丹沢大山の自然再生（たんざわおおやまのしぜんさいせい）は、神奈川県北西部の丹沢大山地域で進められている自然環境の保全・再生の取組である。ブナ林の衰退、ニホンジカによる林床植生への影響、土壌侵食、人工林や里山、渓流生態系の変化など相互に関連する課題に対し、調査研究、森林整備、野生動物管理、植生・土壌保全、地域活動などを組み合わせて取り組んでいる。
神奈川県では、丹沢大山国定公園の指定に向けて1962–1963年度に丹沢大山学術調査が実施され、当時の丹沢山地の自然環境が記録された。1970年代以降、丹沢ではモミやブナの立ち枯れ、林床植生の衰退などが顕在化し、1993年度から1996年度に丹沢大山自然環境総合調査が実施された。その提言を受けて神奈川県は1999年に丹沢大山保全計画を策定し、2006年度まで実施した。さらに、複合的な自然環境の劣化に対応するため、2004年度から2005年度に丹沢大山総合調査が行われ、その成果を踏まえて2006年に丹沢大山自然再生基本構想がまとめられた。
基本構想では、複数の課題や事業を結び付ける統合的管理、モニタリング結果を事業や計画の見直しに反映する順応的管理、県民、研究者、行政など多様な主体が関与する参加型管理などを基本原則とした。神奈川県はこれを受けて丹沢大山保全計画を改定し、2007年度から丹沢大山自然再生計画に基づく事業を進めている。
年表 年月 出来事 1960年5月 神奈川県立丹沢大山自然公園の指定。 1962–1963年度 丹沢大山学術調査の実施。 1964年 『丹沢大山学術調査報告書』の刊行。 1965年3月 丹沢大山国定公園の指定。 1970年頃 大山でモミの立ち枯れが顕在化。 1970年代後半 高標高域でブナやモミの衰退が顕在化。その後、主稜線部で林床植生の退行やニホンジカによる採食の影響が拡大。 1993–1996年度 丹沢大山自然環境総合調査の実施。 1997年 同調査報告書を刊行し、自然環境管理のためのマスタープラン策定などを提言。 1999年3月 神奈川県による丹沢大山保全計画の策定。 1999–2006年度 丹沢大山保全計画の実施期間。 2000年 神奈川県自然環境保全センターの設置。 2004–2005年度 丹沢大山総合調査の実施。ブナ林、人工林、地域、渓流、ニホンジカ、希少種、外来種、自然公園利用などの課題を分野横断的に調査。 2006年 丹沢大山自然再生基本構想の策定。統合的管理、順応的管理、参加型管理などによる自然再生の仕組みを提言。 2006年10月 丹沢大山自然再生委員会の設立。 2007年3月 第1期丹沢大山自然再生計画の策定。 2007–2011年度 第1期計画期間 2012年3月 第2期丹沢大山自然再生計画の策定。 2012–2016年度 第2期計画期間 2017年3月 第3期丹沢大山自然再生計画の策定。 2017–2021年度 第3期計画期間（当初） 2017年 第1・2期の調査研究成果をもとに丹沢ブナ林再生指針を作成。 2022年度 第4期計画の策定延期に伴う第3期計画の1年間延長。 2023年3月 第4期丹沢大山自然再生計画の策定。事業区分を重点事業と一般構成事業の2区分に再編。 2023–2026年度 第4期計画期間 2026年9月 第5期丹沢大山自然再生計画素案の県議会への報告。2027–2031年度を計画期間とし、4つの景観域を基本とする事業体系への再編などを提示。
丹沢大山学術調査
1960年5月、丹沢山地は神奈川県立丹沢大山自然公園に指定された。その後、国定公園の候補地となったことを受け、神奈川県は1962年から国立公園協会に委託して丹沢大山学術調査を実施した。調査は1963年まで行われ、1964年に『丹沢大山学術調査報告書』が刊行された。この調査資料を基に、1965年3月に丹沢大山国定公園が指定された。
調査では、地形・地質、植生、植物群落、動物相などが調べられ、植生図の作成やブナ林・モミ林の調査、ニホンジカの生態と植生との関係の調査などが行われた。報告書には、シカの採食が森林の植生に及ぼす影響も記録されていた。
この調査は自然再生を目的としたものではなかったが、当時の丹沢山地の自然環境を記録した資料となった。後年の調査研究では、1964年と1997年の植生調査資料を用いて、シカの採食による森林の構造や種組成の変化などが検討されている。
自然環境問題の顕在化
丹沢山地では1970年頃から大山でモミの立ち枯れが目立つようになり、1970年代後半以降には高標高域でブナやモミの衰退が顕在化した。1980年代には主稜線部でブナの立ち枯れや、スズタケの退行に代表される林床植生の衰退が進み、ニホンジカの分布拡大や採食の影響も問題となった。
一方、丹沢大山では自然公園制度による保護や施設整備が進められていたが、生態系の変化を継続的に把握し、複数の分野を横断して自然環境を管理する仕組みは十分ではなかった。自然環境の変化が顕在化するにつれ、その実態を科学的に把握し、保全対策へ結び付ける必要性が高まった。
丹沢大山自然環境総合調査
こうした状況を受け、1993年度から1996年度に丹沢大山自然環境総合調査が実施された。大学や博物館の研究者、市民団体、市民、学生などが参加し、植物、動物、森林、気象、地質、人による利用など多分野にわたる調査が行われ、参加者は574人に達したとされる。1997年に『丹沢大山自然環境総合調査報告書』が刊行された。
調査では、高標高域におけるブナ林などの衰退、林床植生の退行、ニホンジカ個体群の状態、大型動物個体群の孤立、外来種による生物相への影響、登山利用による影響などが整理された。調査団は、自然環境管理の目標設定、継続的なモニタリング、自然環境管理のためのマスタープランや総合的な管理機関の設置などを提言した。
丹沢大山保全計画
丹沢大山自然環境総合調査では、丹沢山地の自然環境管理に関するマスタープランの策定が提言された。これを受け、神奈川県は1999年3月に丹沢大山保全計画を策定した。計画は丹沢大山国定公園と県立丹沢大山自然公園の区域を主な対象とした。ただし、大型動物の生息空間の連続性確保や貴重な自然環境の保全については、周辺地域も視野に入れた。
計画では21世紀半ばまでを展望し、将来像を「多様な生物を育む身近な大自然」、目標を「丹沢大山の生物多様性の保全・再生」とした。施策の基本方向には、ブナ林・林床植生、大型動物個体群、希少動植物の保全や、オーバーユース対策などが掲げられた。実行計画の期間は1999年度から2006年度までとされた。
また、科学的な自然環境の管理、「生物多様性」の原則による管理、県民と行政との連携の3つを基本方針とした。事業実施後の変化を調査し、その結果を管理へ反映する考え方も盛り込まれた。
流域を単位とした環境管理 保全計画の特徴の一つが、行政区域ではなく流域を自然環境管理の単位としたことである。丹沢山地を主要な分水嶺などによって11の大流域エリアに区分し、それぞれに環境管理目標を設定した。さらに、重点的に自然環境を保全する重点管理区域を抽出し、丹沢全体を119の小流域エリアに細分した。
重点管理区域では、主要な保全事業の重点実施、大型動物の生息域・移動域となる森林の連続性確保、パトロール、森林・沢の保全対策などを進めることとした。小流域では、ニホンジカの生息状況や環境収容力の調査、シカ管理、動植物の調査・情報管理などを行うこととされた。
このように、大流域、小流域、重点管理区域という複数の空間単位を用い、自然環境の状態に応じて施策を進める考え方が採られた。流域を基本とする管理は、後の丹沢大山自然再生基本構想における「流域一貫」や統合再生流域の考え方へつながった。
主な保全対策 ブナ林や林床植生については、高標高域を中心に植生保護柵を設置し、ブナ林の衰退防止や林床植生の回復を図った。登山道周辺の崩壊地・裸地の補修など、利用による植生への影響を軽減する対策も盛り込まれた。
ニホンジカについては、生息状況や環境収容力を調査しながら個体群管理を進めることとした。大型動物については、森林の連続性を確保して他山地との交流を維持するシカコリドー・緑の回廊構想が掲げられた。希少動植物の調査・保全、ゴミ・し尿、水質汚濁、河原の荒廃など自然公園利用に伴う問題への対策も計画された。
保全計画の実施体制 保全計画を実施する中核機関として、2000年に神奈川県自然環境保全センターが設置された。丹沢大山自然公園管理事務所、森林研究所、県有林事務所、自然保護センター、箱根公園管理事務所の5機関を統合・再編したものである。
自然環境保全センターには、自然公園管理、野生生物管理、県有林管理、森林研究、自然環境情報の収集・提供などを連携させる役割が求められた。また、県内部には関係部局が保全対策を調整する仕組みも設けられた。
保全計画の成果と課題 保全計画の実施により、植生保護柵内での林床植生の回復など、個別の対策では成果が確認された。また、流域を基本単位とした管理や、自然環境保全センターへの機能集約など、自然環境を総合的に管理する仕組みが整備された。
一方、2004年の検証では、計画に一定の成果が認められるものの、計画の実効性には課題があるとされた。林野、治山、自然公園などの関連事業との連動や、計画を継続的に見直す仕組みが十分ではなかった。また、施策・事業の優先順位、財源、県民参加や情報公開についても改善が必要とされた。
さらに、小流域を単位とする管理は評価された一方、流域を越えて移動する野生動物などについては、複数の空間単位を組み合わせた管理方法が十分に示されていないことも課題とされた。
こうした課題から、森林、野生動物、土壌、渓流、地域社会に関する施策をより統合的に進める必要性が高まった。2004年度からは、その基礎となる丹沢大山総合調査が開始された。
丹沢大山総合調査
保全計画の実施後も複合的な自然環境の課題が残ったことから、2004年度から2005年度に丹沢大山総合調査が実施された。研究者、県民、NPOなど約500人が参加し、「生きもの再生」「水と土再生」「地域再生」「情報整備」の4チームと政策検討部門が連携して、ブナ林、人工林、地域、渓流、ニホンジカ、希少種、外来種、自然公園利用などの課題を分野横断的に検討した。
調査では、ブナ林の衰退に複数の要因が関与すること、人工林の荒廃には間伐不足とニホンジカの採食が重なること、林床植生の衰退が土壌侵食や他の生物群にも影響することなど、個別の問題が相互に関連することが示された。このため、分野別の対策を個別に進めるだけでなく、複数の事業を連携させ、モニタリング結果に応じて対策を見直す管理へ移行する必要があるとされた。
調査結果は2006年に丹沢大山自然再生基本構想としてまとめられ、神奈川県に政策提言が行われた。2007年には『丹沢大山総合調査学術報告書』が刊行された。これを受け、県は丹沢大山保全計画を改定し、2007年度から第1期丹沢大山自然再生計画に基づく取組を開始した。
丹沢大山自然再生基本構想
自然再生の枠組みと対象地域 基本構想では、自然再生を、失われた丹沢大山の環境を取り戻すため、地域の生態系や社会の健全性を回復し、その状態を次世代に向けて保全し続ける取組とした。また、生態系そのものだけでなく、地域社会の健全性、地域文化、地域産業などの再生も自然再生に含める考え方が示された。
自然再生の手法は、次の3種類に整理された。 受動的手法 保存 - 現存する自然を維持する。 回復 - 自然の自律的な回復を支える。 能動的手法 復元 - 過去の自然を人為的に取り戻す。 修復 - 自然の機能を高める。 活用的手法 創出 - 自然を新たに作り出す。 維持活用 - 人為的に成立した自然を維持する。 現存する良好な自然の保存を優先し、可能な限り自然の回復力を利用しながら、必要に応じて人為的な手法を組み合わせる考え方が採られた。
対象地域は自然公園区域に限定せず、秦野市、厚木市、伊勢原市、松田町、山北町、愛川町、相模原市津久井町（現・相模原市緑区津久井地区）、清川村の市街化区域を除く地域、66,548ヘクタールとされた。
丹沢大山では山地、渓流、里地などの環境が相互につながっており、基本構想では行政上の区分にとらわれず流域を一つの循環系として管理する「流域一貫」を基本原則としている。また、自然公園区域外の山麓部で行われる里地里山の保全や鳥獣による農業被害対策も自然再生に関係するため、後の自然再生計画でも自然公園区域外を含む範囲が対象とされている。
6つの基本原則 基本構想では、次の6項目を自然再生の基本原則とした。
流域一貫 - 山地から河川を経て下流へつながる流域を一つの循環系として捉え、流域単位で自然環境を把握・管理する。 統合的管理 - 複数の主体や事業を横断して全体を管理する。 順応的管理 - モニタリング結果に基づいて計画や事業を評価し、必要に応じて修正する。 参加型管理 - 地域住民、NPO、農林業者、研究者、行政など多様な主体の参加によって自然再生を進める。 景観域を単位とした管理 - 自然・社会的特徴の異なる景観域ごとに適した取組を進める。 情報公開 - 自然再生に関する情報を共有・公開し、意思疎通や合意形成に利用する。
4つの景観域と再生目標 基本構想では、過去の特定の時点に一律に復元するのではなく、現在の良好な自然環境、1964年の丹沢大山学術調査などで記録された過去の自然環境、新たに創出する自然環境を基準として、再生目標を対象ごとに設定する考え方が示された。
丹沢大山全体については、数十年後を展望した目標として「人も自然もいきいきとした丹沢大山」を掲げ、対象地域を4つの景観域に区分した。
景観域 主な特徴 再生目標 ブナ林域 高標高域のブナ林などの自然林 うっそうとしたブナ林の再生 人工林・二次林域 中標高域を中心とする人工林・二次林 生きものも水・土も健全でなりわいも成り立つ森林への再生 里地里山域 山麓の集落、農地、二次林など 多様な生きものが暮らし、山の恵みを受ける里の再生 渓流域 他の3景観域を上流から下流へつなぐ渓流とその周辺 生きものとおいしい水を育む安心・安全な沢の再生
後の自然再生計画では、それぞれ「奥山域」「山地域」「里山域」「渓流域」として扱われている。
8つの特定課題 丹沢大山総合調査で検討された課題は、4つの景観域に特有の課題と、景観域を横断する課題からなる8つの特定課題として整理された。
区分 景観域 特定課題 景観域に特有の課題 奥山域 ブナ林の再生 山地域 人工林の再生 里山域 地域の再生 渓流域 渓流生態系の再生 景観域を横断する課題 シカ等野生動物の保護管理 希少動植物の保全 外来種の監視と防除 自然公園の利用のあり方
これらは独立した8つの事業ではなく、一つの地域で複数の課題を同時に扱うことを前提としている。
統合再生流域 基本構想では、ブナ林、シカ、人工林、土壌、渓流など複数の課題について重点的な対策を必要とする区域が重なる流域を統合再生流域として抽出し、複数の事業主体が共通の目標を持って対策を組み合わせることを提案した。
丹沢大山自然再生計画 丹沢大山自然再生計画は、2007年度の第1期以降、自然環境のモニタリングや事業実施状況、丹沢大山自然再生委員会による点検・評価を踏まえて改定されてきた。第1期では基本構想を具体化し、第2期以降は事業の優先順位付けや技術開発の成果の展開、第3期では事業の重点化と実施可能性の検討、第4期では成果の得られた事業の継続・拡大と長期的な管理体制の検討が進められた。
期 期間 主な特徴 第1期 2007–2011年度 基本構想を事業化し、8つの特定課題と順応的管理に基づく自然再生を開始 第2期 2012–2016年度 事業の優先・段階実施を進め、森林整備とシカ管理の連携や再生技術の確立を推進 第3期 2017–2022年度 重点事業・実施可能性検討・一般構成事業に区分し、技術を体系化して重点的に実施 第4期 2023–2026年度 重点事業と一般構成事業に再編し、成果の得られた対策の継続・地域拡大と長期的な管理を重視
第1期（2007–2011年度） 神奈川県は、丹沢大山自然再生基本構想の政策提言を受け、従来の丹沢大山保全計画を改定して2007年3月に第1期丹沢大山自然再生計画を策定した。基本構想で示された4つの景観域の再生目標を実現するため、ブナ林、人工林、地域、渓流生態系、シカ等野生動物、希少動植物、外来種、自然公園利用に関する事業を8つの特定課題に整理するとともに、モニタリング結果に基づいて事業を見直す順応的管理を導入した。
第1期では、ブナ林衰退の原因調査、植生保護柵や土壌保全工の設置、シカの管理捕獲、人工林・渓畔林の整備、自然公園利用対策など、基本構想に基づく幅広い事業が実施された。この段階では、自然再生技術そのものの調査・試験や効果検証を伴う事業も多く、対策を進めながら有効な手法を検討する性格が強かった。
事業の実施とモニタリングを通じて、シカの高密度化による林床植生の衰退が土壌流出など他の自然環境問題とも結び付いていることが改めて確認され、森林整備とシカ管理など、従来別々に行われてきた対策を連携して実施する必要性が明確になった。また、多数の構成事業を限られた計画期間ですべて同じように進めることは困難であることから、次期計画では事業の優先順位を明確にすることが課題となった。
第2期（2012–2016年度） 第2期自然再生計画は2012年3月に策定された。第1期までの取組を継続する一方、事業を一律に実施するのではなく、優先的に実施する事業と段階的に実施する事業を整理する考え方が導入された。
奥山域では、ブナ林衰退の仕組みやブナハバチの発生機構に関する調査研究が進み、衰退リスクの評価や後継樹の更新、ブナハバチ防除などの技術開発が進められた。植生保護柵や土壌流出防止対策を実施した場所では林床植生の回復や落ち葉・落ち枝などの堆積が確認され、これまでの研究・試験成果を用いて再生事業を段階的に展開できる段階に移った。
シカ管理では、第2期から野生動物管理の専門職員であるワイルドライフレンジャーが配置され、それまで捕獲が困難であった高標高の山稜部などでも管理捕獲が行われるようになった。シカの生息密度が低下した森林では林床植生の回復も確認された。また山地域では、森林整備とシカ管理を同じ地域で連携して行う取組が進み、一部では林床植生の回復が確認された。
渓流域では、県有林内で行われた渓畔林整備とモニタリングの結果をもとに初期段階の整備技術が整理され、「渓畔林整備の手引き」としてまとめられた。このように第2期では、第1期で試行された対策について効果を検証し、再生手法を確立して他地域へ展開する段階へ移った。
第3期（2017–2022年度） 第3期自然再生計画は2017年3月に策定された。第2期までに一定の成果が得られた事業については、対策が必要な場所を精査しながら事業を継続・拡大するとともに、調査研究や技術開発の成果を用いた統合的な対策を段階的に進める方針が示された。
また、第2期で導入された事業の優先・段階実施をさらに明確にし、構成事業を重点事業、実施可能性検討（FS）（feasibility study、フィジビリティスタディ）、一般構成事業の3区分に整理した。重点事業は計画期間中に特に優先して進めるもの、FSは事業化の可能性を検討する調査・事業、一般構成事業は既存事業のうち自然再生に関連するものとされた。
ブナ林では、第1・2期の調査研究成果をもとに2017年に丹沢ブナ林再生指針が作成され、植生保護柵、土壌保全、シカ管理、ブナハバチ対策などを組み合わせた再生事業が進められた。これにより、第1期から進められてきた調査研究と技術開発が、再生指針に基づく事業として体系化された。
第3期の計画期間は当初2021年度までの5年間であったが、第4期計画の策定作業が延期されたため、2022年度まで1年間延長された。この期間までには、一部の自然林や人工林で林床植生の回復が確認されるなどの成果が現れた一方、その効果は丹沢全域には及んでおらず、自然再生には長期的な取組が必要であることが改めて認識された。
第4期（2023–2026年度） 第4期自然再生計画は2023年3月に策定された。第3期までに一定の成果が得られた取組について、必要な箇所を精査しながら継続・拡大し、丹沢全域で成果がみられることを目指す方針が示された。特にブナ林では、丹沢ブナ林再生指針を用いて重点対策地区を設定し、植生保護柵、シカ管理などを組み合わせた統合的な対策を進めることとした。また、気候変動に伴う台風・集中豪雨による大規模災害などへの対応も新たな課題とされた。
事業区分については、第3期の重点事業・FS・一般構成事業の3区分から、重点事業と一般構成事業の2区分へ再編された。第3期でFSとされた調査・事業については、その検討結果を踏まえていずれかの区分へ組み込まれた。また、水源環境保全・再生施策との連携を進めるとともに、その施策の終了後も見据え、人材や事業実施体制を含めた長期的な自然再生のあり方を検討することとされた。
第5期（2027–2031年度） 第4期計画が2026年度で終了することから、神奈川県は第5期自然再生計画の策定を進め、2026年9月25日に県議会環境農政常任委員会へ素案を報告した。素案では計画期間を2027年度から2031年度までの5年間とし、これまでの自然再生事業を継続するとともに、進捗状況をより分かりやすく把握・評価するため、従来の8つの特定課題を基本とする事業体系から、4つの景観域を基本とする事業体系へ統合する方針が示されている。
また、従来の「里山域」は第5期素案では「山麓域」に改称されている。2026年10月時点では第5期計画は策定途中であり、現行計画は第4期自然再生計画である。
2026年10月19日には素案が公表され、11月18日までパブリックコメントを募集している。
実施体制 基本構想では、多様な主体による協議機関、県庁内の全庁的な推進機関、調査・モニタリングなどを担う中核機関、多様な事業実施主体を連携させる体制が提案された。
神奈川県の推進体制 森林整備、野生動物管理、自然公園、水源環境など複数の行政分野を横断するため、丹沢大山自然再生推進本部が県庁内の推進組織とされている。
自然環境保全センター 神奈川県自然環境保全センターは自然再生の中核機関とされ、調査研究、モニタリング、人材育成、情報整備、自然再生技術の開発などを担う。
丹沢大山自然再生委員会 基本構想では、国・県・市町村、民間団体、企業、県民、専門家などが参加する協議機関として丹沢大山自然再生委員会を設けることが提案された。
委員会は丹沢大山総合調査実行委員会を引き継いで2006年10月24日に設立され、自然再生事業の点検・評価や助言、普及啓発などを行っている。
モニタリングと順応的管理 県の実施機関が事業とモニタリングを行い、自然再生委員会が点検・評価し、その結果を事業や次期計画へ反映する仕組みが採られている。モニタリングは成果確認だけでなく、実施場所、手法、事業の優先順位を見直す基礎となっている。
県民・団体・企業との協働 地域住民、NPO、ボランティア団体、企業なども、森林管理、環境教育、登山道管理などを通じて自然再生へ参加している。国、市町村、企業・団体等による活動についても、県の自然再生事業との連携が図られている。
統合的管理の実践 丹沢大山自然再生基本構想では、個々の課題を別々に扱うのではなく、相互の関係を踏まえて事業を横断的に進める統合的管理を基本原則の一つとした。自然再生計画では、この考え方を具体化するため、複数の自然環境問題と対策が重なる地域で、森林整備、シカ管理、土壌保全、植生回復などを組み合わせる取組が進められている。
統合再生流域での取組 自然再生計画では、各対策の連携を図る地域として東丹沢1、西丹沢1、東丹沢2の3つの統合再生流域を設定している。それぞれ自然環境や社会的条件が異なるため、流域ごとに異なる事業を組み合わせている。
東丹沢1 東丹沢の中津川上流の塩水川、本谷川、タライゴヤ沢流域を対象とする。シカの高密度化による林床植生の衰退と、それに伴う森林土壌の流出が主要な課題となっている。奥山域ではシカの管理捕獲、植生保護柵、土壌保全、ブナ林再生を組み合わせ、山地域や渓流域では森林整備とシカ管理を連携してきた。シカの生息密度が低下し、土壌流出が抑制された場所では林床植生の植被率が増加するなど、事業を組み合わせた効果が確認されている。
西丹沢1 西丹沢の檜洞丸から大室山、畦ヶ丸にかけての稜線部から中川温泉周辺に及ぶ地域を対象とする。当初は東丹沢に比べてシカの影響が小さい地域として設定されたが、スズタケの一斉開花・枯死や、捕獲が困難な地域でのシカの影響、ブナハバチなどによるブナ林衰退が顕在化した。檜洞丸周辺では植生保護柵、シカの管理捕獲、土壌保全、ブナ林再生のモニタリングを連携して実施しており、第4期では大室山周辺にも対象を広げている。
東丹沢2 丹沢大山東側の山麓に位置する清川村の小鮎川流域と宮ヶ瀬湖周辺を対象とする。里山林や人工林の管理不足、鳥獣による農林業被害などが課題となっている。農業協同組合、清川村、神奈川県の関係機関などが、シカ等の捕獲、鳥獣被害対策、森林整備などについて情報を共有し、それぞれの事業を調整してきた。
3つの統合再生流域は、同じ施策を一律に適用するものではない。東丹沢1ではシカ、植生、土壌の関係、西丹沢1ではブナ林の衰退と森林更新、東丹沢2では里山管理や農林業被害など、地域ごとの課題に応じて複数の事業を組み合わせる点に特徴がある。
モデル流域 第4期自然再生計画では、東丹沢1において、渓流から尾根までを含む同一集水域を、多様な主体が連携して自然再生に取り組む「モデル流域」として設定する方針が示された。
2024年度には、丹沢県有林で企業と連携して森林整備などを行っている自然再生プロジェクトの実施地をモデル流域の候補地として選定した。今後の取組を検討するため、渓流沿いの植生保護柵や広葉樹植栽地などの状況を関係者が確認している。
奥山域：ブナ林再生 奥山域では、高標高域のブナ林の衰退、ニホンジカによる林床植生の衰退、土壌侵食などが相互に関係している。このため、植生保護柵、シカの管理捕獲、土壌保全、ブナハバチ対策、森林更新のモニタリングなどを組み合わせた自然再生が進められている。
ブナ林の衰退 thumb|250px|檜洞丸北西・熊笹ノ峰付近の稜線。ブナなどの高木の立ち枯れがみられる（2007年5月） 丹沢山地の高標高域には、ブナを主体とする冷温帯林が分布している。1970年代以降、ブナなど高木の立ち枯れが目立つようになり、1990年代以降には高木の枯死によって林冠が開いたギャップの増加と、広葉樹高木林の減少が明瞭となった。
衰退は丹沢山地のブナ林全域で一様に進んでいるわけではない。東丹沢から丹沢中央部にかけての高標高の主稜線や、丹沢山、檜洞丸の山頂周辺などで進行し、とくに南から西向きの斜面で衰退度が高い傾向が確認されている。蛭ヶ岳から丹沢山にかけての主稜線や檜洞丸周辺では、高木の立ち枯れによって林冠が大きく開いた場所もみられ、林分によっては草地化・裸地化が進んでいる。
丹沢のブナ林衰退は単一の原因によるものではなく、複数の要因が相互に関係している。 要因 影響 対流圏オゾン ブナの光合成や成長を阻害 水ストレス 水分不足によって光合成や成長が抑制 ブナハバチ 繰り返しの葉食によって樹勢が低下し、衰弱・枯死につながる ニホンジカ 採食によって林床植生や高木性樹木の稚樹が減少し、森林更新を阻害
オゾンによる影響 ブナの樹勢を低下させる要因の一つが、地表付近に存在する対流圏オゾンである。オゾンは葉の気孔から取り込まれると葉緑体の機能を阻害し、成長量を低下させ、葉の老化や落葉を早めることが知られている。