Pakistanin historiaa voidaan jäljittää muinaisen Indus-kulttuurin aikakaudelle, kolmannelle vuosituhannelle eaa. Indus-kulttuurin aikakauden jälkeen alueelle vaelsivat arjalaiset heimot, joiden puhumasta sanskritin kielestä polveutuvat nykyisin Pakistanissa puhutut urdun, punjabin ja sindhin kielet. Islam levisi nykyisen Pakistanin alueelle 900–1100-luvuilla ja hindulaiset hallitsijat saivat väistyä islamilaisten hallitsijoiden tieltä. Voimakkain Pakistanin ja Intian aluetta hallinnut muslimivaltio oli 1500-luvulla muodostunut Suurmogulien valtakunta. Mogulivallan jälkeen Intiaa hallitsi brittiläisten siirtomaavalta.
Käsite Pakistan syntyi siirtomaavallan aikana 1930-luvulla, kun maassa syntyi ajatus oman muslimivaltion perustamisesta. Brittiläisessä Intiassa syntyneet levottomuudet hinduväestön ja muslimiväestön kesken johtivat siihen että brittien vetäydyttyä maasta Intia jaettiin muslimienemmistöiseen Pakistaniin ja hinduenemmistöiseen Intiaan vuonna 1947.
Varhaishistoria Esihistoria Varhaisimmat merkit ihmisasutuksesta nykyisen Pakistanin alueelta on ajoitettu 400 000 – 500 000 vuoden päähän paleoliittiselle kaudelle. Ajanjaksolta on löydetty useita kivityökaluja ympäri Etelä-Aasia, mutta varhaisista kulttuureista tiedetään hyvin vähän.
Varhaisimpia merkkejä maanviljelyksen harjoittamisesta Etelä-Aasiassa on löydetty nykyisen Pakistanin Belutšistanista Mehrgarhin arkeologiselta alueelta. Mehrgarhin asukkaat rakensivat talonsa savitiilistä sekä valmistivat saviastioita ja kivi- ja luuesineitä. He pitivät myös karjaa ja kasvattivat vuohia, nautoja ja lampaita.
Indus-kulttuuri pienoiskuva|Mohenjo-Daron arkeologinen alue sijaitsee Sindhissä. Maanviljelysyhteisöjä alkoi muodostua 3000-luvulla eaa. etenkin Indusjoen laaksoon. Tämä johti varhaisen kaupunkikulttuurin kehittymiseen, joka nykyisin tunnetaan Indus-kulttuurina eli Harappa-kulttuurina. Sen keskuksia olivat Harappan ja Mohenjo-daron kaupungit nykyisen Pakistanin alueella. Tämän varhaisen sivilisaation olemassaolo löydettiin 1920-luvulla. Indus-kulttuurilla oli kirjoitusjärjestelmä ja monipuolinen sosiaalinen ja taloudellinen järjestelmä. Harappan ja Mohenjo-daron lisäksi on löydetty useita muita pienempiä ja todennäköisesti toisiinsa yhteyksissä olleita alueita, joita oli Himalajan juurelta itään Intian Punjabiin ja Gujaratiin ja länteen Belutšistaniin. Indus-kulttuuri levittäytyi näin huomattavasti Indus-joen laaksoa laajemmalle alueelle.
Indus-kulttuuria ylläpiti maataloustuotteiden ylijäämä ja laaja kaupankäynti. Alueen asukkaat kävivät kauppaa mesopotamialaisten kanssa. Talot rakennettiin tiilistä ja kaupungit oli varustettu viemärijärjestelmillä. Tavallinen kansa asui kaupungissa, kun taas hallitseva eliitti asui linnoituksissa. Mohenjo-daron ja Harappan yhteiskuntaa johti papisto.
Indus-kulttuurin tuhon syistä ei ole varmuutta. Taustalla on epäilty olleen muun muassa aavikoitumista ja maaperän suolapitoisuutta. Indus-kulttuurin aikana alue oli vehreää, mutta nykyisin se on lähes täysin aavikkoa. Kaupungit oli rakennettu suuresta määrästä tiiliä, minkä valmistukseen on tarvittu runsaasti polttopuuta. Myös Induksen laattatektonisista muutoksista johtuneita tulvia on ehdotettu kulttuurin kaatumisesta. Indusjoki näyttää muuttaneen uomaansa noin vuonna 1700 eaa. Aiemmin tuhon syyksi epäiltiin Keski-Aasian suunnalta tulleita arjalaisheimoja, jotka levittäytyivät alueelle noin vuonna 1500 eaa., mutta nykyisin teoriaa ei enää pidetä todennäköisenä.
Veda-kulttuuri Arjalaiset olivat teknisesti kehittyneempiä kuin Indusjokilaakson asukkaat. He olivat kesyttäneet hevosen, jotka vetivät puolapyörällisiä vaunuja. Ei tiedetä varmasti, miksi arjalaiset lähtivät vaeltamaan kotiseudultaan Keski-Aasiasta Etelä-Aasiaan. Heidän vaelluksensa on kuitenkin vaikuttanut merkittävästi sekä Etelä-Aasian että Euroopan historiaan. Arjalaiset eivät ole jättäneet jälkeensä arkeologisia jäänteitä, mutta heidän kirjallista kulttuuriperintöänsä ovat veda-kirjat, jotka ovat kokoelma uskonnollisia hymnejä.
Arjalaisten veda-kauden kulttuurin aikana hindulaisuus kohosi arjalaisheimojen tärkeimmäksi uskonnoksi ja sen jumalat nousivat tärkeämmiksi kuin veda-uskonnon jumalat. Myös kastijärjestelmä kehittyi arjalaiskauden aikana. Arjalaiskauden loppupuolella kehittyivät myös buddhalaisuus ja jainalaisuus.
Buddhalaiset valtakunnat Buddhalaisten ja jainalaisten tekstien myötä nykyinen tietämys on tarkempaa noin vuodesta 600 eaa. lähtien. Tällä ajanjaksolla Pohjois-Intian ja Pakistanin alueella oli useita pieniä ruhtinasvaltioita, joista käytetään myös yhteistä nimeä Mahajanapada. Näistä Mahajanapada-ruhtinaskunnista sijaitsi nykyisen Pohjois-Pakistanin alueella Gandharan puoliksi itsenäinen valtakunta, jonka itäpuolella sijaitsivat Gangesin laakson valtakunnat ja länsipuolella persialaisten Akhaimenidien valtakunta. Gandhara joutui todennäköisesti persialaisten vallan alle Kyyros II Suuren valtakaudella, vuosina 559-530 eaa. pienoiskuva|Kreikkalais-buddhalainen veistos Buddhasta, joka istuu Herakleen vasemmalla puolella. Persian valtakunta kukistui Makedonian kuninkaan Aleksanteri Suuren valloitusten aikana vuonna 330 eaa. Hänen johtamansa armeijat etenivät Lähi-idän ja Persian läpi kohti Intiaa. Vuonna 326 Aleksanteri Suuren armeija kohtasi Hydaspesjoen taistelussa Gandharan kuningas Poroksen armeijan. Aleksanteri Suuren armeija sai taistelussa murskavoiton ja eteni kohti Intiaa. Hänen armeijansa kuitenkin väsyi jatkuviin taisteluihin ja vetäytyi Intiasta. Paluumatkalla Aleksanteri Suuri kuoli Babylonissa vuonna 323 eaa. pienoiskuva|Maurya-valtakunta kattoi laajimmillaan nykyisen Intian, Pakistanin ja Afganistanin alueet.|alt= Aleksanteri Suuren vetäytymisen jälkeen valtatyhjiön Intiassa onnistui täyttämään Chandragupta Maurya, joka perusti Intiaan Maurya-valtakunnan, joka liitti valtansa alle Gandharan ja Indus-jokilaakson alueet vuoteen 305 eaa. mennessä. Maurya-valtakunnan kuningas Ašoka, joka hallitsi vuosina 274-236 eaa. kääntyi buddhalaiseksi ja Taksilasta tuli merkittävä buddhalaisuuden keskus. Hänen kuoltuaan Maurya-valtakunta alkoi hajota. Maurya-vallan heikennyttyä valtakunnan luoteisosissa kasvatti valtaansa Aleksanteri Suuren seuraajien perustama Kreikkalais-baktrialainen kuningaskunta ja myöhemmin Intialais-kreikkalainen kuningaskunta.
Kansainvaellusten aika Kun Han-dynastia yhdisti Kiinan valtansa alle 200-luvulla eaa. Nykyisen Intian ja Pakistanin alueelle kohdistui uusi vaellusaalto paimentolaisheimojen siirtyessä elinalueiltaan lännemmäksi. Intialais-kreikkalainen kuningaskunta kukistui kun skyytit eli šakat muuttivat nykyisen Pakistanin pohjoisosaan ja Intian länsiosaan ja valtasivat alueen ja perustivat oman valtakuntansa. Skyyttien jälkeen alueelle saapui yuezhi-kansa, joka ajoi skyytit etelämmäs. Yuezhit asettuivat itse alueelle ja perustivat Kušana-valtakunnan. Valtakunnan merkittävin hallitsija oli vuonna 78 valtaan noussut Kaniška. Hänen valtakaudellaan Kušana-valtakunta ulottui laajimmillaan nykyisen Afganistanin alueelle lännessä ja sen vaikutusvalta kattoi suurimman osan nykyisen Intian pohjoisosaa. Kaniška kääntyi Ašokan tavoin buddhalaiseksi. Sijaintinsa ansiosta Kušana-valtakunta hallitsi keskeistä osaa idän ja lännen välisestä silkkitiestä. Kušana-valtakunta kukistui valkoisten hunnien vallatessa maan pohjoisosat, Gupta-valtakunta valtasi maan itäosan ja Sassanidit länsiosan. Gupta-valtakunnan aikaa 400-700-luvuilla kutsutaan hindusivilisaation klassiseksi ajaksi, jolloin taiteet ja sanskritiläinen kirjallisuus kehittyivät, ja tieto kasvoi valtavasti tähtitieteen, matematiikan ja lääketieteen aloilla. Indus-laakson alue pysyi Gupta-valtakunnan löysässä hallinnassa. Gupta-vallan luhistuttua Pohjois-Intian alue alkoi rappeutua.
Islamin leviäminen Ghaznavidien valtakunta Arabien valtakunta syntyi 600-luvun alussa Lähi-idässä lähinnä sassanidien Persian raunioille. 700-luvulla umaijadikalifit lähettivät kenraali Muhammad bin Qasimin johtaman retkikunnan Belutšistaniin ja Sindhiin. Arabien valloitusretket eivät vielä tuolloin ulottuneet Intiaan asti. Kaupankäynti rannikkoseudulla ja muslimiyhteisö Sindhissä mahdollistivat kuitenkin kulttuurivaihdon ja muslimien vaikutus lisääntyi. Intia säilyi muslimivalloittajilta vielä noin 300 vuoden ajan, mutta rauhan aikaa Pohjois-Intiassa ei kuitenkaan eletty, sillä maassa käytiin jatkuvia valtataisteluita valtaa pitävien rajput-klaanien kesken. pienoiskuva|Ghaznavidien valtakunta suurimmillaan, vuonna 1030. Lähes kolme vuosisataa ensimmäisten arabien valloitusretkien jälkeen Mahmud Ghaznilaisen valtakaudella, vuosina 979-1030, Ghaznavidit hyökkäsivät Pohjois-Intiaan ryöstellen hindutemppeleitä ja rajput-valtakuntia. Rajputit olivat kyvyttömiä puolustautumaan paremmin aseistettuja hyökkääjiä vastaan. Mahmudin valtakaudella Punjabista tuli osa Ghaznavidivaltakuntaa, mutta pidemmälle Intiaan muslimivalta ei ulottunut. Mahmudin kuoltua Intian hinduhallitsijat unohtivat islamin muodostaman uhan ja he jatkoivat keskinäistä valtataisteluaan. Muslimien uuden hyökkäyksen koittaessa rajputit olivat yhtä huonosti valmistautuneita kuin ennenkin.
Delhin sulttaanikunta Mahmudin kuoltua Ghaznavidien valta-aseman Intian luoteispuolella ottivat Ghuridit. Noin 150 vuotta Mahmud Ghaznilaisen kuoleman jälkeen Ghuridien hallitsija Muhammad jatkoi hyökkäystä Intiaan. 1180-luvulle tultaessa Ghuridien valta oli jo vakiintunut nykyisen Pakistanin alueella, mistä sotaretket jatkuivat Intiaan. 1200-luvun alussa muslimivalloittajat valtasivat Pohjois-Intian sisäisesti eripuraisilta rajput-valtakunnilta. Ghurin Muhammad murhattiin vuonna 1206 ja hän jätti valtansa orjasoturi Qutb al-Din Aibakille, joka perusti valloitetuille alueille Pohjois-Intiaan Delhin sulttaanikunnan.
Delhin sulttaanikunta laajeni nopeasti. 1200-luvun puolivälissä sen hallitsema alue käsitti Bengalin ja suuren osan Intian niemimaan keskiosia. Delhin vaikutusvaltaan kuului myös lähes koko nykyisen Pakistanin alue. Delhin sulttaaneilla oli pintapuolinen side Lähi-idän muslimihallitsijoihin, mutta heillä ei ollut mitään uskollisuutta islamin synnyinseudulle. Delhin hallitsijat perustivat lakinsa koraaniin ja šaria-lakiin, muiden uskontojen harjoittaminen sallittiin vain, mikäli siitä maksettiin jizya-veroa tai henkiveroa. Delhin sulttaanikunnan aika käynnisti Intiassa kulttuurisen renessanssin ajan, joka johtui islamin saamista hindulaisista vaikutteista. Tämän tuloksena syntyi indo-muslimikulttuuri, joka jätti jälkensä arkkitehtuuriin, kirjallisuuteen, musiikkiin ja uskontoon. Delhin sulttaanikunnan ajan merkittävimpiä tapahtumia oli, että se pystyi estämään Mongolivaltakunnan vaikutusvallan leviämisen Intian niemimaalle 1300-luvulla. Delhin sulttaanikunta kukistui lopulta Suurmogulien valtakunnan vallattua sen Panipatin taistelun jälkeen vuonna 1526.
Mogulivaltakunta Panipatin taistelun jälkeen suurin osa Pohjois-Intiaa oli mogulivallan alla, vaikka rajputit vielä vastustivatkin mogulivaltaa. Ensimmäinen mogulihallitsija Babur kuoli pian valtakunnan perustamisen jälkeen. Hänen seuraajansa Humayunin aikana Mogulivaltakunnan suurimmaksi uhkaajaksi nousi afgaanipäällikkö Sher Shah Surin Sur-dynastia. Tämän johtamat joukot valtasivat Delhin vuonna 1540 ja sulttaani lähti maanpakoon Persiaan. Sher Shah Suri sai kuitenkin surmansa ollessaan piirittämässä rajputien Kalinjarin linnaketta. Ilman hänen kuolemaansa Mogulivaltakunta ei ehkä olisi enää palannut Intiaan. Sher Shah Surin perintöä on nykyisessä Pakistanissa sijaitseva Rohtasin linnoitus. Persialaisten avulla Humayun sai vallattua Kabulin ja Kandaharin ja myöhemmin Delhin takaisin mogulivaltaan. Hän kuoli pian mogulivallan palauttamisen jälkeen ja häntä seurasi vallassa hänen poikansa Akbar vuonna 1556. pienoiskuva|Lahoren linnoitus rakennettiin mogulihallitsija Aurangzebin aikana. pienoiskuva|Mogulivallan aikana rakennettu Badshahin moskeija on yksi Pakistanin suurimmista moskeijoista.