諏訪氏（すわし）は、社家・武家・華族だった日本の氏族。諏訪大社上社の大祝（おおほうり）を世襲した信濃国諏訪郡の領主である。中世前期においては諏方氏の表記が一般だった。遅くとも南北朝時代までに、諏訪大明神の依代と鎌倉期から伝わる御衣木法理有員という伝説的神職を氏祖とした。歴史的な本姓は不明だが、下社と同じ金刺氏（かなさしうじ）が比較的有力。南北朝時代までに本姓を神氏（かみうじ/みわうじ）と称し、その後、江戸時代の諏訪藩主家は清和源氏満快流手塚氏後裔を自称した。
鎌倉時代には御家人に列するとともに、北条氏の被官となり、信濃国の武士団神党の中心となる。北条泰時の片腕として活躍した御内人の諏訪盛重により、諏訪氏一門の力は大きく増した。建武政権期には、宗家である大祝家の諏訪照雲（頼重）・時継父子が北条時行を擁立して中先代の乱を起こしたが敗死した。権威が大きく揺らいだ大祝家は、時継の子の諏訪頼嗣（直頼）が、足利直義（初代将軍尊氏の弟）・南朝宗良親王・第2代将軍足利義詮らに有力武将として仕えて立て直した。現代に残る諏訪信仰・諏訪神話は、頼嗣（直頼）の代に諏訪円忠を中心に再構築された部分が多く、伝説的初代大祝の有員を人間の童男とするのは、頼嗣（直頼）がモデルであるという説もある。
戦国時代には下社の金刺氏を滅ぼして諏訪一円を統一するも、後に武田信玄に降伏して武田家臣となる。武田氏を甲州征伐で滅ぼした織田信長が本能寺の変で横死すると、織田軍を駆逐した諏訪頼忠が旧領を回復した。江戸時代には社家・武家が分立し、武家は信濃国高島藩（諏訪藩）主家となり、明治に至って華族の子爵家に列する。上社大祝家は明治維新まで大祝を世襲し、「諏方」の姓を称していた。
概説 神氏（諏訪氏）は代々、諏訪大社上社の大祝を務めてきた一族である。出自については諸説あり、大神氏の同族または金刺氏の分派とも考えられている（詳細は後述）。
家伝では諏訪大社の祭神・建御名方神（諏訪明神）あるいはその神に選定された童男に始まるという。後世には桓武天皇を祖とするとも清和源氏の源満快を祖とするとも称したが、皇胤や摂関家をはじめとする公卿の末裔を称する武家が多い中で祭神の血筋を称しながら極めて尊貴な血筋としてとらえられた特異な家系といえる。
諏訪氏は武士と神官双方の性格を合わせ持つ存在で、源平合戦の頃の当主諏訪盛重は源頼朝に仕えて鎌倉幕府御家人に列し、また北条得宗家の御内人（被官）となり、信濃国の武士団神党を組織した。
建武新政期の当主頼重（照雲）は、得宗家の遺児北条時行を奉じて中先代の乱を起こし一時鎌倉を占領したものの、結局足利尊氏に奪い返された。
南北朝時代には、照雲（頼重）の孫で時継の子の諏訪頼嗣（後に直頼）が、初期室町幕府で足利直義方の有力武将として活躍した。直義の死後は、南朝の宗良親王を奉じ、のち幕府に帰参して第2代将軍の足利義詮に仕えた。『守矢文書』によると、南北朝時代の終結まで生存し、出家後も諏訪一門の大御所として隠然たる権力を振るったという。今日、諏訪信仰・諏訪神道として知られる教義や神話の大きな部分は、中先代の乱の敗退で揺らいだ大祝の権威を取り戻すため、庶流の諏訪円忠（小坂円忠）を中心として南北朝時代に再構築したものであるとする説がある。大祝の職位（即位）は童男に限られる、などのしきたりも、史実では頼嗣（直頼）が初見と思われる。初代大祝と伝わる有員が円忠の著作『諏訪大明神絵詞』で数え8歳の童男とされたのは、頼嗣（直頼）をモデルにしたのではないか、とする説もある。
室町時代には惣領家と大祝家に分裂したが、惣領家の頼満が両家を統一。応仁の乱後に下社大祝の金刺氏を攻め落として全諏訪を領した。戦国時代には武田氏と争ったが、天文11年（1542年）に頼重が武田晴信（信玄）に謀殺されたことで一度断絶した。
天正10年（1582年）に武田氏が滅亡し、その遺領を掌握した織田信長も本能寺の変で滅亡すると、武田の遺領をめぐる争いが起き、その中で頼重の従兄弟頼忠が旧臣らに担がれて諏訪氏を再興し、旧領を回復した。その後、後北条氏との争いに勝利して信濃国の大半を支配下に収めた徳川家康にも本領安堵された。天正18年（1590年）に家康が関東へ移封されると、頼忠も武蔵国奈良梨1万2000石に移封され、さらに文禄元年（1592年）には上野国総社に移封された。
関ヶ原の戦い後、戦功により頼忠の子頼水が旧領の信濃国高島藩（諏訪藩）主2万7000石に封じられた。しかし、慶長6年（1601年）には社家と武家の分離を命じられ、分家を諏訪上社大祝家とした。高島藩は、大坂の陣の功により5000石を加増されるが、明暦3年（1657年）に一族に2000石を分与したことで3万石となる。
以降高島藩は3万石の表高のまま廃藩置県まで存続し、維新後華族の子爵家に列せられた。
本姓 金刺氏説 鎌倉時代までの、上社系諏訪氏の本姓（古代氏族としてのウジ）は不明である。鎌倉期の史料で諏訪社の祠官が用いた本姓は、記録に残る限りではすべて「金刺氏」である。その多くは下社の人物と思われるものの、中には上社の一族のようにも思える人物も含まれている。ここから、小林計一郎は、上社も下社も同じ金刺氏だったと考えても強弁とまでは言えないのではないか、と主張した。
郷道哲男も、『吾妻鏡』文治2年（1186年）3月12日条で、「諏方南宮上下社 八条院御領」含め三ヶ所とも上下社領となっており、上社と下社で神社は分かれていたが、所領はまだ分かれていなかったと思われることを指摘した。もし上社と下社が別氏族だとしたらこれは不自然な統治形態であり、この時期は上社と下社は同族だったと考えても良いのではないか、という。そして、下社祠官が鎌倉期に本姓金刺氏を自称したのは、『平戸記』寛元3年（1245年）9月12日条および『尊経閣文庫文書』所収の将軍家政所文（寛元4年（1246年）11月13日付）に見える、下社領和田郷地頭職の金刺左衛門尉盛高（法名は蓮栖）からほぼ確実である。
また、鎌倉幕府の正史『吾妻鏡』では、「諏訪盛澄」という武将が記録されている（上社か下社かは不明）。しかし、この人物は『諏訪大明神絵詞』では「金刺盛澄」という名前となっており、下社系の人物とするエピソードも追加されている；史実の諏訪盛澄が上社系か下社系かは不明だが、鎌倉期から南北朝時代にかけて氏族がわかれたのが、過去の説話にまで反映されたのであろう、と郷道は推測している
このように考えると、上社・下社の両社とも鎌倉期のはじめまでは金刺氏であり、鎌倉時代のある時点から南北朝時代までに別族意識が発生して、上社の諏訪氏（神氏）と下社の金刺氏に分かれた、とするのが最も妥当な結論ではないか、と郷道は推測している。
大中臣氏説 このほか、大中臣氏説もある。建武年間（1334–1336年）ごろの文書と思われる、『大徳寺文書』中の「信濃国伴野庄諏方上社神田相伝系図」所載の系図では、上社祝の信重の娘で伴野氏に嫁いだ二人の女性が大中臣氏となっている。この記録は出自の信頼性が高いため、少なくとも、建武政権期の伴野庄雑掌の某が、上社大祝の本姓を大中臣氏と認識していたということだけは確実である。ただし、この文書以外に大中臣氏と書いたものは存在しないため、不明点も多い。
神氏説 自称としての「神氏」は、南北朝時代の正平10年/文和4年（1355年）に諏訪氏傍流矢島氏の矢島正忠が、南朝の後村上天皇から従五位下の位を授かった時に「神朝臣正忠」と書かれている（『信濃史料』6・181所収『矢嶋文書』「後村上天皇口宣案正平十年六月三日」））。矢嶋氏（矢島氏）は、諏訪社上社の権祝を代々務める一族である。これが、上社系の諏訪氏の本流にかなり近い支族が本姓「神氏」を名乗った史料上の初見である。
もっとも、単に諏訪氏祠官の一門というだけならば、『雪村大和尚行道記』の「神氏為頼」が初見だが、小林はこの人物は下社の祠官ではないかと推測している。
また、血統上は諏訪氏一族ではないと思われる人物が「神氏」を名乗った例（いわゆる諏訪神党）まで含めると、鎌倉時代の文永8年（1271年）に、笠原氏の笠原信親が名乗った「左衛門尉神信親」（「蓬左文庫文書」所収「笠原信親証文目録」（『信濃史料』4・280））が初見である。初期の「神氏」は諏訪祠官家と無関係の氏族がほとんどである。そのため、郷道の説によると、本来は信濃武士が信仰によって諏訪氏と猶子関係などで関わりを持った際に名乗るのが「神氏」という呼び名の使われ方だったのではないか、という。
清和源氏説 南北朝時代後期の洞院公定編『尊卑分脈』では、北条氏御内人系統の諏訪氏（諏訪盛重ら）のみ掲載されており、その諏訪氏は清和源氏手塚流の支族ということになっている。手塚氏は下社系の金刺氏とされる場合が多いため（『参考源平盛衰記』など）、もし『尊卑分脈』説を信じるなら御内人系統の諏訪氏は上社ではなく下社の分流ということになる。
江戸時代には諏訪藩主家が清和源氏を自称したことにより、神氏は実質消滅した。『寛政重修諸家譜』（文化9年（1812年））では、神氏の本姓を名乗る武家は、日本全国で大熊氏のただ一氏しか存在しない。
高島藩主の諏訪忠林（1703–1770年）自身が編纂した『諏訪家譜』は、諏訪氏が清和源氏満快流の末裔だと自称している。源満快の曾孫の源為公（1005–1075年）の四男が依田氏祖の依田為実で、その曾孫が手塚氏初代の手塚信澄だとする。そして、その曾孫の北条得宗家御内人の諏訪盛重（法名：蓮仏）が諏訪氏の初代であるとしている。
平氏説 大祝家文書『諏方氏 平姓』系図（元禄6年（1693年））は、諏訪大社上社の初代大祝とされる有員を、桓武天皇第六皇子「有員親王」とし、臣籍降下して平氏の本姓を賜ったのだとする。
その他 2025年には、桃崎有一郎が（偽書説もある）『大祝信重解状』や近世系図類も駆使し、上記までの本姓説を折衷した独特な系図論を展開した。桃崎の主張によると、古代においては、上社大祝は神氏（ミワうじ）で、下社大祝は大中臣氏だった。しかし、上社の元祖神氏は鎌倉期の前に下社の大中臣氏の支流に乗っ取られた。ところが、上社系大中臣氏は、鎌倉中期にかつて乗っ取った相手の本姓である神氏に改姓した。これと並行して、下社の大中臣氏は、清和源氏満快流と古代金刺氏と藤原秀郷の血を引く諏訪盛澄（金刺盛澄）に乗っ取られて金刺氏となった。その下社金刺氏の一族が、御内人系統の諏訪氏（諏訪蓮仏盛重など）なのだとしている。
一方、桃崎の論は『伴野庄相伝系図』を全面的に採用する形で成立している。しかし、当該系図の建武年間（1334–1338年）頃時点での大祝家は「諏訪頼重→忠重→当祝（名称不明）」となっており、歴史上における通説的な流れである「諏訪頼重→時継→頼継（建武2年職位）」とは食い違いがある。桃崎自身もこの問題点を認識しており、現状では未解決問題として、後考を待ちたいとしている。
出自 180px|サムネイル|狩装束姿の諏訪明神 上社大祝を務めた諏訪氏（神氏）の由来については、共に大国主神の後裔とされる三輪氏の同族とする説と、欽明朝や推古朝の頃から平安時代初期に信濃国地方政治で活動を行なった有員（ありかず）の末裔であるとする説がある。
中世の伝承によると、諏訪明神（建御名方神）が8歳の童男に御衣を着せて自分の「御正体」（いわば身代わり・依り代）として神格化させた。『諏方大明神画詞』（1356年）と『神氏系図（前田氏本）』（室町時代初期）によると、この男児は有員という名の人物である。
祝（はふり）は神明の垂跡の初め、御衣を八歳の童男に脱ぎ着せ給ひて、大祝と称し、「我に於いて体なし、祝を以て体とす」と神勅ありけり。これ則ち有員、神氏の始祖なり。家督相次ぎて今にその職を忝くす。塙保己一編「続群書類従巻七十三 諏訪大明神絵詞」『続群書類従 第3輯ノ下 神祇部』続群書類従完成会、1925年（大正14年）、494 - 539頁。
有員は桓武・平城朝（9世紀初頭）に生きたと言われていることから、桓武天皇の皇子とする伝承もあるが、史実性は疑わしい。
サムネイル|左|240px|三輪山（奈良県桜井市） 有員を祖とする説以外にも、大神氏（三輪氏）を出自とする説もある。松本市や塩尻市柴宮で、大神氏に関係する部族がいたと思われる三河・遠江国に見られる三遠式銅鐸の出土があり、天竜川経由での人の移動があったことを示唆する。「祝（ほうり）」という神官の呼称や「ミワ」という氏族名を持ち、本殿を持たない神社、蛇信仰の存在等といった大神氏や三輪山（大物主神）信仰との共通点も指摘されている。実際には1865年（元治2年）の『諏訪神社祈祷所再建趣意書』には当時の大祝の諏訪頼武が「諏方大祝大三輪阿曽美頼武」と名乗っていた。
時期については諸説あるものの、いずれにせよ神氏となる氏族は下伊那地方から諏訪に進入してきたと考えられている。古墳時代後期（6世紀）に入ると下伊那には多くの前方後円墳が建てられ、これらには馬関連の副葬品が多い。6世紀後半に諏訪地方に出現して在地型の周溝墓（いわゆるフネ古墳型古墳）に取って代わる古墳からも馬具の出土が多いため、伊那谷から諏訪への馬飼集団の移動があったと推測される。この移動した部族を金刺氏とする説はあるが、伊那谷の古墳は一つの様式で占められず、いろんな種類があることから、そこには一つの氏族ではなく、むしろ文化の異なるいくつかの集団（畿内の豪族とそれに結び付いた在地勢力）がいたと考えられる。この中には神氏がいた可能性がある。
『日本書紀』から持統朝（7世紀後半）には既に諏訪の神が朝廷から篤い崇敬を受けていたことがうかがえるのに対して、多くの記録が神氏の始祖の有員が9世紀の人物としているという問題がある。大祝職が実は用明朝に始まったとする『神氏系図（前田氏本）』の記述を受け入れる説のほか、上社の大祝となる童男は元々特定の一族ではなくダライ・ラマのように上社周辺の氏族から選ばれていたが、平城朝に上社が下社の金刺氏にって世襲制に替わったという大和岩雄（1990年）の説がある。
諏訪地方では、建御名方神が土着の洩矢神を打ち負かして、洩矢神が勝利者に統治権を譲ったという伝承があるが、これは在地豪族の守矢氏が外来の神氏に降伏して祭政権の交代が行われた出来事に基づいていると推定される。その際に守矢氏の拠点地だった上社前宮の周辺が大祝に譲られたという可能性も考えられる。
偽りの系図・『阿蘇氏略系図』・『神氏系図（大祝家本）』 歴史学者の田中卓が1956年（昭和31年）に発見した『阿蘇氏略系図（異本阿蘇氏系図）』と1884年（明治17年）に見つかった『神氏系図（大祝家本）』には、科野国造（祖父•神八井耳命）家出身の、またはという人が用明天皇2年（587年）に諏訪湖の南に社壇を設けて初代大祝となったとあり、有員がその子孫とされている。
『阿蘇氏略系図』と『大祝家本神氏系図』をもとに金井典美らは神氏を金刺氏の分家とする説を唱え、これが一時期主流説となった。しかし、1990年代後半に入るとこれに対する反論が出て、そのうえ両系図を偽書とする見方村崎真智子「異本阿蘇氏系図試論」『ヒト・モノ・コトバの人類学 国分直一博士米寿記念論文集』1996年（平成8年）、202 - 218頁。が出たのである。
寺田鎮子・鷲尾徹太（2010年）はこの説に対して
国造という政治的支配者の金刺氏が「下社」という一見従属的な位置にあると思われる社壇の大祝となっていること 上社には「神氏と守矢氏の二重体制」という複雑な仕組みがあること 本家であるはずの金刺氏が務めている下社が神階昇進においてしばしば上社の後を追っていること 上社と下社の信仰内容が異なること（上社はミシャグジ信仰と狩猟を中心とし、下社は水霊信仰と稲作を中心とする）
を指摘して、「こうした要素を無視して、一つの「系図」によって「金刺氏創祀」説を唱えることは、非常に疑問を覚えざるを得ない」という批判の声を上げている。
また、『阿蘇氏略系図』と『大祝家本神氏系図』を発見した田中卓自身も、「これら諸氏の系譜の結合によって構成された広範囲にわたる同族的系譜関係は、もちろんこれを受け止めることはできない」、「それだけでなくその結合に用いた一々の氏族の系図の記載も、やはりそこに記載してあるというだけでは、これを軽々に信用するわけにはいかない」と述べ、これを否定している佐藤雄一「古代信濃の氏族と信仰」（2021年、吉川弘文館）。
村崎真智子は、『阿蘇氏略系図』と『大祝家本神氏系図』は江戸時代末期から明治初期までに、飯田武郷が文案を作り、中田憲信が系図としたことを想定しており、信憑性に疑問を抱いている。
佐藤雄一も、以上の田中や村崎の研究から、「その記載と事実との関係に慎重な態度を取るべきであり、現段階では本系図を元にした考察を行うことは難しい」と述べている。
間枝遼太郎は、『阿蘇氏略系図』が 京都の諏訪氏が聖徳太子信仰を取り入れて創作した系図（丁未の乱の年（用明天皇2年）に建御名方神の末裔の有員が諏訪大社を祀ったとする前田本「神氏系図」） 諏訪の諏訪氏が継承していた伝説（平城天皇期（大同元年、806年）に神武天皇の末裔の有員が活躍したとする伝承（『金刺氏略系図』や『諏訪大明神深秘御本事大事』など） 江戸時代以降に本居宣長などによって国学者や神官に広く知られるようになった『古事記』 「江戸時代に創作された『先代旧事本紀大成経』 に影響を受けて成立していると明らかにした。
以上のように、現在の学界では『阿蘇氏略系図』と『大祝家本神氏系図』を否定する学者が多く、「これらの系図が古代の歴史的事実を反映するものではなく（後略）」、「古代の歴史的事実を明らかにする力は持たない」と証明されている。
居住地 サムネイル|宮田渡大祝邸（諏訪市中洲） 大祝はかつて上社前宮の境内にあると呼ばれる館に住んでいた。その居館の周辺はと尊称され、代々の大祝職位式のほか多くの祭事が行われた。大祝は祭政両権を有したことから、当地は諏訪地方の政治の中心地でもあった。
室町時代に諏訪氏が惣領家と大祝家とに分かれた時、政治の中心地は惣領家の居城である上原城に移った。大祝の屋敷も後に上社本宮の近くにある宮田渡（みやたど、現・諏訪市中洲神宮寺）に移転したが、祭事は引き続き前宮に行われていた。
江戸時代に入ると藩主家の居所の高島城が高島藩（諏訪藩）の政庁となった。
神職 サムネイル|left|内御玉殿（上社前宮） 前述の通り、大祝は諏訪明神の神託により身体に神が宿る現人神とされ、代々正一位の神階を継承し、信仰の対象であった。
初代大祝の伝承で見られるように、大祝は童男をあてる例が多かった。大祝は即位後穢れに触れてはならないため、厳しい禁忌に服し心身を清浄に保った。また、在位している限りは諏訪郡外に出てはならないとされた。建御名方神が武甕槌神に諏訪から出ないと誓ったという『古事記』に見られる説話はこの掟と関係しているという考え方もある。
150px|サムネイル|八栄の鈴 上社前宮の境内社・には諏訪明神が携えたと言われる神宝（真澄の鏡・八栄の鈴・鞍・轡）が収められていた。大祝は毎年2回（3月巳の日と9月下旬の寅または申の日）鏡に向かって鈴を鳴らしながら天下泰平の祈願をした。内御玉殿（＝御霊殿）には大祝の祖霊（諏訪明神の幸魂と奇魂）が宿ると言われており、新任の大祝が自分が神の「御正体」となったと申し立てる場所でもある。大祝がもし在職中に死去すると、その遺体はまず内御玉殿の前に置かれるが、これは大祝の霊を後継者の即位式までここに保持する意味とみられる。
亡くなった大祝は古くは髪と髭は剃らずに諏訪明神の姿と伝える装束（烏帽子・狩衣・沓・行縢）で土葬されていたが、江戸時代には大祝家が仏式葬儀を採用した。
歴史 平安時代 サムネイル|220px|神殿跡（上社前宮） 神官であると同時に武士としても活躍し、神職に就いていない庶子や親類を派兵するようになった。源義家（八幡太郎義家）が出羽の清原氏討伐のため後三年の役に介入すると、大祝為信の子である神太為仲（諏訪為仲）が源氏軍に加わったという。
治承・寿永の乱（源平合戦）の折に、大祝がどちらに味方するか考えていたところ、祭神が夢に現れて手に持っていた梶の葉の軍配を白旗のある方向へと振り下ろしたことから、諏訪氏は源頼朝に味方する。以来、諏訪氏および諏訪大社を尊崇する氏子は梶の葉を家紋にしたという逸話がある。『吾妻鏡』によると、諏訪盛澄は元平家方のため頼朝方への帰順が遅れたのを理由に頼朝に捕らえられたが、鶴岡八幡宮で披露した流鏑馬の妙技によって助命されたという。
鎌倉・南北朝時代 鎌倉時代の当初は幕府の御家人だった諏訪氏も、幕府の実権を握った北条得宗家の被官（御内人）となり、北条氏のを受けた諏訪大社も、頼朝の崇敬を受けていたこともあって東国の武神としての評判が高まり、全国から勧請されるようになった。
承久の乱では諏訪盛重の子で大祝の信重が初めて諏訪郡外に出兵し、東山道を進軍する幕府軍の検見役を務めた。また盛重は寛元4年（1246年）の宮騒動や宝治元年（1247年）の宝治合戦で活躍し、北条時頼から「無双の勲功」を称えられ、諏訪盛経は内管領を務めた。元弘3年（1333年）の東勝寺合戦による鎌倉幕府の滅亡では、御内人として諏訪直性をはじめ多くの一族がともに滅亡したが、諏訪盛高が北条高時の遺児・北条時行（『太平記』では亀寿丸、『梅松論』では勝寿丸）をい諏訪に逃亡させている。建治元年（1275年）5月六条八幡新宮の造営費用が全国の御家人に求められると、鎌倉在住の諏訪兵衛入道跡（諏訪盛重の後裔）が7貫文、信濃国に住む庶流の藤沢四郎跡（藤沢清親の後裔）が7貫文、同じく庶流の四宮左衛門跡が5貫文を納めた。
幕府滅亡後に京都で後醍醐天皇が樹立した建武の新政に対し、建武2年（1335年）には北条氏の残党が時行を奉じて挙兵し、鎌倉を占拠する（中先代の乱）。これに対し、足利尊氏は倒幕に従い武功を挙げた小笠原貞宗を信濃守護に補任し諏訪氏に対抗させ、以来室町・戦国時代に至るまで小笠原氏と諏訪氏は抗争を繰り広げる。乱の平定により諏訪氏は再び敗北し、鎌倉では諏訪頼重・諏訪時継父子が足利勢に敗れて自害する。これにより大祝職は庶流の藤沢政頼が継承する。
南北朝時代には時継の子・諏訪頼嗣（頼継）が大祝職となった。一時は北条時行を迎えて小笠原氏と対抗したが、のち室町幕府に降って北朝から信濃守の官位を安堵された。
まもなく足利将軍家が兄の尊氏派と弟の直義派に分裂して観応の擾乱が起こると、頼嗣は直義党の重鎮として直頼に改名し、信濃国内における直義党の主将として善光寺付近で尊氏派の小笠原氏と争い観応2年（1351年）には船山守護所を焼失させ、甲斐国須沢城（山梨県南アルプス市）に篭城した高師冬を自害に追い込むなどの功を上げた。
観応3年/正平7年（1352年）に直義が死去すると、直頼は伊那谷に潜伏した宗良親王を奉じて戦った。文和4年/正平10年（1355年）8月には桔梗ヶ原（塩尻市）において信濃守護・小笠原長基や下社金刺氏、仁科氏らと衝突し、北朝方に敗れ、信濃における南朝は衰微した（桔梗ヶ原の戦い）。その後、尊氏が薨去していわゆる「薩埵山体制」が崩れると、直頼は第二代将軍の足利義詮に仕え、旧直義党として復帰し、小笠原氏との抗争を続けた。上社諏訪氏が独自の勢力を保ったのに対し、下社金刺氏は小笠原氏と手を組むこともあった。この争いは戦国時代まで続く。
北朝の将軍・足利義満の代には、直頼（頼嗣）はさらに頼寛（法名は普寛）へと改名したと思われ、管領の斯波義将と手を組んで小笠原氏に対抗した。大祝職は頼継の弟である信嗣が継承し、頼継の子・信員の一族は伊那郡高遠へ移り、高遠諏訪氏となった。
室町時代 室町時代には応永4年（1397年）10月に諏訪有継が大祝となるが、4年後に下位すると、文明16年（1484年）12月には頼満（碧雲斎）が大祝職となるまで惣領家が大祝職に就くことが途絶える。さらに文安6年（1449年）には諏訪氏と下社金刺氏との抗争も発生し、これは信濃守護・小笠原政康（府中小笠原氏）が介入する事態となった。政康は金刺氏を後援したため、諏訪惣領家は政康と小笠原家惣領職を争う松尾小笠原氏と結んで勢力を拡大し、これにより諏訪大祝家との内訌も激化する。康正2年（1456年）には諏訪惣領家の信満と諏訪大祝家の頼満（伊予守、前述の碧雲斎とは別人）兄弟が衝突する「芸州・予州大乱」が発生する。この乱はまもなく沈静化するが、信満は居館を上原に移転している。
大祝家で頼満の子・継満が大祝職に就き、義兄にあたる高遠継宗や松尾小笠原氏と結び台頭した。継満は、文明11年（1479年）に府中小笠原氏が松尾小笠原氏を攻めると、一時的に大祝職を辞して松尾小笠原氏後援のために出陣し、帰還後に再び大祝となっている。これに対し、諏訪惣領家では信満の子・政満が府中小笠原氏と和睦してこれに対抗した。
文明15年（1483年）正月8日には継満が政満とその子・若宮丸、政満弟の原田小太郎らを神殿に招いて酒宴を催し、その場で暗殺するクーデターが発生する（文明の内訌）。この事件により諏訪一族は反抗に出て、継満を干沢城（茅野市宮川）へ追い込み、さらに高遠へ追放する。また、継満父の頼満（伊予守）もこの時に討ち取られており、下社金刺氏も駆逐された。
継満のクーデターから生き残った政満の次男・宮法師丸（頼満（碧雲斎））は文明16年（1484年）12月に諏訪惣領家を継承し、さらに大祝職についた。碧雲斎の時代に諏訪郡を統一し、大祝家を滅ぼし惣領家が大祝をも務め祭政一致の下、武力と権威を強めていった。
戦国時代 サムネイル|200px|上原城跡（茅野市茅野上原） 戦国時代には諏訪郡と接する隣国の甲斐国守護・武田氏と争いが活発化する。甲斐守護・武田信昌は諏訪上社の檀那でもあり、寛正5年（1464年）4月に信昌は守護代・跡部氏に対抗するため諏訪信満に援軍派遣を要請している。この時は信満とその子・小太郎（政満）、諏訪満有の三男・光有（越前守）らが諏訪一族や佐久郡大井氏らと甲斐へ出兵している。なお、一行は4月5日に諏訪を発しているが、この年の4月13日には御柱祭が予定されていたため、いったん引き返して御柱祭を終え、6月に再び出陣する。一行は6月8日に武田信昌と合流し、7月2日に山梨郡夕狩沢（山梨市上岩下）で跡部景家（上野介）と激突し、跡部氏を本拠の小野田城（山梨市牧丘町）へ追い、滅亡させた。諏訪衆は7月9日に帰国する。
寛正6年（1465年）12月、武田信昌は跡部氏の残党討伐のため再び諏訪氏に援軍を要請し、信満は12月26日に諏訪衆を甲斐へ派遣する。
その後、武田家では信昌の子である信縄と油川信恵との間で内紛が発生し、信昌は信恵方に加担した。信昌はさらに堀越公方の足利茶々丸と結んだため、反・茶々丸の駿河国の今川氏、相模国の伊勢氏（後の後北条氏）と敵対した。こうした対外情勢の変化により武田氏と諏訪氏との関係も険悪化したと考えられており、文亀元年（1501年）閏6月2日には伊勢宗瑞（北条早雲）が諏訪家臣・千野氏に対して頼満（碧雲斎）に武田氏を挟撃する申し出を行っている。こうして伊勢宗瑞は諏訪氏と結びつつ甲斐東部の都留郡への侵攻を行っているが、一方の諏訪氏側では、『一蓮寺過去帳』によれば延徳4年（1492年）9月3日に発生した信昌・信恵と信縄の間で発生した合戦において矢ヶ崎氏が戦死しており、信昌・信恵方に援軍を派遣していたと考えられている。
その後、甲斐国では信縄の子・信虎（初名は信直）により甲斐国は統一され、武田氏は戦国大名化する。武田氏は駿河の今川氏と和睦し、大永7年（1527年）には信濃佐久郡への出兵を開始する。諏訪氏では永正15年（1518年）12月18日に諏訪頼満が下社の金刺昌春の本拠である萩倉要害（下諏訪町）を攻め、昌春を放逐する。昌春は甲斐へ逃れて武田信虎に庇護され、享禄元年（1528年）8月には昌春を擁した信虎は諏訪への出兵を行う。武田勢が8月22日に甲信国境に迫ると、8月晦日に頼満・頼隆父子は甲信国境の神戸境川（長野県諏訪郡富士見町）において、いったんは敗退した。同日夜に諏訪勢は境川に兵を進めると今度は武田勢を駆逐し、勢力を甲斐北西部にまで及ぼした。