Danmarks historie (1536-1660) indrammes af to begivenheder, der fik stor betydning for det senere forløb af Danmarks historie. I 1536 gennemførtes reformationen i kølvandet på valget af Christian 3. som efterfølger til Frederik 1., og dermed skiftede landet til den religion, der stadig står som landets officielle. I perioden var Danmark en del af riget Danmark-Norge.
Mod periodens slutning var Danmark involveret i en række krige, der kulminerede med, at svenskerne besatte store dele af landet. Efter at landet, mod afgivelse af Skånelandene og Bornholm, igen var blevet frit, gennemførte Frederik 3. et statskup, der betød indførelse af enevælden. Denne styreform holdt sig i næsten to hundrede år.
I den mellemliggende periode var landet formelt styret af kongen, men et rigsråd bestående af en række medlemmer af adelen havde via kongens håndfæstning stor – til tider afgørende – indflydelse på politikken og beslutningerne. Landet nød godt af gunstige økonomiske vilkår, men de betydelige midler blev i stor udstrækning brugt til at finansiere Danmarks deltagelse i en række store europæiske krige. Der blev dog også mulighed for at virkeliggøre en række af især Christian 4.'s drømme med omfattende byggerier i København.
Reformationen
Den 6. august 1536 holdt Christian 3. sit indtog i København, efter Grevens Fejde var forbi med Københavns kapitulation. Seks dage senere gennemførte han et statskup. De tre bisper, som opholdt sig i København, blev arresteret, og de resterende blev ligeledes sat bag lås og slå. Den officielle begrundelse var deres tøven med at vælge Christian til konge og for på andre måder at have optrådt forbryderisk. Den egentlige grund var dog, at Christian 3. ville slå to fluer med et smæk: gennemtrumfe en luthersk reformation og konfiskere bispegodset, hvis indtægter bl.a. skulle dække udgifterne til den netop afsluttede borgerkrig.
Et stændermøde i oktober 1536, hvor den menige adel, repræsentanter for de 81 købstæder og tre bønder fra hvert herred var til stede, udarbejdede en håndfæstning og en rigslov. Danmark skulle fortsat være et valgkongedømme, og rigsrådet skulle vælge kongen. Christian fik allerede her valgt sin to-årige søn Frederik til tronfølger.
Kongen skulle have en hofmester, kansler og marsk, der alle automatisk blev medlemmer af rigsrådet. Skattebevillingerne tilfaldt rigsrådet, og habeas corpus-reglen, om at ingen kan fængsles uden dom, med mindre han gribes på fersk gerning, skulle kun gælde adelige. Desuden sikrede adelen sig, at de og bønderne måtte handle med hvem de ville, og at borgere og bønder ikke kunne købe eller pantsætte adelgods. Kongen måtte heller ikke blande sig i adelens indre anliggender, og adelen bevarede hals- og håndsret over deres bønder. Bispetiende skulle tilfalde kongen, og adelen blev fri for at betale den.
På stændermødet blev Norge gjort til en del af kongeriget. Det norske rigsråd, der havde hyldet Christian 2., blev afskaffet.
Forholdene for den nye lutherske-evangeliske kirke blev ordnet i kirkeordinansen, der blev godkendt af selveste Martin Luther. Den vendte sig mod helgendyrkelse, fastedage, sjælemesser, cølibat og alt andet katolsk og gik ind for forkyndelse på dansk.
thumb|left|Gustav Vasa og Christian 3. mødes på Brömsebro Efter, at Christian i 1536 havde sikret sin søns valg som tronfølger, ville han sikre sig imod Christian 2.'s arvinger, døtrene Dorothea og Christine. De kunne som børn af kejser Karl 5.s søster få støtte af kejseren. Derfor indgik Christian 3. i en nordtysk alliance af protestantiske fyrster og byer. Desuden indgik han ved Brömsebro en 50-årig militæralliance med Sverige, der lovede gensidig hjælp mod indre og ydre fjender, og at tvistemål imellem de to riger skulle afgøres ved voldgift. Danmark indgik også i et forsvarsforbund med Frankrig. Da Frankrig blev angrebet af Karl 5., blev Danmark trukket ind i krigen og dermed også mod Nederlandene. Danmark spærrede Øresund for nederlandske skibe og indledte et mislykket angreb på den nederlandske ø Walcheren. Året efter sluttede Danmark fred med kejseren i Speyer. Nederlandene fik fri handelsret i Danmark, og Danmark-Norge opgav forbundet med Frankrig. Til gengæld lovede kejseren fremover ikke at støtte Christian 2.'s arvinger. Senere samme år delte Christian 3. hertugdømmerne med sine halvbrødre, Hans, som ikke efterlod sig arvinger, og Adolf, der blev stamfader til den gottorpske hertuglinje.
Kampen om Østersøen Den Nordiske Syvårskrig
1. januar 1559 døde Christian 3., og 24 dage senere, 25. januar, døde hans fætter Christian 2., der i 1549 var blevet flyttet fra sit fængsel på Nyborg Slot til Kalundborg Slot, hvor han havde haft større bevægelsesfrihed.
Frederik 2. underskrev en håndfæstning meget lig faderens, men denne gang blev der ikke valgt en tronfølger. Rigsrådet ville overtage styret efter kongens død, og kongen skulle stå til regnskab for rigsrådet i tilfælde af klager over hans styre.
Frederik 2. deltog som hertug i hertugdømmerne med sine farbrødre, hertug Hans og Adolf, i erobringen af Ditmarsken. Samtidig overdrog han i 1560 den estiske ø Øsel til sin bror Magnus for at undgå en yderligere opdeling af hertugdømmerne. Magnus søgte at erobre Estland, men blev slået tilbage af russerne, der var ved at kæmpe sig vej ud til Østersøen. Tallinn søgte beskyttelse mod russerne hos den svenske kong Erik 14.. Han tilbød Magnus at blive Eriks vasal for 20.000 daler. Da Magnus takkede nej, indførte Erik 14. et forbud mod al handel med russiske varer på kystbyen Narva. Handelen skulle gå over den finske by Vyborg og Tallinn, som den svenske konge kontrollerede. Danmark ville ikke finde sig i, at svenskerne sad på handelen i Den Finske Bugt og indkaldte til et møde mellem de to lande i København.
Under forhandlingerne mødte den svenske diplomat op med Erik 14.'s nye våbenskjold, som nu førte de danske løver og den norske løve. Omvendt indeholdt Frederik 2.'s våben tre kroner, som hans far havde indført i 1550'erne under svenske protester. Mødet løste intet, og begge lande indførte en større beskatning for at have penge til den krig, som var rykket nærmere efter propagandakrigen med våbenskjoldene i København. Den 30. maj 1563 ramte et dansk varselsskud ved et uheld det svenske admiralskib ud for Bornholm. De nitten svenske skibe gik i kamp mod de ni danske, og svenskerne erobrede tre skibe med ca. 500 mands besætning.
Danmark indgik nu en alliance med Lübeck i juni, og i oktober sluttedes yderligere forbund med Polen. Inden var de danske og lybske fejdebreve (krigserklæringer) blevet afleveret i Stockholm 31. juli: Den Nordiske Syvårskrig var startet. thumb|left|Elfsborg erobres af Frederik 2. Danmark sendte omkring 25.000 mand mod Sverige og den svenske fæstning Elfsborg overgav sig allerede 4. september. Erik 14. indledte herefter et angreb mod Halland, men blev slået tilbage. Skønt den dansk-lybske flåde havde herredømmet i krigens første år, formåede den aldrig at spille en afgørende rolle og havde ingen indflydelse på landkrigen, hvor begge parter udførte massakrer på hinandens byer.
Danmark led hurtigt under den resultatløse krig på grund af store krigsskatter og tvangsudskrivning af bønder til krigstjeneste. Efter en stilstand i krigshandlingerne kom krigen i gang igen i oktober 1565, og den svenske flåde begyndte nu at få overtaget. En dansk blokade af Øresund medførte kun, at Nederlandene, England, Spanien og de ellers neutrale hansestæder blev fjendtligt stemt over for Danmark. I juli 1566 gjorde en storm ud for Gotlands kyst det af med størstedelen af den danske flåde, og 4.000 af de 6.000 ombordværende omkom.
I 1568 blev Erik 14. afsat af sine brødre Johan og Karl. Johan blev senere valgt som konge under navnet Johan 3. Johan søgte om våbenstilstand med Danmark, og under fredsforhandlingerne i Roskilde gik de svenske forhandlere med til at betale en krigsskadeerstatning til Danmark. Johan fik i 1569 stænderforsamlingen til at forkaste forslaget, og krigen forsatte. Det danske rigsråd ønskede at afslutte krigen, inden den bragte landet i knæ, men Frederik 2. fik 1. januar 1570 ved at true med abdikation rigsrådet til at indkalde til stændermøde for at udskrive nye skatter. 26. februar fik kongen det, han forlangte. Den 15. juli indkaldte den tyske kejser til et fredsmøde i Stettin. 13. december 1570 blev freden i Stettin sluttet, og den betød reelt status quo, idet Danmark dog skulle beholde Elfsborg, indtil Sverige havde betalt en krigsskadeserstatning på 150.000 daler.
I resten af Frederik 2.'s regeringstid herskede der fred i Danmark, og trods de fortsat høje skatter, der skulle fylde den tomme statskasse, gik det landet godt. Kongen begyndte i 1576 at udstede såkaldte luksusforordninger. Det blev bl.a. forbudt adelen at afholde overdådige begravelser, der i pragt oversteg kongebegravelser, og adelens fruer måtte ikke smykke sig så meget, at de kunne forveksles med fyrstinder.
Christian 4.
thumb|Christian d. 4.’s kroning 1596 Da Frederik 2. døde i 1588, var den i 1580 valgte tronfølger Christian 4. kun elleve år gammel. Da han hverken kunne regere eller underskrive den håndfæstning, som hans far havde givet tilsagn om, indsatte rigsrådet i stedet en formynderregering bestående af fire rigsråder. Enkedronningen blev sat udenfor indflydelse og fik udelukkende lov at fungere som familiens overhoved.
I 1595 besluttede en herredag at krone Christian til konge det følgende år, og kroningen, som fandt sted i august 1596, blev en af de mest overdådige af slagsen. Kongen underskrev en håndfæstning, som var en tro kopi af faderens. Året efter sin kroning blev Christian 4. gift med Anna Cathrine af Brandenburg.
Christian 4. huskes nok først og fremmest for sine bygningsværker, såsom Rundetårn, Holmens Kirke, Nyboder og Børsen samt for oprettelsen af bydelen Christianshavn. Kongen var selv meget velhavende: Øresundstolden gik direkte i hans kasse, og desuden modtog Christian 4. i 1629 10 tønder guld som krigsskadeerstatning. I sidste instans kunne han låne penge hos sin mor, der med stor succes drev godsområdet for Nykøbing Slot.
Store planer
Med en god personlig økonomi havde Christian 4. et godt udgangspunkt for at føre en aktiv erhvervspolitik. Hans første træk kom i 1613, da han fratog alle håndværkerlavene deres skråer (vedtægter). Problemet med lavene var bl.a., at de skruede priserne i vejret og lagde hindringer i vejen for nye mestre. 1621 kom så en ny forordning for lavene: Den bestemte fortsat lærlinge- og svendetidens længde, men måtte ikke kræve mesterstykke og dyrt gæstebud, hvis en svend ville slå sig ned som mester. Mestrene måtte heller ikke holde fremmede mestre, der søgte optagelse i lavene, ude og måtte ikke aftale priser indbyrdes.
Christian 4. drømte om at starte en dansk tekstilindustri. I 1605 indrettede han Tugt- og børnehuset, hvor straffefanger, omstrejfere og forældreløse børn blev sat til at lave klæder. Efter en lukning i 1619 grundet en pestepidemi blev de to afdelinger opdelt, og børnehuset blev en decideret håndværkerskole. Desværre var det meget svært at få afsat klædet, og størstedelen endte i kongens klædekammer. I 1620 inviterede kongen silkehåndværkere fra bl.a. Nederlandene til København for at grundlægge et silkemanufaktur. Projektet blev slået stort op, men løb hurtigt ind i problemer, da råsilke skulle importeres og var meget dyr og markedet for silkevarer var meget lille. På trods af indførelse af toldfrihed på råsilke og forbud mod import af udenlandsk silke blev Silkeværket i Silkegade en fiasko, og i 1624 solgte kongen det til to hollændere, der heller ikke kunne få det til at løbe rundt. Foretagendet måtte lukke ned i 1626.
Handel havde kongens store interesse, og han gav bl.a. købmænd fra Malmø, København og Helsingør eneret til handel på Island i perioden 1602–14. Monopolet blev efter en fornyelse i 1619 senere udvidet til også at omfatte Grønland og Færøerne. Det blev nu varetaget af et københavnsk aktieselskab.