thumb|right|みなとみらい100円バス（2009年2月7日、桜木町駅前にて撮影) 横浜市営バス（よこはましえいバス）は、横浜市交通局自動車本部が運営する公営バスである。
沿革 横浜市営バスのはじまり 7路線で運行開始 横浜市営バスの設立の発端は1923年（大正12年）の関東大震災発生であった。横浜市電気局（現：横浜市交通局）は市電の壊滅的な被害からの復旧に追われ、震災により郊外へ移っていった市民の新たな交通需要に対応することができなかった。1927年（昭和2年）には市に隣接する2町7村が横浜市に編入され、ますます急拡大した市域の足を確保する必要があった。そこで電気局は、市電の補助機関として路線バスの運営に乗り出すこととなった。
1928年（昭和3年）4月18日に電気局からバス事業開始についての議案が市会に提出され、市会はこれを原案通り採決した。昭和天皇の即位大礼式が行われるのにあやかり、市営バスは1928年（昭和3年）11月10日、右記の7路線で運行を開始した。
路線の総延長は30.2km、料金は1区間7銭、運転手・車掌合わせて140人、30台体制にて運行開始。一日の利用数は約1万人弱であった。
運行開始時の車両は、現在とほぼ同じクリーム色に青帯塗装の14人乗りフォードA型バスで、女子車掌が添乗していた。
+1928年11月10日の開業当初の路線路線名運行区間井土ヶ谷線神奈川 - 横浜駅前 - 桜木町駅前 - 阪東橋 - 井土ヶ谷保土ケ谷線桜木町駅前 - 平沼町2丁目 - 浅間町 - 保土ケ谷駅前 - 保土ケ谷橋小港線桜木町駅前 - 万国橋 - 桟橋 - 山下橋 - 小港橋 - 小港根岸線桜木町駅前 - 市役所前 - 亀ノ橋 - 地蔵坂上 - 山元町 - 滝ノ下間門線磯子 - 八幡橋 - 滝ノ下 - 間門三ツ沢線神奈川 - 青木橋 - 反町東横電車前 - 三ツ沢日野線弘明寺 - 上大岡 - 吉原 - 日野
最初のバス車庫 市営バスの開業直前に、桜木町駅横の空地に桜木町車庫（現：横浜市健康福祉総合センター）の建築が始まったが間に合わず、市電の浅間町車庫の一部がバスの仮車庫として転用された。
桜木町車庫は1930年（昭和5年）4月15日より使用を開始したが、後に浅間町車庫の自動車施設の増強に伴い、桜木町車庫は1933年（昭和8年）3月に廃止統合された。
1936年（昭和11年）頃までには、当時京浜工業地帯に組み込まれていった鶴見方面の路線増強、弘明寺線・岡野町線・磯子線・豆口線・関内周り三ツ沢線といった当時の郊外線の新設など、バス路線の大幅な拡張やそれに伴う車両の増強（140台ほどに増加）が行われ、市電の補助機関としての運行から、独立した運輸体系をもって事業経営にあたることとなった「横浜市電気局事業誌」。これを支えるべく鶴見方面の営業拠点として1937年（昭和12年）12月27日に鶴見車庫を開設、翌1938年（昭和13年）1月16日に営業を開始している。
系統番号の付番 1928年の市営バス開業時には系統番号は付番していなかったが、1932年（昭和7年）には系統番号を初採用、当初開通した7路線とその後新たに開通した1路線に付番し、1系統から8系統とした。
その後は、数字ではなく片仮名の「イロハ」を冠した系統番号が付されるなどして、系統番号が統一されない時期もあった。戦後の1949年（昭和24年）、当時存在した約20の路線に数字の系統番号が付番された。以降、横浜市営バスでは原則として路線開通順に数字の系統番号を付番するという法則となり、現在に至っている。横浜市営バスでは、首都圏で主流の漢字+数字の系統番号ではなく、数字のみの系統番号を採用しており、現在に至るまで特徴となっている。
民営バスとの競合 当初横浜市は、市民のための公共交通は市民自らが経営すべきであるという公営交通一元論を持っていたが、これは実現せずに現在に至っている。市営バスは路線の拡大を図るべく1929年（昭和4年）に計23路線の申請をしているが、これに対し後から申請した各民営バスの路線が先に認可されるなど、当時路線の許認可を取り仕切っていた県や鉄道省の理解は得られず対立していた。市営バスの開設直前には横浜乗合自動車が横浜駅 - 杉田間のバスを開業し、市内西部では相武自動車や鶴屋商会（後に相武自動車と合併）が路線を開業させていた。 +当時の市内民営バス事業者名主な路線横浜乗合自動車横浜駅 - 長者町 - 杉田鶴見臨港鉄道鶴見駅西口 - 東寺尾 - 獅子ケ谷東京横浜電鉄東神奈川駅西口 - 六角橋 - 小机 - 川和六角橋 - 菊名 - 綱島 - 高田 - 千年 中央相武自動車横浜駅 - 鶴ケ峰 - 長津田辻 - 鶴間 - 相模大塚 - 厚木相武鶴屋自動車弘明寺 - 関ノ下 - 本郷村 - 鎌倉「神奈川中央交通60年史」p1関ノ下 - 栗木 - 杉田吉野町 - 六ツ川 - 戸塚駅戸塚駅 - 岡津 - 阿久和戸塚駅 - 中田 - 和泉 - 長後 - 用田 - 厚木戸塚駅 - 原宿 - 藤沢駅横須賀自動車杉田 - 金沢八景 - 横須賀京浜電気鉄道品川駅 - 市電生麦終点富士屋自動車箱根宮ノ下 - 鎌倉 - ホテルニューグランド・1935年に横浜乗合自動車と横須賀自動車は合併、湘南乗合自動車に改称・1936年に湘南電気鉄道が湘南乗合自動車を買収、1941年に京浜電気鉄道に合併・1938年に相武鶴屋自動車が東京横浜電鉄の傘下に入る・1939年に相武鶴屋自動車が中央相武自動車を合併、東海道乗合自動車に改称・1942年に富士屋自動車の後身、富士箱根自動車が東京横浜電鉄の傘下に入る・1943年に東京横浜電鉄は京浜電気鉄道を合併、東京急行電鉄に改称・1944年に東海道乗合自動車は神奈川中央乗合自動車に改称・その他、百貨店「野澤屋」が市内に無料送迎バスを運行 1932年（昭和7年）には公営一元化の方針の下に、鶴見駅 - 汐田・安善町方面の路線を運行していた鶴見乗合自動車を買収し、同年7月1日から鶴見駅 - 安善町間を市営バス路線として開設している。しかし民営会社の買収はこの1件にとどまった。横浜乗合自動車が路線売却の方針を示した際、市と会社との交渉が行われたものの価格面で折り合えず、湘南電気鉄道が買収することとなったり、1936年頃に鶴見臨港鉄道の鶴見駅 - 獅子ケ谷間路線の売却話があった時も交渉がなされたが、これも不調となるなど失敗に終わった。1935年（昭和10年）には10社以上の民営バスが市内を運行しており、実際に市営バスで統一するには難しい情勢であった。
バスの公営・民営競合は横浜市だけの問題ではなく、1934年（昭和9年）には六大都市電気局長協議会において「公営バス保護並びに民間バスの統一を目的とした強制買収に関する規定設置請願」が決議され、1935年（昭和10年）にはこの「民営バス強制買収法案」が国会に提出されるまでに至った。これには各民営バス事業者が猛反発し、陳情書を鉄道省、貴族院・衆議院両院、各政党に提出して激しく反対運動を行うなど大論戦になったが、結局この法案は審議未了のまま廃案となった。これには、既にガソリン統制問題が浮上してくるなど、バスを含む運送事業・自動車産業が戦時下の険しい時代に突入しようとしていた背景があった。
戦争と市営バス 横浜市における戦時統合 1931年（昭和6年）に満州事変が起こり、1937年（昭和12年）に日中戦争が勃発し、日本は戦時体制に突入した。
1938年（昭和13年）に公布された陸上交通事業調整法に基づき、東京周辺では全国に先駆け戦時統合が行われることとなり、横浜市周辺では東京急行電鉄（大東急）が統合主体とされた（横浜市内では現在の東急バスと京浜急行バスが対象。川崎鶴見臨港バスは対象から外された）。
神奈川県内の路線バスは横浜市・相模地区・地区外の3ブロックに分けられ、横浜市内の路線バスは横浜市が統合主体に選ばれたため、横浜市営バスはそのまま存続することとなった。しかしすでに市内民営バスのほとんどが大東急の支配下に置かれた上で整理・統合されることとなり、結局横浜市による統合は実施されなかった。このことが横浜市内バス路線の市営バス統一実現をさらに遠ざける結果となった。
代燃車による運行 市営バスでも木炭バスの運行が始まり、1938年（昭和13年）から市営バスでも大口 - 子安線で運行開始された。当初大口 - 子安線が選ばれたのは、坂が無く平坦なため馬力が無い木炭バスでも走行できたからであった。1940年（昭和15年）には保有車両の3分の2が木炭バスになっていた。車庫ではガス中毒で倒れる整備員が出たり、坂道では馬力不足で乗客を降車させ運行したり、また運転には非常に高度な技術を要するなど職員は大変苦労したという。やがて木炭すら満足に入手できなくなると、市営バスは市電との並行区間を中心にそのほとんどが運行休止された。木炭バスは戦後の1952年（昭和27年）頃まで走り続けた。
石油資源がない日本は戦争が進むにつれてガソリン使用が厳しく統制されていき、1941年（昭和16年）に太平洋戦争が始まると、同年の政府通達によりついにガソリンの使用が禁止され、代用燃料車のみ運行可能となった。これにより市営・民営バスを問わず運行規模の縮小を余儀なくされた。その後は戦局悪化に伴い電気局からも職員が次々と戦場へ駆り出されていき、当時の「電気局報」には日増しに悲報の数が増えていった。
横浜大空襲による被害 +乗合自動車運転系統図（1945年5月）より運行系統キロ程桜木町駅前 - 山下橋 - 小港 - 間門 - 磯子8.95km鶴見駅 - 市場 - 向井町二 - 弁天下 - 寛政5.00km鶴見駅 - 森永工場前 - 末吉橋5.54km鶴見駅 - 安田銀行前 - 向井町二 - 富士電機前3.39km横浜駅 - 東横反町駅前 - 島田橋 - 三ツ沢3.52km六角橋 - 新子安 - 宝町 - 大黒町岸壁 - 明神前9.28km 1945年（昭和20年）5月29日の横浜大空襲では浅間町車庫の焼失やバス144台中55台を失うなど電気局も大損害を受け、バスは翌日から全面運休となった。しかし職員の必死の努力により、6月1日からまずは軍需工場への輸送のための末吉橋 - 鶴見駅西口線、横浜駅 - 洪福寺線が運行再開、6月4日から桜木町駅 - 間門線が運行再開された。
横浜大空襲直前の1945年（昭和20年）5月の「バス運行系統図」を見ると、軍需工場への輸送力が要求されていた鶴見地区を中心にわずか6路線のみしか運行されていない。
終戦後の運行再開 1945年8月15日に終戦を迎えた後は、同年10月1日から生麦 - 鶴見駅西口線の運行を再開（後に生麦 - 鶴見駅西口 - 末吉橋の通し運行に変更）、10月8日には横浜駅 - 弘明寺線の運行が再開された。翌1946年（昭和21年）には横浜駅 - 三ツ沢線、磯子 - 間門線、生麦 - 大黒町線が再開された。車両は木炭バスに加え、電気バス21両と米軍払い下げのトラックを強引に改造したバス50両が用意され窮地を凌いだ。
1947年（昭和22年）夏、横浜市は東京急行電鉄、神奈川中央乗合自動車の2社と路線の臨時運転契約を結んだ。これは交通需要があるにもかかわらず、燃料・資材不足から運行休止となったり、間引き運転され無ダイヤ状態であった両社運行の路線を市営バスが肩代わりして臨時運行するというもので、東急の該当区間は東神奈川駅 - 川和（後の3系統）・横浜駅 - 杉田（後の110系統・4系統）、神奈中の該当区間は横浜駅 - 亀甲山（後の5系統）であった。これは戦後混乱期の臨時処置であったが、その後も市民交通の便宜のためには市営バスによる運行継続が必要との判断から、両社との相互乗り入れ協定が結ばれて共同運行路線となった。この代償として、横浜市は神奈川中央乗合自動車の弘明寺 - 横浜駅間、京浜急行電鉄の生麦 - 横浜駅間の進出を認めた。
横浜市交通局として再出発 市民急増に対応し運行拡充 1946年（昭和21年）5月、横浜市電気局は横浜市交通局に改称され、名実共に市電中心の運営から市営交通を総括する事業体として再出発していくこととなる。
戦後復興が進むにつれて横浜市の人口は急激に増加し、終戦時の1945年（昭和20年）には62万人であったが、1951年（昭和26年）には100万人を突破した。市域は急速に都市化が始まり、都市計画も十分になされないまま市街地が虫食い的に拡大していった。市営バスはこうした状況下で交通需要の増大に対応するべく順調に路線を復興・新設し、1949年（昭和24年）には6・7・16・18系統、1950年（昭和25年）には20・21・23・24系統、1951年（昭和26年）には25・29・31系統、1952年（昭和27年）には32・33・34・36系統、1953年（昭和28年）には41・42・43系統などが開設されている。終戦直前には営業路線長15kmであったのが乗合自動車運転系統図（1945年5月）、1952年（昭和27年）には215kmにまで増加した。
民営との競合から共存へ 同時期には民営バスも路線網を大幅に拡充しており『神奈川中央交通50年史』、1948年（昭和23年）に東京急行電鉄から京浜急行電鉄が分離独立『東京急行電鉄50年史』。1949年（昭和24年）には江ノ島電気鉄道が神奈川中央乗合自動車から一部路線を譲受『バスジャパン ハンドブックシリーズ R57 神奈川中央交通』p.21。1950年（昭和25年）には相模鉄道が路線バスを新規開業した。こうして増加した民営バスと市営バスとは路線競合が再燃、特に神奈中・相鉄とは激しく競合し「戦国時代」と呼ばれるほどの状況となってしまった。このため交通局は不毛な対立を避け運行円滑化を図るべく、1955年（昭和30年）以降に市内民営バス各社と「乗合自動車経営路線の実施計画に関する路線協定」を締結していった『バスジャパン ニューハンドブックシリーズ 23 神奈川中央交通』p.20。協定書には全四項あり、第一項では共同運行路線のダイヤ厳守について、第二項では新規路線開設に当たっての事前協議について、第三項では共同運行路線ダイヤの事前協議について記されている。しかし協定締結後もしばらくは安定とはいかず、神奈中と井土ヶ谷 - 六ッ川線の路線免許申請で競合してしまい、運輸省の仲裁により結局神奈中が路線を開設することとなったり、相鉄が23路線・93kmの大規模な路線申請をした際には前述の協定に違反するとして大きな問題となるなどした。それでも昭和30年代後半には対立は収束に向かい、1968年（昭和43年）には市営・神奈中・相鉄の3社局共同運行であった62系統千丸台団地線を皮切りに、共同運行路線で各社局の共通定期券が設定されるなど、市営バスと同様に市民の足を担う存在となっていた民営バスとの共存の道を探るようになる。
交通局の主要事業へ
高度成長期の延伸と赤字拡大 高度経済成長期の都市規模拡大を背景に、1960年代以降も路線新設が多数進められたが、その性格は横浜市中心部への乗り入れよりも、当時市内の郊外各地に造成されていた公団住宅団地あるいは住宅地と鉄道線各駅とのフィーダー輸送に重きを置いたものが増えていく。
代表的な例を挙げると、1961年（昭和36年）の70系統磯子駅 - 汐見台団地線開設、1966年（昭和41年）の90系統中山駅 - 青葉台駅線開設、1970年（昭和45年）の56系統鴨居駅 - 竹山団地線開設、1972年（昭和47年）の75系統鶴ヶ峰駅 - くぬぎ台団地線開設、1974年（昭和49年）の111系統上大岡駅 - 洋光台駅 - 港南台駅線開設、1979年（昭和54年）の65系統十日市場駅 - 若葉台線開設（後に青葉台駅へ延伸）などである。さらに埋立造成が進み、重化学工業や貿易の拠点となっていった本牧・鶴見の臨海部への就業者輸送にも対応し、1967年（昭和42年）に54系統根岸駅 - 日産工場線、91系統根岸駅 - 三菱本牧工場線、1972年（昭和47年）に61系統磯子駅 - 鳥浜町線、1977年（昭和52年）には17系統鶴見駅 - 大黒町岸壁線など、順次路線の拡充がなされた。
しかし新設された路線は必ずしも採算が取れていたわけではなく、ラッシュ時の往路は混雑するものの折返しの復路は乗客が少なくなる効率の悪い系統が少なくなかった。前述の通り民営バスとの関係もあって市営バスの進出が思うようにできず、収支バランスの取れた健全な路線網を構築できていないのも事実であった。
また諸都市の例に漏れず、モータリゼーションの進行によって自家用車保有台数が増加し、道路渋滞によって定時運転ができなくなり、横浜市営交通において乗客離れが現れていく。特に市電ではこの傾向が顕著で、1964年度（昭和39年度）からは輸送人員・収入ともに減少に転じ、市営バスの輸送人員が市電を上回るようになっている。これらに加え物価高騰による経費の増加や、採用難対策と労働運動の活発化による人件費の増加が交通局の経営を圧迫し、1964年（昭和39年）には累積赤字が53億円、1965年度（昭和40年度）末には不良債務が66億8200万円余という膨大な額に達している。
市電・トロリーバス廃止と路線バスへの代替 交通局は1965年（昭和40年）から市電の減便を始めとする合理化計画の施行を始めたが、1966年（昭和41年）10月15日には地方公営交通として初めて横浜市交通局が財政再建団体に指定され、11月1日には「路面電車撤去・人件費削減など合理化により再建期間を短縮すること」を条件に、不良債務を再建債として国が一時的に肩代わりすることが決定した。
これにより市電廃止の方針は決定的となり、1966年（昭和41年）から1972年（昭和47年）にかけて、市電および市営トロリーバス路線は順次廃止され、市営バスがそのほぼ同経路を運行して代替機能を果たすこととなった。
現在の86・101・102・103・105・106・113・156・158・201・202系統などが代替路線にあたり、これらの路線はそのほとんどが現在に至るまで市営バスの主要路線となっている。バス車両在籍数は市電撤去が開始された1966年（昭和41年）に600台弱であったのが、市電全廃となった1972年（昭和47年）には1000台超にまで増車され、バス運転手もこの時期には毎年200人程度を採用していた。
横浜市六大事業の下に 1965年（昭和40年）、飛鳥田市政下の横浜市は大型都市開発プロジェクトである「横浜市六大事業」を発表・着手した「横浜市将来計画に関する基礎調査報告書」。これは 都心部強化（後のみなとみらい地区整備） 金沢地先埋立 港北ニュータウンの建設 高速鉄道（地下鉄）建設 高速道路建設 ベイブリッジ建設
の6つからなり、交通局市営バスもこれら事業をサポートする運営展開を進めることとなる。
地下鉄建設計画は市電代替と乗車率超過状態であった京急線救済を果たしたい市の意向から、1972年（昭和47年）12月には伊勢佐木長者町 - 上大岡間を先行開業させた。これに併せて市営バスは朝夕ラッシュ時に限り伊勢佐木長者町 - 県庁間の無料連絡循環バスを開設し、地下鉄が関内・横浜へ延伸される1976年（昭和51年）9月まで運行された。地下鉄建設構想があったもののMM線計画や関連事業者の意向などにより実現を見なかった鶴見 - 綱島方面や本牧方面については、現在に至るまで市営バスが引き続き同地区への輸送を担っている前者は13系統、後者は8・58・105・106系統など。。
横浜市北部の港北ニュータウンは1970年代後半から造成・入居が始まり、市営バスはこれら地域の交通需要に対応するべく1983年（昭和58年）から港北NT地区への路線拡充を行った。営業拠点も当時の鶴見営業所を新横浜駅付近に移転、港北営業所として新設、1991年（平成3年）には港北ニュータウン営業所を新設するなどNT地区運行の輸送力確保に努めた。1993年（平成5年）に横浜市営地下鉄3号線（現ブルーライン）の新横浜 - あざみ野間が延伸開業すると市営バスの当地区運行は縮小調整がなされたが、現在も市営地下鉄の補完交通として港北NT地区に路線網を保持している。
金沢地先埋立事業により誕生し、市域各所に点在していた中小工場の集積とニュータウン開発がなされた金沢区並木・福浦地区のバス輸送も市営バスが担当、1983年（昭和58年）9月25日には当地区の営業拠点として磯子営業所金沢派出所が設けられ61・117・121・122・123系統など路線網が形成された。しかし金沢シーサイドラインの開通により大幅な路線撤廃がなされ、当地区での市営バス運行は短命に終わった。
高速道路（自動車専用道路）を経由する路線バス運行の試みも行われた。1989年（平成元年）開設の横浜ベイブリッジ経由大黒ふ頭方面行109系統がその代表例であり、開設当初はベイブリッジ人気のため増発便が運行されるほどの盛況ぶりであった。その他に国道16号保土ヶ谷バイパスを経由し郊外の大型団地と市中心部を結ぶ150系統、第三京浜道路を経由し港北区（当時）緑産業道路沿いの軽工業地域と横浜駅を結ぶ95系統などが運行されたものの、150系統は道路渋滞で定時性が確保できず利用が定着しなかったことから、また95系統などは均一運賃であるが故の採算性の低さから維持が困難とされ、2010年（平成22年）までに高速有料道路経由での運行は取り止められている。
横浜市の主催により現在のみなとみらい21地区で開催された横浜博覧会の来場客輸送では民営バス各社と分担し、市営バスは横浜駅西口 - 会場のシャトルバスに加え、パークアンドライドの試みとして設けられた新横浜・大黒ふ頭・新本牧駐車場の3箇所と会場間を結ぶ輸送を担当した。また、1989年度に各営業所へ配置された路線バス車両の26台は明るいカラフルな博覧会特別塗装とされ、より一層の賑やかさを添えた。
その後も市営バスは横浜の中核としてショッピングセンターや企業ビル等の整備が進められたみなとみらい地区において、Yループバス（廃止）やみなとみらい100円バス、あかいくつなどの特別系統の運行や企画乗車券の設定などを積極的に行っており、みなとみらい線やシーバスなどと連携しつつ横浜観光輸送の一翼を担っている（詳しくは後述）。
さらなる福祉化と地域密着化へ 人々のライフスタイルの変化と共に午後11時以降のバス運行を求める要望が高まるのに対して「バス・ジャパン」通巻8号 p43、横浜市営バスでは特に若葉台・野庭・竹山などの大規模団地への輸送において採算を度外視して終車時刻の延長を図ってきた「バス・ジャパン」通巻8号 p44。1987年（昭和62年）からはこれら団地路線を中心に深夜バスの運行を開始し、その後他路線でも順次拡充が図られた。
高秀市政下の1993年（平成5年）に策定された「ゆめはま2010プラン基本計画」では、市内の殆どの地域で最寄駅まで15分で到達可能とする駅まで15分構想が掲げられた。これに基づき交通局では210系統境木線を皮切りに、22・135・211・212・213・215・218・219・222系統など、小型バスを利用し地域と連携・協調した新路線の開設に取り組み始めた。中でも210系統はバス路線の空白域をピンポイントで経由したことに加え沿線の開発も進んだため順調に増発を重ねていき、深夜バスの運行も行う主要路線へ発展した。ただこの210・211・212・213系統以外の新規小型バス系統についてはいずれも僅かな赤字が続いており、恒久的に路線運行を継続していくには経路変更などを含めた課題が残されている。
公営交通としての優れた環境特性を市民にアピールするため、また民営バス事業者の先導的な役割を果たすべく、90年代からは福祉対策バス・低公害バスの導入を非常に意欲的に行うようになった。スロープ付ワンステップバスは1996年度から、ノンステップバスは1997年度（平成9年度）から大量に導入しており、車椅子に対応するバス車両は2010年現在で9割を超えている。窒素酸化物 (NOx) の排出量が60 - 70%減少するCNGバスは1997年（平成9年）から本格導入を開始しており、現在は浅間町営業所に21両在籍している。2005年度（平成17年度）からは環境創造局と協調し、毎年度ごとに電気式ハイブリッドノンステップバスを10両ずつ投入している。
1998年（平成10年）10月、市営バス・市営地下鉄のイメージをよりなじみ深く親しみやすいものにしようというねらいから、イメージキャラクターはまりんが制定された。市営バスの各種案内や主催イベント、タイアップキャンペーンなどで広く使用されるようになり、イメージアップに一役買っている。
改善型公営企業として 中田市政におけるバス事業改革 2002年（平成14年）には中田宏市長のもとで、従来の大型プロジェクト中心政策や長引く不況により逼迫した市の財政再建が掲げられ、市交通局の高コスト体質も厳しく問われることとなった。
2004年に中田市長の諮問により鉄道会社社長や大学教授などで組織された「横浜市営交通事業あり方検討委員会」では、市の一般会計からの補助を受けながら路線網を維持してきた市営バス事業について「より経営の自由度の高い民営バスへ移行することが望ましい」と答申するなど、バス事業の民営化も射程に入れた様々な議論・検討がなされた。
また2007年には、交通局での不祥事が相次いで発覚。横浜市会でも大きな論議を呼び、市営バスの民営化に賛成する保守系政党からも【第1期】調査・活動 バス料金箱の盗難事件【交通局職員による運賃箱盗難事件発覚！】 横浜市会議員 山下正人 公式サイト（自民党横浜市連）、2007年06月25日、反対する革新系政党からも議会での質問・討論（詳細）【2006年度決算特別委員会】「交通局」河治民夫議員 - 住民合意がない市バスの民間移譲は、白紙に戻して凍結を 日本共産党 横浜市会議員団、2007年10月11日厳しく批判され、公営企業としてさらなるモラル健全化と運営透明性の向上が課題とされた。この際に発覚した不祥事とは具体的に、バス営業所での職員による運賃箱窃盗（業務上横領）、労組幹部らによる勤務乗車証の不正使用（不正貸与）、補助金の不正受給、バス運転手のアルコール検出（酒気帯び）、職員採用試験時の学歴詐称「『学歴詐称』職員 横浜市700人に」産経新聞、2007年8月3日付朝刊などがある。
公営バスとして存続 こうして一時はバス民営化案も出たものの、横浜市の結論としては公営企業としてバス事業を継続し、「改善型公営企業」としての経営を確立して「市営交通としてバス・地下鉄を走らせ続ける」ことを目指すこととなった。
これを受けて交通局は、後述する路線網再編を伴う事業規模適正化も含め、バスサービスの改善と採算の確保に向けて様々な取り組みに注力した。そのうちいくつかの事例を以下に記す。 嘱託職員の採用と横浜交通開発への運行委託による人件費削減 民間企業と提携した広告パネル付きバス停留所上屋の整備 小型バス路線開設の継続とふれあいバスの開設（後述） インターネットによる運行情報の提供サービスを開始 基幹系統において年末年始の終夜運行を実施 雨の日臨時便と急行系統の増設 市内定期遊覧バスのリニューアルと企画乗車券の新設 各種イベント（イルミネーションバス、営業所スタンプラリー、バスファン向けツアー、映画とのコラボレーションなど）の新規開催
横浜交通開発は、当初は交通局所有財産の活用や市営地下鉄での広告事業の管理を目的に、横浜市の100%出資で設立された外郭団体であったが、これを機に乗合自動車事業と市営バス路線の運行委託を開始した。2017年現在、磯子営業所の61・70・117系統、緑営業所の100系統の運行と、磯子営業所・緑営業所の全路線の運行受託を行っている。
元来横浜市は1日当り約90万人のバス利用者がいるなど他都市と比べてもバス需要の高い地域であり、公営バスとしては横浜市営バスは比較的順調な経営成績を上げている。しかし交通局の地下鉄建設資金とした莫大な企業債の償還や、景気低迷・少子高齢化の影響による利用者減少があり、依然厳しい状況が続いている。