Czynnikiem etiologicznym gorączki krwotocznej są wirusy należące do rodzaju Ebolavirus wirusów RNA z rodziny Filoviridae. Choroba wywoływana jest u ludzi przez wirusy należące do czterech z pięciu znanych gatunków rodzaju Ebolavirus – Zaire ebolavirus, Bundibugyo ebolavirus, Sudan ebolavirus, Taï Forest ebolavirus. Pierwszy z nich jest gatunkiem typowym całego rodzaju. Pierwsze trzy wywoływały epidemie gorączki krwotocznej Ebola, czwarty jest znany z jednego przypadku zachorowania. Gatunek Reston ebolavirus wywołuje gorączkę krwotoczną u małp. Wirusy poszczególnych gatunków są nazywane odpowiednio: wirus Ebola (ang. Ebola virus, EBOV), wirus Bundibugyo (ang. Bundibugyo virus, BDBV), wirus Sudan (ang. Sudan virus, SUDV), wirus Taï Forest (ang. Taï Forest virus, TAFV) i wirus Reston (ang. Reston virus, RESTV). Nazwa „wirus Ebola” jest używana potocznie dla określenia wszystkich wirusów rodzaju Ebolavirus.
Historia epidemii
mały|300px|lewo|Epidemie gorączki krwotocznej Ebola w Afryce w latach 1979–2008 Pierwsze przypadki choroby opisano w roku 1976 w Zairze, w okolicach Yambuku nad rzeką Ebola.