コミックマーケットが抱える問題（コミックマーケットがかかえるもんだい）ではコミックマーケット準備会が主催する同人誌即売会であるコミックマーケット（Comic Market、通称：コミケあるいはコミケット）が抱える問題と課題を挙げる。コミックマーケットの歴史は2025年で50年を数える。この歴史の一面を見た場合、ある意味では漫画・アニメなどを主軸とする同人の世界が数々の諸問題の影響などを乗り越えてきた歴史を反映している。現在もまた、著作権に関する問題・描写と規制・同人イベントの参加者のモラル・イベントの肥大化とそれに付随して発生する問題を抱えている。本項では、特に肥大化の進むコミックマーケットに固有の問題を列挙する。同人誌や同人ゲームの抱える著作権問題、および過激な性的描写による表現などの問題は「同人誌」の項目も参照されたい。以下に挙げる諸問題の多くについては、コミックマーケット準備会が発行するカタログに概略が記載され参加者への注意も毎回喚起されているものである。
本記事では以下、コミックマーケット準備会のことを「準備会」と表記する。
イベント肥大化と会場施設面の問題 会場容量の限界
thumb|right|コミックマーケット参加者の企業スペース入場待機列（東京国際展示場西館屋上にて撮影） thumb|right|混雑する場内（C62） 2000年代後半以降、参加者の人数は一日あたり15万人を超え20万人に達することもある状態が続いており（実際、2008年夏のC74の1日目、2日目、3日目の入場者数はそれぞれ17万人、18万人、20万人で、一日あたりでは東京ゲームショウや東京モーターショーの2倍前後となっている「コミックマーケット74アフターレポート」 『コミックマーケット75カタログ』、2008年、1192-1194頁）、身動きがとれないほどの混雑した場所もあったなどの報告「MRまんがレポート74」 『コミックマーケット75カタログ』、2008年、1231頁 が毎回の様に繰り返されており、主催者側も一部エスカレーターの運用を停止するなど群集事故を防ぐ方策を講じている。
だが、日程を増やすことは容易ではなく、同人イベントに使用可能な施設としては東京国際展示場（東京ビッグサイト）が日本国内でも最大で、同種の施設（コンベンションセンターと呼ばれる展示場施設）として、これを超える規模のものは存在しておらず ・、そのような超巨大コンベンションセンターの具体的な新設や拡張の計画も現在の国内にはなく、この膨大な参加者数は、それ自体が1つのネックとなってしまっている。千葉市の幕張メッセは確かに東京ビッグサイトに準じる規模を持つ展示場であり過去にコミックマーケットが行われていたこともあるが、その後、コミケを追放した経緯がある（1991年8月に発生したコミケ幕張メッセ追放事件、しかし追放後の2015年3月28日 - 29日にコミケットスペシャル6オタクサミットを幕張メッセで開催）。西日本最大の展示場であるインテックス大阪の場合だと、アクセスできる公共交通機関がOsaka Metro南港ポートタウン線しかなく、2019年に供用が開始された愛知県国際展示場（Aichi Sky Expo）は中部国際空港に位置することから空港利用客との混乱が起こりうることが懸念されるため、2022年に新第1展示館の供用が開始されたポートメッセなごやは名古屋臨海高速鉄道あおなみ線しかアクセスできる公共交通機関がなく、人を捌ききれないため、事実上開催が不可能である。 地理的にも東京都江東区の東京ビッグサイトと千葉県千葉市の幕張メッセまでが首都圏近郊であり、大阪府大阪市のインテックス大阪と愛知県名古屋市のポートメッセなごやは遠征となり、通常規模のコミックマーケットを首都圏南関東近郊以外で大規模開催した事例はない(通常より格段に小さいSP版すら、北関東の茨城県水戸市のSP5水戸や沖縄県宜野湾市の沖縄コンベンションセンターのSP3沖縄しかない)、さらに東京ビッグサイトと幕張メッセとインテックス大阪が日本3大展示場で展示面積7万平方メートル以上を誇るため、東京ビッグサイトと幕張メッセの双方が使用不可になると通常コミケ規模やコミケ以外のイベントでも東京ゲームショウなど大規模イベントは事実上開催不可能になる。他に神奈川県横浜市のパシフィコ横浜もあるが、展示面積は2万平方メートルほどと幕張メッセの3分の1にも満たない(4分の1ほどしかない)ので、展示面積不足で無理である。もっとも、他施設に移転するとなれば移転先の会場で定期的に開催されているイベントとのスケジュールの調整が確実に必要である。
なお2020年東京オリンピック・パラリンピックへの対応として、東京ビッグサイトに東新展示棟と西ホール付近の拡張棟（南展示棟）、東京テレポート駅付近の仮設展示場（青海展示棟）が新設され、2016年のC91より東新展示棟が使用されている。また、2019年のC96・97については、東展示棟でオリンピック関連の一部占用が始まるため、西展示棟・南展示棟（以上サークル）・青海展示棟（企業ブース）で行われた。オリンピック・パラリンピック開催終了に開催されたC99以後は、ホールの規模が拡大したことにより、会期が2日間に短縮された。
数十万人単位の参加者の誘導と会場警備には多くのボランティアが参加しているが、それ以上に年々参加者が増加しており、主催者も抜本的な混雑緩和策をめぐり苦慮を重ねている。コミックマーケットの一参加者でもある斎藤環は2005年9月30日の インターネット放送『マル激トーク・オン・ディマンド』 の番組内でコミックマーケット68の開場後の場内の様子を紹介し、参加者が膨大であるにもかかわらず、運営がほぼ混乱なく整然と行われているイベントであるとしている。
参加者の体調問題
コミックマーケットは参加人数が非常に多く、長時間列に並ぶことが常態化している。その年の気候にもよるが、夏コミでは炎天下による熱中症夏コミのカタログでは毎回熱中症対策を呼びかけるページが掲載されている。コミックマーケット84のカタログでは1233ページに掲載。熱中症対策にご協力ください！補給・休憩・冷却（コミックマーケット１０８）、コミックマーケット準備会、冬コミでは寒さ対策（会場が海に近いため寒い）不足による低体温症にかかり、救護室に担ぎ込まれる参加者が後を絶たない。準備会はコミックマーケット84に関連して、夏のイベント参加者に感染症への注意を呼びかけた感染症流行中・ご注意！。
新型コロナウイルスによる開催中止・延期 2020年2月から新型コロナウイルス感染症「COVID-19」の影響で各種イベントの開催中止が相次ぎ、3月15日の時点では準備会は「開催に向けて準備しているものの、会場からの中止要請があった場合は中止、または延期の可能性がある」とコメントしていたコミックマーケット98の開催見通しについて コミックマーケット公式サイト 2020年3月15日 が、同月27日に拡大防止の観点からC98は史上初の開催中止となることが発表された「コミックマーケット98」開催中止。
同年冬に開催予定であったC99は、新型コロナウイルス感染症拡大防止の観点と、東京オリンピック・パラリンピックの開催延期に伴い、東京ビッグサイト東展示棟が使用できないことを受けて、同年冬の開催を断念し、2021年のゴールデンウィークでのC99の開催を目指すことを7月12日に正式に決定した。しかし、再度延期となり21年冬開催を目指すことを決定した。これにより、2020年はコミケが一切開催されないという年となった。
その後、2021年12月30日と31日にコミックマーケット99(C99)が開催された。それ以降もコロナの状態を様子見しながら参加人数を拡大していて、まだまだ参加人数制限は厳しいが、徐々に2019年以前のコロナ前に近づけつつある。詳細はコミックマーケット#開催再開（C99 - ）を参照されたい。
子連れ参加 2000年代後半以降は子連れの参加者も目立ってきているが、会場内の混雑状況は子供にとっては過酷な環境である「入場時の注意」 『コミックマーケット75カタログ』、2008年、7頁。にもかかわらず、コミックマーケットカタログには「迷子札」をつけるように指示をしているだけであり、参加者各自の判断に任されている状況である。これは参加者の中に、子連れ参加について賛成派と反対派の双方が存在するためでありコミックマーケット準備会発行『コミケットプレス総集編5』特集「子連れ参加論争partI」「子連れ参加論争partII」、かつ「運営ルールに違反しない限り一人でも多くの参加者を受け入れる」というコミックマーケットの理念上コミックマーケット86サークル参加申込書セット、特定の参加者を受け入れないわけにはいかないためである。しかし、「授乳した赤ちゃんから吐瀉物を吐かれて自分の服が汚された」、「サークル参加している母親が赤ちゃんを椅子に置き去りにして買い物に出かけた」、などの子連れ参加特有の苦情も発生している。コミックマーケット準備会は、会場近辺の託児所の紹介も行っているが、最終的には「親ばかりが楽しむのではなく、子供も一緒に楽しむ、無理しない形できちんと準備、計画を立てて訪れて欲しい」と結んでいる。
犯罪対策 コミックマーケットでは過去に時限発火装置や癇癪玉によるいやがらせも発生している。これ以来準備会では不審物の対策として、参加者自身による不審物確認を促す一斉点検放送を定時に行っている「不審物対応について」 『コミックマーケット75カタログ』、2008年、10頁。1996年8月から2001年12月まで準備会には毎回脅迫状が届いている「ゆりかもめ駅構内爆発事件報道」におけるコミケットと事件の関連記事への見解。
2008年夏のコミックマーケット74では、同年7月以降にインターネット等で複数の脅迫行為が行われ、当時の様々な事案があり、手荷物確認が行われたコミックマーケット準備会からの緊急のお知らせコミックマーケット準備会からの緊急のお知らせ（続報）。準備会は行為者や以後の脅迫に対して毅然たる姿勢をとることを表明したコミックマーケット74アフターレポート。 サムネイル|259x259ピクセル|コミックマーケット準備会が「黒子のバスケ」のサークルブース周辺に掲示した告知文。『表現の場』を提供するコミックマーケットが犯人の脅迫行為に苦慮した結果であった。 2012年冬のコミックマーケット83では、10月に「黒子のバスケ」のサークル不参加を要求する脅迫状が準備会に送られたことを受け、C74と同様に安全を確保したうえでの開催が調整されていた。しかし、11月に他主催の「黒子のバスケ」同人誌即売会、および集英社主催の「ジャンプフェスタ」での「黒子のバスケ」関連イベント・グッズ販売が中止されたことを受け、警察・会場が強い懸念を持ち、会場からは通常通りの開催が行われれば以降のコミックマーケットでの東京ビッグサイトの使用が禁止される恐れがあったため、「黒子のバスケ」のサークル参加中止措置と同作品の同人誌・グッズの頒布中止要請コミックマーケット85サークル参加申込書セット15ページ を発表したコミケ83：「黒子のバスケ」脅迫で一部出展見合わせを決定 - MANTANWEB（まんたんウェブ）コミックマーケット83、「黒子のバスケ」関連すべて中止へ 脅迫状への対応として - ねとらぼ「冬コミで『黒子のバスケ』を扱うなら来年夏以降は貸せない」東京ビッグサイトの要請に準備会が苦渋の決断（1/2） - 日刊サイゾー。その結果、C83の開催2日目の該当サークルブースは、他と比べ異様な閑散ぶりとなった厳戒態勢のコミックマーケット83 「黒子のバスケ」脅迫で空っぽのエリアも - ねとらぼコミケ83：「黒子のバスケ」同人誌900サークル出展見合わせ 37年で初の大規模自粛 毎日新聞 2013年1月5日閲覧。。この事件に便乗して、「黒子のバスケ」が配置されるはずだったブロックで3通の脅迫文が発見されたコミックマーケット準備会発行「コミケットプレス38」22ページ。また、コスプレに関する準備会からの自粛要請はなかったものの、自粛ムードが広がり、初日のコスプレでは「黒子のバスケ」のコスプレイヤーは見当たらず、「となりでコスプレ博」など、近隣のイベントへ流出した。2013年4月3日に株式会社東京ビッグサイトは「黒子のバスケ」関連イベントへの以後の対応をリリースした漫画「黒子のバスケ」にかかる一連の脅迫事案への対応について。2013年夏のコミックマーケット84では、全てのジャンルのサークルが通常通り参加・頒布が行われた。警視庁捜査第一課によると、2013年12月15日に黒子のバスケ脅迫事件で逮捕された男は確保された時、コミックマーケット主催者に対して開催中止を求める脅迫文を所持し、投函しようとしていた。
2015年冬のコミックマーケット89以降、2020年東京オリンピックの開催が近くなったことや、ISIL等による国際テロ事件の多発などによる情勢に伴う、警察からの要請があったため、簡易手荷物検査が行われることとなったコミケ：3年ぶりに手荷物確認実施へ テロ対策強化の要請を受け まんたんウェブ 2015年12月15日コミックマーケット89における警備強化に関するお知らせ コミックマーケット公式サイト 2015年12月15日。
極度に混み合うことからスリなどの窃盗事件が発生しており、警視庁では捜査第三課の捜査員を派遣し警戒している。
通信環境
コミックマーケットの混雑した会場内で、他の参加者と連絡を取りあうのは困難な状態が続いている。携帯電話が普及する以前から、アマチュア無線やパーソナル無線で連絡を取りあう参加者も存在する携帯電話の普及で一時期は減少したが、昨今のスマートフォンの普及により、通信量の増加と通信環境の悪化に伴い、現在では再び無線通信の利用者が増加する傾向にある。。携帯電話の普及により、連絡を取りあうのは（以前と比べては）容易になったものの、コミケ当日は会場周辺の通信量が激増し、携帯電話やインターネットへのアクセスが困難な状態が続いておりコミックマーケット85カタログ34ページ、C85開催時現在、時間帯によっては通信量の激増に対処しきれない状況であるコミックマーケット85カタログ5ページに「会期中は携帯電話が通じにくい」との記述がある。。C78ではソフトバンクモバイル（現・ソフトバンク、以下C87までは「ソフトバンクモバイル」、C88以降は「ソフトバンク」と表記）がTwitterでの期待を受けて対策を行った孫正義 @masason 「やりましょう」進捗状況 | SoftBankコミックマーケット78アフターレポート。C85ではNTTドコモ・au（KDDI）・ソフトバンクモバイル（以下携帯大手3社と表記）が移動基地局とWi-Fiアクセスポイントを装備した人員（NTTドコモは50名）を、C100では携帯大手3社に加え、楽天モバイルが会場への派遣を実施したコミックマーケット85 | エリア | NTTドコモコミックマーケット85でつなぐならやっぱりau「コミックマーケット85」会場でソフトバンク Wi-Fiスポットを大幅に増設 | モバイル | ソフトバンク【速報】調査兵団仕様の人間Wi-Fiがゲリラ参戦、KDDIがコミケで「進撃の巨人」と本気のコラボ | BUZZAP！（バザップ！）。
コンサート等のチケットの電子化が進んでいるが、準備会は「通信障害発生時のリスクが非常に大きい」として、電子チケットの導入に否定的である。
2020年東京オリンピック・パラリンピックによる東京ビッグサイトの使用不可 2020年東京オリンピック・パラリンピックの開催が決定し、東京ビッグサイトが大会期間中はプレスセンターとして2020年9月のパラリンピック閉幕まで全館使われる計画で、コミケを始めとする各種展示会・イベントが会場として使用不可能となる見通しである。当初の計画では、2019年4月からプレスセンターと国際放送センターの準備のため一部施設（東展示棟・東新展示棟）、2020年4月からは全館が占有される予定だった東京2020オリンピック・パラリンピック競技大会に伴う東京ビッグサイトの利用制約への対応について,東京都産業労働局,2016年11月10日。
また、東京ビッグサイトに次ぐ規模となる幕張メッセもフェンシングなどの会場になる予定のため、東京ビッグサイトとほぼ同時期に五輪関係でパラリンピック終了まで長期占領されてしまうので、関東地方での代替開催も微妙な情勢となっている。東京オリンピック組織委員会は「最終的な占有開始時期は国際オリンピック委員会と協議中」としていた東京「2019年問題」!? 大型展示場は軒並み五輪で使用 モーターショー、コミケはどうなる？,産経ニュース,2015年9月26日。交渉の結果、2018年と2019年は夏季・冬季とも従来通り開催予定とし、2020年は夏季開催を春の大型連休中に前倒しして開催（冬季は通常通り）することを決定していたが、コロナウイルスの影響により最終的には中止へと追い込まれたコミケ：2020年の会場問題が決着 GWに前倒し開催へ まんたんウェブ 2017年12月23日。コミックマーケット94終了後の2018年8月12日、準備会は2019年開催予定のコミックマーケット96・97について、史上初の4日間開催であることを決定した。また前述の通り東展示棟が使用できないため、西展示棟と新たに建設される南展示棟・青海展示棟で行われた。
なお、東京オリンピック開催に伴って会場が狭くなり、企業ブースが減少し、広告も減ってしまう一方で、開催日数が4日となり、会場数も2つに増加することにより、経費が増大したのと、コミケ参加者とそうでない一般人とを判別するため、2019年8月に開催予定のコミックマーケット96(C96)と同年12月に開催予定のコミックマーケット97(C97)について、入場料の有料化（リストバンドを購入する方式）を検討していることが、2018年11月3日付けの「コミケットアピール95」「コミケットアピール９５」(pdfファイル)の2ページ目の「共同代表からのごあいさつ」(コミックマーケット準備会 共同代表 安田かほる、筆谷芳行、市川孝一 共著)において、示されたBIGLOBEニュース(2018年11月6日)「コミケ有料化へ 東京五輪によるビッグサイト利用制限で経費増」。
新型コロナウイルス感染症流行の影響で2020年3月に東京オリンピック・パラリンピックの1年延期が決定し、2021年夏に東京オリンピック・パラリンピックが開催されたため、東京ビッグサイトの使用可能計画も2020年秋から2021年夏ごろまで白紙撤回となった。
周辺地域への影響 参加者の著しい増加につれて一般参加者の入場待機列が長大になるなど、コミケットの大量の参加者とその輸送・流動を巡っては、周辺地域に及ぼす環境面や安全面や交通への影響が大きく、開催継続に際してのリスク要因となっている。
周辺の店舗 コミックマーケットの開催に合わせ周辺の店舗では品揃えを参加者が必要とする商品に特化したり、従業員を接客に長けた者で固めるなどの特別対応をとる店がある。開催期間中のローソン国際展示場駅前店の様子は2015年放送の『ドキュメント72時間』（夏コミ！ “日本一”のコンビニで）で紹介された。東京ビッグサイト駅最寄りのカフェ・ベローチェ有明店では、1999年ごろから開催期間中は店長クラスの熟練者を通常の4倍配置する特別シフトとしているコミケのために各地から店長が集結 ベローチェ有明店、伝説の「ベローチェ店長オンリー」は実在する？ → 実在します！ - ねとらぼ。
交通混雑 台場・有明地区への公共交通機関としてはゆりかもめ、りんかい線、都営バス（都05-2、東16、門19、急行05土曜・休日のみの運行であるため、注意が必要。、急行06、国展01・02・04・09）、空港連絡バス（羽田空港発着高速バス京浜急行バスと東京空港交通の共管。）、吉祥寺駅方面直通バス東京ビッグサイトには停車せず、国際展示場駅に停車する。 、マイタウン・ダイレクトバス、三島羽田シャトルなどの高速バスがある。また2021年（令和3年）のC99からJRバス関東が新規に乗り入れ、2023年（令和5年）4月1日より東京BRTの幹線ルートが乗り入れを開始した。だが大量輸送機関はりんかい線が唯一でありゆりかもめはAGTであるが、これは中量輸送機関に分類される。、そのりんかい線を含めいずれもコミケット参加者の輸送だけでも専用ダイヤや臨時便などの特別輸送体制が敷かれるほどの状況である。
このため夏はお盆（8月15日頃）、冬はクリスマスから年末シーズンにかけてという人出のピークとなる時期に開催されるため、会場へ行き来する参加者とお台場等の他の観光施設へ向かう客とで交通機関に大きな影響を及ぼしている。特にウォーターフロント地区の性質上、訪問者は内陸側から来て内陸側に帰ることになるため、午前中から昼頃にかけては台場などへ行く買物客・観光客、午後から夕方にかけてはそこからの帰宅客とが結果的にそれぞれ同一ルートとなり、結果として混雑に拍車が掛かることも多い。コミケットから帰る客で混雑する時間帯は台場付近から乗車する乗客との兼ね合いもあり、有明駅・東京ビッグサイト駅の両駅で新橋方面への列車の乗車制限を行っている。これに対し、豊洲方面への乗車制限はない。さらに、東京ビッグサイト駅ではホームが混雑するため入場制限を行っている。とはいえ、かつての晴海やゆりかもめとりんかい線の全線開通以前の有明は臨時路線バスが主力という不便な環境であり、黎明期と比べれば会場への交通手段の選択肢ははるかに充実している。
長距離夜行高速バスは、ドリーム号（東京駅発着）、WILLER EXPRESS（東京駅鍛治橋駐車場、バスタ新宿、大崎駅西口発着）など多数の路線が設定されているが、コミックマーケット開催時の上りと開催終了後の下りはすぐに満席となるケースが多い。また、2020年（令和2年）まで運転されていたJR東海道線の夜行快速「ムーンライトながら」は、夏コミ・冬コミともに開催日が青春18きっぷの使用可能日と一致し、かつ東京から西日本方面を安く移動できるため、コミックマーケット開催時の上り・開催終了後の下りは指定席券の確保が困難を極めた2016年夏に開催されたコミックマーケット90の場合、8月11日 - 13日発の上りと、13日発の下りの指定席券が入手困難だった（いずれも出発日は始発駅基準）。。
コミケ終了後の上野東京ライン、特に東海道線の混雑が熱海駅から先JR東海管内の静岡地区や遠く名古屋地区にまで影響を及ぼすことすらある。
しかしながら、書き入れ時とはいえコミックマーケット開催時は平時とは相当に異なる混雑となるため、周辺路線の駅や車内アナウンスにおいてコミックマーケット参加目的の乗客に対し「『一般の』お客様の迷惑になる」などと、コミックマーケット参加目的の乗客を他の利用客と明確に差別するかのような物言いをする駅係員や乗務員もおり（特にりんかい線で顕著）、批判も上がっている。ただし、コミックマーケット参加目的の乗客があまりに多すぎて酷い混雑になることや、一部の心ないコミックマーケット参加の乗客による迷惑行為によるコミックマーケット参加目的以外の乗客からの苦情が交通各社に寄せられており、交通各社側がコミケ参加目的の乗客とそれ以外の乗客との板挟みになっていることもまた事実である。例として、2013年に東京臨海高速鉄道が公式Twitter上で、「夏休み中で子供も多く乗車しているので、コミケで買った本を車内で読むのをやめてほしい」といった趣旨の注意を呼びかけられりんかい線「オタクの異臭騒ぎ」だけではなかった。 「コミケで買った本を車内で見ないで」の意味とは？ - J-CASTニュース、2013年8月15日、こういった行為は控えられるようになったコミケの「始発ダッシュ」どう思う？ 「りんかい線」コミケ戦線のホンネ (1/2) - ねとらぼ。このほか、国際展示場駅に到着する始発電車を降りた参加者が改札に向け駅構内を走る行為（いわゆる『始発ダッシュ』）についても、危険であるため止めるようにアナウンスしているコミケの「始発ダッシュ」どう思う？ 「りんかい線」コミケ戦線のホンネ (2/2) - ねとらぼ。『始発ダッシュ』については半ばコミケの名物とも化しており、その様子を面白半分で撮影する者もおり、これについてもトラブルの原因となるとして遠慮して欲しいとしている。
他のイベントとの兼ね合い コミケットの開催期間はお盆休みと年末の書き入れ時にもあたり、周辺地域で開催される他の大型イベントや大型商業施設のバーゲンセールなどと多分に重なる。このため、コミケットの数十万人単位の参加者の臨海副都心部や東京都心での流動は各方面に様々な影響を及ぼしている。
夏コミ期間は中央区主催の東京湾大華火祭と重なる場合があり、花火観覧客と交通規制によって有明・台場地区やレインボーブリッジ・晴海通りはもとより、レインボーブリッジ対岸でも道路の渋滞・混雑が発生していたが、東京湾大華火祭は2015年を以っていったん休止となり、2026年10月に再度開催することとなったが10月のため日程が重なる恐れはなくなった。また東京ビッグサイト近隣の台場・有明地区に所在する企業や商業施設が開催する夏期イベントとも重なり、交通機関や周辺道路が渋滞している。
同様に冬コミ期間中にも、近隣の台場・有明地区の各種商業施設で数多く開催される歳末セールや歳末イベントの人出と重なる他、近隣でも品川区勝島の東京シティ競馬（TCK）で恒例となっている年末開催があり、冬コミ日程と重なる形でTCKにとっても大レース（重賞競走）が連続する期間となる。特に地方競馬の全競走を通じて最高の格付けと売得金を誇る国際GI東京大賞典は1999年（平成11年）より12月29日に固定して開催されており1999年は冬コミ開催が12月24日〜12月26日のため重複しなかったが、競馬では冬コミと中央競馬のGIグランプリ有馬記念が重複し、2019年の冬コミはGIホープフルステークスと重複する。2008年と2014年の冬コミは有馬記念・東京大賞典の両方と重複した。、日程がぶつかっている上に東京大賞典は15～16時台の発走であるため、競馬観戦とコミケットの終了後の帰宅時間帯のピークが重なっている。とりわけJR京浜東北線と東急大井町線とりんかい線の乗り換え駅であり、TCKへ向かうバスやタクシーが多数発着する大井町駅は大変な混雑となる。なお、コミケ参加者の帰宅時間帯への配慮かは不明ではあるが、後にTCKは年末開催を「プチトゥインクル競走」と銘打ってナイター競走・薄暮競走の時間帯に開催するようになり、年末開催の薄暮競走ではメインレースを16時30分頃、最終レースを18時前に設定する（つまり、最終レース終了まで観戦した場合、無料送迎バスが最寄りの大井町駅に到着するのが18時20分頃になる）など、競馬観戦客の帰宅のピークを分散させると同時に、コミケ参加者の帰宅時間帯のピークと重ならないタイムスケジュールが組まれるようになっている。
2002年（平成14年）冬のC63では、漫才イベント『M-1グランプリ』の決勝戦・敗者復活戦が東京ビッグサイトからほど近いパナソニックセンター有明スタジオで開催され、28日に設営、29日昼から夜に生放送、29日深夜から翌30日早朝にかけて撤収が実施されるスケジュールが組まれていた。このことから、大会の観覧者や出演芸能人のファンによる入り待ち・出待ちやコミケット側における東京ビッグサイト周辺の徹夜組の存在も絡めて混乱の発生が懸念されたものの杞憂に終わった。翌2003年冬のC65でも『M-1』最終決戦とコミケット期間は重なった。なお、2004年は『M-1』の開催日が数日繰り上げられコミケとの日程重複はなくなり、翌2005年からは主催者と会場の契約の兼ね合いから大会自体の会場変更が行われていたが、『M-1』は2010年に終了した（2015年に復活）。『M-1』の後継である『THE MANZAI』については、当初から決勝戦開催日とコミケの開催日は重複していない。
参加者・来場者の行為・行動にまつわる問題