Esteve II d'Auxonne —a vegades apareix com III al considerar com a I al pare de Guillem IV de Mâcon i fundador de la línia— (1172 - 6 de març del 1241), fill d'Esteve I († 1173) i de Judit de Lorena, net del comte Guillem IV de Mâcon, i de Viena. Esteve II comte vassall de la branca sènior palatina, va prendre, a la mort del seu pare i després d'un període de tutela del seu oncle Girard, comte de Vienne i de Mâcon, la direcció de la branca júnior de Borgonya-Comtat amb el títol de comte de Borgonya i d'Auxonne. Esteve II apareix per primera vegada en els texts, amb la seva esposa Beatriu de Chalon en una donació feta a Auxonne el 1188.Chifflet: Lettres sur Béatrice, Dijon 1656, preuve 52, Millot, Étude critique sur les origines de la ville d'Auxonne, Darantière, Dijon, pàg. 69, r. 3 Pierre-françois Chifflet.<ref>Chifflet Lettres touchant Béatrix, Comtesse de Chalon…, Dijon, 1656, Citat per L. Millot op. cit., pàg. 99</ref> va traçar el seu retrat: . Va prendre Beatriu de Chalon per a esposa, que li va donar un fill, Joan, però va continuar les seves antigues relacions amb Blanca de Cicon de la qual va tenir un fill, Esteve d'Oiselay. A la mort del seu sogre, va demanar i va obtenir la repudiació de Beatriu i va viure llavors públicament amb Blanca de Cicon. Després, per interès, es va casar el 1214 amb Agnès de Dreux.L. Millot op. cit., pàg. 102 i 103.
La branca jove del comtat sota el jou dels comtes palatins Esteve II, comte d'Auxonne, procedent de la sang dels comtes de Borgonya d'un branca jove de la casa de Mâcon, desposseïda per la descendència de Frederic Barba-roja i de Beatriu de Borgonya-Comtat, havia concebut l'esperança de recuperar la corona de comte sobirà de la qual els seus avantpassats havien disposat.Cartulari d'Hugues de Chalon, Introducció, pàg. XII
En el comtat de Bourgogne, la mort de l'emperador Frédéric Barba-roja (mort el 1190), verdader sobirà del comtat, havia donat un cop seriòs al poder dels palatins: l'emperador i el comte de Borgonya deixaven de ser un mateix personatge. Otó I, que recollia l'heretatge de la seva mare Beatriu, no exercia més que una influència secundària. La feblesa de la qual feia prova, fins i tot si va intentar reduir els seus vassalls a l'obediència,El 1195 derrotava i matava al comte de Montbéliard fomentava les pretensions de la branca júnior a reemplaçar la branca sènior. Els trastorns sobrevinguts a Alemanya després de la mort de l'emperador Enric VI (mort el 28 de setembre de 1197), privant al comte palatí de suports vinguts d'Alemanya, va donar l'ocasió a Esteve II de fer valdre les seves pretensions.
L'homenatge del feu d'Auxonne a Eudes III Esteve II tenia fortament controlades les vores del Saona.Els comtes de Borgonya posseïen des de feia molt de temps béns a l'antic comtat d'Amous, i en particular: Biarne, Billey, Chevigny, Jouhe i sens dubte també Villers-Rotin. Pérard: Recueil, pàg. 573, citat par Pierre Camp, Histoire Médiévale de la ville d'Auxonne, Association Bourguignonne des Sociétés Savantes, Dijon, 1960, pàg. 23 i 24 Pels seus castells d'Oiselay, de Scey-sur-Saône-et-Saint-Albin, de Traves, de Frotey que li venien d'una àvia.Lucien Febvre Histoire de Franche-Comté, Éditions Arts et Littérature, Lons-le-Saunier, 2003, pàg. 82 Fort dels suports dels grans barons comtesos (comtois, així s'anomenava a les persones del comtat de Borgonya), Esquerrà de Salines, Ricard de Montfaucon, comte de Montbéliard, va iniciar la lluita contra Otó I i va entrar en guerra contra ell. Va buscar l'aliança del duc de Borgonya Eudes III. És així com havent rebut l'aprovació del prior de Saint-Vivant de Vergy del qual tenia la ciutat en feu,Des de fa una data que els historiadors no han estat en mesura de fixar. Garnier, Dunand, i X. Girault avançant la data de 1135, discutida per P. Camp per tractar-se només d'una hipòtesi.Auxonne no era un feu dels comtes palatins sinó un feu del priorat de Saint-Vivant de Vergy, primitivament de Saint-Vivant en Amous (o Amaous) Esteve va prendre el 1197, el títol de comte d'Auxonne,Una sola vegada, i en condicions particulars quan infeudava Auxonne al duc de Borgon; Pierre Camp, Histoire Médiévale de la ville d'Auxonne, Association Bourguignonne des Sociétés Savantes, Dijon, 1960, pàg. 24 es va declarar vassall del duc de Borgonya i va infeudar Auxonne, fent passar la ciutat i el seu castell a la zona d'influència del ducat de Borgonya. La més afavorida en aquest assumpte era la duquessa que prenia posició per al futur i preparava la reunió definitiva que desitjava, del comtat d'Auxonne.Al , mentre que es constituïa el comtat d'Auxonne, l'antic pagus d'Amous (o Amaous) apareix dividit en una multitud de feus. […;] el comtat d'Auxonne era un dels més grans, però res no permet indicar amb precisió quina era al segle XII- la seva extensió: és cert només que era menys considerable que la de l'Amous. Es pot assegurar que el comtat d'Auxonne no tenia l'extensió del pagus primitiu de les ribes del riu Saône, i que n'era una subdivisió; que no era el pagus sencer el que s'havia transformat en comtat, sinó que el comtat era un dels fragments del pagus original. Lucien Millot, Étude critique sur les origines de la ville d'Auxonne, sa condition féodale et ses franchises, pàg. 16 - aquest antic comtat de l'Amous, un dels quatre pagi.Burgonya d'Ultra Saône era constituïda de quatre pagi: l'Amous (o Amaous), el Portois, el Varais, i l'Escuens constitutius de Borgonya Ultra Saone - al seu ducat.
Les lluites entre Esteve II i Otó de Merània Esteve sota la vigilància de l'emperador Felip de Suàbia s'havia reconciliat provisionalment amb la branca palatina.
El 14 de gener de 1201 Otó I moria. Deixava una noia menor Beatriu, sota la tutela de la seva vídua. El 21 de juny de 1208 Béatrice es casava amb el duc de Merània que esdevingué Otó II de Borgonya. El vespre mateix.E. Rougebief, Histoire de la Franche-Comté ancienne et moderne , Paris, 1851, pàg. 209 l'emperador Felip queia sota el punyal d'un assassí, víctima d'una venjança. Esteve es trobava al costat de Felip de Suàbia a Basilea i a Estrasburg el juny de 1207; havia alimentat el propòsit de segellar la reconciliació de la branca palatina amb la branca jove pel projecte matrimonial de casar el seu fill Joan amb Beatriu. Tenia una afrenta a rentar; menyspreant el fill, els tutors de Beatriu havien donat la seva mà al duc de Merània.
Esteve, tranquil·litzat del costat de l'Imperi, per la proclamació d'Otó IV del qual seguia el partit, va prendre el títol comtal i no va vacil·lar a recórrer als més grans extrems per reconquerir el que deia el seu patrimoni legítim.E. Rougebief Histoire de la Franche-Comté ancienne et moderne , Paris, 1851, pàg. 210 Esteve va aplanar al seu senyor i sobirà feudal. Una lluita feroç es va produir. Finalment, sota mediació del duc Eudes III, es va signar un tractat el 18 d'octubre del 1211 a Dijon, avantatjós per Esteve. Als termes d'aquesta pau, entre altres clàusules favorables, Otó de Merània reconeixia a Esteve II el dret de portar el títol de comte vassall de Borgonya, del qual havia estat desposseït des d'Otó I.
miniatura|esquerra|L'entrada del castell medieval de Chevigny que va pertànyer a Esteve II, comte de Borgonya i d¡Auxonne (2003)
La sort del comte Esteve no va durar. El 1210, Otó IV va ser excomunicat. La coronació de Frederic II el 25 de juliol de 1213, va ferir els interessos polítics d'Esteve. Frederic II lligat per relacions familiars i per agraïment, va aportar un suport invariable al comte Otó. Esteve va estrènyer les relacions amb el duc de Borgonya casant el seu fill Joan amb Mahaut o Mafalda, germana del duc. Una pau precària va regnar sobre el comtat de Borgonya. Per un rebuig d'homenatge d'Esteve per a Oiselay i Rochefort,Pierre Camp, Histoire Médiévale de la ville d'Auxonne, Association Bourguignonne des Sociétés Savantes, Dijon, 1960, pàg. 26. i Édouard Clerc, Essai sur l'Histoire de la Franche-Comté, T. I, pàg. 412 el desembre de 1225, la guerra es va revifar i va encendre el comtat. RougebiefE. Rougebief Histoire de la Franche-Comté ancienne et moderne , Paris, 1851, pàg. 213 diu que el nord de la província es mantenia per a la branca gran mentre que el migdia sostenia la branca jove. Afegeix que Esteve tenia amb ell a Joan, el seu fill, Enric de la casa de Vienne, Josserand de Brancion, Hugues de Fouvent, Ponce de Cicon i d'altres poderosos senyors; era a més a més ajudat per Hug IV, que des de febrer 1225 havia adquirit la baronia de Salins.Resultant d'un intercanvi entre d'un costat, Margarida de Salins i el seu marit Joceran de Brancion i de l'altre amb la duquessa Alix, de la baronia de Salins a canvi del castell d'Aignay-el Duc. Jean Richard, Les Ducs de Bourgogne et la formation du Duché du s.XIe au s.XIVe, Société Les Belles Lettres, Paris, 1954, pàg. 213 El duc de Merània va cridar a les forces de Lorena, després a les forces de Teobald IV, comte de Xampanya. La guerra va ser cruel, enverinada per odis de família. Esteve II va conèixer la derrota. Les seves fortaleses de la vora del Doubs, al voltant del Bosc de Chaux, de Gray-le-Mont, (comuna de Rancenay, al Doubs), Montbarrey, Mongey, Liesle, RosoyPierre Camp, Histoire Médiévale de la ville d'Auxonne, Association Bourguignonne des Sociétés Savantes, Dijon, 1960, pàg. 26. Lucien Febvre in Histoire de Franche-Comté, pàg. 83, cita: vius combats al voltant del bosc de Chaux, a Rozet-Fluans (avui Roset-Fluans), Château-le-Bois i Gray-le-Mont van ser ocupats per l'enemic i el país d'Amous destrossat. La pau va ser restablerta pel tractat de Bèze el juliol de 1227E. Clerc el fixa el 12 de juny de 1227, a Essai sur l'histoire de la Franche-Comté, pàg. 415 negociat pel cardenal Romano Frangipani.
Otó II va tornar a Alemanya i va deixar Teobald IV, comte de Xampanya per assegurar la regència al Comtat; Teobald li va prestar quinze mil llibres.
Una de les clàusules del tractat de Bèze precisava que Otó II enderrocaria els murs del castell de Chevigny, proper d'Auxonne, però no podrà destruir els fossats. Un acte de 1256, prova que aquest castell pertanyia a Esteve.Pierre Camp a Histoire Médiévale de la ville d'Auxonne, Association Bourguignonne des Sociétés Savantes, Dijon, 1960, pàg. 26, cita les seves fonts: Arxiu del Doubs, B. 396
Una carta per a Auxonne El duc de Borgonya, Hug III havia atorgat una carta de municipi als dijonesos el 1183, el seu fill Eudes III als beaunesos el 1203. Hi havia hagut cartes també per Nuits, Châtillon-sur-Seine i Saint-Jean-de-Losne el 1227. Esteve no va resistir el moviment municipal que es produïa llavors amb força en tota Borgonya, però contràriament al seu fill Joan I de Chalon que va atorgar nombroses cartes d'alliberament a les poblacions comteses, la carta d'alliberament atorgada als Auxonnesos el 1229 va ser la primera i l'única que va emetre. Lucien MillotÉtude critique sur les origines de la ville d'Auxonne, sa condition féodale et ses franchises, pàg. 104 conjectura que Esteve hauria pogut atorgar una franquícia municipal als auxonnesos sigui per generositat i per desig de veure regnar lleis més sensates, sigui per lligar-se els habitants i poder tirar-ne profit en cas de guerra o encara per les dues causes. Precisa també que hi ha un motiu que es troba molt sovint en la història dels alliberaments i que cal descartar aquí: Esteve no va vendre la seva carta, i enlloc no es troba rastre d'un contracte d'aquest gènere. Pierre CampHistoire d'Auxonne au Moyen-Âge, pàg. 26 pensa que aquesta carta ha de ser interpretada com una conseqüència de les guerres amb Otó II. Esteve acabava de ser privat de la seva fortalesa de Chevigny i volia assegurar-se el suport dels burgesos Auxonnesos en cas d'un futur conflicte. La carta va rebre els segells d'Esteve, d'Agnès de Dreux, la seva segona dona i del seu fill Joan, nascut del seu primer matrimoni amb Beatriu de Chalon.
El comtat d'Auxonne contra la baronia de Salins