Организационната структура на ОНД е доста сложно устроена. Институционалната структура на общността включва множество, различни по своята компетентност органи, които обхващат изцяло политическата, икономическата и социалната рамка на страните-членки на ОНД.
Органи от първостепенно значение Съвет на държавните ръководители Съветът на държавните ръководители е върховният орган, определящ политиката на организацията. Включва всички членове на Съвета на страните от ОНД. Той заседава два пъти годишно и решава основни въпроси, свързани с дейността на страните от ОНД в посока на техните общи интереси. Решенията се вземат с консенсус. В областта на международната сигурност, съветът е медиатор между държавите членки при спор, чието продължаване създава вероятност от застрашаване поддържането на мира и реда. Той препоръчва процедури на страните и методи за разрешаване на конфликтите. Съветът на държавните глави, като върховен орган на ОНД, обсъжда и решава всички въпроси, отнасящи се до общите интереси на страните – участници, както и да разгледа всички въпроси в рамките на съответните държави – участници, без да се засягат интересите на други членове на ОНД. Съветът на държавните ръководители по време на срещите им също взема решения, отнасящи се до: изменение на Устава на организацията на страните от ОНД; създаване на нови или отменяне на съществуващите органи на Общността; оптимизиране на структурата на ОНД, подобряване на дейността на Общността на нациите; доклади за дейността на страните от ОНД; назначаване (одобрение) на ръководителите на попадащи в неговата компетентност; делегиране на правомощия на подчинени органи; разпоредбите за одобрение на органите ОНД.
Съвет на правителствените ръководители Съветът на правителствените ръководители се състои от ръководителите на правителствата на страните от Общността. Той координира сътрудничеството на органите на изпълнителната власт на страните от ОНД по отношение на икономическите, социалните и други области от взаимен интерес. Съветът се събира четири пъти годишно. Той решава въпросите относно: изпълнение на указанията на Съвета на държавните глави; правителствени ръководители на Съвета на данни; прилагане на разпоредбите, залегнали в Договора за икономически съюз; практическото функциониране на зона за свободна търговия; приемане на съвместни програми за развитие в промишлеността, селското стопанство и други сектори на икономиката и финансите; развитие на системи за транспорт, комуникации, енергийни системи; сътрудничество в тарифна, кредитна и данъчна политика; разработване на механизми за формиране на научно-технологично пространство; финансовите дейности на Общността на нациите.
Дейността на Съвета на ръководителите на правителствата се регулира от Правилника за дейността. Решенията се вземат с консенсус.
Съвет на министрите на външните работи Съветът на министрите на външните работи под Хартата на страните от ОНД и на Съвета на министрите на външните работи на ОНД от 1993 г. Членовете на съвета са министрите на външните работи на всички държави членки на ОНД. Функциите на Съвета включват: изпълнение на външна политика на координация на страните от ОНД; организация на изпълнението на решенията на Съвета на държавните глави и правителствените ръководители; осигуряване на взаимодействие дипломатически служби на страните от ОНД; укрепване на връзките с други международни организации.
Организиране в рамките на Постоянната консултативна комисия на Съвета относно опазването на мира.
Изпълнителният комитет на страните от Общността на независимите държави Създадена от изпълнителния секретариат на страните от ОНД през 1993 г. за организационна и техническа подкрепа на Съвета на държавните глави, правителствените ръководители и в помощ координацията с Консултативния комитет и други органи на ОНД. През 1999 - 2000 г. той е реорганизиран в Изпълнителния комитет на страните от Общността на независимите държави. Бордът е единичен, постоянен, изпълнителен, административен и координиращ орган на ОНД. Основните дейности на комисията са: да се разработи съвместно с държавите членки на Общността по предложения относно перспективите, етапите на изпълнение и приоритетите на страните от ОНД; развитие на сътрудничество с държавите – участници в ОНД. Работа по предложения и проекти, насочени към насърчаване на сътрудничеството между държавите – участници в политическите, икономическите, социалните и други области; изготвяне на предложения за задълбочаване на икономическото сътрудничество в рамките на ОНД, със създаването и функционирането на зона за свободна търговия, която предоставя благоприятни условия за прехода към по-високи нива на икономическо сътрудничество; проучване относно напредъка на икономическите реформи в страните – участници на ОНД, както и подготовката на предложения относно реформите; помощ на заинтересованите държави – участници на страните от ОНД в развитието на частното предприемачество, многостранното индустриално сътрудничество, формирането на транспортни коридори, създаването на инвестиционното сътрудничество, развитието на селскостопанския пазар, съвместно участие в изпълнението на проекти за развитие в горивата и енергийните ресурси и суровини, разширяване на съвместните предприятия към чуждестранните пазари за предоставянето на техническа помощ на трети страни в изграждането на промишлени и транспортни съоръжения, свързани със свободата на транзита, особено тръбопроводи, автомобилен, железопътен транспорт; подготовка на предложения за развитието на сътрудничеството в областта на образованието, здравеопазването, социалната защита, културата; помощ за държавите – участници на страните от ОНД в изпълнението на съвместни програми и инициативи за борба с организирана престъпност и тероризъм; развитие на юридическите въпроси на взаимодействие между държавите членки на ОНД, включително сближаването на икономическото законодателство, подобряване на правната рамка за сътрудничество, формирането на общи информационни системи; анализ и преглед за изпълнението на международни споразумения между страни – участници от Общността, както и решенията на Съвета на държавните глави, ръководители на правителства, министри на външните работи, на Икономическия съвет и подготовката на предложения; оказване на помощ в съответствие с указанията на Съвета на държавните глави, правителствени ръководители и съвети на министрите на външните работи, с цел уреждане на съвместни действия провеждащи се на територията на държавите членки.
Комитетът се състои от председателя на Изпълнителния комитет, изпълнителния секретар, неговите заместници, отдели и други стопански единици. Председател на комисията е главният административен служител, който се назначава по предложение на държавата – участник, за срок от 3 години от решението, взето с консенсус. Председателя на комисията има до четирима заместници, които се назначават на ротационен принцип за срок от 3 години. Останалата част от персонала, назначен от председателя на Комитета е на конкурентна основа.
Икономически съвет Икономическият съвет е основният изпълнителен орган, който изпълнява споразуменията, приети в рамките на ОНД от ръководителите на Държавния съвет и Съвета на правителствените ръководители на страните, относно формирането и функционирането на зоната за свободна търговия и други въпроси от сферата на социалното и икономическото сътрудничество. Съветът взема решения по въпроси от неговата компетентност и такива поръчани от Съвета на държавните глави и на Съвета на правителствени ръководители. Управителният съвет се състои от заместник-ръководителите на правителствата на страните-членки от ОНД. Основни функции на Съвета: насърчаване на мерки за формирането и функционирането на зона за свободна търговия, включително намаляването и премахването на митата, данъците и таксите; разработване на предложения за създаване на система за плащания по търговски и други сделки; създаване на условия за прехода към по-високи нива на икономическо сътрудничество, въз основа на свободното движение на стоки, услуги, труд и капитал; създаване на общ селскостопански пазар чрез създаване на условия за свободното движение на стоки и услуги; развитие на индустриалното сътрудничество за производство на селскостопанска техника и оборудване, търговия на едро с хранителни пазари на образование и защита на земеделските производители; насърчава задълбочаването на сътрудничеството в областта на науката и технологиите, като предоставя свободен достъп до публично налично научно-техническа информация, защита на интелектуалната собственост; разработва предложения за перспективите за икономическо сътрудничество между държави от ОНД, въз основа на анализ на основните тенденции на социално-икономическото развитие и напредъка на икономическите реформи; прави препоръки за подобряване на производството – технологични комуникации, координация с държавите, съвместни програми за икономическо развитие; съгласувани действия в областта на стандартизацията, статистика, метрология, сертификация на продукти, опазването на околната среда и природните ресурси, предотвратяване и ликвидиране на аварийни ситуации; улесняване на сближаването на националните законодателства.
Икономически съд Той е съдебен орган на Общността на независимите държави, създаден, за да осигури спазването от страните-членки на своите икономическите задължения. Съдът е упълномощен да отсъжда относно изпълнението на икономическите задължения по международни договори в рамките на ОНД и други спорове със съгласието на участниците, тълкуването на международни договори и актове на региона. Съдът се намира в гр. Минск, Беларус.
Асамблея на държавите членки Междупарламентарната асамблея на държавите – участници на страните от ОНД, е междуправителствен орган на Общността на независимите държави, упражнявайки парламентарното сътрудничество между страните – участници на страните от ОНД, както и разработване на съвместни предложения на националните парламенти на страните от общността по въпроси от взаимен интерес. Председател на Съвета на Интерпарламентарната асамблея е Валентина Матвиенко, генералния секретар - ръководител на Секретариата на Съвета е Алексей Сергеев, местоположение - гр. Санкт Петербург. Членове на парламентите на страните от ОНД са Армения, Азербайджан, Беларус, Казахстан, Киргизстан, Молдова, Таджикистан, Руската федерация, Украйна. Междупарламентарната асамблея е учредена в съответствие със Споразумението за Междупарламентарната асамблея на държавите членки на ОНД, подписано от ръководителите на парламентите на Армения, Беларус, Казахстан, Киргизстан, Русия, Таджикистан и Узбекистан (който не участва в работата на ОНД по ИПП) на 27 март 1992 г. в Алма-Ата. През 1993 - 1995 г. участници на парламентите са Азербайджан, Грузия (издаден през 2010 г.), Молдова, а през 1999 г. към Споразумението за ОНД на ИПП се присъединява към Върховната Рада на Украйна. През май 1995 г. държавните глави на ОНД подписват основния документ регламентиращ дейността на ОНД на IPA - Конвенцията на Интерпарламентарната асамблея на държавите - членове на Общността на независимите държави. В рамките на тази конвенция, която влиза в сила на 16 януари 1996 г., общото събрание и международните парламентарни организации на страните от ОНД получават статут на междудържавно тяло.
Съгласно Конвенцията Интерпарламентарната асамблея на ОНД сътрудничи със Съвета на държавните глави и други агенции на страните от Общността на независимите държави. Разработва се модел, според който законодателството приема препоръки, процедури за синхронизация, ратифицирани от парламентите на споразуменията сключени в рамките на ОНД, както и да въвеждат национално законодателство в съответствие с разпоредбите на международните договори, сключени в рамките на Общността на нациите, насърчава обмена между страните-членки на правна информация.
Съвет на министрите на вътрешните работи на държавите членки на ОНД