Kemiallisella samankaltaisuudella tarkoitetaan alkuaineiden, molekyylien tai yhdisteiden rakenteellista tai toiminnallista samankaltaisuutta.

Kemiallinen samankaltaisuus on yksi kemiallisen informatiikan keskeisimmistä käsitteistä. Se on oleellinen suunniteltaessa uusien yhdisteiden ominaisuuksia.

luokka:Kemia