Nuijasota oli sodaksi laajennut suuri talonpoikaiskapina Suomessa talvella 1596–1597. Talonpojat nousivat heitä verottaneita sotajoukkoja, aatelia ja ratsutilallisia vastaan. Nuijasota liittyi Sigismundin ja Kaarlen valtataisteluun eli Puolassa asuneen kuningas Sigismundin ja tämän sedän Kaarle-herttuan kamppailuun Ruotsin valtaistuimesta. Kapina kohdistui erityisesti Sigismundille uskolliseen Suomen käskynhaltijaan Klaus Flemingiin ja tämän talonpoikia sortavaan ankaraan sotilashallintoon. Kaarle-herttua puolestaan yllytti Suomen talonpoikia aiheuttaakseen harmeja Flemingille ja saadakseen aineksia mielipiteenmuokkaukseen Ruotsissa. Flemingin armeija kukisti kapinalliset talonpojat eli nuijamiehet. Nuijasodassa arvioidaan kuolleen 2 500 – 3 000 ihmistä.
Ruotsin ja Venäjän välinen 25 vuotta kestänyt sota oli lisännyt verorasituksia, joista vihatuin oli linnaleiri eli armeijan majoittaminen, elättäminen ja palkanmaksu talonpoikien kustannuksella. Talonpojat kokivat sietämättömäksi varsinkin sen, että ratsusotilaita armeijalle varustaneet aateliset ja alempisäätyiset knaapit saivat kerätä linnaleirimaksuja silloinkin, kun sotilaat eivät olleet sodassa, ja että Klaus Fleming piti armeijan linnaleirissä vielä monta vuotta sodan päättymisen jälkeen voidakseen käyttää sitä valttinaan valtataistelussa. Linnaleirin perintään liittyi myös paljon väärinkäytöksiä ja laittomuuksia.
Muita historiantutkimuksen keskeisiä selityksiä nuijasodan puhkeamiselle ovat olleet muun muassa ”sota-ajan ja ankarien katovuosien aiheuttamat rasitukset, sotaväsymyksen aiheuttama tyytymättömyyden purkautuminen, poliittinen kiihotus sekä lukumäärässä ja vauraudessa kasvaneen aatelin harjoittama talonpoikien riisto”.Kimmo Katajala: Miksi nuijasota syttyi Pohjanmaalla?, Tieteessä Tapahtuu 3/2003, s. 12–17.
Nuijasota sai alkunsa Etelä-Pohjanmaalta marraskuussa 1596. Aluksi nuijamiesten johtajana oli varakas ratsutilallinen Jaakko Ilkka, joka lähetti joukkonsa etenemään useana ryhmänä Etelä-Suomeen. Sodan ensimmäinen vaihe, ”Ilkkaisen sota”, päättyi Ilkan tappioon Nokian taistelussa vuoden 1596 lopussa. Nuijamiehet lyötiin joulukuun ja tammikuun aikana myös Satakunnassa, Pohjois-Hämeessä ja Savossa. Tämän jälkeen Pohjois-Pohjanmaalta nousi vielä toinen kapina-aalto, mutta koko sota päättyi nuijamiesten hävittyä Santavuoren taistelun helmikuun 1597 lopulla. Sodan aikana kapinalliset ryöstelivät ja hävittivät aateliskartanoita ja muita ratsutiloja, sodan jälkeen Flemingin armeijan sotilaat kostivat ryöstämällä kapina-alueiden talonpoikastaloja.
Tausta Ruotsin valtataistelu thumb|upright|Myöhemmin Ruotsin kuninkaaksi kohonnut Kaarle-herttua, tuntemattoman taiteilijan maalaama muotokuva. Sigismund, joka oli jo vuodesta 1587 ollut Puolan vaalikuningas, peri Ruotsin kuninkuuden isänsä Juhana III:n kuoltua vuonna 1592. Sigismund kuitenkin vietti aikaansa Puolassa, jolloin valtaa Ruotsissa pitivät valtaneuvosto ja Sigismundin setä Kaarle-herttua, joka oli Juhana III:n nuorempi veli. Sigismundin ja Kaarle-herttuan välille syntyi varsin pian erimielisyyksiä, jotka paisuivat vähitellen taisteluksi valtaistuimesta. Katolilainen Sigismund tunnusti vastentahtoisesti hallitsijanvakuutuksessaan Ruotsissa jo tehdyn päätöksen pysyä luterilaisuudessa mutta ei silti luopunut tavoitteestaan palauttaa katolilaisuus Ruotsiin, joten Kaarle-herttua alkoi kasvattaa suosiotaan asettumalla luterilaisen uskonpuhdistuksen suojelijaksi.
Koska Sigismund oli kaukana Puolassa, hänen valtaistuintaan Ruotsissa puolustivat hänestä riippuvaiset, laajoin valtuuksin varustetut käskynhaltijat, joista mahtavin oli jo kuningas Juhanan aikana Suomen ja Viron käskynhaltijaksi nimitetty suomalainen vapaaherra ja marski Klaus Fleming.Ylikangas 1996, s. 85–87, 92. Fleming pysyi hyvin uskollisena Sigismundille, vaikka ei liene ollut henkilökohtaisesti kiinnostunut valtataistelun uskonnollisesta puolesta.Lappalainen 2009, s. 150–151. Kaarle-herttua sai tuekseen ensin Ruotsin valtaneuvoston ja myöhemmin säädyt, mutta hänellä ei ollut minkäänlaista otetta Suomesta niin kauan kuin Fleming oli käskynhaltijana.
Talonpoikien rasitukset ja linnaleiri Suomen talonpoikien asema ja elinolot olivat 1500-luvun lopulla olleet jo pitkään alamäessä. Verotusta oli alettu lisätä jo Kustaa Vaasan aikana. Ilmaston tilapäinen kylmeneminen lisäsi katovuosia 1570-luvulta alkaen, joten talonpojat joutuivat maksamaan kasvavia veroja alati supistuvasta maatalouden tuotosta. ”Pitkä viha” eli 25 vuotta (1570–1595) jatkunut sota Ruotsin ja Venäjän välillä pahensi rasituksia. Sodan rahoittamiseksi veroja lisättiin niin sanottujen apuverojen muodossa,Ylikangas 1996, s. 27–33, 38–46. ja Suomen osuus Ruotsin valtakunnan verokertymästä kasvoi jopa yli puoleen.Katajala 2002, s. 181–185. Sotaväenotot kohdistuivat vapaisiin talonpoikiin, koska aatelin omistamien tilojen vuokralaiset eli lampuodit oli vapautettu niistä. Tuhansia vararikkoon ajautuneita tiloja autioitui ja siirtyi ylempiin säätyihin tai talonpoikien varakkaimpaan kerrokseen kuuluville suurtilallisille, joiden vaurastuminen toisten köyhtyessä kärjisti yhteiskunnallista vastakkainasettelua. Lisäksi venäläiset tekivät kosto- ja hävitysretkiä Itä- ja Pohjois-Suomeen.
Erityisen raskas ja vihattu rasitus oli niin sanottu linnaleiri eli sotajoukkojen majoittaminen sotaretkien välillä talonpoikien asumuksiin ja siihen liittynyt talonpoikien velvollisuus elättää sotilaita omalla kustannuksellaan. Talonpojat joutuivat tarjoamaan armeijalle aina vaadittaessa kyydityksiä ja kestityksiä, minkä ohella he joutuivat maksamaan ylhäissäätyisten ratsusotilaiden eli huovien korkean palkan viljana ja elintarvikkeina. Linnaleiriin liittyi raskaita väärinkäytöksiä, jotka karkasivat käsistä sen jälkeen kun linnaleirimaksujen periminen vuonna 1574 siirtyi voudeilta sotilaille itselleen. Jo valmiiksi korkeita maksuja perittiin moninkertaisesti lakisääteistä määrää enemmän. Lisäksi huovit ja varsinkin ulkomaiset palkkasoturit perivät niitä usein riehumalla väkivaltaisesti kylissä vaatimassa kestitystä. He saattoivat jopa ryöstää ja pahoinpidellä talonpoikia saamatta rangaistusta tai ainakaan suurta sellaista.Lappalainen 2009, s. 31, 66–69, 74–75, 85–93. Koska sotaretket tehtiin kesäisin, olivat joukot linnaleirissä yleensä kaikki talvikaudet sekä lisäksi pitkien aselepokausien aikana.
Linnaleirimaksuja saivat periä talonpojilta kaikki, jotka olivat varustaneet ratsukon Ruotsin armeijalle. Tähän joukkoon kuului aatelisten ohella monia porvareita, virkamiehiä, pappeja ja varakkaita talollisia.Ylikangas 1999, s. 129. Ratsumiesten määrä Suomessa kolminkertaistui 1560-luvun ja 1590-luvun välisenä aikana, koska verovapaus kannusti yhä useampia varakkaita talollisia ryhtymään ratsutilallisiksi. Talonpoikien silmissä aateliakin halveksitumpia olivatkin juuri knaapit eli ratsumiehiä varustaneet varakkaat talonpojat, jotka saattoivat linnaleirin turvin riistää jopa omia naapureitaan, silloinkin kun itse ratsumies ei ollut sodassa vaan työskenteli normaalisti isäntänsä tilalla niin sanottuna ”kotihuovina”.
Klaus Flemingin valta Suomessa Venäjää vastaan käydyn sodan ylipäällikkönä ja Suomen käskynhaltijana toimi vuodesta 1591 Klaus Fleming. Hän oli tunnettu julmuudestaan ja vallanhimostaan, ja hänellä oli paljon vihamiehiä Suomen ylhäisaatelin piirissä. Vuonna 1593 solmitusta kaksivuotisesta välirauhasta huolimatta Fleming piti armeijan linnaleirissä Suomessa, sillä sotavoima turvasi hänen valtansa ja oli käyttökelpoinen valtataistelussa Kaarle-herttuaa vastaan. Herttua ja tämän tueksi asettunut valtaneuvosto vaativat Flemingiä hajottamaan armeijansa, mutta Sigismundin luottamusta nauttinut Fleming ei enää totellut Tukholmasta tulevia käskyjä ja hallitsi Suomea oman mielensä mukaan. Fleming ei kotiuttanut armeijaansa edes vuonna 1595 solmitun Täyssinän rauhan jälkeen, vaan väitti ensin odottavansa rajankäynnin valmistumista ja sitten kuninkaan paluuta Puolasta.Lappalainen 2009, s. 139–140, 157. Kun sotarasitukset eivät edes sodan päätyttyä kaikilta osin poistuneet, ärtymys Suomen talonpoikien keskuudessa lisääntyi.
Turvatakseen armeijansa huollon Fleming alkoi lisäksi kerätä Sigismundin luvalla Suomen talonpojilta voina maksettua ylimääräistä veroa, joka kerättiin normaalin veronkannon ohi suoraan armeijalle. Kun Kaarle-herttua vuonna 1595 vaati voiveroa kerättäväksi ja kirjattavaksi muiden verojen tavoin, Fleming kieltäytyi. Suomessa olleet upseerit pelkäsivät menettävänsä laillisen tulonlähteen, ja asettuivat entistä vahvemmin tukemaan Flemingiä herttuaa vastaan.
Ensimmäiset talonpoikien levottomuudet Suomessa puhkesi pitkän vihan aikana toistuvasti alueellisia talonpoikaiskapinoita, muun muassa vuonna 1574 Marttilassa, vuonna 1575 Huittisissa, Loimaalla, Halikossa ja Pöytyällä ja vuosina 1586–1587 Paimiossa ja Pyhtäällä. Kapinoissa aseistautuneet talonpojat tyypillisesti ottivat väkipakolla heiltä perittyjä elintarvikkeita takaisin ja pahoinpitelivät tai karkottivat huoveja. Kapinat ajoittuivat yleensä sodan pitkiin aselepokausiin, jolloin toimettomien sotilaiden mielivalta lisääntyi. Levottomuudet lisääntyivät varsinkin vuoden 1593 aselevon jälkeen, ja niiden johtajille annettiin erilaisia rangaistuksia sakoista teloituksiin.Ylikangas 1996, s. 94–101. Rautalammilla nousi vuosina 1592–1593 raskaiden sotaväen pakko-ottojen vuoksi niin sanottu Rautalammin ensimmäinen kapina,Kallio, Reino: Vanhan Saarijärven historia, s. 209–210. Jyväskylä 1972. joka saattaa tosin olla myös osittain sekaannus Rautalammin talven 1595–1596 toisen kapinan kanssa. Paikkakunnalla oli ilmeisesti levotonta kumpanakin ajankohtana. Toinen tärkeä kapinapesäke syntyi samaan aikaan Etelä-Pohjanmaalle.
Kapinoita johtivat usein varakkaat suurtilalliset, koska linnaleirirasitus kohdistui myös heidän omaisuuteensa.Lappalainen 2009, s. 95–99. Varsinkin Pohjanmaalla tärkeässä asemassa johtajina olivat talonpoikien valitsemat veronkantajat eli neljännesmiehet ja talonpoikien luottamusmiehiksi mielletyt nimismiehet, jotka olivat paikallisen itsehallinnon tärkeimpiä edustajia ja eräänlaisella sosiaalisella vedenjakajalla talonpoikien ja kruunun virkamiesten välissä.Katajala 2002, s. 197–198.
Suomalaiset valitsevat puolensa Rapauttaakseen vihamiehensä Flemingin valta-asemaa Suomessa Kaarle-herttua lähetti Suomeen jatkuvasti kirjeitä, joissa luvattiin talonpojille vapautusta linnaleiristä. Fleming ei totellut vapautuskirjeitä, mutta niiden ansiosta Suomen talonpojat alkoivat nähdä Kaarle-herttuassa mahdollisen pelastajan. Kapinaa pohtivien talonpoikien poliittisena tavoitteena oli Kaarlen nostaminen kuninkaaksi, jotta vihatusta Flemingistä ja tämän armeijasta päästäisiin eroon. Talonpojat mahdollisesti tukivat Kaarle-herttuaa Sigismundia vastaan myös siksi, että he saattoivat pelätä Sigismundin aikovan tuoda Suomeen Puolan kaltaisen maaorjuuden.Lappalainen 2009, s. 159–164.
Suomen talonpojat pyrkivät vetoamaan Kaarle-herttuaan valituskirjelmillä. Kaarle kokosi saamiaan valituksia, ja yritti niihin vetoamalla taivuttaa Ruotsin aatelin antamaan hänelle valtuudet ryhtyä täysimittaiseen sotaan Flemingiä vastaan. Kaarle käytti Flemingin Suomen talonpoikiin kohdistamaa sortoa propaganda-aseena valtataistelussa, mutta ei sinällään liene tähdännyt talonpoikaiskapinan nostattamiseen Suomessa. Fleming kielsi syksystä 1594 alkaen suomalaisia toimittamasta valituksia Ruotsiin,Ylikangas 1996, s. 126–128. lopulta jopa kuolemanrangaistuksen uhalla. Estääkseen valitusten toimittamisen hän kielsi lopulta kaiken luvattoman liikenteen ja kaiken kaupankäynnin Suomesta Ruotsiin ja määräsi laivastonsa vartioimaan sulkua merellä. Kaupankäynnin estämisestä seurannut taloudellinen haitta käänsi maakauppiaat Flemingin vastustajien joukkoon.