Homolog 5 hromoboksnog proteina je protein koji je kod ljudi kodiran genom CBX5. To je visoko konzervirani, nehistonski proteinski dio heterohromatinskih porodica. Heterohromatinski protein-1 (HP1) ima N-terminalni domen koji djeluje na ostatke metiliranih lizina, što dovodi do epigenetičke represije. C-terminal ovog proteina ima domen hromatinske sjenke (CSD) koji je odgovoran za homodimerizuju, kao i za interakciju, sa hromatinom povezanih, raznih nehistonskih proteina.

Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 191 aminokiselina, a molekulska težina 22.225 Da..

1020304050 MGKKTKRTADSSSSEDEEEYVVEKVLDRRVVKGQVEYLLKWKGFSEEHNT WEPEKNLDCPELISEFMKKYKKMKEGENNKPREKSESNKRKSNFSNSADD IKSKKKREQSNDIARGFERGLEPEKIIGATDSCGDLMFLMKWKDTDEADL VLAKEANVKCPQIVIAFYEERLTWHAYPEDAENKEKETAKS Simboli

C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin

Struktura HP1α ima 191 aminokiselinu i sadrži šest egzona. Kao što je gore pomenuto, ovaj protein sadrži dva domena, N-terminalni hromodomen (CD) i C-terminalni domen hromosjene (CSD). CD se veže sa histonom 3 preko metiliranih ostataka lizina na položaju 9 (H3K9), dok C-terminalni CSD homodimerizuje i stupa u interakciju sa nizom drugih proteina povezanih sa hromatinom, koji nisu povezani sa histon ima. Povezivanje ova dva domena je zglobno područje.

Hromodomen Nakon translacije, hromodmen će poprimiti kuglastu konformaciju, koja se sastoji od tri β-lista i jednog α-heliksa. Β-listovi su upakovani u spiralu na karboksi terminalnom segmentu. Naboji na β-listovima su negativni pa otežavaju njegovo vezivanje za DNK kao vezujuću za DNK motiv. Umjesto toga, HP1α veže se za histone kao motiv interakcije proteina.Specifično vezanje za CD na metilirani H3K9 posredovano je sa tri hidrofobna bočna lanca, koja se nazivaju "hidrofobna kutija". Druga mjesta na HP1 će stupiti u interakciju s H3 repovima iz susjednih histona, što će dati strukturu fleksibilnom repu histona sa N-terminalom. Susjedni histoni H3 mogu uticati na vezivanje HP1 posttranslacijskom izmjenom repa.

Domen hromosjenke CSD mnogo liči na CD. I on ima loptastu konformaciju koja sadrži tri β-lista, a posjeduje i dvija α-heliksa, za razliku od one u CD-u. CSD lahko homodimerizuje in vitro i kao rezultat formira utor u koji se mogu smjestiti proteini povezani sa HP1 sa specifičnom konsenzusnom sekvenco: PxVxL, gdje je P prolin, V je valin, L je leucin i x je bilo koja aminokiselina.

Mehanizam djelovanja HP1α prvenstveno funkcionira kao prigušivač gena, koji ovisi o interakcijama između CD-a i oznake metil H3K9. Hidrofobna kutija na CD -u pruža odgovarajuće okruženje za metilirani ostatak lizina. Iako je tačan mehanizam načina utišavanja gena nepoznat, eksperimentalni podaci ukazuju na brzu izmjenu bioloških makromolekula unutar i izvan heterohromatinske regije. Ovo sugerira da HP1 ne djeluje kao ljepilo koje drži heterohromatin zajedno, već postoje konkurentne molekule, međusobno djelujući na različite načine, stvarajući zatvoreni kompleks, koji dovodi do represije gena ili otvorene euhromatinske strukture s aktivacijom gena. Koncentracija HP1 je veća i statičnija u područjima hromosoma, gdje se nalaze metilirani ostaci H3K9, dajući mu zatvorenu, genom potisnutu heterohromatinsku strukturu. Također je pokazano da što je više metiliranih H3, lizin ima veći afinitet HP1 za njega. To jest, ostaci trimetiliranog lizina vežu se čvršće za HP1 nego dimetilirani ostaci, koji se vežu bolje od monometiliranih ostataka.

Faktor pokretača lokalizacije još nije poznat.

Evolucijska konzervacija HP1α je evolucijski visoko konzerviran protein, koji postoji u vrstama poput Schizosaccharomyces pombe , vrsti kvasca, sve do ljudi. N-terminalni hromodomen i C-terminal čine se da je domen hromosjenke mnogo konzervativniji (približno 50-70% sličnosti aminokiselina) od regije šarki (približno 25-30% sličnosti s homologom HP1 u rodu Drosophila).

Interakcije

Pokazalo se da gen CBX5 ima interakcije sa:

CBX1, CBX3, CHAF1A, DNMT3B, HDAC4, HDAC9, Histon-deacilazom 5, Ku70, Lamin-B receptorom, MBD1, MIS12, SMARCA4, SUV39H1, TAF4, TRIM28 i STAT5A,

Također pogledajte Heterohromatinski protein 1

Reference

Dopunska literatura

Vanjski linkovi

Kategorija:Geni na hromosomu 12 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika