪」のひとつとして死や出産に並んで六畜の肉食が挙げられている延喜式. 第1 日本古典全集刊行会 p.106 （国立国会図書館）。914年（延喜14年）に出された漢学者三善清行の『意見十二箇条』には、悪僧が腥膻（肉と肝）を食うのを評して「形は沙門に似て、心は屠児の如し」とかかれており、食肉の禁忌があったこと、および一部ではそれを僧でさえ破っていたこと、獣肉を処理する屠児という職業がありそれが差別される存在であったことなどを示している。935年（承平5年）に編纂された辞書『和名類聚抄』人倫部第六 漁猟類第二十一早稲田大学図書館蔵『和名類聚抄』人倫部第六 漁猟類第二十一では、屠児の和名を「えとり」とし、意味は「鷹雞用の餌を取る者」転じて「牛馬を屠って肉を売る者」という意味だと解説しており、獣肉を売る商売があったことが分かる。また『和名類聚抄』には猪、ウサギ、豚などが食されたことも記載されており、これらはハレの日の食膳に出された。平安時代には陰陽道が盛んになったこともあり、獣肉食の禁忌は強まり、代わって鳥や魚肉が食されるようになった。これが魚肉の値上がりの原因になり、『延喜式』に記載された米と鰹節との交換比率は、200年前の大宝令の時と比べて2 - 3倍に上がっている。延喜式には獣肉の記載がほとんどないが、一方で鹿醢（しししおびしお）、兎醢など獣肉の醤油漬けや、宍醤（ししびしお）という獣肉の塩漬けを発酵させた調味料に関する記載が現れる。乳製品もさらに多く摂られるようになっている。平安末期になると、孔子に食肉を供えるはずの行事である釈奠でも、供え物として食肉の代わりに餅や乾燥棗などが用いられるようになったり、正月の歯固の膳でも鹿の代わりに鴫、猪の代わりにキジが出されるようになったりした。また、穢れを信じるあまりに馬肉は有毒とまで考えられ、『小右記』の1016年（長和5年）の条には犯罪を犯した男に馬肉を食べさせた旨が記されている。当時の医学書『医心方』にしし肉（獣肉）と魚肉の食い合わせが良くないと記されていたり、『今昔物語』には庶民がしし肉を買いに行く場面が出てきたりと、完全に食肉の習慣が無くなったわけではなかった。平安時代の古語拾遺には古代のこととして「大地主神、田を営るの日、牛の宍を田人に食はせ」とあり、御歳神に対する神事として農民に牛肉を食わせたことが書かれている。ただし古語拾遺内の創作であるとする可能性も指摘されている
狩りの習慣を守る者たちもおり、諏訪神社は狩りで得た動物を贄として祀る祭祀を、古来から続けていた。特に、鹿や猪・魚（岩魚を除く）・鳥（山鳥を除く）が贄として神前に捧げられたと考えられている。一方で、嘉禎年間に定められた「諏訪上社物忌令」によると、熊・猿・山鳥・かもしか・岩魚は、神聖であるとして贄としては避けられた。
武士台頭の時代 thumb|鹿を仕留める源経基を描いた『貞観殿月』（月岡芳年「月百姿」） 鎌倉時代になると、武士が台頭し、再び獣肉に対する禁忌が薄まった。武士は狩で得たウサギ、猪、鹿、クマ、狸などの鳥獣を食べた。鎌倉時代の当初は公卿は禁忌を続けており、『百錬抄』の1236年（嘉禎2年）の条には武士が寺院で鹿肉を食べて公卿を怒らせる場面が出てくる。しかし時代が下ると公卿も密かに獣肉を食べるようになり、『明月記』の1227年（安貞元年）の条には公卿が兎やイノシシを食べたとの噂話が載せられている。乳製品は以後明治までほぼ食べられなくなった。12世紀後半の『粉河寺縁起絵巻』には、肉をほおばり、干肉を作る猟師の家族が描かれている「食肉文化 さばく・あきなう・たべる」、1996年10月17日、大阪人権博物館、ISBNなし。一方で神社の物忌み期間中の獣食は厳しくなり、平安時代には禁止されていなかった鹿や猪肉までもが禁令に含まれ、その期間も数十日程度にまで長くなっている。
当時は末法思想が流行し、鎌倉新仏教が勃興しつつあった。法然は自身の肉食は忌避してはいたものの、肉食をしても念仏を唱えれば救われると説いた。法然の弟子の親鸞は「肉食妻帯」伝説で知られ、『口伝鈔』よると、幼少期の北条時頼の前で僧の象徴である袈裟を着たまま魚を食べたと記されている吉田宗男、「親鸞における肉食の意味」『印度學佛教學研究』 47巻 1号 p.213-215, 1998年, 。日蓮は「魚鳥をも服せず」と肉食に否定的だったが目黒きよ、「日本仏教における食の思想 (1) -肉食忌避について-」『印度學佛教學研究』 37巻 1号 p.317-319, 1988年, 、「末法無戒」を唱えた。対して禅宗の影響で、動物性の材料を一切用いない精進料理も発達した。精進料理は単なる植物食ではなく、「猪羹」など獣食に見立てた料理もあった。
南北朝時代の『異制庭訓往来』には、珍味として熊掌、狸沢渡、猿木取などの獣掌や、豕焼皮（脂肪付きのイノシシの皮）を焼いたものなどが掲載されており、『尺素往来』には武士がイノシシ、シカ、カモシカ、クマ、ウサギ、タヌキ、カワウソなどを食べていたことが記されている。医学も進歩して『拾芥抄』には2月のウサギ、9月の猪肉を食べないように記載されている。僧侶もひそかに肉食をするようになり、特にウサギは鳥と同様の扱いになって、『嘉元記』の1361年（南朝：正平16年、北朝：康安元年）の饗宴記録にもウサギ肉について記載されている。
たぬき汁が登場する「かちかち山」が成立したのは室町時代後期といわれるが、その時代の料理書「大草家料理書」にはタヌキを蒸し焼きにした後に鍋で煮る「むじな汁」のレシピが記されている。当時の評価では同じく肉食対象だったアナグマと比較して、タヌキ料理は不味かったという鈴木晋一 『たべもの噺』 平凡社、1986年、pp33-35。
戦国時代・安土桃山時代 戦国時代になると、南蛮貿易などを通じた食品の輸入が本格化した。この時代には新大陸（南北アメリカ大陸）の食材ももたらされている。ジャン・クラッセの『日本西教史』には「日本人は、西洋人が馬肉を忌むのと同じく、牛、豚、羊の肉を忌む。牛乳も飲まない。猟で得た野獣肉を食べるが、食用の家畜はいない」と書かれている。宣教師ルイス・フロイスの『日欧文化比較』には「ヨーロッパ人は牝鶏や鶉・パイ・プラモンジュなどを好む。日本人は野犬や鶴・大猿・猫・生の海藻などをよろこぶ」 「ヨーロッパ人は犬は食べないで、牛を食べる。日本人は牛を食べず、家庭薬として見事に犬を食べる」と書かれている。宣教師フランシスコ・ザビエルは日本の僧の食習慣を真似て肉食をしなかったが、その後の宣教師は信者にも牛肉を勧め、1557年（弘治3年）の復活祭では買った牝牛を殺して飯に炊き込んで信者に振舞っている。『細川家御家譜』には、キリシタン大名の高山右近が小田原征伐の際、蒲生氏郷や細川忠興に牛肉料理を振る舞ったことが書かれている。曲直瀬道三の養子曲直瀬玄朔は医学書『日用食性』の中で、獣肉を羹（具がメインのスープ）、煮物、膾、干し肉として食すればさまざまな病気を治すと解説している。ただし当時の医学書には中国文献の引き写しも多く、日本では手に入らない食材なども書かれており、実際に行われていたかどうかは明らかではない。また、戦国時代末期の日本語を収録した『日葡辞書』には「Cacho ブタ」と記されており日本国語大辞典第二版第三巻、2001年（平成13年）、小学館、、地方によっては豚（家猪）が飼われていたものと見られる。
また、戦国末期からは阿波などで商業捕鯨が始まっている。阿波の三好氏の拠点勝瑞城の館跡地では、牛馬に豚や鶏、鯨、犬や猫などの骨が数多く出土しており、食用だけでなく鷹の餌や、愛玩用として家畜が飼われ、肉が市場に流通していたと考えられている動物の骨1500点 藍住・勝瑞城館跡、豚など３０種超出土 - 徳島新聞 2011年6月18日。徳島県藍住町教育委員会は、当時の食事を研究し、三好義興が京都で将軍を歓待した時の本膳料理を再現した。その時の材料には、ウズラやシャモ、クジラ、サケが使用された戦国時代の料理再現 藍住町教委、３月シンポで披露 - 徳島新聞 2011年12月21日。
ただし京などで獣肉が一般的に食されていたとは言えず、例えば秀吉が後陽成天皇を聚楽第に招いた際の献立にも入れられていない。特に牛馬の肉を食べることは当然の禁忌であり、1587年（天正15年）、秀吉は宣教師ガスパール・コエリョに対して「牛馬を売り買い殺し、食う事、これまた曲事たるべきの事」と詰問し、それに対してコエリョは「ポルトガル人は牛は食べるが馬は食べない」と弁明をしている。
江戸時代
江戸時代には建前としては獣肉食の禁忌が守られた。特に上流階級はこの禁忌を守った。例えば狸汁は戦国時代には狸を使っていたが、江戸時代にはコンニャク、ごぼう、大根や豆腐を調理した精進料理に変わっている。ただし薩摩地方だけは、琉球料理の影響もあって、現代の薩摩汁や豚骨料理につながる豚を含めた獣肉食の習慣があった。
1613年（慶長18年）、平戸島に商館を開設したイギリスのジョン・セーリスは陸路で大阪 (osaca) から駿河 (Surunga) に向かう行程で書かれたとみられる日本人の食習慣に関する記述の中で、豚が多く飼育されていることに言及しているThe voyage of Captain John Saris to Japan, 1613 (1900)、p.127. ただしこの記録にはヤギが飼われていたとも書かれており、1900年（明治33年）に校訂したアーネスト・サトウはヤギについては「勘違いではないか」としている。明治以前に在来種のヤギが飼育されていたことが知られているのは、日本本土では長崎県沿岸部や五島列島だけである。。1643年（寛永20年）の刊行とされる『料理物語』には、鹿、狸、猪、兎、川獺、熊、犬を具とした汁料理や貝焼き、鶏卵料理等が紹介されている。1669年（寛文9年）に刊行された料理書『料理食道記』にも獣肉料理が登場する。1686年（貞享3年）に刊行された山城国の地理書『雍州府志』には、京都市中に獣肉店があったことが記されている。江戸後期の国学者喜多村信節は、著書『嬉遊笑覧』の中で、元禄前の延宝・天和の頃には江戸四ツ谷に獣市が立ったことを述べている。1718年（享保3年）には獣肉料理の専門店「豊田屋」が江戸の両国で開業している。
獣肉食の禁忌のピークは、生類憐れみの令などが施された17世紀後半の元禄時代である。この法令自体は徳川綱吉の治世に限られ、影響も一時のもので終った。ただし特に犬を保護したことについての影響は後世まで残り、中国や朝鮮半島で犬肉が一般的な食材になっている一方で、日本では現代に至るまで犬肉は一般的な食材と看做されなくなった。
18世紀の書『和漢三才図会』第37「畜類」の冒頭豕（ぶた）の条では育てやすい豚が長崎や江戸で飼育されていることが述べられているが、大坂在住の著者は「本朝肉食を好ま」ないため、近年は稀だとする。更に、豚肉を食べた際に生じる影響や豚肉と食べ合わせが悪いとされる食べ物などについても述べられている『和漢三才図会』に「その上、豚と猪はともに小毒があって人には益がない。それなのに華人や朝鮮人は鶏・豚を常食としている。……豚肉は傷寒(外邪の侵入によっておこる重い熱病)、擢痢(おこりからくる下痢)、疾病(慢性の目指息)、痔漏などの疾あるものがこれを食えば、必ず再発する。烏梅(黒くいぶした梅)、桔梗、黄連(薬草名)、胡黄連とは反発し、これらと一緒に食べれば潟痢をおこす。生董と一緒に食べれば面点を生じる。蕎麦と一緒に食べれば毛髪が抜けるとされる」とある。。また、同じように、豚肉について記したものとしては1695年（元禄八年）に刊行された人見必大の『本朝食鑑』があり、豚肉の効能・害について『本朝食鑑』では「「本草別録」に、猪肉は能く血肱を閉じ、筋骨を弱くし、人肌を虚にするので、久しく食べてはいけない。病人・金療の者は尤も甚だしい、といっている。然ども、今俗でこれを金癒の薬としているのとは反説であるようにみえる。後来の試験を待って明らかにすべきことである。……人を肥満にし、小児の府渇を療す。その他は「本草綱目」に詳しい」と記述している。、または、江戸時代当時の豚の飼育状況についてが書かれている『本朝食鑑』に「豚は各処で畜っている。大抵は溝渠の械を厭うて、そのために畜っているのである。豚は能く溝渠・庖厨の穣汁を喜んで食べ、日毎に肥胞る。食物も至って寡なく、畜いやすい。あるいは豚を殺して獒犬(猛犬)を養ったりする。獒犬は猟を善くし、公家に毎に厩養されている」とあり、当時の豚の利用法は、ゴミ処理のため、あるいは猟犬の餌のために飼われていたとされる。。
そして、『和漢三才図会』牛の条の注には、日用としては駄目だが禁止する必要はないとも書かれている。1733年（享保18年）に伊達家の橘川房常が書いた『料理集』には牛肉を粕漬けあるいは本汁として使うことができるが、食後150日は穢れる旨が書かれている。和漢三才図会には、他に、古代に日本で食べられていた乳製品である蘇や醍醐などの製法が書かれている。また、人見必大が著した本朝食鑑にも乳製品を利用した料理が載っている。宇田川玄真は、日本で初めて、西洋のチーズ作りの本を翻訳している。将軍・徳川吉宗は乳牛の輸入を行い、それ以来、薬としてわずかばかり使用されていた様子である（ただし、当初は馬の薬として用いられ、人間のための薬ではなかったと言う説もある）。将軍・徳川家斉は、『白牛酪考』と言う本を作らせているが、この本には、腎虚、労咳、産後の衰弱、大便の閉塞、老衰から来る各種症状に効く、と言う効能が書かれている。ただし当時の日本には、通常の食品としては忌避されるものを薬として服用する習慣があり例えば彦根藩の名物の牛肉の味噌漬や山田浅右衛門自家で生産された死体を原料とする丸薬など。現代でも残るものとしては、マムシを原料とした栄養ドリンクがある。、牛乳もそういった位置づけであった。水戸藩主の徳川斉昭は、自らの庭に乳牛を飼い、健康のため、牛乳をギヤマンの器に入れて飲んでいた。斉昭の著書である「菜食録」では、牛乳は精力剤であるとの説明がある。
彦根藩は毎年の寒中に赤斑牛の味噌漬けを将軍と御三家に献上している第3代藩主井伊直澄の頃、反本丸（へいほんがん）と称して全国で唯一牛肉の味噌漬けが作られており、滋養をつける薬として全国に出回り、幕末まで幕府や他藩から要求が絶えなかったという。これは近江牛が名産となるはしりとなった。国宝彦根城築城400年祭「列伝 井伊家十四代 第8回」。彦根藩は幕府に太鼓を献上しており、その太鼓に使う牛革を確保するため、牛の畜産を営み、その屠殺を許可されていた。この事から、牛肉を食べる文化が発達した。
18世紀には、なぜ獣肉食が駄目なのか、獣肉食の歴史はどのようなものだったかについての研究も行われた。儒者熊沢蕃山は没後の1709年（宝永6年）に刊行された著書『集義外書』の中で、牛肉を食べてはいけないのは神を穢すからではなく、農耕に支障が出るから、鹿が駄目なのはこれを許せば牛に及ぶからなのだ、との見解を示している。藤井懶斎は儒者の立場から、没後の1715年（正徳5年）に刊行された『和漢太平広記』の中で、孔子に食肉を供えるはずの行事釈奠で肉を供えないのでは儒礼とは言えないとの見解を示している。香川修庵は1731年（享保16年）、著書『一本堂薬選』の中で、日本書紀や続日本紀の中に肉食が行われていた記録があることに言及した。本居宣長も1798年（寛政10年）に完成した『古事記伝』の中で、古代の日本人が肉食をしていたことに言及している。江戸中期になると蘭方医学も獣肉食に影響した。 250px|right|thumb|名所江戸百景に描かれた江戸の比丘尼橋（現八重洲）付近にあった猪肉店 19世紀の小山田与清の著『松屋筆記』には猪肉を山鯨、鹿肉を紅葉と、そのほか熊、狼、狸、イタチ、キネズミ（リス）、サルなどの肉が売られたことが記されている。1829年（文政12年）完成の地理書『御府内備考』には麹町平河町や神田松下町に「けだ物店」があった旨が書かれている。19世紀の寺門静軒の著『江戸繁昌記』にも、大名行列が麹町平河町にあったももんじ屋（獣肉店）の前を通るのを嫌がったことが記されている。ここでは猪、鹿、狐、兎、カワウソ、オオカミ、クマ、カモシカなどが供されていた。1827年（文政10年）に出版された佐藤信淵の『経済要録』に「豕（豚）は近来、世上に頗る多し。薩州侯の邸中に養ふその白毛豕は、殊に上品なり」と書かれているように、豚の飼育も行われていた近代デジタルライブラリー [ 経済要録巻六]。江戸の薩摩藩邸で豚が解体・消費されていたことは、ゴミ穴跡地から17世紀から19世紀に及ぶ大量の豚の骨が発掘されたことで裏付けられている。(山根洋子「コラム 江戸薩摩藩邸のブタ」『歴博』115号 2001年（平成13年））。佐藤はこの著作で畜産の振興と食用家畜の普及を提言しているが、牛馬に関しては全く食用の可能性に言及していない。福翁自伝によれば、福澤諭吉が適塾で学んだ江戸末期の1857年（安政4年）、大阪に2軒しかない牛鍋屋は、定客がゴロツキと適塾の書生ばかりの「最下等の店」だったという福澤は、豚を買い出しては来たが屠殺できない難波橋の牛鍋屋の親爺の求めで豚を溺死させ、報酬に得た豚の頭を解剖したあと煮て食べたことも書いている。。1863年（文久3年）に池田長発らが遣欧使節団としてフランスに派遣された際も、一行は肉食はもちろん、パンも牛乳も日ごとに喉を通らなくなっていったとの記録がある。1908年（明治41年）に刊行された石井研堂『明治事物起原』によると、1860年代に横浜の居酒屋「伊勢熊」が外国商館から臓物を安く仕入れて串に刺し、味噌や醤油で煮込んで売り出し、繁盛したという。
江戸時代には日朝間の外交使節として朝鮮通信使が派遣されるが、江戸幕府は外交的配慮から通信使に対して道中はイノシシ肉でもてなすものの、江戸城の正餐では儀式的な料理で魚貝・鳥類を除き獣肉が使われない本膳料理が出された。ただし、本膳料理は見ることを主眼とした料理で実際に食される部分は少なく、実際に食する膳として別に引替膳が出された大坪藤代・秋山照子「朝鮮通信使饗応食（第2報） 七五三本膳料理と引替」『全集 日本の食文化7 日本料理の発展』雄山閣、1998年。
一方、朝鮮半島南端の釜山には日朝間の外交・交易を限定的に行う対馬藩管理の倭館が設置されていた田代和生『和館 鎖国時代の日本人町』文藝春秋、2002年。倭館では朝鮮側から饗応料理として朝鮮式膳部が振る舞われ、膳部には牛肉などの食肉が用いられている。
また、幕末期にはペリーやハリスにも本膳料理を出していた。ただし江戸最末期の1866年にはパークスとの会食で西洋料理を供している。
近代 明治時代になると、牛肉を食べることが文明開化の象徴と考えられ、牛肉を使ったすき焼きが流行した。
当時の牛鍋屋は仮名垣魯文の『安愚楽鍋』(1871)の舞台ともなっている。