B3 DNA結合ドメイン（B3 DNA binding domain）あるいはB3ドメイン（B3 domain）とは、DNA結合ドメインの一つである。転写因子のみに見られ、現在までに40種以上の転写因子（ ）にて発見されている。それら全ての遺伝子において、B3ドメインは他のドメイン（AP2 DNA結合ドメインなど）と共に高度に保存されている(InterPro: IPR003340)。
B3ドメインは100-120アミノ酸残基で構成され、7つのベータストランドと2つのアルファヘリックスを含み、DNA結合性偽バレル構造をフォールディングにより形成する（SCOP 117343）。この立体構造はDNAの主溝と相互作用することで、B3ドメインがDNAと結合することを可能にする。
B3ファミリー シロイヌナズナにおいて、B3ドメインを含む転写因子には3つの主要なファミリーがある：
ARF（ Auxin Response Factor） ABI3（ ABscisic acid Insensitive 3 ） RAV（Related to ABI3/VP1）
タンパク質 ARF1- B3 ABI3- B3 RAV1- B3 立体構造の解析方法 分子モデル 分子モデル NMR 認識配列 TGTCTC CATGCA CACCTG 及び については、溶液NMRでの構造解析結果のみ判明している。
関連タンパク質 エンド型制限酵素EcoRIIのN末端ドメイン。また、エンド型制限エンドヌクレアーゼ BfiIのC末端ドメインは、同様のDNA結合性擬似バレル構造を有している 。
脚注
外部リンク
転写因子のDNA結合ドメインのデータベース Uses a curated set of DNA-binding domains to predict transcription factors in all completely sequenced genomes. Transfacデータベースによる転写因子分類表。 シロイヌナズナ転写因子のデータベース PlantTFDB：植物転写因子データベースにおけるB3、RAV、およびARFファミリーのページ