『ファイナルファンタジーXIII』（ファイナルファンタジー・サーティーン、FINAL FANTASY XIII、略称：FFXIII、FF13）は、スクウェア・エニックスから発売されたコンピュータRPG。「ファイナルファンタジーシリーズ」のナンバリングタイトル第13作目にあたる。続編である『ファイナルファンタジーXIII-2』『ライトニング リターンズ ファイナルファンタジーXIII』も発売された。
概要 FFのメインシリーズとしては、初めて高精細度の映像規格に対応したゲーム機向けのタイトルである。本作品を含むプロジェクトである「FABULA NOVA CRYSTALLIS」は、ラテン語で「新しいクリスタルの物語」という意で、『FFXIII』『FFXIII-2』『LRFFXIII』『FF零式』『FFXV』などの関連作品がひとつの神話世界を共有しつつ、それぞれ別の物語として展開される。
日本では2009年12月17日にPlayStation 3（PS3）向けに発売された。欧米では2010年3月9日にPS3とXbox 360のマルチプラットフォームで発売された。
2009年4月16日に発売された『ファイナルファンタジーVII アドベントチルドレン コンプリート』の初回版に本作の体験版ディスクが同梱された。
初回生産分『FFXIII』は、2010年発売の『ファイナルファンタジーXIV』との連動キャンペーンが実施されていた。『FFXIII（同梱版含む）』初回生産分に封入されているキャンペーンコードで、PS3版『FFXIV』のβテスト特別枠応募権と、PC版『FFXIV』のゲーム中でキャンペーン限定のアイテムを入手できた。キャンペーンコードが封入されている『FFXIII』の通常パッケージには、初回生産分であることを示すステッカーが貼られている。なお、このキャンペーンは日本限定の実施となっている。
PS3版の日本における初週販売本数（2009年12月17日 - 12月20日）はエンターブレイン調べで151.7万本を記録した。これにより、PS3用ソフト初のミリオンセラーとなる。同時にPS3本体の売上も牽引し、週間販売台数はPS3の発売以来最高となる24.5万台を記録した。アルティメットヒッツ版を含めた国内累計販売本数（PS3とXbox 360）は200万本以上となっている。日本における売上は前作『FFXII』を下回ったが、世界全体ではそれを超える実績とハード装着率を達成した。
2011年1月18日に「TOHOシネマズ 六本木ヒルズ」で開催されたスクウェア・エニックスの第1制作部関連タイトルのカンファレンス「SQUARE ENIX 1st Production Department Premiere」で、本作の正式な続編に当たる『ファイナルファンタジーXIII-2』がPS3とXbox 360で発売されることが明らかにされ、2011年12月15日に発売された。
商品展開 PS3同梱版『プレイステーション3 ファイナルファンタジーXIII LIGHTNING EDITION』は、2009年9月8日に「FINAL FANTASY XIII PREMIERE PARTY」内で発売が発表され、同月24日に発売日が決定した。日本版発売時点で生産しているなかでは最高容量のHDDとなる250GBで、カラーはPS3本体が小型化したあとに出るものとしては初となる白色がベースである。
2010年3月9日、欧米にてPS3版、Xbox 360版発売。同年7月ごろにXbox 360版の内容が日本語化されたのち、同年12月16日に日本国内でXbox 360版『ファイナルファンタジーXIII アルティメット ヒッツ インターナショナル』（FINAL FANTASY XIII ULTIMATE HITS INTERNATIONAL）が発売された（詳細は#インターナショナルの節を参照）。
2011年7月21日には、PS3版が『アルティメット ヒッツ ファイナルファンタジーXIII』、Xbox 360版が『アルティメット ヒッツ インターナショナル ファイナルファンタジーXIII プラチナコレクション』として再発売された。
2012年12月18日にネット限定販売で、FFIからFFXIIIまでのナンバリングソフト（FFI・FFII・FFIV - FFIXはPS、FFIIIはPSP、FFX〜FFXIIはPS2、FFXIIIはPS3）、およびFF25周年記念CDやレプリカなどの限定アイテムをセットにした特別パッケージ『ファイナルファンタジー 25th アニバーサリー アルティメットボックス』（FINAL FANTASY 25th ANNIVERSARY ULTIMATE BOX）が発売された。
2014年10月9日にSteam版が発売。実際には日本語も対応しているが、日本・アジア地域配信版とそれ以外の地域の配信版でデータが隔離されている。日本・アジア地域配信版では音声は日本語のみ字幕は日本語・中国語（繁体字）・韓国語・英語、それ以外の地域の配信版は音声は日本語と英語から選択でき、字幕は英語、フランス語、イタリア語、ドイツ語、スペイン語となる。
2018年11月ごろにXbox Oneにおいて360版の後方互換に対応し、One X Enhancedによる画質の4Kアップコンバート処理に対応。『FFXIII-2』『LRFFXIII』も対応した。
システム ストーリーは各章に分けられており、物語の進行に伴って舞台が変わっていき、以前通過した場所を行き来をするということがない。ただし、物語後半でグラン＝パルスに降りてからはさまざまな地を往来できるようになる。
バトルシステム 「アクティブタイムバトルシステムをスピード感を出す方向性で進化」「コマンドの連鎖、仲間と繋がり広がっていく行動の連鎖」『ファイナルファンタジーVII アドベントチルドレン』のようなバトルがテーマである。
コマンドを入力できるのはリーダーに設定したキャラクターのみで、そのほかの戦闘参加キャラクターは自動で行動する。本作には魔法の使用などで消費するMPの概念は存在せず、代わりに使用する魔法、技ごとに定められたATBバーのコストを消費する方式になっている。
戦闘終了後のキャラクターのHP （体力）や戦闘不能などの状態異常はすべて回復・解除される。なお、倒した敵から金銭（ギル）を得ることはできず、フィールド内にある宝箱から直接入手したり、敵から獲得した不要なアイテムを売却したりして稼ぐことになる。経験値によるレベルアップ方式は採用されない代わりに、戦闘終了後にクリスタルポイント (CP) を用いたステータス向上が設定されている。
本作ではリーダーキャラクターが戦闘不能になると、ほかの仲間が健在でもゲームオーバーになる。ゲームオーバー後は、エンカウント前からリスタートするかゲームを終えるかたちとなる。
巨大なモンスターには部位があり、通常のモンスターでも形態が変わったり、戦闘モードが切り替わったりと変化することがある。魔法などをかけていても、形態が変化すると効果が解除される。攻撃モーションは演出ではなくリアルタイムで物理処理されており、敵が他者の攻撃で戦闘不能になるか吹き飛んだタイミングで攻撃すれば、攻撃は敵ポリゴンに空振りしミスとして処理される。このため、体感的にはコマンドバトルでありながらオートのアクションゲームのような処理で戦闘は進む。
プラットフォームがPS3に移り、これまでよりも複雑なプログラムを書き込むことが可能になったことで、本作はDS版『FFIV』と並ぶFF屈指の高難易度となっている。例えば、一定条件で行動パターンが一変する敵は、『FFX』でのシーモアや『FFX-2』でのオーバーソウル可能な敵モンスターのようなケースはあったが、本作では戦闘中に一定条件を満たすと行動パターンが一変する敵が非常に多く、バトル後半になると強力な攻撃をしかけてくることが多い。本作は戦闘の難易度が高いので、リスタートやバトルランクが低いとスモーク系（一時的に能力を高められる）アイテムを入手しやすくなるなどの救済措置がある。
シンボルエンカウント 本作ではフィールド上に敵が見えていて、それに接触すると近くの敵を巻き込んでバトルフィールドへ移行する。 本作では従来作の「逃げる」コマンドがなく、戦闘中の逃亡はできなくなっているが、不本意な戦闘に突入した際は、戦闘中もしくはゲームオーバー時にリスタートを選択することでエンカウント前の状況に戻ることができる。 戦闘を避ける場合に、フィールド上の敵を避けて通るためには、テクニックで敵を回避するか、専用のスモークを使用することが要求される。 奇襲攻撃 敵に気づかれる前に接触すると奇襲攻撃となり、バトル開始時に自動で攻撃を行う。それにより敵をブレイク寸前まで追い込んだ状態からバトルが開始され、リザルト画面での評価も上昇する。 リザルト画面 バトルで勝利すると、リザルト画面で評価される。パーティおよび敵の強さ、奇襲であるかなどの条件から算出された目標時間をおもな基準として算出される。★の数で表示されるバトルランクが高いほどTPがたくさん回復したり、レアなアイテムが入手できたりするなどの利点がある。ランクが低いとそれらの特典は得られないが、スモーク系アイテムを入手しやすくなる。通常、スモーク系アイテムは非常に貴重なものであり、ショップでは終盤まで購入できないうえ、価格も高い。 リスタート バトルではリザルト画面に移行する前なら、ノーリスクでリスタートでき、実行するとエンカウント前まで戻れる。戦闘時に使用したアイテムやTP、戦闘前に使用したスモークはすべてもとに戻される。またゲームオーバー時にもリスタートを選択することにより同様のあつかいになる。その代わりに戦闘中に逃げるということはできず、戦闘を避けるのなら敵に触れないようにする以外の方法はない。 エネミーレポート メニューの「オートクリップ」内の項目から閲覧できる、敵の情報がすべて蓄積された項目。本作では敵の状態や特徴に関して、ライブラあるいはアイテムのライブラスコープ（対象が単体か全体かの違いあり）を何度かかけることで段階的に確認でき、または使わずとも戦いを繰り返すとキャラクターが経験で覚えていき、AIが判明した敵の特徴に合わせた行動を取るようになる。 セーブポイント・ショップ セーブポイントとショップは連動しており、コクーンのWEBサイトにアクセスして購入する形式であるため、どこのセーブポイントを使っても同じものを購入できる。特定の敵を倒すことなどによりショップの種類や品ぞろえが増える。
アクティブタイムバトル（ATB） 本作のATBゲージは、複数のスロットに区切られているのが特徴。コマンドにはコストが設定されており、スロットひとつ分でコスト1の技を発動できる。また、選んだコマンドをストックでき、△ボタンを押したりATBゲージがMAXになったりすると選択したコマンドを順次一度に発動できる。スロットごとにコマンドを入力して連続攻撃を狙うか、複数スロットを一気に消費する強力な攻撃を狙うかはプレイヤーの判断次第となる。
強力な攻撃を受けて転倒すると行動を妨害される。妨害されたときに実行しようとしていた行動はキャンセルされる。その際、ATBゲージは消費されない。攻撃行動中に×を押すことで、攻撃を途中で終了させることもできる。
リーダーのコマンド入力は、手動で技・魔法をひとつずつ入力する方法と、自動決定させる方法がある。どちらを初期選択にするかはコンフィグで選択できる。
アイテム使用とTPアビリティ（召喚・ライブラなど）はATBに関係なく即座に発動でき、ATBゲージ消費もしない。
チェーン、ブレイク、打ち上げ 敵を攻撃すると画面右上のチェーンボーナスとチェーンゲージが上昇する。攻撃が途切れるとゲージが減っていき、ゼロに戻る前に攻撃を繋ぐとチェーン数が増加していく。チェーン中は通常よりも高いダメージを与えられるほか、ボーナスが右の固定数値より上回ると、敵をブレイク状態にできる。ブレイク状態になるとチェーンゲージが減っていき、ゲージが0になると再びチェーンゲージを貯めることができる。チェーンゲージの貯め方によっては、ブレイク時間が大きく異なる。
ブレイク中はチェーンとは別途ダメージが上乗せられるほか、この状態の敵にタイミング良く攻撃することで、強力な特殊攻撃をキャンセルに持ち込むことも可能である。また、ブレイク状態にアタッカー（後述）のオートアビリティ「スマッシュアッパー」によって「たたかう」を変化させて打ち上げられるようになる。打ち上げ中に追撃すると大ダメージを与えられるほか、敵の行動を封じられる。ただし、敵の種類によっては打ち上げられない場合もある。
ブレイクによって形態が変化する敵もおり、総じて大幅に弱体化できるため、早くブレイク状態に持ち込むのが攻略のポイントとなっている。また、敵の特殊攻撃の一部には、ブレイク中に攻撃してもキャンセルできないものがある。
召喚獣システム 召喚獣はルシ1人につき1体のみで、特定のイベント戦闘において「認められる」（倒すことではない）ことで取得できる。召喚者が成長すると召喚獣も自動的に成長する。フィニッシュ技のレベルは1回のバトル中に召喚獣と連携して戦闘すると上がる。召喚を使用する際にはTP（タクティカルポイント）が必要。TPは、戦闘終了時のリザルトランクに応じて獲得できるほか、特定のアイテムを使って補充することも可能。バトルメンバーの誰かが、ATBゲージを満タンまでストックして最後に使うコマンドを成功させることで回復する。なお、ファングが特定武器でブレイクしても回復する。
召喚獣とのバトルでは、ドライビングゲージを最大まで貯めていき、最大時に□ボタンを押すことで召喚獣に「認められる」。ドライビングゲージの貯め方は、召喚獣によって異なっている。
召喚 召喚中は召喚者と召喚獣のみのパーティーで戦うことになる。召喚者のTPゲージがDRIVEゲージに変化し、チェーンを重ねることで増加していく。このゲージ量が多いほど、ドライビングモードに突入した際の総コストが増え、技をたくさん出せる。 召喚中に召喚者のHPが0になった場合は、召喚者にリレイズを使用し、召喚獣は帰還する。 SP（サモンポイント） 召喚獣のHPにあたる数値。敵の攻撃を受けたり、時間の経過で減少し、一定量まで減少するとドライビングモードのゲージもともに減少を始め、SPがゼロになると帰還してしまう。 SPがゼロになる前に、□ボタンを押すとドライビングモードに突入する。 ドライビングモード ドライビングモードは召喚獣が馬や車に変形し、召喚者を乗せて戦う。 アナログスティックとボタンの組み合わせで攻撃する。技名の横の数値は発動に必要なコストで、技を出すと画面左下の総コストから数値が引かれていく。 ドライビングモード中は、メーターの針が指す赤いゲージが時間の経過で減っていき、ゼロになる前に技を出すとゲージは最大まで戻り、再び減り出す。時間内に技を出せなかったり、残りの総コストがゼロになったりすると召喚獣は自動的にフィニッシュ技を発動して帰還する。 コストとゲージが残っていても手動でフィニッシュ技を発動すると召喚獣は帰還する。 帰還後 味方は死の宣告を除く状態異常を含め全回復する。 溜ったチェーンゲージがリセットされ、ブレイク状態も解除される。
ロール
従来シリーズのジョブのようなもの。キャラクターの能力や使えるアビリティは、セットしたロールによって変化する。また固有のボーナス効果も得ることができ、パーティ全体に効果を及ぼす。同じロールのキャラクターがいれば、効果がより高まる。ロールのレベルが上昇することでも効果が上がる。
英語版では、大半が兵士の役割にちなんだ名称になっている。
ロール 特徴アタッカーATK 攻撃に特化したロール。主に無属性の攻撃で戦う。チェーンボーナスの持続時間が長いため、ブラスターと合わせることがブレイクする為の基本となる。ボーナス効果は攻撃のダメージが増加する。ブラスターBLA チェーンを繋ぐことを得意とするロール。属性攻撃も得意。チェーンボーナスが大きく上昇するが、持続時間が短い為、アタッカーやジャマーで持続時間を伸ばすのが鉄則である。ボーナス効果はチェーンゲージの増加率が増える。ディフェンダーDEF 防御に秀でたロール。挑発などのアビリティも習得する。ボーナス効果は被ダメージが減少する。ヒーラーHLR 回復に特化したロール。攻撃はいっさい行わない。ボーナス効果はアイテム、魔法によるHPの回復量が増加する。エンハンサーENH パーティー支援用のロール。プロテス、ヘイストなどを習得する。攻撃はいっさい行わない。ボーナス効果は強化効果の継続時間延長。ジャマーJAM 相手の弱体化を行うロール。バイオ、スロウなどを習得する。ダメージを与えることも可能。チェーンボーナスの上昇量、持続時間ともにアタッカーとブラスターの中間にあたるため、パーティーにアタッカーがいない時に持続時間を伸ばす代わりのロールとなる（そんな状態になる時は滅多にない。）ボーナス効果は弱体効果の継続時間延長。
オプティマ AIで動くパーティーメンバーのロールを変更し、行動を制御するシステム。戦闘中にL1ボタンを押すとオプティマの一覧が表示され、いつでも何回でもチェンジでき、パーティーの戦力と行動パターンを変化させることができる。また、オプティマチェンジしたとき、ATBゲージが最大まで回復する。これは少し時間が経てば何回でも発動する。
オプティマは事前にセットしておいたものの中から選択する。各メンバー（最大3名）のロールを個別に変更することはできないうえ、最大6種類のオプティマしかセットできず、戦況に合ったオプティマを用意しておかないと苦戦を強いられる。
クリスタリウム 本作の成長システムは、バトルで獲得できるCP（クリスタルポイント）を使い、ステータス上昇やアビリティ取得でロールごとに成長させていく。『FF10』の「スフィア盤」に近いが、クリスタリウムはキャラクターごとに独立しており、自由度は高くない。
配置されているクリスタルの種類は、同じ種類のロールでもキャラクターごとに異なる。盤面は多層構造で、中央のクリスタルにたどり着くとひとつ上層の盤面へ移行できる。また、クリスタリウムにもレベルがあり、基本的に物語の進行で上がる。それにより盤面の増加、ひいては取得できるクリスタルの最大数も増えていく。クリスタリウムレベルは最大でレベル10まで上げられるが、ゲームをクリアしていない場合は最大でレベル9まで上げることができる。
詳細は以下のとおり。 まずは成長させたいロールを選択する。 盤面が現れる。盤面上には、パワーラインで繋がれたクリスタルが配置されており、CPを消費することでそのライン上を進んでいく。 クリスタルに到達すると、アビリティを身につけたり、ステータスにボーナスを得られたりする。クリスタルは5種類あり、HP・物理攻撃・魔法攻撃のパラメーターの上昇、アビリティ取得、アクセサリ装備可能枠増加、ATBスロット増加、ロールレベルの上昇がある。
改造 素材を使って装備品を強化するシステム。装備品は素材を使って改造することで経験値が貯まり、レベルアップすると性能が上がったり、アビリティが付加されたりする。装備品はそれぞれレベルの限界があり、レベルの表示が★になった装備品は特定の素材でアイテムチェンジできる。アイテムチェンジを行うと名前や外見、性能が変わる。アイテムチェンジ後の武器は大抵は限界まで改造した装備品より一時的に性能が落ちるが、さらに改造を重ねることで、もとの装備品を上回る性能になる。
素材 経験値の上昇幅は素材ごとに決まっており、中には経験値ボーナス（＝経験値にかかる倍率、最高で3倍）を減らしてしまう物もある。素材は大きく3つのジャンルに分けられる。 また、素材のジャンルは素材名左のアイコンで確認可能。 機械素材 - 比較的に経験値が高いものの、経験値ボーナスが減少してしまう。ネジのようなアイコン。 生体素材 - 比較的に経験値が低いものの、入手が容易く経験値ボーナスも増加する。ツタのようなアイコン。 鉱石素材 - アイテムチェンジ用の素材。経験値の入手や経験値ボーナスの変化はない。石のようなアイコン。 解体 解体した装備品はなくなってしまうが、代わりに素材を入手できる。中には解体でしか手に入らない素材もある。 また、解体対象のアイテムのレベルによって、入手できるアイテムが増加する場合がある。
装備品 本作では装備できるのは武器とアクセサリのみ。これらにアビリティが付加される。 武器 武器はひとつしか装備できないが、敵やロールの特性によって複数の武器を使い分けていくことが可能。キャラクターごとに扱う武器のカテゴリーが決まっており、武器を改造しても変わらない。戦闘中の持ち換えはできない。 アクセサリ 初期は1つのみだが、成長により最大4つ装備できる。改造で性能を向上させることができ、従来の防具のような使い方もできる。 装備アビリティ 装備品に付加されたアビリティ。直接攻撃や魔法の威力を上げるもの、一定条件でATBゲージやTPを回復させるもの、プロテス、ヘイスト、各種属性の強化などのステータス効果を付加させるものなどがある。 連鎖アビリティ 特定の武器とアクセサリを組み合わせることで、特殊なアビリティが付く。
チョコボ あるミッションをクリアすると、アルカキルティ大平原のみでチョコボに乗れるようになる。徒歩よりも格段に速く安全に移動できるほか、徒歩では立ち入れない場所にもジャンプで行くことができる。 騎乗中に敵と接触すると、画面左下に表示されている“LIFE”（やる気）がひとつ減る。LIFEがすべてなくなると騎乗不能になる。 LIFEは、敵と接触せずに一定時間走り続ければ回復していく。 また、チョコボは地中に埋もれている宝を捜す能力も持っている。チョコボに乗って移動していると、チョコボの頭上に表示される“!”のアイコンがこの付近にお宝があるという合図。お宝に近づくにつれてアイコンの動きが激しくなる。 チョコボはお宝がある方向に顔を向ける。停止時に限らず向いてくれる。
冥碑とミッション パルスの大地に点在する冥碑からミッションを受け、指定されたモンスターを討伐する。碑に触れることで受諾でき、その際にターゲットになるモンスターやその出没地、難易度などを知ることができる。ターゲットを討伐すると、報酬をもらえる。ミッションは一度クリアした後も繰り返し受けられる。
特定のミッションをクリアすると、休眠中の冥碑が目覚めて別のミッションを受けられるようになる。
特殊な冥碑である「テレポの冥碑」（ミッションをクリアするとワープポイントとして使用可能）、「冥碑の結界」（ミッションをクリアすると封鎖されていたエリアが解禁される）も存在する。
オートクリップ メニュー内にあるヘルプや用語辞典などを集約したシステム。自動的に収集され、新しい項目が追加されると画面上に通知がされる。 物語 - メインストーリーが進むごとに追加される。 13日間 - 物語の発端となる13日間の出来事が徐々に明らかになる。 人物、伝説と歴史、地域と施設、聖府と社会 - それぞれキャラクターと用語の解説。 ファルシ - 作中に登場するさまざまなファルシの解説。 断章 - 特定のミッションやサブイベントを行うと追加される、メインストーリーを補完する世界設定。 Tips - システムの解説。基本操作編・バトル編・フィールド編・メニュー編がある。 エネミーレポート - 敵を倒したりライブラを使ったりすると追加される。
実績、トロフィー Xbox 360の「実績」（2010年7月に日本語での実績が出現）、プレイステーション3の「トロフィー」、Steamの「実績」システムに対応している。
ダウンロードコンテンツ 当初はダウンロードコンテンツの配信を予定していたが、ファミ通2010年9月8日発売号のインタビューの中で鳥山求から、技術的な問題により作成そのものが見送られたことが明らかになった。
インターナショナル 2010年7月ごろにXbox 360版の実績が日本語化されたあと、同年12月16日に日本国内でXbox 360版『ファイナルファンタジーXIII アルティメット ヒッツ インターナショナル』（FINAL FANTASY XIII ULTIMATE HITS INTERNATIONAL）が発売された。PS3版との変更点は下記のとおり。
DVD3枚組に変更 戦闘バランスを見直したイージーモードの追加 キャラクターボイスが英語音声に変更、字幕に英語・欧州言語を追加 戦闘時の味方AIの思考ルーチンの改善 オチュー系の敵への奇襲攻撃が不可能に 購入特典として、設定資料とエンディング後の後日談を描いた小説が掲載された小冊子を追加
イージーモードはノーマルモードと比べて、以下の変更点がある。
雑魚敵のHPが低下 ブレイクゲージの上昇率が大幅向上 通常ドロップアイテムの獲得率が大幅向上 レアドロップアイテムの獲得率が大幅減少 死の宣告発動中の制限時間が延長 召喚獣とのバトルにおいて、ドライブゲージの上昇率が向上 召喚獣を召喚時、召喚獣のドライブゲージ量が増加
ノーマルモードとイージーモードはメニュー画面でいつでも任意に変更可能。
北瀬佳範と鳥山求はマルチ化の発表以降に「これは、ユーザーを困惑させてしまうだけなのではっきりと言いますが、日本国内でXbox360版を出すことはありません」（北瀬）、「それはありません。絶対に出ないです」（鳥山）と断言していたが電撃PlayStation 2008年9月12日号 11ページほか。橋本真司の場合は出すかもしれないことを含みに入れていた。、後にXbox 360の新型発売などで情勢が変化し、日本でのXbox 360の普及率が伸びていることと、発売を要望するユーザーの声が多く寄せられていることを理由に、方針を変更して日本でも発売することを決めたと、ファミ通Xbox360でのインタビュー記事で語っている。現時点ではインターナショナル版のPS3版の発売予定はないが、2011年7月21日にPS3版にもアップデート配信により、イージーモードが追加された。
ストーリー 世界は魔獣が闊歩する広大な地上世界「グラン=パルス」と、その上空に浮かび、超常的な存在「ファルシ」達によって支えられる巨大な球状の世界「コクーン」の2つに分かれており、二つの世界は互いに忌み嫌っていた。コクーンはグラン=パルスを「外界（パルス）」と呼び蔑み、グラン=パルスの人々もコクーンを「空に浮かぶ悪魔（リンゼ）の巣窟」と呼び、数百年前に2つの世界は「黙示戦争」を起こした。
その黙示戦争以来、コクーンは外敵を寄せ付けず繁栄を保っていた。ある日、コクーン内部に隠されていたパルスの異跡が発掘され、その中に眠っていたパルスのファルシによって、主人公ライトニングの妹のセラがルシに変えられてしまう。ルシとは、ファルシによって使命を与えられた者のことであり、使命を果たせなければ「シ骸」という魔物にされ、使命を果たしたとしてもクリスタルと化す運命にある。
パルスに極度の恐怖を抱く市民感情を鑑み、聖府は「パージ政策」によって、パルスに関わったと思われる人々をパルスに「追放」しようとする。ライトニング、セラの婚約者スノウ、聖府のルシにされた息子を救おうとするサッズ、戦いに巻き込まれたホープとヴァニラの5名は、ファルシ=アニマを倒すため異跡に乗り込むが、倒すと同時にルシに変えられ、魔獣ラグナロクとコクーンのビジョンを見る。
クリスタルとなったセラを守ろうとするスノウを残し、ライトニングとホープは聖府のファルシ打倒のため首都を目指す。そして、サッズとヴァニラは使命を拒絶し逃避行に出るが、やがてそれぞれの悩み、葛藤を経て、「コクーンを守る」という目的を一致させる。ファルシの言いなりとなっている聖府打倒を目指すシド率いる騎兵隊と、ヴァニラの仲間のファングの協力を得て、ライトニングたちは聖府に乗り込む。