Opatství Saint-Victor de Marseille založil v 5. století svatý Jan Kassián v blízkosti hrobů marseillských mučedníků, mezi nimiž byl i svatý Viktor z Marseille († 303 nebo 304), po němž nese klášter své jméno. Opatství získalo značný význam na přelomu prvního tisíciletí díky svému vlivu v celém regionu Provence. Jeden z jeho opatů, Guillaume de Grimoard, byl v roce 1362 zvolen papežem pod jménem Urban V.. Od 15. století však začalo opatství nezvratně upadat.

Již více než 1500 let je Saint-Victor jedním z hlavních center katolicismu na jihu Francie. Přestože byl klášter během Francouzské revoluce zrušen, jeho kostel slouží k bohoslužebným účelům dodnes.

V roce 1968 nechal starosta Marseille Gaston Defferre přemístit do krypt opatství bohatou sbírku sarkofágů z konce 4. až první poloviny 5. století, které byly v kostele dříve uloženy. Tyto sarkofágy byly předtím vystaveny v muzeu na zámku Borély. Díky tomuto přesunu se opatství Saint-Victor stalo po Arles nejvýznamnějším muzeem křesťanského umění prvního tisíciletí v Provence.

Od roku 1840 je opatství zapsáno na seznamu historických památek francouzského ministerstva kultury.

V roce 1934 povýšil papež Pius XI. klášterní kostel na basiliku minor.

Historie opatství První křesťanská sídla Lokalita řeckého a římského pohřebiště Opatství je postaveno na místě bývalého lomu, který byl využíván v helénistickém období. Otevřená galerie dosahovala své největší hloubky přímo pod dnešní kaplí svatého Ondřeje (Saint-André), která se nachází v kryptě opatství pod Isarnovou věží, kde je dnes hlavní vstup.Fixot 2004, s. 31

Toto místo později v řecké a římské době sloužilo jako rozsáhlé pohřebiště a stalo se třetím největším místem pro pohřbívání ve městě, situovaným na jižním břehu Starého přístavu (Vieux-Port). Název ulice rue Sainte dodnes uchovává vzpomínku na toto osídlení.Duchêne 1998, s. 105 Pozůstatky byly objeveny nejen pod opatstvím a v jeho okolí, ale také v blízkosti loděnice (bassin de carénage) a při stavbě tunelu Prado-Carénage.

Známky křesťanského kultu ve 4. století

Na místě této rozlehlé nekropole byla založena raně křesťanská stavba, částečně vytesaná do skály, která mohla sloužit jako místo odpočinku pro těla mučedníků.

Podle Řehoře z Tours sahají počátky křesťanské misie v Galii do poloviny 3. století. Nejnovější historické výzkumy potvrzují aktivní přítomnost křesťanů v Marseille od 4. století, zatímco zmínky o příchodu svaté Marie Magdaleny, svatého Lazara nebo mučedníků z 1. a 2. století řadí mezi legendy.Duchêne 1998, s. 100

Sbírka kamenných artefaktů v bývalé sakristii krypty Saint-Victor obsahuje mramorovou desku nalezenou v roce 1839,Seinturier 1994, s. 35 na níž je slavný nápis (na obou stranách neúplný). Tento nápis je již mnoho let předmětem sporů, neboť podle interpretace může dokazovat starobylost marseillského martyrologia (seznamu mučedníků).

Existují dvě hypotézy založené na doplnění chybějícího textu: Křesťanská hypotéza: Podle některých jde o nápis připomínající mučednickou smrt Volusiana a Fortunata, kteří zahynuli v plamenech během Deciova pronásledování v polovině 3. století. Symbol kotvy, který se na desce nachází, byl jedním ze znaků raných křesťanů a použité formulace údajně nepřipouštějí pochybnosti. Světská hypotéza: Moderní historici se přiklánějí k názoru, že jde o nápis připomínající památku dvou námořníků, kteří zahynuli při ztroskotání lodi.

Právě na tomto raně křesťanském hřbitově mohl být pohřben svatý Viktor. Tato postava, stejně slavná jako málo známá, byl údajně křesťanský důstojník popravený kolem roku 290 na příkaz císaře Maximiana.Seinturier 1994, s. 35 Někteří badatelé posouvají datum jeho mučednictví na 21. července roku 303 nebo 304.

První stavby z 5. století Marseillská církev se začala formovat na samém počátku 4. století, o čemž svědčí přítomnost marseillského biskupa Oresia na koncilu v Arles v roce 314. Jeden z jeho nástupců, Proculus (380–430), nechal vybudovat stavbu tvořenou dnešní kaplí Notre-Dame-de-la-Confession a atriem. Tato stavba byla v 11. století přeměněna na kryptu vybudováním současného horního opatství. Celková osa této původní konstrukce vede severojižním směrem, je tedy kolmá k orientaci východ-západ dnešního kostela.

Rekonstrukci této raně křesťanské památky navrhl archeolog Michel Fixot.Fixot 2004, s. 64 Proculus se tímto způsobem snažil potvrdit výsadní roli Marseille vůči Arles, které bylo tehdy hlavním náboženským centrem provincie Viennensis v Burgundském vévodství. Tato náboženská a politická rivalita mezi Marseille a Arles poznamenala dějiny Saint-Victor až do 15. století, kdy byla Provence po smrti neapolského krále Reného začleněna do Francouzského království.

Podle tradice klášter založil svatý Jan Kassián. Po dlouhém pobytu mezi poustevnickými mnichy v Egyptě se roku 416 vylodil v Marseille. Pravděpodobně ho sem přivedl Lazar, biskup z Aix, s nímž se setkal o rok dříve v Palestině na koncilu v Diospolis. Kassián zůstal v Marseille až do své smrti (mezi lety 433 a 435). Shromáždil kolem sebe učedníky a sepsal významná díla, která sloužila jako pravidla života a základ pro úvahy těm, které lákalo mnišství. Jde zejména o spisy De institutis coenobiorum (O pravidlech cenobitů) a Collationes (Rozhovory s otci). Jeho díla měla obrovský ohlas a svým žákům je doporučoval i sám svatý Benedikt.

Ačkoli Jan Kassián nebyl prvním zakladatelem klášterů v Galii – protože Honoratus z Arles založil klášter v Lérins kolem roku 410 a svatý Martin působil na severu (klášter Saint-Martin de Ligugé u Poitiers v roce 361 nebo klášter Marmoutier de Tours v roce 372) – byl prvním, kdo kláštery umístil do městského prostředí.

V Marseille údajně založil dva kláštery: jeden pro ženy, opatství svatého Spasitele (Saint-Sauveur), které se nacházelo jižně od dnešního náměstí place de Lenche, a druhý pro muže jižně od Starého přístavu, opatství svatého Viktora (Saint-Victor). Někteří historici namítají, že přesné umístění těchto původních staveb není známo; jejich existence je sice možná, ale nikoliv nezvratně prokázaná. Co je však jisté, je existence poutní budovy na místě dnešního Saint-Victor již v 5. století.

Díky svému městskému charakteru a viditelnosti se tyto kláštery rychle staly významnými a prestižními vzdělávacími centry, která v 5. století výrazně přispěla k duchovnímu věhlasu Marseille. Zdejší teologické postoje, inspirované semipelagianismem, pomohly zformovat skutečnou „marseillskou kněžskou školu“ a podnítily četné debaty.Duchêne 1998, s. 109 Duchovní bohatství města a ohlas těchto diskusí (které po Kassiánovi pokračovaly u Salviana z Marseille) se rozvíjely v srdci sídla, které vzkvétalo i v dobách barbarských vpádů po celé 6. století.

Úpadek a opuštění (8. století – polovina 10. století) Po tomto zářivém období vstoupila marseillská církev do éry turbulencí. Po dvě třetiny 6. století nelze doložit jméno žádného biskupa. Po biskupovi Petrovi, doloženém na počátku 7. století, ze záznamů na století a půl mizí jakákoli jména, což je důkazem všeobecného chaosu, který dopadl i na opatství Saint-Victor.Seinturier 1994, s. 115

Navíc od 7. století do poloviny 10. století přestal mít klášter Saint-Victor svůj vlastní život, a tudíž i dějiny. Jelikož se marseillský biskup usídlil přímo v Saint-Victor, post opata již nebyl zapotřebí. Opatství navíc ztratilo vlastní majetek; jeho hospodaření (mensa) a hospodaření biskupského kostela splynulo v jedno a bylo spravováno marseillskými preláty.

S 8. stoletím začíná pohnutá doba spojená zejména s arabsko-muslimskou invazí. V roce 736 dobyl Marseille Karel Martel poté, co se vévoda Maurontus spojil se Saracény, aby si uchoval autonomii.Seinturier 1994, s. 123 Během karolinského období zůstalo opatství pod správou biskupů, kteří v průběhu 9. století získali pro Saint-Victor několik královských výsad. Středomořské regiony, které tak dlouho nesly pochodeň antické kultury, v této době nevratně upadly. V roce 838 vyplenila město saracénská flota (pravděpodobně ze Španělska) a odvlekla do zajetí duchovní i jeptišky. Opatství Saint-Victor bylo zničeno. V roce 848 město zpustošili pro změnu řečtí piráti. Po tomto období představovalo jediné účinné útočiště opevněné sídlo zvané Château Babon. V roce 923 Saracéni, kteří se vylodili v masivu Maures, nedokázali tuto citadelu dobýt, ale opětovně zdevastovali opatství Saint-Victor. Marseillský biskup město opustil a uchýlil se do Arles.

Toto dlouhé období nepokojů a opuštění klášterů skončilo, až když Vilém I. Provensálský, zvaný „Osvoboditel“, definitivně porazil Saracény u La Garde-Freinet v roce 972. Do Provence se vrátil mír.

Saint Victor, provensálská mocnost Zlatý věk kláštera (950–1150)

Na konci tohoto období se život v Marseille organizoval mezi třemi stabilními mocnostmi: marseillskými vikomty, biskupem a opatem od svatého Viktora. V roce 976 biskup Honoratus z Marseille opustil klášter a zformovala se nová mnišská komunita.Duchêne 1998, s. 132 Datum vydání listiny marseillského biskupa Honorata, kterou se v opatství Saint-Victor zavádí řehole svatého Benedikta, bylo předmětem dlouhých sporů. Podle otce Paula Amargiera je správným datem 31. říjen 977.AMARGIER, Paul. Un âge d'or du monachisme: Saint-Victor de Marseille (990–1090). Marseille: Tacussel, 1990. S. 18. Tato řehole s sebou nese nastolení svobody (libertas) na všech úrovních, soudní i hospodářské.

V roce 1005, dříve než opustil svůj úřad a předal jej svému synovci Ponsovi I., Honorát oddělil biskupské a opatské majetky (menses). Mniši si poté zvolili za opata Guifreda, který již dříve vedl komunitu v opatství Psalmodie v departementu Gard.Duchêne 1998, s. 133

Toto usazení benediktinů zahajuje pro Opatství Saint-Victor de Marseille zářné období pod vedením významných mužů, jako byli opati Wilfred (či Guifred, 1005–1020) a Isarn (1020–1047). Isarn byl úzce spjat s Odilonem, opatem v Cluny: „Tyto dvě světla světa tvořila jediné srdce, jedinou duši“.

Silný vliv opatství byl dán také vazbami, které spojovaly opaty ze Saint-Victor s marseillskou a provensálskou aristokracií, což podpořilo růst jeho světské moci a pozemkového majetku. Během tohoto období, kdy opatství uplatňovalo hluboký duchovní a kulturní vliv v Provence procházející politickou a náboženskou reorganizací, se územní državy opatství značně rozrostly: jen v marseillské diecézi záviselo v 11. a 12. století na Saint-Victor 440 kostelů a převorství.

Opatství mělo své podřízené domy také v diecézích Aix, Fréjus-Toulon, Riez, Gap, Embrun a Vaison-la-Romaine. Převorstvím Saint-Victor byl i klášter Sainte-Perpétue, zvaný „opatství La Celle“, kam se v roce 1225 uchýlila Garsenda ze Sabranu, matka provensálského hraběte Ramona Berenguera IV.

Opatství vlastnilo statky také v diecézích v Auvergne (Saint-Flour, Mende, Rodez), v Languedocu (Nîmes, Béziers, Agde, Narbonne, Albi, Toulouse), v Bigorre a v Katalánsku (Barcelona). Své državy získalo až na Sardinii (Cagliari, Sassari) a v Kastilii (Toledo)Bourilly, s. 10

V Marseille celý jižní břeh Starého přístavu (Vieux-Port) patřil mnichům, zejména jihovýchodní oblast až k dnešní ulici Beauvau, kde se nacházela bohatá soliska. Ta si mniši ponechali až do roku 1518, kdy je anektoval František I. Francouzský, aby rozšířil arzenál galér. Získali také právo na vodu od Saint-Menet až k moři. Postupně expandovali po celém vikomtství, založili více než šedesát převorství a stali se jedním z hlavních zemědělských investorů v jižní Provence.Duchêne 1998, s. 134 V opatství žilo přes šedesát mnichů a dvacet noviců. Saint-Victor se tak znovu stal významným duchovním a vzdělanostním centrem.