è una visual novel prodotta dalla Spike Chunsoft, secondo titolo della serie Danganronpa, dopo Danganronpa: Trigger Happy Havoc. Il gioco è stato pubblicato per PlayStation Portable in Giappone il 26 luglio 2012, con una limited edition che include una borsa di Monokuma, un booklet di disegni, un compact disc contenente gli audio commentary e una serie di portachiavi e adesivi. Successivamente, il 10 ottobre, il gioco è stato convertito per PlayStation Vita e incluso nella raccolta Danganronpa 1・2 Reload, in cui sono contenuti entrambi i titoli della serie, e sono presenti contenuti aggiuntivi alla storia, come la Modalità Scuola e la Modalità Isola, e miglioramenti, ad esempio, nella grafica, migliorie tecniche e l'aggiunta del touchscreen. Dopo la pubblicazione nell'inverno del 2014 del primo titolo, il gioco è arrivato singolarmente in America e in Europa pubblicata dalla NIS America rispettivamente il 2 e il 5 settembre 2014 col titolo di Danganronpa 2: Goodbye Despair.. Anche in questo caso è stata pubblicata una limited edition con contenuti aggiuntivi come un artbook, un CD contenente le tracce sonore e altri premi reperibile sullo store online.

Trama Hajime Hinata si appresta a realizzare il sogno di una vita: frequentare la prestigiosa Hope's Peak Academy. Dopo essere entrato nella scuola, tuttavia, qualche momento dopo si ritrova in una classe dove vi sono altri 15 studenti. Non appena entrato, gli studenti, discutendo tra loro, appurano di aver avvertito tutti un senso di vertigini e di non sapere come sono arrivati nella classe, e inoltre non possono abbandonarla dato che la porta è bloccata. D'improvviso, poi vengono interrotti da , un coniglio di peluche che si presenta come la loro insegnante e annuncia che avrebbero partecipato a un viaggio scolastico e muovendo il suo bastone magico fa cadere le pareti e il soffitto della classe e rivela ai ragazzi che si trovano su un'isola tropicale. Nonostante il panico e il sospetto che cresce negli studenti per tutta quella serie rapida di eventi, Usami li tranquillizza affermando che avrebbero partecipato all'"heart-throbbing school trip" ("viaggio scolastico da batticuore"), dove sarebbero stati lontani da ogni sorta di violenza e pericolo, e il loro unico scopo sarebbe stato fare amicizia tra di loro.

Dopo essere svenuto Hajime, ripresi i sensi, fa conoscenza con un compagno, Nagito Komaeda, che rivela di essere lUltimate Studente Fortunato; in risposta, tuttavia, il protagonista, si accorge di non ricordare quale fosse il suo talento. Nagito, per tirarlo su, in seguito lo accompagna a fare conoscenza con gli altri compagni ed esplorare l'isola.

Più tardi, dopo essere stati convocati da Usami sulla spiaggia, gli studenti incominciano a parlare tra loro in merito a ciò che hanno scoperto e Byakuya Togami, chiamando in causa una grossa statua nel parco centrale, ipotizza che quella sia l'Isola Jabberwock, un paradiso tropicale posto nell'Oceano Pacifico circondato da altre 5 isole. Subito dopo vengono raggiunti da Usami che annuncia di voler organizzare una festa in spiaggia per permettere loro di far conoscenza, e propone loro nel frattempo di fare amicizia nuotando nel mare cristallino. Immediatamente molti degli studenti accolgono l'idea entusiasti e anche Hajime, rimasto sospettoso e diffidente per tutto il tempo, alla fine decide di abbandonare i sospetti e godersi il viaggio. Poco dopo, tuttavia, il cielo azzurro e splendente diviene improvvisamente grigio e rannuvolato e dai monitor si ode una misteriosa voce che invita tutti loro a recarsi al Parco Jabberwock.

Non appena giunti lì, Usami intima al misterioso essere di uscir fuori, e così subito dopo, da dietro la statua, salta fuori Monokuma, che si presenta agli studenti come il preside della Hope's Peak, e definisce quel viaggio scolastico stupido e noioso; dopo aver ingaggiato con Usami un combattimento, la sconfigge rubandole il bastone, e modificando il suo aspetto, la rinomina , definendola la sua sorella minore. Successivamente rivolgendosi agli studenti, Monokuma annuncia che da quel momento in poi avrebbero partecipato a un gioco in cui per poter abbandonare l'isola avrebbero dovuto uccidersi a vicenda, e il colpevole di ogni omicidio avrebbe dovuto poi sopravvivere al "Class Trial" ( Processo di Classe) per non essere scoperto e far sì che tutti gli altri venissero condannati a morte. Quando poi alcuni degli studenti tentano di opporglisi, in risposta Monokuma trasforma la grossa statua in 5 enormi e minacciosi robot super corazzati e armati, i "Monobeasts" ( "Monobestie"), mettendoli in guardia di non cercare di andare contro di lui, o in caso contrario ne avrebbero pagato le conseguenze. Come dimostrazione, in seguito, vista l'opposizione di Monomi, con uno dei Monobeast la colpisce con una scarica di proiettili con delle mitragliatrici e fa letteralmente a pezzi il suo corpo.

Il giorno dopo, gli studenti si riuniscono nel ristorante dell'hotel resort per discutere il da farsi, e Byakuya Togami dichiara che hanno bisogno di un leader, stabilendo subito che il compito debba spettare a lui. Successivamente conduce gli altri nel parco centrale dove al posto della statua vi è un enorme oggetto nero, dalla forma simile alla testa di Monokuma, con un timer sopra e quando appare Monomi, che si scopre essere ancora viva, interrogata dagli studenti in merito all'oggetto, afferma di non saperne nulla.

Quella notte, poi, Monokuma, dopo averli convocati nel parco centrale, costringe Monomi a partecipare con lui a uno sketch comico su un palco, e qui accusa il coniglio di essere colei che ha rubato loro sia le loro memorie su come fossero arrivati su quell'isola, sia le memorie dei loro anni nella Hope's Peak Academy. In seguito, quindi, l'orso afferma che avrebbe restituito le memorie se in cambio avessero commesso un omicidio, e per sollecitarli rivela che tra di loro è nascosto un traditore.

Il giorno dopo, seguendo il suggerimento di Byakuya, i ragazzi decidono di organizzare nella serata un party nel vecchio edificio di fianco al resort. Byakuya fa un controllo del corpo a tutti gli studenti per accertarsi che non abbiano con sé oggetti potenzialmente pericolosi, li confisca e li mette in due valigie di duralluminio. Byakuya dopo essersi fiondato su un piatto di churrasco, e dopo averne mangiato la carne, ripone nella valigia gli spiedi di ferro perché potenzialmente pericolosi e poi, quando giunge Teruteru Hanamura, che si era offerto di cucinare le sue prelibatezze per la festa, Byakuya gli ordina di fargli vedere la cucina in cerca di altri oggetti pericolosi. Peko Pekoyama viene incaricata di recarsi nell'ufficio dell'edificio per sorvegliare la valigia con all'interno gli oggetti confiscati da Byakuya e Chiaki Nanami si offre di sorvegliare l'esterno dell'edificio per fare in modo che Monokuma non irrompesse. Mentre gli studenti incominciano a godersi la festa avviene un black out, al termine del quale si scopre che sia Byakuya sia Peko sono scomparsi. Tutti si dividono per l'edificio in cerca dei due, seguendo il suggerimento di Akane Owari, Hajime controlla sotto uno dei grossi tavoli del salone, e qui scopre il corpo senza vita di Byakuya steso a faccia in giù su una pozza di sangue.

Dopo aver scoperto il cadavere, Peko Pekoyama torna nel salone e tra la disperazione e l'orrore degli altri studenti, appare Monokuma che spiega che uno di loro è il responsabile della morte e dunque dovranno partecipare al Processo di Classe. Poco dopo, una volta che gli studenti terminano l'investigazione, l'orso li invita a raggiungerlo nella "Monokuma Rock", una montagna formata da quattro teste dell'orso, dove si sarebbe tenuto il processo. Dopo che quindi gli studenti giungono lì, una delle teste della montagna apre la propria bocca e da essa fuoriesce una lunga scala mobile che porta all'interno della montagna, in un ascensore che conduce all'aula di corte.

Durante il processo di classe, soprattutto grazie al contributo di Hajime e Chiaki, emerge che Nagito ha ideato un piano per un assassino. Nagito affidandosi interamente alla sua fortuna è stato scelto per pulire il salone prima della festa, così ha potuto attaccare un coltello sotto al tavolo con del nastro adesivo fluorescente e impostare il timer dei climatizzatori presenti nell'edificio, i quali, insieme con l'accensione di alcuni ferri da stiro, hanno fatto scattare il black out durante la festa per il sovraccarico di energia. Nagito nel buoi per prendere il coltello sotto al tavolo, segnato dal nastro adesivo fluorescente, usa la prolunga di una lampada ma Byakuya, indossando occhiali a infrarossi lo vede e con una forte spinta allontana Nagito dal tavolo. Il piano di Nagito fallisce ma durante il processo di classe Nagito esplodendo in una folle risata ammette di aver commesso lui l'omicidio, cosa che non è vera. Mikan Tsumiki fa notare che secondo la sua autopsia, per le ferite sul corpo della vittima, è impossibile che il coltello fosse l'arma del delitto, infatti il vero colpevole è Teruteru, che incamminandosi per i bui corridoi durante il black out usando un fornello portatile, aveva usato una botola presente nello sgabuzzino per andare sotto il pavimento dell'edificio e colpire Byakuya attraverso delle aperture del parquet con uno spiedino di ferro, successivamente Teruteru nasconde l'arma del delitto all'interno di un pezzo di carne in cucina.

Così dopo che Monokuma mangia la carne, facendo emergere l'arma, Teruteru è costretto ad ammettere la verità, e dopo essere stato votato colpevole, si giustifica affermando di aver tentato di difendere i compagni da Nagito, tentando di ucciderlo mentre si accingeva a prendere il coltello dal tavolo, ma si era ritrovato a uccidere per sbaglio Byakuya; infatti, mentre si trovava nel vecchio edificio per preparare i piatti del party, era venuto a conoscenza del piano dal compagno stesso, quando si era accorto di essere stato scoperto. Quando, però, Monokuma svela che il suo intento comunque sia era stato di sfruttare il piano di Nagito per commettere un'uccisione e scappare dall'isola anche a costo della vita degli altri studenti, Teruteru, ammette di averlo fatto perché, dopo aver sentito dall'orso delle memorie perse, aveva deciso di tornare a casa per accertarsi che la madre stesse bene e il ristorante di famiglia fosse ancora intatto. Tra le lacrime del ragazzo, che si scusa con i compagni e che supplica invano Monokuma di poter almeno sapere il destino a cui il ristorante e la madre sono andati incontro, l'orso lo sottopone a esecuzione: legatolo a un palo sulla spiaggia, guidando un elicottero, dapprima lo colpisce con dei missili contenenti uova e pangrattato, poi, agganciandolo, lo porta con il velivolo sulla cima di un vulcano, e qui, rilasciandolo, lo fa "friggere" nella lava.

Nonostante lo shock per la perdita di due compagni, gli studenti comunque il mattino dopo si muovono in cerca di una via di fuga dopo che Monokuma e Monomi rivelano che uno dei Monobeast era sparito e aveva liberato il passaggio di uno dei ponti di un'altra isola. Giunti qui Hajime e Sonia Nevermind trovano in una libreria dei dépliant, contenenti informazioni sull'isola che contrariano ciò che hanno visto fino a quel momento; i due arrivano, quindi, alla conclusione che quella non fosse l'isola Jabberwock, ma una artificiale molto simile, avvalorata tra l'altro da Monokuma che suggerisce loro che è stata la gran organizzazione di cui avevano parlato ad aver creato l'isola. Successivamente gli studenti trovano delle antiche rovine che hanno, però, una porta di metallo con su scritto "Futuro" tecnologicamente avanzata, con un pannello a cristalli liquidi su cui scrivere la password per l'apertura. In merito a ciò Monokuma rivela che il traditore che si nasconde tra di loro è l'unico che può conoscere la password, essendo membro dell'organizzazione dei "World Ender", coloro che, afferma, hanno portato alla fine del mondo, e che li hanno intrappolati lì.