一般社団法人日本医真菌学会（にほんいしんきんがっかい）は、日本における真菌を医学的側面から取り扱う、日本唯一の学際的専門学術団体である。そのため、医師や歯科医師、薬剤師など医療従事者の他、獣医学研究者、農学研究者、理学研究者も所属している。 1956年設立。日本医学会第49分科会。ICD制度協議会加盟学会。
英語名は The Japanese Society for Medical Mycology である。
本会の隣接学会として、医学領域では日本細菌学会、日本感染症学会、日本化学療法学会などがある。また、基礎生物学系の学術団体としては、日本菌学会、日本微生物生態学会などがあげられるが、これらでは医師や歯科医師の所属が本会より少ない。
2009年5月には、東京において国際医真菌学会（International Society for Human and Animal Mycology, ISHAM)総会を共催した。
概要 真菌が関係する医学的影響の調査・研究。 真菌対策を専門とする職業人の育成。 会員数：約1100名
役員構成
理事長 澁谷和俊：東邦大学医学部病院病理学講座 （規約検討委員会）
理事 宮崎義継：国立感染症研究所真菌部 （総務、編集委員会、渉外: 医学会・医学会連合） 望月隆：金沢医科大学皮膚科学教室 （財務担当、専門医・認定師委員会） 原田和俊：東京医科大学皮膚科学教室 （専門医・認定師委員会、倫理委員会） 泉川公一：長崎大学大学院医歯薬学総合研究科 感染免疫学講座臨床感染症学分野 （支部・関連学会委員会、ガイドライン検討委員会） 大野尚仁：東京薬科大学薬学部免疫学 （用語委員会） 亀井克彦：千葉大学真菌医学研究センター （倫理委員会、利益相反委員会） 神田善伸：自治医科大学附属病院 血液科 （将来計画委員会） 杉田隆：明治薬科大学微生物学教室 （教育委員会） 福田知雄：埼玉医科大学総合医療センター 皮膚科 （疫学調査委員会） 槇村浩一：帝京大学大学院医学研究科医真菌学・宇宙環境医学 （広報委員会、顕彰制度検討委員会） 幹事 若山恵：東邦大学医療センター大森病院 病理診断科 (庶務) 金子健彦：和洋女子大学家政学群生活科学系健康栄養学研究室 (渉外: ICD制度協議会) 山岸由佳：愛知医科大学病院感染症科／感染制御部 (渉外: 内保連) 掛屋弘：大阪市立大学大学院医学研究科臨床感染制御学 (希少真菌症診断治療のガイドライン（仮称）作成委員会) 監事 村山琮明：日本大学薬学部病原微生物学研究室 (バイオセーフティ委員会) 小川祐美：順天堂大学医学部皮膚科学講座 (渉外: 医学会連合(女性医師支援担当者連絡会))
総会 年1回
本部事務局 〒169-0072 東京都新宿区大久保2-4-12 新宿ラムダックスビル 株式会社春恒社学会事務部内
支部 北海道支部 東北支部 関東支部 東海・北陸支部 関西支部 九州・中四国支部
学会誌 「Medical Mycology Journal（旧：日本医真菌学会雑誌）」 年4刊（ISSN：0916-4804）（国立国会図書館請求番号Z19-348）
専門認定 学会認定専門医 インフェクションコントロールドクター
学会賞 日本医真菌学会学会賞 日本医真菌学会優秀論文賞 日本医真菌学会奨励賞
入会 一般会員 年額10000円
加盟団体 日本医学会 1961年加盟 ICD制度協議会 1999年加盟
関連事項 真菌／真菌学 医学／歯学／薬学 感染症／伝染病／齲蝕／細菌叢調査／院内感染 微生物学（微生物）／細菌学／口腔細菌学／（細菌）／ウイルス学（ウイルス）／寄生虫学（寄生虫） 免疫学／遺伝学／生化学（口腔生化学）／病理学（口腔病理学）／解剖学（口腔解剖学） 医師／歯科医師／薬剤師／獣医師／看護師／臨床検査技師／診療検査技師／臨床工学技士／歯科衛生士／臨床検査技師 感染症専門医／インフェクションコントロールドクター／感染制御専門薬剤師／感染症対策看護師（感染症管理看護師）／医療環境管理士 世界保健機関（WHO）／アメリカ疾患予防管理センター（CDC）／国立感染症研究所／国立保健医療科学院（旧国立公衆衛生院）／厚生労働省／保健所 学会の一覧／研究会
外部リンク 一般社団法人日本医真菌学会ホームページ 国際医真菌学会ホームページ 日本感染症学会ホームページ 日本環境感染学会ホームページ 日本口腔感染症学会ホームページ 日本細菌学会ホームページ ICD制度協議会ホームページ 槙村浩一医真菌学ホームページ