Prags historie afspejler byens placering som et knudepunkt i midten af Europa, der har været influeret af politiske, religiøse og kulturelle strømninger fra mange områder gennem tiden. Byen har i nogle perioder været blandt de mest betydningsfulde i Europa og blandt andet fungeret som hovedstad i det store tysk-romerske rige.
Forhistorie Det område, hvorpå Prag ligger, har været beboet siden ældste stenalder. For flere tusinde år siden var der handelsruter, der forbandt Europas sydlige og nordlige egne, og som passerede området langs floden. Fra omkring 500 f.Kr. blev den keltiske stamme boierne de første, der bosatte sig, og som man kender navnet på. Boierne har lagt navn til regionen Bøhmen. Den germanske stamme markomannierne flyttede til Bøhmen med kong Maroboduus i år 9. På samme tid flyttede nogle af kelterne sydpå, mens de, der blev tilbage, blev blandet med markomannierne. I 568 flyttede de fleste af markomannierne sydpå sammen med lombarderne, en anden germansk stamme. De resterende markomannier blandede sig med tilkommende vestslaver. Den byzantinske historiker Prokopius nævner tilstedeværelsen af slaviske folk i disse områder i 512. Den tjekkisk-slaviske stamme kom til Bøhmen i begyndelsen af det 7. århundrede, og legenden tilsiger, at forfader Čech blev grundlæggeren af den tjekkiske nation.
Ifølge legenderne var det en prinsesse Libuše, der som anfører for den tjekkiske stamme, giftede sig med en simpel bondemand ved navn Přemysl og grundlagde et kongeligt dynasti på slottet Libusin. Arkæologiske fund stammende fra det 7. århundrede støtter teorien om slottets beliggenhed. Libuše var ifølge legenden synsk, og blandt andet forudså hun Prags storhed.
Middelalderen I perioden fra omkring 900 til 1306 havde Přemysl-dynastiet kontrollen over det meste af Bøhmen. Den første bøhmiske hersker, som anerkendes af historikerne, var den tjekkiske prins Bořivoj 1., som var ved magten i anden halvdel af det 9. århundrede. Han og hustruen Ludmila (der blev kåret som Bøhmens skytshelgen efter sin død) blev døbt af Metoděj, der sammen med sin bror Cyril bragte kristendommen til Mähren i 863. Bořivoj flyttede fra det forskansede samfund Levý Hradec til et sted kaldet Praha. Det blev også kaldt Prag borgområde og senere Prags borg. Siden Bořivojs regeringstid har denne været hjemsted for de tjekkiske regenter.
thumb|200px|right|Statue af Václav den Hellige Bořivojs barnebarn, Václav den Hellige, skabte et godt forhold til de saksiske regenter i det tyske rige, og han ønskede, at Bøhmen skulle være en ligeværdig del heraf. Denne orientering mod sakserne deltes ikke af Václavs bror, Boleslav 1., og det var den uenighed, der lå bag mordet på Václav i 929. Han blev begravet i den rundkirke, Sankt Veits, han selv havde ladet opføre (en forløber for den nuværende katedral). Nogle år senere blev Václav helgenkåret, og han er siden blevet Bøhmens skytshelgen. I 962 skiftede Boleslav mening, og han fik Bøhmen med i det nyligt fastlagte tysk-romerske rige, da Otto den Store blev kejser.
I starten af det 10. århundrede havde området omkring Prags borg udviklet sig til et vigtigt handelsknudepunkt, hvor købmænd fra det meste af Europa mødtes. I 965 skrev den jødiske købmand og rejsende Ibrahim Ibn Ya'qub: "Prag er bygget af granit og limsten, og den har den største markedsplads. Slaver er i det store og hele modige folk... De bor på de landområder, der er mest frugtbare og har rigelige forsyninger af fødevarer."
I 973 blev et bispedømme grundlagt i Bøhmen med biskoppens slot placeret inden for Prags borg. Den første tjekkiske biskop var Adalbert, der blev tjekkisk, polsk og ungarsk skytshelgen efter hans helgenkåring i 999.
I nærheden af den romanske befæstede bebyggelse i Prag blev der i det 11. århundrede opført endnu en romansk befæstet bebyggelse på modsatte side af Vltava på Vyšehrad. Under prins (senere kong) Vratislav's regeringstid blev Vyšehrad i en periode hjemsted for de tjekkiske regenter.
I 1158 blev Vladislav 1. konge af Bøhmen, og en række klostre og kirker blev opført i hans regeringsperiode. Strahov-klosteret, opført i romansk stil, blev grundlagt i 1142, og den første bro over Vltava, Judithbroen, blev opført i 1170 (den brød sammen i 1342 og Karlsbroen erstattede den i 1357).
Skønt et par herskere tidligere havde taget kongetitlen var det først fra 1212, at Bøhmen blev et kongerige med Ottokar 1. af Bøhmen som konge. Titlen blev givet ham af den tyske Frederik 2., som Ottokar havde støttet, og magten blev legaliseret af dokumentet med titlen "Den gyldne bulle fra Sicilien". Under Ottokars regeringsperiode startede en fredelig kolonisering. Tyske kolonister blev inviteret til at komme til både Bøhmen og Mähren, og i flere århundreder gav de to befolkningsgrupper ikke anledning til problemer – det var før nationalismen blev en magtfaktor.
I det 13. århundrede begyndte byerne at vokse, og tre bebyggelser omkring Prags borg fik byprivilegier. Bebyggelsen neden for borgen blev i 1257 til den Nye By (senere kaldet Lillesiden, Malá Strana), og byen Hradčany med centrum i torvet lige uden for Prags borg daterer sig tilbage til 1320. På den modsatte side af Vltava fik den Gamle By (Staré Město) byprivilegium tilbage i 1230.
Ottokar 2. af Bøhmen var i den periode den mest magtfulde konge inden for det tysk-romerske rige, og han kendtes som kongen af jern og guld. Han regerede i syv andre lande, og hans regeringsområde strakte sig fra Silesien til Adriaterhavet.
Přemysl-dynastiet sad på magten til 1306, hvorefter der ikke var mandlige arvinger. I stedet overtog Luxembourg-dynastiet, da Eliška, søster til den sidste Přemysl-konge, giftede sig med Johan af Luxembourg.
Renæssancen thumb|150px|right|Statue af Karl 4. Byen blomstrede i det 14. århundrede under Karl 4., der tilhørte Luxembourg-dynastiet. Karl var ældste søn af den tjekkiske prinsesse Eliska Premyslovna og Johan af Luxembourg. Han blev som 30-årig bøhmisk konge ved sin fars død i 1346. Som følge af Karls indsats blev bispedømmet Prag hævet til ærkebispedømme i 1344, og 7. april 1348 grundlagde han det første universitet i Central-, Nord- og Østeuropa, i dag kaldet Karlsuniversitetet. Samme år grundlagde han Den Nye By (Nové Město) ved siden af Den Gamle By. Karl renoverede også Prags borg og Vyšehrad, og en ny bro blev anlagt, nu kaldet Karlsbroen. Ligeledes indledtes byggeriet af Sankt Veits katedralen sammen med flere andre kirker. I 1355 blev Karl kronet som kejser for det tysk-romerske rige i Rom, og Prag blev nu dette riges hovedstad. Det var Karls ambition at gøre byen til en af de smukkeste i verden. Planen var at gøre byen til den centrale i kejserriget med Prags borg som det centrale område i byen og den statelige gotiske katedral som endnu mere prægnant end borgen. Alt blev opført i gotisk stil og pyntet i en særlig kunstnerisk stil kaldet den bøhmiske skole.
Karls resultater og planer faldt mere eller mindre sammen under hans søn og efterfølger, den svage kong Václav 4.. Det var under denne konges regering, at prædikanten Jan Hus, der også var rektor for universitetet, afholdt sine ceremonier i Prag i Bethlehemkapellet, hvorunder han talte tjekkisk for at udbrede sine ideer om en reformation af kirken meste muligt. Med henrettelsen af Hus i 1415 i Konstanz i Tyskland indledtes hussitterkrigene (efter en episode, hvor oprørere under ledelse af præsten Jan Želivský smed Prags byråd ud af vinduet i det nye rådhus). Kong Václav døde kort efter, og hans yngre stedbror, Sigismund af Luxembourg, skulle efterfølge ham. Men det var hussitterne ikke interesseret i, da det var Sigismund, der havde overtalt Hus til at komme til Konstanz for at forsvare sig mod anklagerne om kætteri. Sigismund drog derfor ind i Prag med 30.000 korsfarere med den hensigt at indtage byen og tronen.
En bondehær under ledelse af den berømte general Jan Žižka besejrede i samarbejde med hussitterne Sigismund i slaget ved Vítkov i 1420. Flere forsøg på at bemægtige sig byen og tronen endte ligeledes forgæves, men da Žižka døde, opstod der uenighed blandt hussitterne, og de blev splittet i flere grupperinger. De mest radikale af disse blev endegyldigt besejret i slaget ved Lipany i 1434, mens de mere moderate hussitter forsonede sig med de tjekkiske katolikker, hvorpå Sigismund omsider kunne blive bøhmisk konge.
Næste gyldne periode for Prag indtraf i anden halvdel af det 16. århundrede, da Rudolf 2. blev tysk-romersk kejser og bøhmisk konge i 1576. På det tidspunkt blev Prag igen det kulturelle centrum i kejserriget. Rudolf havde rødder i såvel den gamle tjekkiske kongeslægt som i den spanske. Han var en dygtig mand, men temmelig ekscentrisk og med depressive tendenser. Han brugte meget tid på Prags borg med sit hof af astrologer, magikere og andre besynderlige personer. Men samtidig samlede han videnskabsmænd og kunstnere fra det meste af Europa, herunder Tycho Brahe, Johannes Kepler, Giuseppe Arcimboldo og flere andre. I 1609 udstedte Rudolf foranlediget af protestantiske ledere et kejserligt dekret, der gav en stor religiøs frihed, som var enestående på tiden i Europa. Mange tyske protestanter immigrerede derpå til Bøhmen.
thumb|200px|right|Katolske ledere kastes ud af vinduet fra rådhuset 1618 Nogle år senere brød modsætningerne mellem katolikker og protestanter imidlertid ud i lys lue, og de katolske ledere i byen blev kastet ud af rådhusets vinduer 23. maj 1618. De overlevede, men den politiske magt blev overtaget af protestanterne. Hændelserne blev startskuddet til trediveårskrigen. Imidlertid havde protestanterne ikke opbakning nok, og da katolikkerne fik støtte fra en række katolske stater, sejrede de og genindtog magten i byen. De henrettede 27 protestantiske ledere på det gamle torv (Staroměstské náměstí), og de fleste protestanter flygtede. Kejser Ferdinand 2. flyttede nu sit hof til Wien, og en nedgangsperiode for byen fulgte, hvorunder befolkningstallet blev reduceret til en tredjedel i forhold til tiden lige før krigens begyndelse.
Prags jødiske bydel Det 17. århundrede betragtes som det jødiske Prags gyldne år. Det jødiske samfund i byen udgjorde omkring 15.000 mennesker, hvilket svarede til omkring 30% af den samlede befolkning. Dermed havde byen det største ashkenaziske samfund i verden og det næststørste jødiske samfund i Europa efter Thessaloniki. I årene 1597-1609 fungerede mystikeren Judah Lõw ben Bezalel som overrabbiner i Prag. Han betragtes som den største jødiske filosoffer i Prags historie, og hans gravsted på starý židovský hřbitov (den gamle jødiske kirkegård) har været et yndet valfartssted.
I 1745 udviste Maria Theresia af Østrig jøderne fra Prag på grund af påstået samarbejde med den preussiske hær. Det var et voldsomt slag mod det blomstrende jødiske samfund. Dronningen gav dog jøderne lov til at vende tilbage i 1748. I 1848 blev portene til den jødiske ghetto åbnet, og kvarteret, der var blevet omdøbt til Josefov i 1850 blev revet ned ved overgangen til det 20. århundrede.
Det 18. og 19. århundrede I 1689 hærgede en voldsom brand Prag, og det blev anledning til en fornyelse og genopbygning af byen. Den økonomiske fremgang fortsatte i det følgende århundrede, og byen nåede i 1771 op på 80.000 indbyggere. Mange af disse var velhavende købmænd, der sammen med adelen berigede byen med en række paladser, kirker og parker skabt i en barokstil, som blev berømt over hele verden. I 1784 under Josef 2. blev de fire byområder, Malá Strana, Nové Město, Staré Město og Hradčany, samlet til en enhed. Det jødiske kvarter, Josefov, blev først indlemmet i 1850. Den industrielle revolution mærkedes tydeligt i Prag, hvor fabrikkerne kunne drage fordel af de nærtliggende kulminer og jernværker. Den første forstad, Karlín, blev grundlagt i 1817, og tyve år senere var befolkningen på over 100.000. Den første jernbaneforbindelse blev anlagt i 1842.
thumb|200px|right|Barrikader ved revolutionen i 1848