Historiografija slobodnog zidarstva proučava povijesnu produkciju slobodnog zidarstva, koja je, unatoč velikom broju objavljenih djela, kroz veći dio svoje povijesti bila predmet sumnje i nedostatka znanstvene vjerodostojnosti. Tijekom 19. stoljeća pojavljuje se povjesničarski pravac koji se poziva na dokumentarnu građu temeljenu na povijesno-kritičkoj analizi. Iz toga se takozvanog "autentičnog" historiografskog pravca, koji se najprije razvio u Engleskoj, u 20. stoljeću oblikovala zasebna znanstvena disciplina koja proučava povijest slobodnog zidarstva akademskim i znanstvenim metodama: masonologija. Početkom 21. stoljeća biografske studije o istaknutim osobama slobodnog zidarstva počinju sve više koristiti prozopografski pristup, kako bi se povijest "fenomena slobodnog zidarstva" rekonstruirala kroz političke i društvene kontekste epohe kojoj je dotična osoba pripadala.
Povijest Sve do sredine 20. stoljeća, povijest slobodnog zidarstva bila je isključena iz područja klasične akademske historiografije. Teškoće u prijenosu i razumijevanju njezine povijesti proizlaze iz činjenice da se analiza fenomena slobodnog zidarstva, njegovih rituala i legendi, dugi niz godina oslanjala na radove povjesničara i esejista s "romantičarskim pristupom", koji su teško razlikovali slobodnozidarske mitove od stvarnih povijesnih činjenica.
Prije razvoja "autentične škole" i pojave masonologije, brojna su djela, kako engleska i francuska tako i druga, pokazivala nedostatak znanstvene strogosti, osobito u provjeri izvora i kontroli hipoteza, što je dovelo do niza sumnjivih i proizvoljnih interpretacija. Ipak, od 1865. godine počinju se pojavljivati djela veće povijesne vrijednosti, koja označavaju početak sustavnijeg pristupa. Osim metodoloških poteškoća koje su usporavale formiranje zasebnog znanstvenog područja povijesti slobodnog zidarstva, osobito je u Francuskoj bilo nužno razviti kritičku distancu, s obzirom na duboku i višestoljetnu ukorijenjenost slobodnog zidarstva u intelektualni i društveni život zemlje.
Do nedavno se historiografija slobodnog zidarstva dijelila na dva osnovna tabora: one neprijateljski nastrojene prema slobodnom zidarstvu iz političkih ili religijskih razloga, i one iskreno naklonjene, najčešće članove samih velikih loža. Posljedice takve pristrane produkcije bile su, s jedne strane, neujednačena kvaliteta radova, a s druge, polemički duh autora koji su često isticali događaje, osobe ili motive koji potvrđuju njihove vlastite stavove – pritom, prema potrebi, iskrivljujući ili rekonstruirajući povijesnu stvarnost.
Suvremeno povijesno istraživanje udaljilo se od tih doktrinarnih sukoba, odbacivši jednostrane pristupe. Razvoj historiografije slobodnog zidarstva doživljava značajan preokret u drugoj polovici 20. stoljeća, ponajprije zbog progona slobodnog zidarstva tijekom Drugoga svjetskog rata, koji su snažno utjecali na njezino samorazumijevanje i smjer razvoja. Unatoč brojnim poteškoćama, masonologija tada počinje preispitivati vlastiti odnos prema građanskom i političkom društvu te postupno postaje koherentan, ozbiljan i manje polemičan predmet historiografskog istraživanja, osobito nakon smirivanja napetosti između slobodnog zidarstva i Katoličke crkve. Tijekom 1970-ih godina nastaju prve studije temeljene na povijesno-dokumentarnoj i kritičkoj analizi, koje postavljaju temelje današnje "autentične škole" proučavanja povijesti slobodnog zidarstva – pristupa koji je, s određenim nadogradnjama, ostao važeći i u 21. stoljeću.
Strukturiranje Masonologija predstavlja kulminaciju dugotrajnog razvoja istraživanja slobodnog zidarstva. Ona danas obuhvaća široko znanstveno područje koje više nije ograničeno isključivo na povijesno proučavanje, već analizira slobodno zidarstvo u svim njegovim dimenzijama: povijesnoj, filozofskoj, društvenoj, kulturnoj i simboličkoj. Ponekad nastoji razumjeti i suvremeni kontekst slobodnog zidarstva, ali bez izravnog sudioništva u njemu, s ciljem da iz njega izdvoji antropološke temelje te prepozna njegove stalne i univerzalne značajke. Primjena načela i metoda klasične znanstvene erudicije omogućila je i da historiografija slobodnog zidarstva dobije svoje priznato mjesto u akademskom istraživanju. Ipak, brojni problemi i pitanja ostaju neodgovoreni, dijelom zbog neizbježnih nedostataka u dokumentarnoj građi, a dijelom zbog snažne isprepletenosti fenomena slobodnog zidarstva s poviješću filozofskih, religijskih, gospodarskih, političkih i društvenih ideja koje su obilježavale različita razdoblja njezina razvoja.
Ujedinjeno Kraljevstvo Od sredine 19. stoljeća u Njemačkoj se, ponajprije kroz radove Friedricha Schrödera i Friedricha Mossdorfa (1757. – 1830.), razvija povijesno-kritički pravac koji se samoodređuje kao "autentična škola". Taj se pristup ubrzo širi i na Englesku, gdje nekoliko slobodnih zidara, među kojima i Adolphus Woodford, osniva prvu istraživačku ložu na svijetu, "Quatuor Coronati" br. 2076, koja postaje središnje mjesto znanstvenog proučavanja slobodnog zidarstva.
Britanska masonološka istraživanja dodatno su obogaćena radovima akademskih povjesničara koji nisu slobodni zidari, među kojima se posebno ističe David Stevenson. Njegova knjiga The Origins of Freemasonry: Scotland’s Century 1570–1710, objavljena 1988. u izdanju Sveučilišta u Cambridgeu, označila je prekretnicu u historiografiji slobodnog zidarstva. Anglosaksonska autentična škola temeljito je revidirala dosadašnje interpretacije povijesti slobodnog zidarstva, donoseći nova znanstvena tumačenja njegova nastanka i osporavajući dotadašnje teorije poput one o prijelazu između operativnog i spekulativnog zidarstva te pojma "prihvaćanja", koji se teško uklapa u strogu analizu povijesnih dokumenata.
Godine 1999. u Londonu, na inicijativu Ujedinjene velike lože Engleske, osnovan je Slobodnozidarski istraživački centar Canonbury (Canonbury Masonic Research Center), koji je organizirao brojne znanstvene skupove, osobito usmjerene na 18. stoljeće. Već 2000. godine, također pod pokroviteljstvom engleske velike lože, Sveučilište u Sheffieldu osniva Centar za istraživanje slobodnog zidarstva i fraternalizma (Centre for Research into Freemasonry and Fraternalism), kojim su redom ravnali medievalist Andrew Prescott, a zatim Andreas Önnerfors, stručnjak za njemačko-švedsko slobodno zidarstvo 18. stoljeća. Centar je organizirao seminare i međunarodne konferencije sve do 2010. godine.
Od 2008. Velika loža Škotske u Edinburghu, u suradnji s više sveučilišnih masonoloških laboratorija, organizira Međunarodnu konferenciju o povijesti slobodnog zidarstva (International Conference on the History of Freemasonry; ICHF), čiji je rad pod nadzorom uglednog znanstvenog odbora sastavljenog od brojnih istaknutih stručnjaka za 18. stoljeće. Godine 2011. konferencija je stekla međunarodno priznanje održavanjem u Nacionalnom slobodnozidarkom spomen domu "George Washington" u Sjedinjenim Državama. Anglofonski slobodnozidarski prostor danas raspolaže bogatom mrežom istraživačkih časopisa i publikacija, u kojima svoje radove objavljuju ugledni američki povjesničari poput Margaret Jacob i Douglasa Smitha, pridonoseći trajnom razvoju znanstvenog proučavanja povijesti slobodnog zidarstva.
Njemačka Njemačka je bila kolijevka "autentičnog" oblika masonološkog istraživanja, a njemačko govorno područje i danas zauzima jedno od najaktivnijih mjesta u svjetskoj masonološkoj historiografiji. Godine 1951. u Bayreuthu je pod okriljem Ujedinjenih velikih loža Njemačke osnovana istraživačka Loža "Quatuor Coronati" br. 808, koja izdaje visokokvalitetan znanstveni časopis posvećen povijesti i simbolici slobodnog zidarstva. Velik dio njezinih istraživanja usmjeren je na 18. stoljeće, a u suradnji s Zakladom za slobodnozidarska istraživanja pomaže studentima i znanstvenicima u objavljivanju radova, pripremi diplomskih i doktorskih disertacija o temama vezanim uz slobodno zidarstvo. Njemačka masonologija također blisko surađuje s profesorom suvremene povijesti Sveučilišta u Innsbrucku, Helmutom Reinalterom, koji je značajan međunarodni autoritet u proučavanju slobodnog zidarstva, iluminata i europskih jakobinaca. Njegova su djela redovito objavljivana i citirana u međunarodnim akademskim krugovima, a 2000. godine Reinalter je pokrenuo međunarodni polugodišnji časopis posvećen slobodnom zidarstvu. Godine 1993. Monika Neugebauer-Wölk imenovana je profesoricom povijesti na Sveučilištu Martin Luther u Halle-Wittenbergu, gdje je osnovala i vodila više znanstvenih programa posvećenih prosvjetiteljstvu, striktnoj templarskoj opservanciji, redovima iluminata te slobodnom zidarstvu.
Francuska Francuska, iako nije zaostajala za međunarodnim razvojem masonoloških istraživanja, nije institucionalizirala ovu znanstvenu disciplinu na način kakav je postojao u anglosaksonskim zemljama. U početku nije postojalo istraživačko društvo koje bi okupilo znanstvenike oko zajedničkog akademskog projekta. Umjesto toga, proučavanje povijesti slobodnog zidarstva preuzele su francuske velike lože putem njihovih vlastitih istraživačkih struktura. Godine 1971. Veliki orijent Francuske osniva Povijesno povjerenstvo, koje se kasnije razvila u Institut za slobodnozidarske studije i istraživanja (Institut d’études et de recherches maçonniques; IDERM).
Već od 1950-ih i 1960-ih godina, zahvaljujući pionirskim radovima Alaina Le Bihana, te povjesničara i autora poput Pierrea Chevalliera (1913. – 1998.) i Danijela Ligoua (1921. – 2013.), započinju sveobuhvatna povijesna istraživanja o slobodnom zidarstvu u Francuskoj, kao i studije posvećene ključnim povijesnim razdobljima i događajima. Postupno se područje istraživanja širi, a povjesničari počinju povezivati razvoj slobodnog zidarstva s općom poviješću društva, prelazeći granice čiste faktografije. Nekoliko godina kasnije, pod utjecajem akademskih studija o strukturama i prostorima sociabilnosti u doba prosvjetiteljstva, povjesničari u potpunosti integriraju povijest slobodnog zidarstva u širi kontekst francuske nacionalne povijesti. Krajem 20. stoljeća istraživanja poprimaju antropološki karakter, s naglaskom na analizu uzroka, razumijevanje povijesnih okolnosti i proučavanje slobobodnozidarksih zajednica u njihovim konkretnim društvenim kontekstima. Istodobno se razvijaju i studije o počecima kontinentalnog slobodnog zidarstva, kao i o slobodnom zidarstvu u dotad zanemarenim područjima, poput Osmanskog Carstva.
Francuski masonolozi i dalje najviše proučavaju slobodno zidarstvo 18. stoljeća, a njihova istraživanja imaju potporu Francuskog društva za proučavanje 18. stoljeća. Ključnu ulogu imao je povjesničar Charles Porset, koji je 1997. godine uveo masonologiju u akademske i sveučilišne okvire. Na prijelazu u 21. stoljeće objedinjeni radovi iz područja povijesti, sociologije, religijskih znanosti i psihologije čine temelj autentičnog i znanstvenog pristupa proučavanju fenomena slobodnog zidarstva. Ta se istraživačka tradicija koncem 20. stoljeća i službeno počinje nazivati masonologijom, pojmom koji je Daniel Ligou u svom Rječniku slobodnog zidarstva opisao kao "pomalo pretenciozan, ali savršeno prikladan".
Ostale europske zemlje U različitim europskim državama tijekom posljednjih desetljeća nastaju institucionalne strukture posvećene znanstvenom proučavanju slobodnog zidarstva. Španjolska se posebno istaknula u tom području, s osnivanjem dva sveučilišna centra za istraživanje slobodnog zidarstva, na Sveučilištu u Zaragozi i na Sveučilištu u Madridu. Značajna su i istraživanja Josea Antonija Benimelija, koji je posvetio svoj rad španjolskom svijetu slobodnog zidarstva i njegovim povijesnim, političkim i kulturnim aspektima.