横浜F・マリノス（よこはまエフマリノス、）は、日本の神奈川県横浜市、横須賀市、大和市をホームタウンとする、日本プロサッカーリーグ（Jリーグ）に加盟するプロサッカークラブ。Jリーグ創設当初からのチーム、オリジナル10の1つ。
国内三大タイトル（J1リーグ、Jリーグカップ、天皇杯）を全て獲得している。
また、1993年のJリーグ発足から、鹿島アントラーズとともにJ2リーグへの降格経験が一度もない。
概説 1972年に創設された日産自動車サッカー部を前身とする。元々のチーム名は「横浜マリノス」だったが、1999年に同じく横浜を本拠地としたオリジナル10の横浜フリューゲルスを吸収合併した際に、フリューゲルスを表す「F」の文字を入れた。チーム名の「マリノス（Marinos）」は、スペイン語で「船乗り」「水夫」「海兵隊員」のこと。7つの海を渡り世界を目指す姿と、ホームタウンの横浜がもつ国際的港町というイメージをオーバーラップさせている。Jリーグ公式サイト及びテレビ中継では「横浜FM」、スポーツ振興くじ（toto）では「横浜M」と略される。なお、スポーツ新聞においては日刊スポーツが、マリノスとフリューゲルスの合併以降、F・マリノスを「横浜」と表記している（ただし、1999年と2000年はJリーグ正会員がマリノスのみであったため当時、横浜FCは3部組織の日本フットボールリーグ（JFL）、横浜スポーツ&カルチャークラブ（YSCC）は神奈川県社会人サッカーリーグ1部所属。、他の新聞においても「横浜」とだけ記述されていたものもあった。なお、スポーツニッポンは2024年までは日刊スポーツ同様に、F・マリノスを「横浜」と表記していたが、2025年からは「横浜M」と表記している。また一部の新聞では「横浜マ」と略すものもある）。
チームカラーは「ブルー、レッド、ホワイト」の三色（トリコロール）。この三色は元々日産自動車のコーポレートカラーであった。各色の意味合いは、レッド「瞬発力と情熱」、ホワイト「集中力と潔白さ」、ブルー「冷静さと港町・横浜の海」。
ホームタウンは神奈川県横浜市、横須賀市、大和市。横須賀市では1987年より夏島町追浜地区にてサッカースクールを開講している縁で2005年1月25日に、大和市は2006年より市内にてサッカースクールを開講している縁で2017年4月27日に、それぞれホームタウンへの追加が承認された。ホームスタジアムは横浜市港北区の日産スタジアム（横浜国際総合競技場）。Jリーグ発足当初より横浜市神奈川区のニッパツ三ツ沢球技場（三ツ沢公園球技場）を使用していたが、2016年よりJリーグへの届け出上の本拠地を日産スタジアムに一本化した（後述）。
クラブマスコットは、ホームタウン・横浜市の市鳥であるカモメをモチーフとした「マリノス君」「マリノスケ」「マリン」。マリノス君はJリーグ開幕からクラブのホームゲームに毎試合登場している。マリノスケはクラブと小学館のコラボレーション企画で、2000年に『月刊コロコロコミック』誌上で誕生、マリノス君の甥という設定。ホームゲーム以外に地域のイベントにも参加している。マリンは2022年に海外から帰ってきた設定で登場。マリノスケの妹（マリノス君の姪）にあたる。また非公認のマスコットとして「ワルノス」が2008年に登場している（2025年現在は活動休止）。
運営会社
運営会社である横浜マリノス株式会社は、元々は日産自動車の全額出資により設立・運営されていた（当時の商号は日産フットボールクラブ株式会社）が、横浜フリューゲルスとの経営統合時に、フリューゲルスの運営母体であった全日空スポーツを合併しており、全日空スポーツの親会社である全日本空輸（ANA）が資本参加して「日産70%・ANA30%」の資本構成となった。2002年2月1日付でANA出資分を日産が買い取り、再び日産の完全子会社となったが、2005年2月1日付で第三者割当増資を行い、神奈川県に本社を置く7社から0.98%ずつの出資を受けた相模鉄道・崎陽軒・タカナシ乳業・神奈川新聞・テレビ神奈川・横浜信用金庫・サカタのタネの7社。。
2014年7月、マンチェスター・シティFCなどを運営するシティ・フットボール・グループ（CFG）が日産自動車と「グローバルサッカーパートナーシップ」を締結。これに伴い、日産自動車の保有株式（全体の約93%）のうち20%弱を取得し、日産に次ぐ第2位の株主となった。なお、実際のマネジメントはCFGの全額出資により設立された日本法人「シティ・フットボール・ジャパン」となり、2016年には同社社長である利重孝夫がチーム統括本部長に就任している。
なお、日産自動車株式会社は2016年に燃費試験の不正問題のため、経営難に陥っていた三菱自動車工業株式会社を傘下に収めて再建を行うことになった。これに際して、同じJリーグに加盟している浦和レッズとの「クロスオーナーシップ」の規制を記載した「Jリーグ規約第25条(5)」に抵触するため、浦和のスポンサーに関しては三菱自工保有株式を三菱重工業株式会社と共同で立ち上げた持株会社「ダイヤモンドF.C.パートナーズ株式会社」へ譲渡したうえで、三菱自工の株式保有率を下げることによりこの問題を解消させている。
歴史 前身
1972年創部の日産自動車サッカー部が前身。 1979年に日本サッカーリーグ（JSL）1部に昇格。 1988年-1989年のJSL1部リーグ、JSL杯、天皇杯の当時の日本サッカー主要大会三冠を達成。1989年でこれまで長年チームを率いてきた加茂周が退任した。 金田喜稔や水沼貴史、木村和司、井原正巳、松永成立など数々の日本代表を輩出してきた。読売サッカークラブとの対決は「黄金カード」と呼ばれた。
1990年代 1991年 Jリーグ加盟。 この年で1989年から指揮を執っていたオスカーが監督を退任した。 1992年 清水秀彦が監督に就任。
この年から開催されたナビスコカップは予選リーグ敗退。JSL終了後に柱谷哲二が退団。 1993年 200px
1993年 1stシリーズ開幕節のスタメン 日産FC横浜マリノスとして参加した第72回天皇杯全日本サッカー選手権大会は、元日に行われた決勝で読売クラブを下して優勝。
5月15日のJリーグ開幕戦はヴェルディ川崎に2-1で逆転勝利。
サントリーシリーズ（以下「1stステージ」）は第10節まで5勝4敗1分で下位に低迷。新加入したラモン・ディアスの2試合連続ハットトリックの活躍もあり第11節から4連勝で首位鹿島アントラーズと勝ち点6差の2位に浮上。しかし、第15節に鹿島との直接対決に敗れ、さらに第17節で横浜フリューゲルスに敗れたことで最終的に3位。NICOSシリーズ（以下「2ndステージ」）は開幕戦でV川崎に勝利。しかし、その後は2度の連敗もあり、逆に順調に勝利を重ねたV川崎に勝ち点差を広げられてしまい3位。JSL時代からの名門クラブとして期待が大きかったものの、1度も優勝争いに絡むことなく年間順位4位でJリーグ初年度を終えた。ディアスが28得点でJリーグ初代得点王となった。
ナビスコカップはグループリーグ敗退。天皇杯は準々決勝でサンフレッチェ広島に敗れた。
シーズン終了後に勝矢寿延、エバートン・ノゲイラが退団。 1994年 川口能活、遠藤彰弘、上野良治らが入団。当時現役アルゼンチン代表のメディナベージョが加入。ディアス、昨年10月に途中加入したサパタの元リバー・プレート所属のアルゼンチントリオが形成された。この年から井原がキャプテンに就任。
シーズン開幕前にはアルゼンチンに遠征。CAリーベル・プレート、ロサリオ・セントラルには惜敗するも、ヒムナシア、インテルナショナルに勝利するなど上々の仕上がりを見せたサッカーストライカー 1994.4.3日号 26-30ページ。しかし、1stステージは開幕8試合で1勝7敗と低迷。その後2連勝するも、第11節から5連敗を喫して9位。2ndステージは第10節で首位に立ったが、その後4連敗して最終的には首位V川崎に勝ち点9差の3位。年間順位6位。
ナビスコカップは準決勝でジュビロ磐田に、天皇杯では準決勝でJFLのセレッソ大阪に延長戦の末に敗れた週刊サッカーダイジェスト 1995年1月18日 p.118。
シーズン終了後、日産時代から4シーズン指揮してきた清水が監督を退任。ミスターニッサンと呼ばれた木村が現役引退。 200px
1995年 1stシリーズ最終節スタメン 1995年 ホルヘ・ソラリが監督に就任。松田直樹、安永聡太郎らが入団。
1stステージは鹿島と優勝を争う展開となった。アルゼンチントリオや野田知、三浦文丈、小村徳男らが活躍して開幕4連勝。5月にソラリが体調を理由に退団したため早野宏史が監督に就任。監督交代後も好調を維持して第15節に首位に立つ。その後3連敗があったものの、同時期に鹿島も3連敗を喫したことで首位を維持。その間に連勝を重ねたV川崎に勝ち点3差まで詰め寄られるも、最終節で鹿島に勝利して1stステージ初優勝。
2ndステージは開幕6試合で5勝1分と好調を維持し、第7節から7連勝で首位V川崎を猛追するが、第14節の直接対決に敗れる。退団したディアスの穴を埋められず、メディナベージョの負担が大きくなってしまったことも影響し、最終盤にも3連敗を喫してしまい首位V川崎と勝ち点13差の3位に終わる。
JSL時代のライバル対決となったV川崎とのチャンピオンシップは、2戦合計2-0で勝利してJリーグ初優勝。
ナビスコカップは不開催。天皇杯は2回戦でJFLの福岡ブルックスに敗れた。
長く攻撃を牽引していたディアスがソラリ監督との確執により4月に退団。川口にスタメンを奪われる形になり、ソラリと対立した松永が5月に鳥栖フューチャーズへ移籍。1stステージ終了後に水沼が現役引退。シーズン終了後に神野卓哉、メディナベージョが退団。 1996年 アルベルト・アコスタ、ネストル・ゴロシートらが加入。
通年制となったリーグ戦は開幕から5連敗。ゴロシートは一定の活躍は見せたが、すぐに退団した。終盤も2度の連敗を喫するなど、一度も優勝争いに加わることなく8位で終える。アコスタは前半戦は活躍したものの、ディアスやメディナベージョの穴を埋めることはできず、総得点は39得点でリーグワースト5位。
ナビスコカップはグループリーグ敗退。天皇杯は3回戦でJFLの大塚製薬サッカー部に敗れた。
シーズン終了後に早野を解任。ビスコンティ、サパタが退団。 1997年 ハビエル・アスカルゴルタが監督に就任。育成組織出身の中村俊輔、榎本達也らが入団。ジェフユナイテッド市原から城彰二、スポルティング・ヒホンからフリオ・サリナス、ニューウェルズ・オールドボーイズからフリオ・セサル・バルディビエソが加入。
1stステージは優勝争いをしていた鹿島、横浜F、柏レイソルに次ぐ位置で推移し、第10節で首位鹿島に勝ち点差2まで詰め寄る。しかし、その後3連敗を喫して5位に終わる。2ndステージは連敗スタートとなったが、第3節から11連勝。首位磐田との勝ち点2差の2位に浮上する。しかし、鹿島との直接対決に敗れ最終的に3位に終わる。年間順位は3位。攻撃陣が好調で年間得点数はリーグ2位の73得点を記録したが、失点がリーグワースト5位の59。
ナビスコカップはグループリーグ敗退。天皇杯は4回戦でJFLの東京ガスサッカー部に敗れた。
シーズン中に鈴木正治、シーズン終了後に山田隆裕が退団。 1998年 アスカルゴルタ体制2年目。C大阪から神田勝夫、広島から路木龍次、元スペイン代表のヨン・アンドニ・ゴイコエチェアらが加入。
1stステージは開幕から2連敗。その後は連勝を重ねて第11節終了時点で首位に勝ち点3差の2位。しかし、優勝争いをしていた清水、磐田に敗れてステージ4位に終わる。シーズン当初から選手の獲得を巡ってアスカルゴルタとフロントが対立し、1stステージ終了後に成績を理由にアスカルゴルタを解任。後任には1997年からヘッドコーチを担っていたアントニオ・デラ・クルスが就任。
2ndステージの前半は攻撃陣が好調で第9節終了時点で途中首位に立つ。しかし、その後は3連敗もありステージ4位に終わる。2ndステージに入り、4節のジェフ市原戦でサリナスが負傷し、以降の試合を欠場。ゴイコエチェアはデラ・クルス監督就任後は次第に出場機会を失い、バルディビエソが多くのアシストを決めるなど奮闘したが 週刊サッカーマガジン 1998年12月30日号 No.692 P.122-125 、立て直せずに終わりステージ4位に終わった。年間順位も4位に終わる。
ナビスコカップではグループリーグ敗退、天皇杯は3回戦でJFLのブランメル仙台に敗れた。
シーズン終了後に野田、三浦、安永、サリナス、ゴイコエチェア、バルディビエソが退団。 1999年 横浜Fを吸収合併し、横浜F・マリノスへ名称を変更。 デラ・クルス体制2年目。蔚山現代FCから柳想鐵、横浜Fから三浦淳宏、波戸康広、吉田孝行らが加入。
1stステージはサリナス、バルディビエソが退団した攻撃陣の好不調の波が大きくステージ7位に終わる。 2ndステージ序盤は城や中村の活躍もあり、首位を快走。しかし、中盤の連敗で清水エスパルスに首位を明け渡し、最終盤の直接対決にも敗れて最終順位は3位。
ナビスコカップは準々決勝でFC東京に、天皇杯は準々決勝でV川崎に敗れた。
シーズン終了後、デラ・クルスが退任。長年チームで活躍し「ミスターマリノス」と呼ばれた井原に対し、若手の台頭をうけて世代交代を進めたいクラブの意向によりコーチ就任を要請するも固辞され井原は磐田へ移籍。神田らも退団。城がレアル・バリャドリードへ移籍。
2000年代 2000年 オズワルド・アルディレスが監督に就任。クロアチア・ザグレブからユーリッチ、インスティトゥートACコルドバからラウル・マルドナード、 ECヴィトーリアからエジミウソン、愛知学院大学から藏川洋平らが加入。ユースから石川直宏、大橋正博らが昇格。
1stステージは攻撃陣が好調で、第12節に首位に立つ。第14節のC大阪との直接対決に敗れて2位に後退するも、最終節に勝利し、C大阪が敗れたため5年ぶりのステージ優勝を決めた。
夏に城彰二が再加入し2ndステージを迎えた。柳想鉄は1stステージからの好調を維持し年間17点を挙げたのに対し、城やエジミウソンが不調に陥り、総得点は1stステージより8少ない24得点に終わった。攻撃陣の不調が影響し優勝争いに絡むことなく5位に終わる。
鹿島とのチャンピオンシップは2戦合計0-3で敗れ、優勝を逃した。
ナビスコカップ、天皇杯ともに準々決勝で鹿島に敗れる。
中村が史上最年少でMVPを受賞。
シーズン途中に吉田が大分トリニータへ移籍。シーズン終了後にユーリッチ、マルドナード、エジミウソン、藏川、三浦、柳想鐵らが退団。 2001年 鹿児島実業高校から田原豊、市立船橋高校から本橋卓巳が加入。ユースから金子勇樹、田中隼磨、坂田大輔らが昇格。9月に清水から3年ぶりに安永聡太郎が復帰。
若手中心のメンバーとなった1stステージは開幕から5試合未勝利。その後も調子が上がらず3勝2分10敗で15位。前年から続いていた得点力不足は深刻で7試合が0得点だった。
6月に左伴繁雄が社長に就任。アルディレスを解任するなどチームのテコ入れを図った。2ndステージからセバスティアン・ラザロニが監督に就任。開幕から3連勝した直後に3連敗。その後はラザロニとともに加入したブリット、ナザ、ドゥトラらのブラジル人選手や、松田、川口、小村ら守備陣の活躍により、6勝3分6敗で10位。年間順位13位で残留を決めた。リーグ戦の得点数はリーグワーストの32得点。失点数はリーグ3位の44失点。
ナビスコカップは決勝で磐田を下して初優勝。天皇杯は3回戦で京都に敗れた。
10月に川口がポーツマスFCへ移籍。シーズン終了後に小村、ブリットらが退団。城がヴィッセル神戸へ期限付き移籍。 2002年 東京ヴェルディ1969から中澤佑二、磐田から清水範久と奥大介、コンサドーレ札幌からウィル、駒沢大学から那須大亮、桐光学園から阿部祐大朗らが加入。ユースから栗原勇蔵、榎本哲也が昇格。
中澤と松田の代表センターバックコンビに加え、奥ら新戦力が活躍。1stステージは開幕から13戦無敗。第13節で磐田に勝ち点2の差で首位に立つ。しかし、第14節に鹿島に敗れて勝ち点1の差で磐田に首位を明け渡し、2位で終了。
大きな期待を集めた2ndステージは開幕から3連敗を喫して早々に優勝争いから脱落。第7節で敗れ、2勝1分4敗となった時点で成績不振を理由にラザロニを解任。下條佳明が後任となった。下條就任後は6勝2敗と立て直したが、序盤での不振が響き6位。リーグ戦の年間順位は2位。
ナビスコカップはグループリーグ敗退。天皇杯は4回戦で広島に敗れた。
4月に石川がFC東京へ移籍。7月に中村がレッジーナへ移籍。10月に試合中に味方を蹴ったウィルを解雇。シーズン終了後にナザ、城が退団。 200px
2003年基本フォーメーション 2003年 監督に岡田武史が就任。広島から久保竜彦、FC東京から佐藤由紀彦、蔚山現代から3年ぶりに柳想鐵、東京Vからマルキーニョス、浦和レッズから河合竜二が加入。ユースから山瀬幸宏らが昇格。
1stステージの開幕戦は前年王者の磐田を下すものの、リーグ戦中断前の第10節までは首位と勝ち点4差の4位。ブラジル代表のカフーが7月から加入することで契約合意していたが、チーム合流直前に契約を解除。柳想鐵が右サイドバックを務めることになった。これが功を奏して中断明けの第11節から連勝。優勝争いをしていた磐田、市原の失速もあり第14節で勝ち点1の差で首位に立つ。最終節も勝利して、3年ぶりのステージ優勝。
2ndステージは2分1敗とスタートで躓く。その後連勝を重ねて第9節で勝ち点1差で首位に立つ。しかし、その後2分2敗と失速して7位に後退。第14節は快勝して3位に浮上し、首位の磐田とは勝ち点3差ながら直接対決を残しており、得失点差では優位にたった状態で最終節を迎えた。最終節は磐田に逆転勝利し、鹿島が引き分けたため得失点差で2ndステージ優勝を決めた。前年の磐田に次ぐ両ステージ制覇の完全優勝で8年ぶり2度目のリーグ優勝を成し遂げた。
ナビスコカップは準々決勝で磐田に、天皇杯は準々決勝で鹿島に敗れる。
シーズン終了後、マルキーニョスが契約満了で退団。 200px
2004年CS第2戦 フォーメーション 2004年 岡田体制2年目。清水から安貞桓、市原から中西永輔、国士舘大学から山﨑雅人らが加入。
A3チャンピオンズカップ2004の日程がAFCチャンピオンズリーグ2004と重複したためA3をJサテライトリーグ中心メンバーで戦い2位。ACLはグループステージ敗退。
スーパーカップは磐田と対戦してPK戦で敗れる。
1stステージは第6節で首位の磐田に勝ち点7差まで広げられたが、第10節に磐田を直接対決で下し、第14節で磐田をかわして首位に立つと、最終節も勝利を収めて優勝。第3節以降は10勝2分と強さを見せた。また、前年の1st、2ndステージに続き、史上初の3ステージ連続優勝を達成した。
2ndステージは3勝1敗でまずまずのスタートを切ったが、以降3試合連続で引き分けるなど失速。首位浦和との勝ち点差を広げられてしまう。負傷や代表招集による主力の欠場もあり、得点が伸びず6位に終わる。
チャンピオンシップは浦和と対戦。2戦合計1-1のタイスコアとなり延長戦に突入したが決着がつかずPK戦へ突入。PK戦を4-2で勝利し、J1史上3クラブ目の連覇と3度目のリーグ優勝を達成した。
ナビスコカップは準々決勝で浦和に、天皇杯は5回戦でJFLのザスパ草津に敗れた。
中澤が日本人DF初のシーズンMVPに輝いた。
シーズン中に波戸が柏へ移籍。シーズン終了後に柳想鐵が蔚山現代、安永が柏、佐藤が清水へ移籍。 2005年 岡田体制3年目。城南一和天馬からアデマール、浦和から山瀬功治、モンテディオ山形から大島秀夫、静岡学園高校から狩野健太、桐光学園から田中祐介が加入。ユースから飯倉大樹、天野貴史が昇格。夏にSEパルメイラスからマグロン、磐田からグラウが加入。
スーパーカップは東京Vと対戦してPK戦で敗れる。
AFCチャンピオンズリーグ2005はグループステージ敗退。
通年制となり、史上初の3連覇を目指したリーグ戦は第6節終了時点で3勝2分1敗だったが、昇格組の大宮アルディージャ、川崎フロンターレに連敗。その後は負け無しで第16節で首位鹿島と勝ち点9差の3位につける。しかし、第17節でFC東京に0-4で敗れて以降6試合勝ち無しと低迷して優勝争いから脱落。アデマールや安貞桓退団後に加入したグラウが全くチームにフィットせず、久保が腰痛に悩まされ出場機会が減少したこともあり、年間を通して得点力不足が解消されなかった。最終順位は9位。得点数は優勝したガンバ大阪の半分の41でリーグワースト6位。日本代表の中澤、松田を中心とした堅守により失点数はリーグ3位タイの40。
ナビスコカップは準決勝でG大阪に、天皇杯は5回戦で川崎に敗れる。
5月にアデマールがADサンカエターノ、6月に安貞桓がFCメス、7月に遠藤が神戸へ移籍。シーズン終了後にグラウが大宮へ移籍。 2006年 岡田体制4年目。アトレチコ・ミネイロからマルケス、大分から6年ぶりに吉田孝行らが加入。ユースからハーフナー・マイク、秋元陽太が昇格。順天堂大学から小宮山尊信が特別指定選手として加入。
リーグ戦は開幕4連勝で首位に立ったが、第5節からの15試合で2勝と低迷。特に試合終盤の80分以降の失点が続き、第19節の敗戦後に岡田が辞任。後任にはコーチを務めていた水沼貴史が就任。監督交代以降は7勝1分7敗で前年と同じ9位で終了。久保や奥、マルケスら攻撃陣が不調で得点数は49。失点数はリーグ3位の43失点で、この年も日本代表DFの中澤、松田らによる堅守が目立つ結果となった。
ナビスコカップは準決勝で鹿島に、天皇杯は準々決勝でG大阪に敗れる。
シーズン中にマグロンが移籍。シーズン終了後に榎本達也が神戸、奥と久保が横浜FC、ドゥトラがスポルチ・レシフェへ移籍。中西が退団。 2007年 早野宏史が11年ぶりに監督に就任。レッドスター・ベオグラードから鈴木隆行、東京Vからマルクスらが加入。ユースから長谷川アーリアジャスール、田代真一 、斎藤陽介が昇格。野洲高校から乾貴士が加入。
リーグ戦はシーズンを通して攻撃陣の好不調の波が非常に大きく、大量得点の試合がある反面12試合で無得点だった。前年を上回る7位で終了したが、優勝争いに絡めず、目標とした3位以内にも届かなかった。得点数は54でリーグ6位（大島、坂田、山瀬功治が2ケタ得点をマーク）、失点数は35でリーグ2位。調子にばらつきのある攻撃陣に比べて日本代表DFを擁する守備陣は年間を通して安定していた。
J1では初めて横浜FCとの横浜ダービーが開催された。アウェーでの第2節は0-1で敗戦。ホームでの第19節はチーム新記録の1試合8得点を記録して8-1で勝利。なお同試合の前夜にスタジアム付近で「JUST GEDO」という名称のサポーター団体が横浜FCサポーターを暴行するという事件を起こし逮捕されている。
ナビスコカップは準決勝で川崎に、天皇杯は5回戦で清水に敗れる。
左伴が社長を退任。後任は斎藤正治。
シーズン中にマルクスが移籍。シーズン終了後に早野が退任。那須が東京V、吉田が神戸へ移籍。鈴木、上野、マルケスらが退団。 2008年 桑原隆が監督に就任。クルゼイロECからロニーとロペス、水戸ホーリーホックから小椋祥平、早稲田大学から兵藤慎剛、慶熙大学校から金根煥、帝京高校から浦田延尚、丸岡高校から梅井大輝が加入。ユースから金井貢史、水沼宏太が昇格。
リーグ戦の序盤は3位につけていたが、第9節から10試合未勝利（クラブタイ記録の公式戦6連敗も記録）と低迷。第16節で降格圏内の16位へ転落したのが決定打となり桑原を解任。統制本部長の木村浩吉が後任となった。第20節で11試合ぶりの勝利を挙げると、第22節で勝利し降格圏を脱出。最終順位は9位。2005年から続く得点力不足は解消されず、この年も中澤、松田、栗原らの日本代表経験者を中心とした堅守で勝ち切る試合が多かった。
ナビスコカップは準々決勝で、天皇杯は準決勝でいずれもG大阪に敗退。
シーズン中にロニーがG大阪へ移籍。シーズン終了後、田中隼磨が名古屋グランパス、大島がアルビレックス新潟、乾がC大阪へ移籍。ロペスが退団。 2009年 チームスローガン：Enjoy・Growing・Victory 木村浩吉体制2年目。早稲田大学から渡邉千真、釜慶高校から丁東浩が加入。ユースから齋藤学、端戸仁が昇格。
リーグ戦は開幕から4試合未勝利と出遅れ、上位の鹿島、川崎、清水、名古屋にホームゲームで勝利した一方、この年にJ1に初昇格した山形に逆転負けを喫するなど終始低迷。最終順位は10位。それでもプロ1年目で13得点を挙げた渡邉、ユース組の天野、飯倉、長谷川らの若手や狩野らの中堅の活躍が見られたシーズンとなった。
ナビスコカップは準決勝で、天皇杯は4回戦でいずれも川崎に敗れる。
6月、セルティックFCに所属する中村俊輔の獲得交渉に失敗。交渉決裂の責任をとって斎藤正治が社長を辞任。嘉悦朗が後任に就いた。
シーズン終了後、木村浩吉との契約を解除。ハーフナー・マイクがヴァンフォーレ甲府、山瀬幸宏がサガン鳥栖、小宮山が川崎へ移籍。
2010年代 2010年 チームスローガン：ACTIVE 木村和司が監督に就任。エスパニョールから8年ぶりに中村俊輔、大宮から6年ぶりに波戸康広、東京Vから藤田優人、CAボカ・ウニドスからバスティアニーニが完全移籍で加入。早稲田大学から松本怜が加入。ユースの小野裕二が2種登録。中村獲得の効果もあり、入場者数が前年比17.6%の増加となった。
リーグ戦は開幕戦を落としたものの、続く湘南ベルマーレ、川崎との神奈川ダービーで連勝。しかし、その後は勝ち負けを繰り返すようになり優勝争いからは早々に脱落し、最終順位8位。中村のセットプレーという武器を手に入れたものの、9試合で無得点と得点力不足は解消されなかった。また、日本代表経験者を擁する堅守にも綻びがみられたシーズンとなった。
ナビスコカップはグループリーグ敗退、天皇杯は4回戦で清水に敗れた。
リーグ最終節前にマスコミなどで松田や山瀬功治らベテラン選手との契約満了が報じられ、その後クラブも正式に発表。最終節後のセレモニーでは、この決定と発表の経緯にサポーターが反発。監督や社長挨拶がかき消されるほどの松田コールや、セレモニー後もスタジアムで約6時間に及ぶ座り込みなどの抗議を行った。
シーズン終了後、松田が松本山雅FC、山瀬と田中裕介が川崎、河合が札幌、清水がアビスパ福岡、坂田がアリス・テッサロニキ、浦田が鳥栖、斎藤陽介がアルビレックス新潟シンガポールへ完全移籍。藤田が横浜FC、齋藤学が愛媛FC、田代がFC町田ゼルビアに期限付き移籍。期限付き移籍していた梅井が退団。 2011年 チームスローガン：進化する心・技・体 ACTIVE 2011 木村和司体制2年目。清水から青山直晃、川崎から下部組織出身の谷口博之、柏から小林祐三、東京Vから大黒将志が完全移籍で加入。青山学院大学から育成組織出身の武田英二郎、筑波大学から育成組織出身の森谷賢太郎が加入。期限付き移籍していた金根煥が復帰。ユースから小野、松本翔が昇格。
リーグ戦は前半戦を首位で折り返したが、後半戦は3度連敗を喫するなど失速して優勝争いから脱落し、最終順位は5位。天皇杯は準決勝で京都サンガF.C.に敗れ、ACL出場権獲得を命題として望んだシーズンだったが叶わなかった。ナビスコカップは準決勝で鹿島に敗れた。
8月12日に松田直樹（8月4日に死去）が在籍時に使用していた背番号3を永久欠番にすると発表。Jリーグ創設以来、サポーターナンバーを除いて初の永久欠番となった。