ジャパンラグビートップリーグ2008-2009は2008年9月5日から2009年1月8日までレギュラーシーズンまで行われた。
リーグ戦1位の東芝ブレイブルーパスがマイクロソフトカップも制し、2シーズンぶり4度目のトップリーグを果たした。
参加チーム ジャパンラグビートップリーグ2008-2009の参加チームは下表の通りである（記載は前年レギュラーシーズンの成績上位順）。
昨シーズンの結果、リコーブラックラムズ、三菱重工相模原ダイナボアーズが地域リーグ（トップイースト11）に降格し、近鉄ライナーズ（トップウェスト）、横河武蔵野アトラスターズ（トップイースト11）が各地域リーグから昇格した。 チーム名前年成績備考三洋電機ワイルドナイツトップリーグ 1位サントリーサンゴリアストップリーグ 2位マイクロソフトカップ 優勝トヨタ自動車ヴェルブリッツトップリーグ 3位東芝ブレイブルーパストップリーグ 4位神戸製鋼コベルコスティーラーズトップリーグ 5位NECグリーンロケッツトップリーグ 6位ヤマハ発動機ジュビロトップリーグ 7位クボタスピアーズトップリーグ 8位コカ・コーラウエストレッドスパークストップリーグ 9位九州電力キューデンヴォルテクストップリーグ 10位日本IBMビッグブルートップリーグ 11位残留（トップリーグ入替戦勝利）福岡サニックスブルーストップリーグ 12位残留（トップリーグ入替戦勝利）近鉄ライナーズトップウェスト 優勝昇格（トップチャレンジ1 1位）4シーズンぶりの復帰横河武蔵野アトラスターズトップイースト11 優勝昇格（トップチャレンジ1 2位）初昇格昇格時に「横河電機ラグビー部」より名称変更
順位表 {| class="wikitable" style="text-align:center" |- !順位 !チーム !試合 !勝 !分 !負 !得点 !失点 !得失 !BP !勝点 ! |- style="background-color:#ccffcc" |1 |style="text-align:left"|東芝ブレイブルーパス ||13||12||0||1||563||211||352||11||59 |rowspan="4"|マイクロソフトカップ、日本選手権へ |- style="background-color:#ccffcc" |2 |style="text-align:left"|三洋電機ワイルドナイツ ||13||12||0||1||584||197||387||10||58 |- style="background-color:#ccffcc" |3 |style="text-align:left"|サントリーサンゴリアス ||13||10||0||3||482||298||184||11||51 |- style="background-color:#ccffcc" |4 |style="text-align:left"|神戸製鋼コベルコスティーラーズ ||13||9||0||4||358||300||58||7||43 |- style="background-color:#cffcff" |5 |style="text-align:left"|NECグリーンロケッツ ||13||8||0||5||298||309||-11||5||37 |rowspan="2"|日本選手権へ |- style="background-color:#cffcff" |6 |style="text-align:left"|クボタスピアーズ ||13||8||0||5||309||334||-25||5||37 |- |7 |style="text-align:left"|ヤマハ発動機ジュビロ ||13||7||0||6||344||304||40||7||35 |rowspan="4"| |- |8 |style="text-align:left"|トヨタ自動車ヴェルブリッツ ||13||6||0||7||310||286||24||7||31 |- |9 |style="text-align:left"|近鉄ライナーズ ||13||5||0||8||319||348||-29||8||28 |- |10 |style="text-align:left"|コカ・コーラウエストレッドスパークス ||13||6||0||7||273||353||-80||2||26 |- style="background-color:#ffffcc" |11 |style="text-align:left"|福岡サニックスブルース ||13||3||0||10||266||442||-176||9||21 |rowspan="2"|入替戦へ |- style="background-color:#ffffcc" |12 |style="text-align:left"|九州電力キューデンヴォルテクス ||13||3||0||10||345||451||-106||6||18 |- style="background-color:#ffcccc" |13 |style="text-align:left"|日本IBMビッグブルー ||13||1||0||12||222||496||-274||4||8 |rowspan="4"|自動降格 |- style="background-color:#ffcccc" |14 |style="text-align:left"|横河武蔵野アトラスターズ ||13||1||0||12||230||574||-344||4||8
プレーオフトーナメント マイクロソフトカップ
セミファイナル 2月1日 東芝ブレイブルーパス 26-7 神戸製鋼コベルコスティーラーズ 2月1日 三洋電機ワイルドナイツ 32-22 サントリーサンゴリアス
ファイナル 2月8日 東芝ブレイブルーパス 17-6 三洋電機ワイルドナイツ
入替制度 自動降格 トップリーグの結果、13位日本IBMビッグブルー、14位横河武蔵野アトラスターズのトップイーストリーグ次年度よりトップイースト11から名称変更。への自動降格が決定した。
トップリーグチャレンジシリーズ1 {| class="wikitable" style="text-align:center" |- !順位 !チーム !試合 !勝 !分 !負 !得点 !失点 !得失 !BP !勝点 ! |- style="background-color:#ccffcc" |1 |style="text-align:left"|リコーブラックラムズ（トップイースト11） ||2||2||0||0||135||20||115||2||10 |rowspan="2"|自動昇格 |- style="background-color:#ccffcc" |2 |style="text-align:left"|ホンダヒート（トップウェスト） ||2||1||0||1||80||79||1||1||5 |- style="background-color:#ffffcc" |3 |style="text-align:left"|マツダブルーズーマーズ（トップキュウシュウ） ||2||0||0||2||25||141||-116||0||0 |入替戦へ
1月11日 マツダブルーズーマーズ 25–60 ホンダヒート（コカ･コーラウエスト広島スタジアム） 1月17日 リコーブラックラムズ 81–0 マツダブルーズーマーズ（秩父宮ラグビー場） 1月25日 ホンダヒート 20–54 リコーブラックラムズ（近鉄花園ラグビー場）
以上の結果、1位リコーブラックラムズ、2位のホンダヒートがトップリーグに自動昇格、3位マツダブルーズーマーズのトップリーグ入替戦への出場が決定した。
トップリーグチャレンジシリーズ2 {| class="wikitable" style="text-align:center" |- !順位 !チーム !試合 !勝 !分 !負 !得点 !失点 !得失 !BP !勝点 ! |- style="background-color:#ffffcc" |1 |style="text-align:left"|豊田自動織機（トップウェスト） ||2||2||0||0||161||57||104||2||10 |入替戦へ |- |2 |style="text-align:left"|NTTコミュニケーションズ（トップイースト11） ||2||1||0||1||157||41||116||2||6 |rowspan="2"| |- |3 |style="text-align:left"|三菱重工長崎（トップウェスト） ||2||0||0||2||24||244||-220||0||0
1月11日 三菱重工長崎 24–120 豊田自動織機（コカ･コーラウエスト広島スタジアム） 1月17日 NTTコミュニケーションズ 124–0 三菱重工長崎（秩父宮ラグビー場） 1月25日 豊田自動織機 41–33 NTTコミュニケーションズ（近鉄花園ラグビー場）
以上の結果、1位豊田自動織機のトップリーグ入替戦への出場が決定した。
トップリーグ入替戦 規定により、トップリーグ11位福岡サニックスブルースがトップチャレンジ2・1位の豊田自動織機と、トップリーグ12位九州電力キューデンヴォルテクスが、トップチャレンジ1・3位のマツダブルーズーマーズと入替戦を行った。 2月14日 福岡サニックスブルース 38–22 豊田自動織機（レベルファイブスタジアム） 2月14日 九州電力キューデンヴォルテクス 31–10 マツダブルーズーマーズ（レベルファイブスタジアム）
入替戦の結果、福岡サニックスブルース、九州電力キューデンヴォルテクスのトップリーグ残留が決定した。
表彰 2008-2009シーズンの年間表彰式は、2009年2月9日に実施された。トップリーグ2008-2009 年間表彰式受賞者 チーム表彰 TOP LEAGUE 優勝チーム チーム名備考優勝東芝ブレイブルーパス準優勝三洋電機ワイルドナイツ第3位サントリーサンゴリアス第3位神戸製鋼コベルコスティーラーズ
フェアプレーチーム賞 チーム名備考三洋電機ワイルドナイツ（2年ぶり3回目）
ベストファンサービス賞 チーム名備考神戸製鋼コベルコスティーラーズ（5年連続5回目）
TOP LEAGUE 功労賞 チーム名備考近鉄ライナーズ（初受賞）
個人表彰 トップリーグMVP 氏名所属チーム備考デイビッド・ヒル東芝ブレイブルーパス（初受賞）
新人賞 氏名所属チーム畠山健介サントリーサンゴリアス
最多トライゲッター 氏名所属チーム備考北川智規三洋電機ワイルドナイツ14トライ（3年連続3回目）クリスチャン・ロアマヌ東芝ブレイブルーパス14トライ（初受賞）
得点王 氏名所属チーム備考デイビッド・ヒル東芝ブレイブルーパス226得点（11T/60G/17PG）（初受賞）
ベストキッカー 氏名所属チーム備考デイビッド・ヒル東芝ブレイブルーパス171得点（60G/17PG）（初受賞）
ベストホイッスル 氏名備考相田真治（3年ぶり2回目）
マイクロソフトカップMVP 氏名所属チーム備考廣瀬俊朗東芝ブレイブルーパス（初受賞）
ベストフィフティーン ポジション氏名所属チーム備考PR1平島久照神戸製鋼コベルコスティーラーズ（初受賞）HO青木佑輔サントリーサンゴリアス（2年ぶり2回目）PR3畠山健介サントリーサンゴリアス（初受賞）LO大野均東芝ブレイブルーパス（3年連続4回目）LOダニエル・ヒーナン三洋電機ワイルドナイツ（初受賞）FLスティーブン・ベイツ東芝ブレイブルーパス（初受賞）FLルーベン・ソーンヤマハ発動機ジュビロ（初受賞）NO8ホラニ龍コリニアシ三洋電機ワイルドナイツ（2年連続2回目）SH田中史朗三洋電機ワイルドナイツ（2年連続2回目）SOデイビッド・ヒル東芝ブレイブルーパス（初受賞）WTB小野澤宏時サントリーサンゴリアス（4年連続5回目）WTB北川智規三洋電機ワイルドナイツ（3年連続3回目）CTB霜村誠一三洋電機ワイルドナイツ（2年連続2回目）CTBライアン・ニコラスサントリーサンゴリアス（2年ぶり2回目）FB吉田大樹東芝ブレイブルーパス（初受賞）
参照