Wynikiem tego był masowy exodus, nie tylko żonatych mnichów, jednakże Kościół Wschodu pozostał przy Babaju.
W 604 roku zmarł katolikos-patriarcha Sabriszu I. Synod odrzucił kandydaturę popieranego przez króla Chosroesa II, biskupa Grzegorza z Nisibisu i zamiast tego wybrał profesora Grzegorza z Seleucji. Król był niezadowolony z wyboru lecz niechętnie poparł nowo wybranego, obłożywszy grzywną i zapowiadając: "Patriarchą jest i patriarchą pozostanie – ale nigdy więcej nie pozwolę na kolejną elekcję."Wigram, s. 247
Kiedy Grzegorz zmarł w 608 roku biskupi wystąpili z prośbą o możliwość wyboru nowego przywódcy – monarcha pomny obietnicy odmówił. Królewski medyk Gabriel z Sziggar (będący zagorzałym monofizytą) zasugerował wybranie Henany z Adiabeny lub jednego z jego uczniów. Cały Kościół był tym zbulwersowany, ale do swojej śmierci w 628 roku król nie pozwolił na samodzielny wybór patriarchy.
Aby obejść królewski zakaz, Babaj Wielki został mianowany "wizytatorem klasztorów" północy, i kierował Kościołem we współpracy z archidiakonem Abą.