Malediivien ensimmäisten asukkaiden uskotaan olevan kotoisin Sri Lankalta. Tulijat olivat buddhalaisia, mutta 1200-luvulla Lähi-idästä tulleiden merenkävijöiden mukana levinnyt islam syrjäytti buddhalaisuuden saaren pääasiallisena uskontona. Portugalilaiset olivat ensimmäiset eurooppalaiset, jotka saapuivat Malediiveille. He eivät kuitenkaan onnistuneet pitämään saaria kauan hallussaan. Hollantilaiset valtasivat saaret 1600-luvulla, mutta Britit ottivat saaret haltuunsa 1700-luvun lopulla. Malediivit pysyi brittien hallinnassa vuoteen 1965 asti, jolloin maa itsenäistyi.
Maan ensimmäiseksi presidentiksi valittiin kansanäänestyksellä Ibrahim Nasir, joka hallitsi autoritaarisesti vuoteen 1978 asti, jolloin hänet syrjäytettiin. Valtaan noussut presidentti Maumoon Abdul Gayoom hallitsi maata itsevaltaisesti kolmenkymmenen vuoden ajan. Poliittista oppositiota ei ollut ja hän keskitti kaiken vallan itselleen. Häntä vastaan tehtiin kolme vallankaappausyritystä 1980-luvulla, niistä vakavin vallankaappausyritys vuonna 1988 kukistettiin Intian tuella.
2000-luvulla Malediiveilla alettiin vaatia poliittisia uudistuksia ja demokraattisempaa hallintoa. Äänekkäimmäksi demokratian vaatijaksi nousi Mohamed Nasheed. Painostuksen alla Gayoom taipui myöntymään poliittisiin uudistuksiin. Maassa järjestettiin vaalit vuonna 2008 ja Nasheed astui presidentin virkaan. Demokratiakehitys ei kuitenkaan täysin toteututunut ja Nasheed syrjäytettiin presidentin virasta 2012 epäselvissä olosuhteissa. Uusien vaalien jälkeen presidentiksi nousi Gayoomin velipuoli Abdulla Yameen, jota seurasi virassa syksyllä 2018 presidentinvaalit voittanut Ibrahim Mohamed Solih.
Varhaishistoria Länsimaalaisten kiinnostus Malediivien arkeologisiin jäänteisiin alkoi 1800-luvun lopulla, kun brittiläinen komissaari H.C.P. Bell Ceylonin virkamieskunnasta oli haaksirikkoisena saarilla vuonna 1879. Hän palasi saarille useita kertoja tutkimaan antiikin buddhalaisia raunioita. Historioitsijat ovat todenneet, että Ceylonista peräisin oleva theravada-buddhalaisuus on 300-luvulta lähtien ollut Malediivien väestön hallitseva uskonto. 1980-luvulla Malediivien hallitus antoi kuuluisan tutkimusmatkailija Thor Heyerdahlin suorittaa maassa kaivauksia arkeologisissa kohteissa. Hän tutki monien atollien muinaisia kumpuja, joita paikalliset kutsuivat nimellä hawitta. Osa hänen löydöksistään on nykyisin esillä Malén kansallismuseossa.
Heyerdahlin tutkimukset osoittivat, että jo 2000-luvulla eaa. Malediivit oli Egyptin, Mesopotamian ja Indus-kulttuurin merenkävijöiden kauppareiteillä levähdyspaikkana. Heyerdahl uskoo, että ihmiset joita hän kutsui aurinkoa palvoviksi merenkävijöiksi, olivat ensimmäiset saarille aloilleen asettuneet asukkaat. Nimi perustui siihen että nykyään monet Malediivien moskeijat eivät ole julkisivultaan rakennettu kohti Mekkaa, vaan aurinkoa, mikä tuki tätä teoriaa. Koska saarilla oli tilaa ja materiaaleja hyvin vähän, peräkkäiset kulttuurit rakensivat palvontapaikkojaan aiempien perustuksiin. Heyerdahl oletti, että aurinkoa kohti olevat moskeijat rakennettiin edellisen kulttuurin temppelien perustuksiin. Heyerdahlin tutkimat hawitta-kumpareet olivat hyvin samankaltaisia kuin Sri Lankalta myöhemmin löydetyt buddhalaiset pylväät, stupat. Jotkut akateemiset arkeologit kiistävät Heyerdahlin teoriat.
On myös olemassa viitteitä aikaisemmista maahanmuuttoajankohdista. Kaakkois-Aasian suunnalta, etenkin Indonesiasta, on ajanlaskun alun tienoilla lähtenyt siirtolaisia Madagaskarille. Nämä ihmiset ovat luultavasti matkalla pysähtyneet Malediiveilla. Malediiveilla on nähtävissä kaakkoisaasialaisia piirteitä kulttuurissaan ja esineissään ja saarilla kasvatetaan kaakkoisaasialaisia kasveja kuten taaroa. Malediiveilla on vieraillut myös Pohjois-Intian, nykyisen Gujaratin alueelta kotoisin olevia merenkävijöitä. He asettuivat Sri Lankalle noin vuonna 500 eaa. Malediiveilla on havaittu suoraa kulttuurivaikutusta pohjoisintialaisista veneenrakennusmenetelmistä ja Maurya-valtakunnan aikaisista hopeakolikoista. On mahdollista että Gujaratin suunnalta tulleet merenkävijät olivat Malediiveilla haaksirikkoisina, tai pakolaiset asettuivat saarille asumaan, kuten he tekivät Sri Lankalla ennen tamili-malayalam väestön nousua.
Nykyään uskotaan yleisesti että ensimmäiset saarille asettuneet ihmiset olivat Sri Lankalta ja Etelä-Intiasta kotoisin olleita tamileita ja sinhaleeseja, jotka saapuivat 500-luvulla. Uskonnoltaan he olivat buddhalaisia Malediivilaisten legendojen mukaan saarien Raa-atollilla pysähtyi srilankalainen prinssi ja hänen vaimonsa, joita pyydettiin asettumaan saarille hallitsijointa. Kuningas Koimala asettui Giraavaru-heimon luvalla Malén atollille, mihin hän perusti kuningaskuntansa 1100-luvulla. Giraavarun saari sijaitsee Pohjois-Malén atollien länsipuolella.
Keskiaika
Malediiveilla on vieraillut saarten strategisen sijainnin vuoksi Lähi-idästä kotoisin olleita kauppiaita. Heitä houkutteli Malediiveille myös saarilta saatavat kotilonkuoret, joita käytettiin maksuvälineinä Aasiassa ja Itä-Afrikassa. Arabikauppiaat alkoivat 900-luvulla kulkea Malediivien kautta matkoillaan Aasiaan. Arabikauppiaiden mukana saarille levisi islam. Vuonna 1153 viimeinen buddhalainen kuningas kääntyi islaminuskoon ja otti arvonimekseen islamilaisen hallitisjanimen sulttaani. Islamiin kääntyminen ei ollut täysin rauhanomaista, sillä historialliset lähteet ovat osittaneet että buddhalaismunkkeja teloitettiin ja luostareita ja buddhalaisia monumentteja tuhottiin.
Siirtomaa-aika
Portugalilaiset olivat ensimmäiset eurooppalaiset, jotka saapuivat Malediiveille. Portugalilaiset saapuivat vuonna 1558 ja he hallitsivat Malediiveja Intian länsirannikolta Goalta käsin. Portugalilaiset eivät hallinneet saaria kauan, sillä paikalliset sulttaanit onnistuivat ajamaan heidät pois parinkymmenen vuoden kuluttua. Seuraavat eurooppalaiset Malediiveilla olivat hollantilaiset, jotka valloittivat Ceylonin 1656 ja samalla myös Malediivit otettiin Hollannin Itä-Intian kauppakomppanian hallintaan. Britit karkottivat hollantilaiset Ceylonilta vuonna 1796 ja samalla Malediivit otettiin Britannian suojelualueeksi. Malediivien asema Britannian protektoraattina vahvistettiin virallisesti vuonna 1887, jolloin sulttaani hyväksyi brittiläisten vaikutusvallan saarten ulkopolitiikassa ja puolustuksessa. Saarten sisäiseen hallintoon britit eivät puuttuneet ja sulttaani pysyi vallassa.
Sulttaani pysyi vallassa aina vuoteen 1953 saakka, jolloin maa julistettiin tasavallaksi. Maan ensimmäisenä presidenttinä toimi Muhammad Amin Didi. Hän tuli kuitenkin epäsuosituksi naisten oikeuksien tukemisen vuoksi ja islamilaiset konservatiivit syrjäyttivät hänet, ja sulttaanikunta perustettiin uudelleen vuonna 1954.
Malediivien poliittiseen historiaan vaikutti 1950-luvulta lähtien brittiarmeijan läsnäolo saarilla. Sulttaanikunnan uudelleen perustaminen vuonna 1954 jatkoi brittien läsnäoloa. Kaksi vuotta myöhemmin britit saivat luvan perustaa sodan ajan lentokentän Ganin saarelle, maan eteläisimmälle Addun atollille. Sopimus velvoitti britit maksamaan Malediiveille 2000 puntaa vuodessa. Vuonna 1957 Malediivien pääministeri Ibrahim Nasir vaati sopimuksen tarkastamista, vuokra-ajan lyhennystä ja vuokran korotusta. Nasir oli vastuunalainen sulttaani Muhammad Farid Didille, mutta eteläisimmät atollit hyötyivät brittien läsnäolosta ja he vastustivat Nasirin vaatimuksia.
Maa ajautui sisäisiin kiistoihin, kun eteläisimmät atollit ja Nasirin hallinto ajautuivat erimielisyyksiin Addun atollin vuokrasopimuksen ehdoista. Eteläisimmät saaret katkaisivat siteensä muihin Malediiveihin ja julistatuivat Suvadivien tasavallaksi. Vuonna 1962 Nasir lähetti Malélta tykkiveneitä rauhoittaakseen tilanteen ja kukistaakseen hänen hallintoaan vastustavat kapinalliset. Kapinajohtaja Abdulla Afif Didi pakeni Seychelleille.
Itsenäisyyden aika
Malediivit itsenäistyi Britanniasta vuonna 1965, jolloin sulttaanikunta lopetettiin lopullisesti ja maassa pidettiin kansanäänestys kolme vuotta myöhemmin, vuonna 1968. Presidentiksi valittiin Ibrahim Nasir. Pääministeriksi hän nimesi Ahmed Zakin. Uudelleen Nasir valittiin presidentiksi epäsuoralla vaalitavalla vuonna 1973, ja samalla presidentin virkakautta pidennettiin viiteen vuoteen. 1970-luvulla Malediivit joutui taloudellisiin vaikeuksiin kun Sri Lankan markkinat Malediivien päävientituotteelle kalalle romahtivat. Ongelmia lisäsi vuonna 1975 brittien päätös sulkea lentokenttänsä uuden politiikkansa mukaisesti, missä se hylkäsi Suezin kanavan itäpuolella sijaitsevien alueiden puolustusvelvoitteensa. Taloudelliset vaikeudet aiheuttivat Nasirin hallituksen suosion laskun. Maan pääministeri Ahmad Zaki pidätettiin ja karkotettiin syrjäiselle atollille, tulkintojen mukaan hänen suuri suosionsa uhkasi Nasirin puolueryhmää. Autoritaarisesti hallinnut Nasir syrjäytettiin kahdenkymmenen vuoden vallassaolon jälkeen vuonna 1978, jolloin hän pakeni Singaporeen. Seuranneissa tutkimuksissa ilmeni, että hänen mukanaan katosi miljoonia dollareita valtion varoja.
Vuonna 1978 Nasirin seuraajaksi valittiin Malediivien YK:n suurlähettiläs Maumoon Abdul Gayoom. Hänen tavoitteenaan oli ensisijaisesti kehittää Malediivien köyhimpiä saaria. Samana vuonna Malediivit liittyi kansainväliseen valuuttarahastoon IMF:n ja maailmanpankkiin. Gayoomin edeltäjä Nasir oli ensimmäinen, joka havaitsi Malediivien merkittävän matkailupotentiaalin, mutta turismi lisääntyi merkittävästi vasta Gayoomin hallintokaudella 1980-luvulla. Malediivien väestö näytti hyötyvän lisääntyneestä turismista ja ulkomaisten yhteyksien lisääntymisestä. Gayoomin suosio kansan keskuudessa säilyi vahvana, vaikka häntä vastaan suoritettiin vallankaappausyrityksiä vuosina 1980, 1983 ja 1988. Gayoomin hallinto ei hyväksynyt minkäänlaista poliittista oppositiota. Poliittiset puolueet kiellettiin ja lehdistönvapautta rajoitettiin. Gayoom toimi sekä presidenttinä armeijan päällikkönä.
Vuosien 1980 ja 1983 vallankaappausyritkset Gayoomia vastaan eivät olleet vakavia, mutta vuoden 1988 vallankaappausyritys oli vakavampi. Vuonna 1988 Sri Lankasta hyökkäsi noin 80 tamilitiikereiden sissijärjestön sotilasta Malélle. Samansuuruinen sissijoukko oli saapunut naamioituneena Maléen jo aiemmin. Kapinallisjoukot saivat haltuunsa saaren lentokentän, mutta he eivät saaneet vangittua presidentti Gayoomia, jonka onnistui paeta kapinallisia. Gayoom pyysi Intian, Yhdysvaltain ja Ison-Britannian väliintuloa. Intian pääministeri Rajiv Gandhi lähetti välittömästi 1600 miehen vahvuisen armeijan Gayoomin avuksi. Alle vuorokaudessa intialaisjoukot saapuivat Maléen ja srilankalaississit pakenivat rahtialukselleen ja takaisin Sri Lankaan. Sissijoukot jotka eivät ehtineet pakoalukselle ajoissa, oli äkkiä saarrettu. Taisteluissa raportoitiin kuolleen 19 ihmistä, ja myös useita panttivankeja kuoli. Kolme päivää myöhemmin intialaiset saivat kiinni paenneet kapinalliset lähellä Sri Lankan rannikkoa ja heidät vietiin Malediiveille oikeudenkäyntiin. Presidentti Gayoom muutti heille langetetut kuolemantuomiot elinkautiseksi vankeudeksi. Vallankaappausyrityksen taustalla oli malediivilainen liikemies Abdullah Luthufi, joka hoiti maatilaa Sri Lankalla.
Demokraattisten uudistusten 2000-luku