Japanin historiaan on vaikuttanut erityisesti maan maantieteellinen sijainti. Saarivaltiona Japani on historiansa aikana onnistunut sulauttamaan ulkopuoliset kulttuurivaikutteet rauhassa osaksi kulttuuriaan. Meri on estänyt mantereelta tulevien valloittajien pääsyn saarille. Japanin sijainti on toisaalta mahdollistanut eristäytymisen ulkomaailmasta: maan historialle luonteenomaisia ovat pitkät eristyneet ajanjaksot ja voimakkaat ulkomaisten vaikutteiden kaudet. Japanin edullinen ilmasto on luonut otolliset olosuhteet suurenkin väestön ylläpitämiselle.
Japanin historia jaetaan yleensä aikakausiin, joiden kesto ja määrä voivat vaihdella ja joilla ei varsinkaan varhaishistoriassa ole välttämättä selkeitä alkamis- ja päättymispäivämääriä. Kaudet voivat myös olla päällekkäisiä, ja niillä on usein lyhyempiä alakausia. Kauden vaihtuminen ei myöskään välttämättä merkitse minkäänlaista äkillistä olosuhteiden muuttumista. Japanissa aikaa on laskettu perinteisesti kiinalaistyyppisin aikakausimerkinnöin (nengō), joiden käyttö alkoi 600-luvulla. Aikaisemmin nengōt vaihtuivat usein, ja niitä onkin useita kymmeniä. Meiji-kaudelta vuodesta 1868 lähtien ne ovat vastanneet keisarien hallituskausia.
Esihistoriallinen Japani Paleoliittinen kausi
Japanin väestön alkuperä on edelleen jokseenkin epäselvä. Todennäköisimmin Japanin nykyinen väestö on muodostunut osittain Manner-Aasian eri osista ja osittain etelästä mereltä käsin tulleiden muuttoaaltojen seurauksena. Japanin saaret olivat yhteydessä mantereeseen noin 18 000–12 000 vuotta ennen ajanlaskun alkua, jolloin Hokkaidō oli yhteydessä Siperiaan ja Honshū Koreaan. Nykyinen Japaninmeri muodosti näin ollen suuren sisäjärven.
Toisen maailmansodan jälkeen Japanista on löydetty tuhansia paleoliittisia kohteita. Tutkimusten perusteella näyttää ilmeiseltä, että Japanissa on ollut asutusta vähintään 30 000–50 000 vuotta sitten. Kauden väestö eli keräilemällä ja metsästämällä, ja he käyttivät kivityökaluja. Tältä ajanjaksolta on löytynyt ihmisfossiileja kaikilta Japanin pääsaarilta.
Jōmon-kausi
thumb|180px|Jōmon-kauden narumerkein koristeltu astia.
Mesoliittinen Jōmon-kausi tunnetaan erityisesti keramiikastaan, josta se on saanut nimensä. Kauden keramiikka on mahdollisesti maailman vanhinta, ja keraamisia esineitä alettiin valmistaa noin 12 500 vuotta sitten. Astiat koristeltiin nauhamaisilla kuvioilla. Koristeaiheet vaihtelivat ja monimutkaistuivat ajan myötä. Astioiden lisäksi kaudella valmistettiin myös mahdollisesti hedelmällisyyttä symboloivia veistoksia, erityisesti naisfiguriineja.
Ravinnoksi käytettiin villieläinten lihaa, sekä meren antimia ja hedelmiä. Jōmon-kulttuuri perustui keräilyyn ja metsästykseen, mutta kauden loppuvaiheilla riisinviljely alkoi levitä mantereelta Kyūshūlle. Aikakauden ihmiset koristautuivat luusta tai simpukankuorista valmistetuilla koruilla. Jōmon-kaudella sai luultavasti alkunsa myös japanin kieli. Japanilaisten esi-isät jakoivat maan ainujen kanssa, jotka joutuivat vähitellen vetäytymään pohjoiseen japanilaisten elinpiirin levittäytyessä. Japanin väkiluvun on arvioitu olleen vuoden 2400 eaa. tienoilla noin 265 000, joten maa on jo varhain ollut maailman tiheimmin asutettuja alueita.
Yayoi-kausi
Kulttuurin suurta edistystä merkinnyt Yayoi-kausi ajoitetaan 300-luvusta eaa. noin vuoteen 250 jaa. Yayoi-kulttuuri on Jōmonin tavoin tunnettu keramiikastaan, joka oli aiempaa vähemmän koristeltua ja valmistettiin kehittyneemmällä tekniikalla. Kulttuuri syntyi Kyūshūlla, ja levisi sieltä muualle Japaniin. Kiinan kulttuuripiirin laajetessa korealaiset muuttajat toivat kauden aikana Japaniin useita uusia teknologioita, kuten kankaan valmistuksen, riisin märkäviljelyn, pronssin ja myöhemmin raudan käsittelyn ja uudenlaisen keramiikan. Niiden vaikutuksesta Japani alkoi siirtyä metsästäjä-keräilijäyhteiskunnasta maanviljelykulttuuriin. Ulkopuolinen vaikutus oli kuitenkin Yayoi-kaudella lähinnä materiaalista eikä henkistä.
Yayoi-kaudella Japanin väkiluvun on arveltu olleen noin 600 000. Väestön kasvaessa alkoi myös muotoutua yhteiskuntaluokkia. Asukkaat asuivat maatalouskylissä, joiden asumukset oli tehty puusta ja kivestä. Myös viljaa varastoitiin rakennuksiin.
Yayoi-kauden Japanista on saatu tietoa ajan kiinalaisista kronikoista. Han-dynastian kronikassa Hòu hànshūssa Japani mainitaan ensimmäisen kerran nimellä Wa. Kronikka kertoo Wan lähettäneen edustuston Kiinaan vuonna 57. Wei-kuningaskunnan aikaiset tekstit Kolmen kuningaskunnan kronikassa kertovat Japanissa 100-luvun lopulla käydystä sisällissodasta, jonka kuningatar Himiko rauhoitti. Hänen kerrotaan hallinneen uskonnollisella auktoriteetillaan yli 30 valtion yhteenliittymää. Kronikka kertoo yksityiskohtaisen reitin Kiinasta Wa-kuningattaren hoviin Yamataissa, joka oli todennäköisesti paikallinen voimakeskus Kyūshūn pohjoisosassa. Yamatain sijainnista ei ole päästy yksimielisyyteen tutkijoiden keskuudessa. Wei-kuningaskunnan kronikan mukaan Japanissa oli suhteellisen kehittynyt luokkayhteiskunta, jossa kansalaiset maksoivat veroja. Osa väestöstä osasi myös luultavimmin lukea ja kirjoittaa, sillä kirjeitä vaihdettiin Wa-valtion ja Kiinan välillä.
Klassinen Japani Yamato-kausi
Kofun- ja Asuka-kausia nimitetään joskus yhteisesti Yamato-kaudeksi. Kausi on saanut nimensä Japanin keskiosan Yamato-valtiosta, joka sai valtaansa alueen pienemmät hallitsijat mahdollisesti 300-luvun puolivälissä. Korealainen vuonna 414 pystytetty muistomerkki mainitsee Wa-valtiosta vuonna 391 lähetetyn suuren armeijan. Voimannäytteen on oletettu edellyttäneen pitkälle yhdistyneen valtion olemassaoloa. Jotkut ovat liittäneet Yamatoon aiemman Yamatai-valtion, jonka on arveltu tällöin sijainneen Kyūshūn sijaan Keski-Japanissa. Asiasta ei ole kuitenkaan saatu lopullista selvyyttä. Yamaton on esitetty syntyneen joko todennäköisemmin Yayoi-kulttuurin uudesta kehitysvaiheesta tai ulkopuolisen hyökkäyksen seurauksena. Jälkimmäisessä tapauksessa sen hallitsijasuku olisi voinut olla korealaista alkuperää.
Kofun-kausi
pienoiskuva|Ilmakuva Sakaissa sijaitsevasta suurimmasta Kofun-kauden hautakummusta, jonka on arveltu olevan keisari Nintokun hauta.
Vuosien 300–552 Kofun-kausi on saanut nimensä suurista kofun-hautakummuista, joiden rakentaminen oli aloitettu jo 200-luvulla. Kumpujen viereen asetettiin haniwa-veistoksia. Veistokset saattoivat esittää eläimiä, ihmisiä tai erilaisia rakennuksia. Ihmisveistosten vaatetuksesta, haarniskoista ja aseistuksesta on saatu tietoja ajan elinoloista. Suurten hautojen rakentaminen vaati runsaasti työvoimaa, ja niistä suurimman, keisari Nintokun hautakummun rakentaminen on vaaditun työvoiman puolesta verrattavissa Egyptin pyramidien rakentamiseen. Yamato-hallitsijat hallitsivat merkittäviä työvoimaresursseja, minkä hallintaa auttoi maanviljelytekniikoiden kehittyminen. Niiden avulla Yamato-hovi pystyi laajentamaan valtaansa aikaisempaa suuremmalle alueelle.
Yamato-valtion aikana syntyi pohja maan poliittiselle ja yhteiskunnalliselle järjestelmälle. 300-luvun loppuun mennessä Yamato oli vakiintunut kuningaskunta, joka oli yhteydessä Kiinaan ja Koreaan, erityisesti Baekjeen. Korean niemimaan kautta Kiinan korkeakulttuurin tuotteet saapuivat Japaniin. Ulkomaiset oppineet ja maahanmuuttajat toivat maahan teknologiaa, kiinan kirjoitusjärjestelmän ja kungfutselaisuuden. Valtataistelussa Korean niemimaasta Yamato liittoutuikin 300-luvulla eteläkorealaisen Baekjen kanssa. Kiinnostus Korean aluetta kohtaan syntyi ilmeisesti teknologian ja raaka-aineiden, erityisesti raudan tarpeesta.
Yamaton yhteiskunta jakautui kolmeen pääryhmään. Ujit olivat yläluokkaa, jonka on ajateltu syntyneen alkuperäisistä maatalousyhteisöistä. 400-lukuun mennessä uji-ryhmät sitoutuivat Yamaton hallitsijaan taloudellisesti ja uskonnollisesti, ja hallitsija nimitti päälliköt niistä voimakkaimmille. Bet olivat vuorostaan klaanityyppisiä ammattiyhteisöjä, jotka valmistivat esimerkiksi keramiikkaa, kalastivat tai viljelivät riisiä. Alimpana oli yatsuko-ryhmä, palvelijoina toimineet orjat, jotka käsittivät mahdollisesti noin viisi prosenttia japanilaisista.
500-luvulla Yamaton keskusvaltio alkoi taantua, ja valta siirtyi paikallisille klaaneille, joista erityisesti Soga sai vaikutusvaltaa. Samaan aikaan buddhalaisuus levisi Japaniin Baekjesta. Se merkitsi äärettömän merkittävää vaikutusta Japanin korkeakulttuurin syntymiselle ja uutta kautta maan historiassa.
Asuka-kausi
pienoiskuva|vasen|Shōtoku Taishin 600-luvun alussa rakennuttama buddhalainen temppeli Hōryū-ji oli todennäköisesti vaikuttava ilmestys mataliin rakennuksiin tottuneille japanilaisille, ja toi ihailua uutta uskontoa kohtaan.
Buddhalaisuuden saapuminen Japaniin on ajoitettu perinteisesti vuosille 538 tai 552, mutta se oli levinnyt japanilaisten keskuudessa todennäköisesti jo aikaisemmin. Alkanutta aikakautta vuoteen 710 saakka kutsutaan usein Asuka-kaudeksi. Se on saanut nimensä Asukan alueesta nykyisen Naran eteläpuolella, josta Yamato-hovi hallitsi.
Kysymys buddhalaisuudesta aiheutti valtataistelun hovin sisälle. Voitolle pääsi uutta uskontoa kannattanut Soga-klaani, joka näki kiinalaistyyppisen hallinnon ja buddhalaisuuden keinoina vahvistaa omaa valtaansa. Klaani hallitsikin käytännössä Japania vuosina 587–645. Uutta hallintoa ryhdyttiin toteuttamaan 600-luvun vaihteessa valtionhoitaja Shōtoku Taishin johdolla. Ensimmäiset merkittävät uudistukset olivat vuonna 603 käyttöön otettu hovin arvoasteikko ja vuoden 604 seitsemäntoistakohtainen ”perustuslaki”, joka asetti ensimmäistä kertaa ideaalit valtionhallinnolle ja ihmisten välisille suhteille. Ulkopolitiikassa Shōtoku avasi suhteet Kiinan Sui-dynastiaan. Seuraavan kahden vuosisadan aikana Kiinaan lähetettiin lukuisia edustustoja, jotka saattoivat koostua useasta sadasta hengestä ja joilla oli suuri vaikutus kiinalaisen korkeakulttuurin tuomisessa Japaniin. Kiinalaisen kulttuurin omaksuminen ja hallinnon uudistaminen nähtiin myöhemmin myös keinona suojautua vahvistuneelta Tang-dynastialta.
Shōtokun kuoleman jälkeen vuonna 622 hovi joutui jälleen valtataistelun kouriin. Vuoden 645 vallankaappauksessa uudistusmieliset prinssi Naka no Ōe ja Nakatomi no Kamatari hävittivät Soga-klaanin. Heidän aloittamissaan Taika-uudistuksissa ryhdyttiin luomaan keskusvaltiota, jota keisari johti absoluuttisena monarkkina, ja otettiin käyttöön kiinalaistyyppinen aikakausimerkintä. Yksityinen maanomistus lakkautettiin, ja maa jaettiin kaikkien tietyn iän saavuttaneiden kesken vastineeksi keskushallinnolle maksetuista veroista. Käytännössä maauudistus oli kuitenkin lähinnä kosmeettinen, sillä Japani ei ollut valmis vuosisatojen kuluessa kehittyneeseen kiinalaiseen maanjakojärjestelmään. Uudistukset toteutettiin vähitellen vuosisadan loppupuolen aikana. Ne koottiin säädöskokoelmiksi, jotka toimivat perustana ritsuryō-hallintojärjestelmälle. Se oli Kiinasta omaksuttu järjestelmä, joka määritteli selkeän hallintokoneiston ja verotuskäytännön, ja jakoi kansan kahteen pääryhmään, vapaaseen väestöön ja orjiin, joista jälkimmäiset muodostivat kuitenkin alle kymmenesosan väestöstä.
Nara-kausi
thumb|220px|Tōdai-jin suuri vuonna 749 valmistunut Buddha oli aikansa suurin teknologinen saavutus. Veistos on 16 metriä korkea ja painaa noin 560 tonnia.