Po wyjściu z niego miał się zgłosić na wyjazd do obozu pracy przymusowej na terenie III Rzeszy, ale nie stawił się w punkcie zbiórki i wrócił do Lwowa na początku 1940.

Po powrocie do Lwowa podjął pracę w miejskiej elektrowni, a następnie w Kolei Lwowskiej. W 1942 roku nawiązał kontakty z konspiracją i przeniósł się do Leżajska, gdzie dołączył do Narodowej Organizacji Wojskowej. Oddział w Leżajsku został rozbity przez niespodziewany atak wojska niemieckiego, jednak Pelczarowi udało się uciec do Biłgoraja, gdzie wstąpił do oddziału Tadeusza Sztumberk-Rychtera, a następnie został przeniesiony do oddziału partyzanckiego NOW-AK „Ojca Jana” pod dowództwem Franciszka Przysiężniaka, w którym zostaje awansowany do stopnia sierżanta. Uczestniczył w wielu akcjach bojowych przeciwko III Rzeszy i Ukraińskiej Powstańczej Armii.