W czasie okupacji niemieckiej klasztor został pozbawiony inwentarza i we wrześniu 1943 r. spalony. Pozostał tylko kościół i dom czeladniczy, w którym mieszkała służba kościelna. Do niego byli zmuszeni przenieść się zakonnicy aż do wybudowania drewnianego domku. W Miadziole karmelici pozostali do roku 1949, kiedy to repatriowali się do Polski. Po wojnie kościół został odebrany i zamknięty. W zakrystiach były przetrzymywane zwierzęta. Pozbawiony opieki, kościół uległ dewastacji. Po zwróceniu kościoła, 24 grudnia 1989 r. została w nim odprawiona pierwsza Msza św. O. Augustyn Kwiatkowski mieszkający na stałe w Naroczy zaczął dojeżdżać tu w niedziele i święta. W 1990 r. parafianie sami zrobili niezbędny remont umożliwiający rozpoczęcie działalności duszpasterskiej. Po o. Augustynie Kwiatkowskim pracowali w parafii o. Arkadiusz Kulacha i o. Bernard Radzik. 25 marca 2003 r. rozpoczął pracę przydzielony na stałe o. Roman Nowak. Wiosną 2003 roku zakonnicy zamieszkali w Miadziole w wynajętym przez parafię mieszkaniu. Dom czeladniczy z powodu złego stanu został opuszczony przez mieszkańców, a po 2 latach w krytycznym stanie przekazany parafii. W latach 2006–2007 dokonano renowacji elewacji zewnętrznej i pokrycia dachowego kościoła. We wrześniu 2011 r. bracia zamieszkali w wynajmowanym jednorodzinnym domu w Starym Miadziole.