Saksan historian valtiollisena alkuna pidetään Pyhää saksalais-roomalaista keisarikuntaa, joka oli olemassa noin 900-luvulta vuoteen 1806. Suurimmillaan keisarikunta käsitti nykyisen Saksan, Itävallan, Slovenian, Tšekin, Länsi-Puolan, Alankomaat, Itä-Ranskan, Sveitsin ja osia Pohjois- ja Keski-Italiasta.
Vuosina 1871–1918 olemassa ollutta myös Saksan keisarikunnaksi sanottua Saksan valtakuntaa kutsuttiin joskus saksalais-roomalaisen keisarikunnan perillisenä ”toiseksi valtakunnaksi”. Vastaavasti Adolf Hitler nimitti Saksan (1933–1945) ”kolmanneksi valtakunnaksi”. Toisen maailmansodan jälkeen Saksa oli aluksi jakautuneena brittien, neuvostoliittolaisten, ranskalaisten ja yhdysvaltalaisten miehitysvyöhykkeisiin ja sen jälkeen Saksan liittotasavaltaan, jossa vallitsi markkinatalous, ja sosialistiseen Saksan demokraattiseen tasavaltaan (DDR). Saksat yhdistyivät vuonna 1990.
Esihistoria Saksasta on löydetty Steinheimin kallo, joka oli tutkimusten mukaan peräisin heidelberginihmiseltä noin 300 000 eaa. Neandertalinihminen asui Saksassakin noin 100 000 vuotta sitten. Nykyihminen lienee saapunut Saksaan jääkauden kestäessä joskus 45 000 – 30 000 vuotta sitten. Monet myöhäispaleoliittiset suurriistan metsästäjien perinteet levittäytyivät Saksaankin. Etelä-Saksassa saattoi asua jääkauden ankarimmassakin vaiheessa, tosin asutus oli silloin harvaa, mikäli sitä oli. Jääkauden päättyessä Saksan pohjoisosiin syntyi peuranmetsästyksellä elävä, kodissa asuvien ihmisten muodostama Hampurin kulttuuri.
Jääkauden päätyttyä seudulle syntyi mesoliittinen kulttuuri, joka vallitsi noin 10 000–5 000 eaa. Sekin oli majoissa asuvien metsästäjien luomaa. Noin 5 500–5 400 eaa. alkaen Saksaan alkoi levitä maanviljelykulttuuri, alussa nauhakeraamisen perinteen muodossa.First Farmers, Peter Bellwood, Blackwell 2005, kartta s. 69. Foneetikko Kalevi Wiik pitää nauhakeraamisen kulttuurin väestöä varhaisina indoeurooppalaisina,Kalevi Wiik, Eurooppalaisten juuret, mm. sivu 109, kartta 52 mutta väite on hyvin kiistanalainen. Wiikin teoriaan kohdistunutta arvostelua on tarkasteltu kootusti Itä-Suomen yliopistossa vuonna 2012 valmistuneessa opinnäytteessä. Työn loppupäätelmä on, että Wiikin teoria perustuu piittaamattomuuteen tieteellisestä menetelmästä ja kuuluu näennäistieteen piiriin.
Yleensä ajatellaan varhaisen Saksan viljelijäväestön olleen alun perin mesoliittista tai ainakin osin alkujaan Lähi-idästä ja Balkanilta tullutta väestöä. Myöhemmin kivi- ja kuparikaudella ensin saviastiat ja myöhemmin maanviljely levisivät pohjoiseenkin Saksaan. Saksaan syntyi monia neoliittisia kulttuureja, kuten megaliittikulttuuri joka kytkeytyi osin kellopikari- ja suppilopikarikulttuureihin. Suppilopikarikulttuuri levitti maanviljelyn pohjoiseenkin Saksaan.
Kuparin ja pronssin tuoneet indoeurooppalaiset liikkuivat rattailla ja hevosilla. Indoeurooppalaiset saapuivat sotaisasti Saksaan ehkä jo Itä-Euroopan kuparikaudella 4 500–3 500 eaa.Cartes de l'Europe au Chalcolithique ja loivat muun muassa palloamforakulttuurin. Germaanit erottuivat omana ryhmänään ehkä jo 3 000–2 400 eaa. Myöhäisellä pronssikaudella ja varhaisella rautakaudella kelttien kulttuuri levisi osaan Saksaakin. Germaaninen kieli saattoi kehittyä Pohjois-Saksan ja Etelä-Skandinavian alueella.
Germaanit ja roomalaiset pienoiskuva|vasen|Germaanisten heimojen asuma-alueet ennen vuotta 100 eaa. (kantagermaaninen vaihe) ja niiden laajentumiset vuosina 50 eaa., 100 jaa. sekä 300 jaa. Rooman valtakunnan alueet 60 eaa. ja 117 jaa.
Ajanlaskun alkua edeltävinä vuosisatoina nykyisen Saksan alueella asui germaaniheimoja ja kelttejä Tonavan ja Reinin läheisyydessä.
Noin 58 eaa. Reinistä tuli Rooman valtakunnan koillisraja, mikä johti Reinin länsipuolen roomalaistumiseen. Roomalaisia linnoituksia pystytettiin muun muassa Kölniin, Trieriin, Koblenziin ja Mainziin tarkoituksena vakiinnuttaa Reinin rajalinja. Vuonna 9 jaa. Arminiuksen johtamat germaanit tuhosivat roomalaisarmeijan Teutoburgin taistelussa, mikä pysäytti Rooman laajenemisen idemmäs. Tämän jälkeen roomalaiset suorittivat Germanicuksen johdolla lukuisia rankaisuretkikuntia Reinin taakse aiheuttaen joitakin tappioita Arminiuksen germaaneille, mutta roomalaiset palasivat aina vuoden lopussa tukikohtiinsa Reinin länsipuolelle. Nykyinen Saksa Reinille saakka jäi Rooman imperiumin ulkopuolelle.
Vuodesta 83 jaa. alkaen roomalaiset rakensivat 550 kilometriä pitkän, lukuisia linnoituksia sisältäneen rajavallin, limesin, Reiniltä Tonavalle pitääkseen germaanit valtakunnan ulkopuolella. 200-luvulla historiaan ilmaantui useita suuria länsigermaaniheimoja, kuten alemannit, frankit, saksit ja friisit. Vuoden 260 jaa. tienoilla germaaniheimot mursivat rajavallin. Hunnien tunkeutuminen Eurooppaan 300-luvulla sysäsi liikkeelle suuret kansainvaellukset, jotka tulivat mullistamaan Euroopan kartan. 400-luvun loppupuolella merovingisukuinen kuningas Klodvig yhdisti frankit ja valloitti Gallian perustaen frankkien valtakunnan. Vuonna 496 frankit voittivat alemannit ja kääntyivät katoliseen uskoon, saaden siten kirkon taakseen.
Kristinuskon leviäminen Rooman valtakunnan pohjoiset provinssit oli käännytetty kristinuskoon 300-luvulta alkaen ja Augsburgin kaltaiset kristilliset keskukset säilyivät Rooman romahdettua. 600-luvulla käännytystyö pakanallisten heimojen keskuudessa alkoi uudelleen. Irlantilaisskotlantilaiset munkit perustivat luostareita muun muassa Würzburgiin, Regensburgiin ja Reichenauhin. Anglosaksimunkki Bonifatius perusti ensimmäisen luostarin Reinin itäpuolelle, Fritzlariin. Paavin alaisuudessa toimineita piispanistuimia perustettiin kristinuskon levittämiseksi Saksan alueella.
Vuonna 751 Pipin III otti kuninkaan tittelin ja sai kirkon siunauksen. Frankkikuninkaat olivat tästä lähtien paavin ja kristinuskon puolustajia, ja Pipinin karolingiseuraajat aloittivat vuosikymmeniä kestäneen kampanjan pakanallisia sakseja vastaan. Saksit pakkokäännytettiin ja heidän maansa liitettiin frankkien valtakuntaan.
Pyhä saksalais-roomalainen keisarikunta
pienoiskuva|vasen|Pyhän saksalais-roomalaisen keisarikunnan rajat noin vuonna 1630
Vuosina 772–814 kuningas Kaarle Suuri laajensi karolingivaltakuntaa Pohjois-Italiaan ja käsittämään kaikki länsigermaanien asuttamat alueet. Vuonna 800 Kaarle Suuren valta Länsi-Euroopassa vahvistettiin kruunauksella keisariksi Roomassa. Pyhä roomalainen keisarikunta, tai frankkien keisarikunta, oli syntynyt. Vuosien 840–880 aikana valtakunta hajosi Kaarle Suuren pojanpoikien valtakamppailun johdosta kolmeen osaan, mikä vahvistettiin Verdunin sopimuksella. Frankkien valtakunnan itäosa, Itä-Francia sijaitsi nykyisen saksan alueella.
Saksalainen valtakunta kehittyi frankkien keisarikunnan itäisestä osasta. Vuosina 919–936 herttua Henrik I Linnustaja yhdisti germaaniväestöt ja otti kuninkaan tittelin. Vuonna 939 Otto I Suuri kruunattiin Aachenissa. Hän vahvisti kuninkaanvaltaa liittämällä piispat ja apotit hallintoon, muodostaen täten valtakunnankirkon (). Vuonna 951 Otto sai avioliitolla Lombardian kruunun. Ulkoisen uhan valtakunnalle muodostaneet unkarilaiset lyötiin Augsburgin lähellä 955 ja Elben ja Oderin väliset slaavit alistettiin. Vuonna 962 Otto kruunattiin Roomassa keisariksi, Kaarle Suuren seuraajaksi, mikä merkitsi Pyhän saksalais-roomalaisen keisarikunnan syntyä. Keisarikunnalla oli aluksi paljon vaikutusvaltaa paaviin ja kirkkoon, mutta vähitellen se hajaantui lukuisten ruhtinaskuntien löyhäksi liitoksi.
Henrik IV:n ja paavi Gregorius III:n välisenä alkanut kiista siitä, kuka saa nimittää kirkon toimihenkilöt, johti pitkälliseen investituurariitaan keisarikunnan ja kirkon välillä. Ristiriita johti valtakunnankirkon heikkenemiseen ja maallisten ruhtinaiden vallan kasvuun. Vuosien 1096–1291 välinen ristiretkiaika synnytti kristillisiä ritarikuntia, kuten temppeliherrat, johanniitat ja saksalaisen ritarikunnan.
1100-luvulta uusia kaupunkeja syntyi linnoitusten, piispanistuinten ja luostareiden ympärille. Kaupungit alkoivat tarjota oikeuksia ja vapauksia maalaisväestön pysyessä käytännössä maaorjina. Muutamista kaupungeista tuli keisarillisia vapaakaupunkeja, jotka olivat suoraan keisarin alaisuudessa, ruhtinaista ja piispoista riippumattomina. Käsityöläiset muodostivat kiltoja, jotka pyrkivät hallitsemaan kaupunkeja. Kauppa idän ja pohjoisen kanssa muuttui intensiivisemmäksi tärkeimpien kauppakaupunkien yhdistyttyä Lyypekin johtamaksi Hansaliitoksi. Saksalainen ekspansio itään alkoi. Saksalaiset uudisasukkaat, joihin kuului talonpoikia, kaupunkilaisia ja Saksan ritareita, siirtyivät slaavien asuttamille Oderin itäpuolisille alueille perustaen kyliä ja kaupunkeja.
Keisarikunnan ja kirkon välit kärjistyivät uudestaan Fredrik I Barbarossan aikana paavin esitettyä, että keisarin valta oli riippuvainen paavinvallasta samaan tapaan kuin vasallien ruhtinaista. Fredrik I nimitti paavi Aleksanteri III:lle oman vastapaavinsa ja paavi julisti Fredrikin kirkonkiroukseen. Paavilla olivat tukenaan Fredrikin alistamisyrityksiin kyllästyneet Lombardian kaupungit ja kun Baijerin Henrik Leijona uhkasi Fredrikin valtaa kotimaassa, päädyttiin riidassa vuonna 1171 sovintoon.
Vuonna 1226 osia Preussista vallattiin ja käännytettiin. Fredrik II:n kuoltua 1250 Hohenstaufen-suku sammui, mikä johti interregnumiin eli hallitsijattomaan tilaan. Sen jälkeen syntyi vaaliruhtinaiden (kurfürst) kollegio, jonka toimintatapa vahvistettiin vuoden 1356 kultaisessa bullassa. Vuoden 1350 tienoilla valtakunta ja lähes koko Eurooppa joutui mustan surman hävityksen kohteeksi.
Valtakunnanreformi (”Reichsreform”) Valtakunnan oikeusjärjestys oli yhä 1400-luvun alussa hyvin jäsentymätön, vaikka joistain menettelytavoista oli sovittu. Säännöt kuninkaan, kuninkaan valitsijoiden ja muiden ruhtinaiden yhteistyöstä keisarikunnassa riippuivat paljon kunkin kuninkaan luonteesta. Ilman kuninkaan läsnäoloa hovipäivät (, valtakunnan johtavien miesten kokous) merkitys kuihtui, eikä valtiopäiviä lainsäätävänä elimenä vielä ollut olemassa. Ruhtinaat kiistelivät keskenään, ja kiistat kärjistyivät välillä paikallisiksi sodiksi.
Samaan aikaan kirkkokin oli kriisissä. Kiistat useiden kilpailevien paavien välillä ratkesivat vasta Konstanzin kirkolliskokouksessa 1414–1418 ja vuoden 1419 paljon energiaa kului taistelussa hussilaisten harhaoppia vastaan. Suurten muutosten takia syntyi 1400-luvulla paljon keskustelua itse keisarikunnasta. Vanhat säännöt eivät enää riittävästi kuvanneet ajan rakenteita, ja aikaisemman valtakunnanrauhan () palauttamista vaadittiin.
Kun Fredrik III tarvitsi ruhtinailta rahaa taisteluun Unkaria vastaan ja valitutti samaan aikaan poikansa (myöhemmin Maksimilian I) kuninkaaksi, ruhtinaat vaativat yhtenä miehenä suurempaa edustusta. Ensimmäistä kertaa vaaliruhtinaiden ja muiden ruhtinaiden kokousta kutsuttiin valtiopäiviksi. Fredrik III kieltäytyi kutsumasta valtiopäiviä koolle, mutta kaksi vuotta Fredrikin kuoleman jälkeen hänen sovittelevampi poikansa kutsui sen koolle Wormsiin 1495. Wormissa kuningas ja ruhtinaat sopivat neljästä päätöksestä, joita yleisesti kutsutaan nimellä valtakunnanreformi, Reichsreform. Valtakunnanreformi sisälsi toimia, joiden tarkoitus oli antaa hajoavalle keisarikunnalle takaisin tiettyä rakennetta, kuten keisarilliset maat ja kamarihovioikeuden, jotka osittain kestivätkin keisarikunnan loppuun asti vuoteen 1806.
Uskonpuhdistus ja kolmikymmenvuotinen sota
pienoiskuva|upright|Uskonpuhdistuksen aloittaja Martti Luther