日豊本線（にっぽうほんせん）は、福岡県北九州市小倉北区の小倉駅から大分駅、延岡駅、宮崎駅および都城駅を経由して、鹿児島県鹿児島市の鹿児島駅までを結ぶ九州旅客鉄道（JR九州）の鉄道路線（幹線）である。
福岡県北九州市から大分県中津市・大分市・佐伯市、宮崎県延岡市・宮崎市などの東九州の主要都市を経由して九州東部を縦貫し、鹿児島県鹿児島市までを結ぶ路線である。福岡市・北九州都市圏と沿線各地を結ぶ特急列車などが数多く走っており、路線のほとんどは国道10号と並走している（ただし大分-佐伯間では国道197号・国道217号が、宮崎 - 都城間では国道269号が当線と並走し、国道10号は当線から離れた内陸部を経由）。
概要 路線名の「日豊」とは旧令制国の豊後国（大分県）および日向国（宮崎県）を合わせた地域の呼称である。ただし日豊本線の両端部分は福岡県（のうち旧豊前国の地域）と鹿児島県である。
起点は小倉駅だが、1987年（昭和62年）になって1駅隣の西小倉駅に鹿児島本線のホームが設けられたため、小倉駅 - 西小倉駅間が鹿児島本線との重複区間になっている。また正式な路線の終点は鹿児島駅だが、同駅を発着する列車は鹿児島本線に乗り入れ、鹿児島中央駅またはさらに最遠で川内駅方面まで直通している。
小倉駅 - 行橋駅間は旅客営業規則の定める大都市近郊区間の「福岡近郊区間」に含まれている。
小倉駅 - 幸崎駅間、日向新富駅 - 田野駅間および国分駅 - 鹿児島駅間ただし竜ヶ水駅では利用できない。 はIC乗車カード「SUGOCA」の利用エリアに含まれている。ただし、小倉駅 - 幸崎駅間、日向新富駅 - 田野駅間、国分駅 - 鹿児島駅間の各エリアを跨っての利用はできない - 九州旅客鉄道ニュースリリース 2015年9月17日利用可能エリア - 九州旅客鉄道 SUGOCA公式サイト、2026年1月18日閲覧。
一般向けリアルタイム列車位置情報システムである、「どれどれ」および「JR九州トレインナビ」対応路線（小倉駅 - 鹿児島中央駅間の全線）であるどれノル？いまドコ？すぐわかる！ 「JR 九州トレインナビ」１月 26 日スタート 「あと何分で列車が来る？」「今どこを走ってる？」スマホで一発解決、通勤も観光も、もっと快適に - 九州旅客鉄道（2026年1月22日、2026年3月14日閲覧）。スマートフォンアプリ「JR九州アプリ」およびサイト内で、リアルタイムの列車位置情報が利用できる - 九州旅客鉄道、2016年12月20日。
また、2018年（平成30年）9月28日より小倉駅 - 行橋駅間で駅ナンバリングが制定され、日豊本線の路線記号はJF、路線カラーは青となった。
路線データ 管轄・路線距離（営業キロ）： 九州旅客鉄道（第一種鉄道事業者）： 小倉駅 - 鹿児島駅間 462.6 km 日本貨物鉄道（第二種鉄道事業者）： 小倉駅 - 佐土原駅間 (326.7 km) 軌間：1067 mm 駅数：111 日豊本線所属の旅客駅に限定した場合、鹿児島本線所属の小倉駅と鹿児島駅が除外され『停車場変遷大事典 国鉄・JR編』JTB、1998年。。、109駅となる。なお、西小倉駅は鹿児島本線との分岐駅であるが日豊本線所属である。 複線区間：小倉駅 - 立石駅間、中山香駅 - 杵築駅間、日出駅 - 大分駅間 電化区間：全線（交流20,000 V・60 Hz） 架線構成：シンプルカテナリー方式 吊架線：亜鉛めっき鋼より線（公称断面積：大分以北135 mm²・大分以南90 mm²、外径：15 mm・12 mm、張力：2 t・1 t） トロリ架線：みぞ付硬銅線(GT)（公称断面積：110 mm²、外径：12.34 mm、張力1 t） 閉塞方式：自動閉塞式 保安装置：ATS-SK、ATS-DK（2022年2月末現在、小倉駅 - 佐伯駅間、延岡駅 -田野駅が対応 - 九州旅客鉄道（2017年8月25日）） 最高速度： 130 km/h（小倉駅 - 大分駅間） 110 km/h（大分駅 - 佐伯駅間、延岡駅 - 宮崎駅間） 100 km/h（隼人駅 - 鹿児島駅間） 90 km/h（国分駅 - 隼人駅間） 85 km/h（佐伯駅 - 延岡駅間、宮崎駅 - 国分駅間） 運転指令所：博多総合指令センター・大分指令センター・南宮崎指令センター
各支社の管轄区間は以下のようになっている。
JR九州本社鉄道事業本部：小倉駅 - 吉富駅間 JR九州大分支社：中津駅 - 宗太郎駅間 JR九州宮崎支社：市棚駅 - 五十市駅間 JR九州鹿児島支社：財部駅 - 鹿児島駅間
本社と大分支社の境界は山国川橋梁（県境を跨ぐ）と中津駅下り場内信号機の間に、大分支社と宮崎支社の境界は第四宗太郎トンネルの延岡方出入口と県境の間にある。
旅客運賃体系 後述の大都市近郊区間を除いて幹線運賃 大都市近郊区間（旅客営業規則による） 福岡近郊区間 ： 小倉駅 - 行橋駅間 IC乗車カード対応区間 SUGOCA福岡・佐賀・長崎・大分・熊本エリア ： 小倉駅 - 幸崎駅間 SUGOCA宮崎エリア ： 日向新富駅 - 田野駅間 SUGOCA鹿児島エリア ： 国分駅 - 鹿児島駅間（竜ケ水駅では利用不可）
歴史 小倉駅 - 重岡駅間は、初代九州鉄道および初代豊州鉄道の手で開業した小倉駅 - 行橋駅 - 長洲駅（現在の柳ケ浦駅）間を国有化後に延伸したものである。
一方、重岡駅以南は、吉松駅から宮崎線として順次延伸されたもので、うち宮崎駅 - 佐土原駅間は宮崎県営鉄道を買収して編入したものである。1923年（大正12年）に重岡駅まで開通し小倉駅 - 宮崎駅 - 吉松駅間が日豊本線となった。
国分駅（現在の隼人駅） - 鹿児島駅間は官営の鹿児島線として開業したもので、1932年（昭和7年）に都城駅 - 隼人駅間が開通して、現在のルートである小倉駅 - 都城駅 - 隼人駅 - 鹿児島駅間が日豊本線となり、吉松駅 - 都城駅間は吉都線となった。
年表 小倉駅 - 重岡駅間 九州鉄道・豊州鉄道→豊州本線 1895年（明治28年） 4月1日：九州鉄道が小倉駅 - 行事駅間を開業（小倉駅 - 小倉総合車両センター付近は1891年4月1日に九州鉄道本線の一部として既設）。城野駅・刈田駅・行事駅が開業。 8月25日：行事駅が廃止。行橋駅が開業（豊州鉄道の駅として既設）。 10月25日：曽根駅が開業。 1897年（明治30年）9月25日：豊州鉄道が行橋駅 - 長洲駅間を延伸開業。新田原駅・椎田駅・松江駅・宇ノ島駅・中津駅・今津駅・四日市駅・長洲駅が開業。 1898年（明治31年）3月1日： 長洲駅が宇佐駅（初代）に改称。 1901年（明治34年） 5月25日：大貞駅が開業。 9月3日：九州鉄道が豊州鉄道を合併 1904年（明治37年）2月12日：北篠崎聯絡所・紫川聯絡所・南篠崎聯絡所が開設。 1907年（明治40年） 7月1日：鉄道国有法により九州鉄道を買収、官設鉄道の路線となる。 11月1日：宇ノ島駅が宇島駅に、刈田駅が苅田駅に改称。 1909年（明治42年） 10月12日：国有鉄道線路名称の制定により、小倉駅 - 柳ケ浦駅間が豊州本線になる。 10月15日：宇佐駅（初代）が柳ケ浦駅に改称。 12月21日：柳ケ浦駅 - 宇佐駅間が延伸開業。宇佐駅（2代）が開業。 1910年（明治43年）12月15日：宇佐駅 - 中山香駅間が延伸開業。立石駅・中山香駅が開業。 1911年（明治44年） 3月22日：中山香駅 - 日出駅間が延伸開業。杵築駅・日出駅が開業。 4月22日：豊前長洲駅が開業。 7月16日：日出駅 - 別府駅間が延伸開業。頭成駅・亀川駅・別府駅が開業。 10月1日：北篠崎聯絡所が廃止。 11月1日： 別府駅 - 大分駅間が延伸開業。浜脇駅・西大分駅・大分駅が開業。 1912年（明治45年）紫川聯絡所が廃止。 1914年（大正3年）4月1日：大分駅 - 幸崎駅間が延伸開業[ 「鉄道院告示第22号」『官報』1914年3月30日]（国立国会図書館デジタルコレクション）。下郡聯絡所および高城駅・鶴崎駅・坂ノ市駅・幸崎駅が開業[ 「鉄道院告示第23号」『官報』1914年3月30日]（国立国会図書館デジタルコレクション）。 1915年（大正4年）8月15日：幸崎駅 - 臼杵駅間が延伸開業。下ノ江駅・臼杵駅が開業。 1916年（大正5年） 6月21日：南篠崎聯絡所が廃止。 10月25日：臼杵駅 - 佐伯駅間が延伸開業。津久見駅・日代駅・浅海井駅・佐伯駅が開業。 1917年（大正6年）7月18日：上臼杵駅が開業。 1918年（大正7年）10月16日：苅田駅の読みを「かんだ」から「かりた」に変更。 1919年（大正8年）9月1日：四日市駅が豊前善光寺駅に改称。 1920年（大正9年） 8月15日：熊崎駅が開業。 11月20日：佐伯駅 - 神原駅間が延伸開業。上岡駅・直見駅・神原駅が開業。 1922年（大正11年）3月26日：神原駅 - 重岡駅間が延伸開業。重岡駅が開業。 1923年（大正12年） 3月16日：今川仮信号場（初代）が開設。 7月1日：海崎駅が開業。 7月21日：今川仮信号場（初代）が廃止。 12月15日： 豊州本線と宮崎本線が統合されて、小倉駅 - 吉松駅間が日豊本線になる。 1924年（大正13年） 7月23日：今川仮信号場（2代）が開設（廃止年月日不詳） 11月25日：大在駅が開業。 1926年（大正15年）9月1日：西屋敷信号場が開設。
重岡駅 - 都城駅間 宮崎線 1913年（大正2年）10月8日：谷頭駅 - 都城駅間が宮崎線として開通（現在の吉都線が全通）。都城駅が開業。 1914年（大正3年） 2月11日：都城駅 - 三股駅間が延伸開業。三股駅が開業。 8月15日：三股駅 - 山之口駅間が延伸開業。山之口駅が開業。 1915年（大正4年）3月20日：清武駅 - 宮崎駅間が開業。大淀駅が開業。都城駅方面、佐伯駅方面ともに未接続のため宮崎県営鉄道に営業を委託。 1916年（大正5年）3月21日：山之口駅 - 青井岳駅間が延伸開業。青井岳駅が開業。 4月10日：清武駅 - 大久保駅間が延伸開業。大久保駅が開業。 10月25日：青井岳駅 - 清武駅間が延伸開業し、宮崎線吉松駅 - 宮崎駅間が全通。田野駅が開業。大久保駅が廃止。
宮崎県営鉄道妻線 1913年（大正2年）12月15日：宮崎駅 - 福島町駅間が宮崎県営鉄道妻線として開業。広瀬駅（初代）・次郎ヶ別府駅・蓮ケ池駅（初代）・花ヶ島駅が開業。 1914年（大正3年） 4月26日：福島町駅 - 佐土原駅（初代・後の西佐土原）間が延伸開業。 11月20日：宮崎駅 - 川口駅間の貨物線が開業。 1917年（大正6年）9月21日：宮崎県営鉄道妻線の買収により、吉松駅 - 宮崎駅間を宮崎本線とし、宮崎駅 - 広瀬駅 - 妻駅間が妻軽便線になる。宮崎駅 - 川口駅間の貨物線、蓮ケ池駅（初代）が廃止。
宮崎本線 1920年（大正9年）9月11日：広瀬駅 - 高鍋駅間が延伸開業。高鍋駅・三納代駅・広瀬駅（2代）が開業。広瀬駅（初代）が廃止。宮崎駅 - 広瀬駅間が妻軽便線から宮崎本線に編入され、吉松駅 - 宮崎駅 - 高鍋駅間が宮崎本線、広瀬駅 - 妻駅間が妻軽便線になる。 1921年（大正10年） 6月11日：高鍋駅 - 美々津駅間が延伸開業。美々津駅・都農駅・川南駅が開業。 10月11日：美々津駅 - 富高駅間が延伸開業。富高駅・岩脇駅が開業。 10月11日： 細島軽便線（後の細島線）富高駅 - 細島駅間が開業。 1922年（大正11年）2月11日：富高駅 - 南延岡駅間が延伸開業。南延岡駅・土々呂駅・門川駅が開業。 5月1日：南延岡駅 - 延岡駅間が延伸開業。延岡駅が開業。 10月29日：延岡駅 - 日向長井駅間が延伸開業。日向長井駅が開業。 1923年（大正12年） 7月1日：日向長井駅 - 市棚駅間が延伸開業。市棚駅が開業。 12月15日：市棚駅 - 重岡駅間が延伸開業。豊州本線と宮崎本線が統合され、小倉駅 - 吉松駅が日豊本線になる。宗太郎信号場が開設。
都城駅 - 鹿児島駅間 志布志線 1923年（大正12年）1月14日：都城駅 - 西都城駅 - 末吉駅間が志布志線として開業。西都城駅が開業。
国都東線 1929年（昭和4年）4月28日：西都城駅 - 財部駅間が国都東線として開業。五十市駅・財部駅が開業。 1931年（昭和6年）11月1日：財部駅 - 大隅大川原駅間が延伸開業。北俣駅・大隅大川原駅が開業。 1932年（昭和7年）12月6日：大隅大川原駅 - 霧島神宮駅間が延伸開業。北永野田駅が開業。日豊本線に編入
国都西線 1929年（昭和4年）11月24日：西国分駅 - 国分駅間が国都西線として開業。国分駅（2代）駅が開業。 1930年（昭和5年）7月10日：国分駅 - 霧島神宮駅間が延伸開業。霧島神宮駅が開業。
鹿児島線→肥薩線 1901年（明治34年）6月10日：国分駅（現在の隼人） - 鹿児島駅間が鹿児島線として開業。鹿児島駅・重富駅・加治木駅・国分駅（初代）が開業[ 「逓信省告示第238号」『官報』1901年6月4日]（国立国会図書館デジタルコレクション）。 1908年（明治41年）7月28日：心岳寺仮乗降場が開業。 1909年（明治42年）11月21日：門司駅（現在の門司港駅） - 人吉駅 - 鹿児島駅間の全通に伴い、鹿児島線に人吉本線が編入され鹿児島本線になる。 1915年（大正4年）8月7日：竜ケ水駅が開業。 1926年（大正15年）4月1日：帖佐駅が開業。 1927年（昭和2年）10月17日：川内経由のルート全通により、鹿児島本線から八代駅 - 吉松駅 - 鹿児島駅間が分離され肥薩線になる。 1929年（昭和4年）9月1日： 国分駅（初代）が西国分駅に改称。 1930年（昭和5年）9月15日：西国分駅が隼人駅に改称。
全通後 1932年（昭和7年）12月6日：線路名称制定により小倉駅 - 都城駅 - 隼人駅 - 鹿児島駅間が日豊本線になる。 1933年（昭和8年）6月19日：築城駅が開業。 1934年（昭和9年）4月15日：浜脇駅が東別府駅に改称。 1935年（昭和10年）10月1日：次郎ヶ別府駅が日向住吉駅に改称。 1940年（昭和15年）8月1日：頭成駅が豊後豊岡駅に改称。 1941年（昭和16年）8月20日：南小倉信号場が開設。 1942年（昭和17年）4月1日：大淀駅が南宮崎駅に改称。 1944年（昭和19年） 5月28日：小波瀬信号場が開設。 9月1日：行橋駅 - 苅田港駅間の貨物支線が開業。貨物駅として苅田港駅が開業。 12月1日：南小倉信号場が駅に変更され南小倉駅が開業。 1945年（昭和20年）5月1日：曽根駅が下曽根駅に、松江駅が豊前松江駅に、苅田港駅が苅田港事務所にそれぞれ改称（苅田港は手続上は廃止新設）。 1947年（昭和22年） 10月1日：佐志生仮乗降場が開業。 3月1日：西屋敷信号場・宗太郎信号場が駅に変更され西屋敷駅・宗太郎駅が開業。 1948年（昭和23年）10月15日：小波瀬信号場が駅に変更され小波瀬駅が開業。 1949年（昭和24年） 5月1日：北川駅が開業。 6月1日：行橋駅 - 苅田港駅間貨物支線の起点が小波瀬駅に変更。苅田港事務所を苅田港駅に改称（手続上は廃止新設）。 1950年（昭和25年）1月10日：佐志生仮乗降場が駅に変更され佐志生駅が開業。 1952年（昭和27年） 5月1日：葛原信号場・朽網信号場が開設。 6月1日：大神駅が開業。朽網信号場が駅に変更され朽網駅が開業。 8月21日：東都農駅が開業。 11月15日：大貞駅が東中津駅に改称。 1953年（昭和28年）2月11日：北延岡駅が開業。 1954年（昭和29年） 8月：土々呂海水浴場仮乗降場が開業（廃止時期不詳、同年中）。 11月10日：花ヶ島駅が宮崎神宮駅に改称。 1955年（昭和30年）12月1日：西大分駅 - 大分港駅間の貨物支線（大分港臨港線）が開業。 1956年（昭和31年） 2月11日：三毛門駅が開業。 2月20日：小波瀬駅 - 行橋駅間が複線化。 10月1日：天津駅が開業。 11月18日：仏崎信号場が開設。 1958年（昭和33年） 2月15日：小倉駅 - 南小倉駅間が複線化。 6月5日：南小倉駅 - 城野駅間が複線化。 1959年（昭和34年） 4月15日：狩生駅が開業。 7月20日：加草仮乗降場が開業（廃止時期不詳）。 10月1日：苅田駅の読みを「かりた」から「かんだ」に変更。 1961年（昭和36年） 3月20日：神原駅が直川駅に、三納代駅が日向新富駅に改称。 10月1日：大川司信号場が開設。小倉駅 - 宮崎駅間に京都駅発着の特急「かもめ」が運転開始。 1962年（昭和37年）10月1日：川原木信号場が開設。 1963年（昭和38年） 3月20日： 下郡信号場（初代）が廃止。 5月25日：富高駅が日向市駅に、岩脇駅が南日向駅に改称。 9月20日：葛原信号場 - 朽網駅間が複線化。 1965年（昭和40年） 3月29日：城野駅 - 葛原信号場間が複線化。 3月30日：葛原信号場が廃止。 4月1日：餅原駅が開業。 7月1日：広瀬駅が佐土原駅に改称。 9月15日：日向沓掛信号場が開設。 9月26日：苅田駅 - 小波瀬駅間が複線化。 9月29日：朽網駅 - 苅田駅間が複線化。 10月1日：門石信号場・楠ヶ丘信号場が開設。日向沓掛信号場が駅に変更され日向沓掛駅が開業。 1966年（昭和41年） 7月20日：宇佐駅 - 西屋敷駅間が複線化。 8月9日：亀川駅 - 東別府駅間が複線化。 8月30日：行橋駅 - 新田原駅間が複線化。 9月6日：東別府駅 - 仏崎信号場間が複線化。 9月21日：西大分駅 - 大分駅間が複線化。 9月28日：西屋敷駅 - 立石駅間が複線化。 10月1日：南霧島信号場が開設。小倉駅 - 新田原駅間が電化。 1967年（昭和42年） 7月20日：椎田駅 - 豊前松江駅間が複線化。 7月31日：築城駅 - 椎田駅間が複線化。 8月1日：心岳寺仮乗降場が廃止。 8月9日：仏崎信号場 - 西大分駅間が複線化。仏崎信号場が廃止。 8月30日：新田原駅 - 築城駅間が複線化。電化にあたり航空自衛隊築城基地の航空機離着陸の障害防止のため同区間を西側に経路変更。 9月15日：新田原駅 - 幸崎駅間が電化電車の運転開始は10月1日から新田原駅 - 築城駅間の経路変更は複線化時にあわせて行われた。 9月27日：徳浦信号場が開設。 1969年（昭和44年） 8月26日：豊前松江駅 - 宇島駅間が複線化。 9月12日：豊前長洲駅 - 宇佐駅間が複線化。 9月19日：宇島駅 - 三毛門駅間が複線化。 1970年（昭和45年） 6月25日：三毛門駅 - 小倉駅起点49.94km間が複線化。 11月24日：竜ヶ水駅 - 鹿児島駅間の鳥越トンネル西側の地点に、並走する鹿児島県道215号吉野公園線からダンプカーが転落。走行してきた急行「錦江1号」と衝突して乗客2人が死亡、40人が負傷急行、転落ダンプに衝突 横倒し、死者2負傷40 県道から線路にドスン『朝日新聞』1970年（昭和45年）11月24日夕刊 3版 9面。 1972年（昭和47年） 2月1日：細島線の旅客営業廃止に伴い、同線を日豊本線貨物支線として編入。 3月15日：三股駅が東都城駅に改称。 4月1日：大分駅 - 延岡駅間がCTC化。 1973年（昭和48年） 11月1日：延岡駅 - 宮崎駅間がCTC化。 11月14日：自見川信号場が開設。自見川信号場 - 東中津駅間が複線化。 1974年（昭和49年） 3月13日：幸崎駅 - 南宮崎駅間が電化。 12月14日：西小倉駅が開業。 1976年（昭和51年）9月29日：東中津駅 - 今津駅間が複線化。 1977年（昭和52年） 6月1日：小倉駅起点49.94 km - 自見川信号場間が複線化。自見川信号場が廃止。 10月19日：中山香駅 - 大川司信号場間が複線化。 1978年（昭和53年） 9月21日：大川司信号場 - 杵築駅間が複線化。 9月23日：大川司信号場が廃止。 1979年（昭和54年）9月25日：南宮崎駅 - 鹿児島駅間が電化され、全線の電化が完成。 1980年（昭和55年）7月9日：豊後豊岡駅 - 亀川駅間が複線化。営業キロ0.1km短縮、小倉駅 - 鹿児島駅間 462.7 →462.6km 昭和60年6月1日現在『日本国有鉄道停車場一覧』日本交通公社、1985年9月20日、511頁。 1982年（昭和57年） 9月17日：天津駅 - 豊前善光寺駅間が複線化。 10月1日：今津駅 - 天津駅間が複線化。 10月21日：豊前善光寺駅 - 柳ケ浦駅間が複線化。 1983年（昭和58年）12月8日：柳ケ浦駅 - 豊前長洲駅間が複線化。 1984年（昭和59年）2月1日：西大分駅 - 大分港駅間の貨物支線が廃止。 1986年（昭和61年） 3月3日：錦江駅が開業。東都城駅が三股駅に改称。 10月16日：杵築駅 - 大分駅間が CTC 化。 10月24日：小倉駅 - 杵築駅間が CTC 化。 12月1日：蓮ケ池臨時乗降場（2代）が開業。 1987年（昭和62年） 2月22日：牧駅が開業。 3月9日：暘谷駅・別府大学駅が開業。安部山公園臨時乗降場が開業。日出駅 - 豊後豊岡駅間が複線化。
国鉄分割民営化以降 1987年（昭和62年）4月1日： 国鉄分割民営化にともない九州旅客鉄道が小倉駅 - 大分駅 - 鹿児島駅間、日本貨物鉄道が小波瀬駅 - 苅田港駅間および日向市駅 - 細島駅間を第一種鉄道事業者として継承、日本貨物鉄道が小倉駅 - 日向市駅間の第二種鉄道事業者となる。日向市駅 - 鹿児島駅間の貨物営業が廃止。安部山公園臨時乗降場・蓮ケ池臨時乗降場が駅に変更。 1988年（昭和63年）3月13日：南行橋駅・旭ケ丘駅・姶良駅が開業。 1989年（平成元年） 3月11日：財光寺駅・加納駅が開業。 12月1日：日向市駅 - 細島駅間の貨物支線が休止。 12月22日：西小倉駅 - 中山香駅間にPRCを導入。 1991年（平成3年）7月31日：日本貨物鉄道が日向市駅 - 佐土原駅間の第二種鉄道事業を開業。 1992年（平成4年） 7月15日：延岡駅 - 宮崎駅間の軌道強化が図られ、同区間の最高速度を従来の85 km/hから110 km/hに引き上げ、同駅間の特急の所要時間が7分程度短縮される。 10月1日：小波瀬駅が小波瀬西工大前駅に改称。 1993年（平成5年） 7月24日：小倉駅 - 大分駅間の高速化工事に着手。 8月6日：平成5年8月豪雨により竜ケ水駅が大規模な土石流により埋没。竜ケ水駅に停車中の列車2編成が大破し、乗客3名死亡。西都城駅 - 鹿児島駅間が不通。加治木港から鹿児島港までの船舶、バスによる代替輸送実施。 9月19日：西都城駅 - 大隅大川原駅間と国分駅 - 鹿児島駅間の運転を再開 p.43 - 防災科学技術研究所、1995年3月。 10月9日：大隅大川原駅 - 国分駅間の運転を再開し、2か月ぶりに全線開通。 12月1日：日向市駅 - 細島駅間の貨物支線が廃止。 1994年（平成6年）3月1日：1991年度より実施していた延岡駅 - 宮崎駅間の地上設備の改良工事（一線スルー化など）が完了、同駅間の特急の所要時間が最大13分短縮される。高鍋駅 - 田野駅間のワンマン運転を開始。 1995年（平成7年）4月20日：吉富駅が開業。 1996年（平成8年）6月1日 - 宮崎総合鉄道事業部発足に伴い、市棚駅 - 佐土原駅間が大分支社から鹿児島支社に移管。 1999年（平成11年）10月1日：柳ケ浦駅 - 佐伯駅間でワンマン運転開始。 2000年（平成12年）12月2日：城野駅 - 中山香駅間の指令業務が門司港指令所から博多総合指令センターへ移管される。 2003年（平成15年） 3月15日：国分駅 - 鹿児島駅間でワンマン運転開始。 10月1日：延岡駅 - 国分駅間でワンマン運転開始。 2004年（平成16年）3月13日：大分駅 - 佐伯駅間の高速化工事が完成し、この区間の最高速度が85 km/hから110 km/hに引き上げられ、同駅間の特急の所要時間が最大8分短縮される 2006年（平成18年）3月18日：日豊本線上にも下郡信号場（2代）が開設。柳ケ浦駅 - 佐伯駅間、国分駅 - 鹿児島駅間のワンマン列車が車内収受式から駅収受式に変更。 2009年（平成21年） 3月1日：小倉駅 - 中津駅間でICカード「SUGOCA」が利用可能になる。 3月14日：中津駅 - 柳ケ浦駅間でワンマン運転開始。 10月1日：小倉駅 - 中津駅間、佐伯駅 - 延岡駅間でワンマン運転開始。 2012年（平成24年）12月1日：SUGOCAの利用可能エリアが中津駅 - 幸崎駅間と国分駅 - 鹿児島駅間に拡大SUGOCA、熊本や鹿児島などエリア拡大 - 鉄道コム、2012年9月20日ＳＵＧＯＣＡのご利用可能エリアを平成24年12月１日（土）に拡大します - 九州旅客鉄道ニュースリリース 2012年9月19日（ただし竜ケ水駅では利用できない）。 2014年（平成26年）3月15日：大分駅 - 下郡信号場間に新線が設置され、豊肥本線と含め事実上の3線単線並列化。旧線を「中通路線」と改称し、大分車両センターへの専用回送線となる。 2015年（平成27年）11月14日：佐土原駅 - 田野駅間でSUGOCAが利用可能になる。 2016年（平成28年） 6月30日：省令に基づく「平成28年6月末まで整備するべき区間」において、ATS-DKの整備が終わる。 10月1日：小波瀬西工大前駅 - 苅田港駅間の貨物支線が廃止電気車研究会『平成二十九年度 鉄道要覧』13頁。 12月22日：一般向けリアルタイム列車位置情報システム「どれどれ」提供開始。 2017年（平成29年） 3月4日：ダイヤ改正により、特急「にちりん」・「ひゅうが」の一部列車でワンマン運転が開始される。 9月17日：台風18号の影響により徳浦信号場構内で大規模な土砂崩れ、津久見駅構内で冠水等、幸崎駅 - 延岡駅間で多数の被害が発生。 12月18日：臼杵駅 - 佐伯駅間で運転再開し、日豊本線が3か月ぶりに全線で運転再開。徳浦信号場は下り線のみの復旧のため、信号場機能は休止日豊線 １２月下旬再開へ 不通の臼杵―佐伯 - 大分合同新聞（共同通信配信記事）(2017年10月26日、11月5日現在の オリジナル をアーカイブ化)。 2018年（平成30年） 3月17日：ダイヤ改正を実施。 徳浦信号場を廃止。 牧駅と幸崎駅に駅遠隔案内システム「ANSWER」を導入。 小倉駅 - 宇佐駅間の下り快速列車を廃止。 特急「きりしま」でワンマン運転を開始783系充当の2往復を除く。。 重岡駅 - 延岡駅間で普通列車のワンマン運転を終了。 9月28日：小倉駅 - 行橋駅間で駅ナンバリング（JF01 - JF10）を実施。 2019年（令和元年） 10月1日以降：ラインカラーを行橋駅 - 鹿児島駅間についても青色を指定。 2021年（令和3年）3月13日：特急「きりしま」を全列車ワンマン化。「にちりん（シーガイア）」「ひゅうが」「きりしま」での定期運用が787系に統一され、783系は日豊本線から撤退。 2022年（令和4年） 4月1日：宮崎支社の発足により、市棚駅 - 五十市駅間の管轄を鹿児島支社から同支社へ移管九州旅客鉄道株式会社人事異動（2022年4月1日付） - 九州旅客鉄道(2022年3月25日閲覧)。 9月23日：ダイヤ改正に伴い、ワンマン方式を変更